ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48249

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 8, 13, 14, 16, 4, 5, 3, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.020, 0.028, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.018, 0.029, 0.041, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.029 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.021, 0.036, 0.051, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.036 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.015, 0.029, 0.044, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.016, 0.032, 0.049, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.032 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.020, 0.039, 0.059, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.031, 0.060, 0.089, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.060 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.032, 0.063, 0.093, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.063 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.034, 0.068, 0.103, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.068 std_dev=0.034
O2' B 0, 0.288, 0.517, 0.746, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.517 std_dev=0.229
C2' B 0, 0.250, 0.492, 0.735, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.492 std_dev=0.242
C3' B 0, 0.290, 0.635, 0.980, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.635 std_dev=0.345
O3' B 0, 0.332, 0.851, 1.369, 2.057 max_d=2.057 avg_d=0.851 std_dev=0.519
O4' A 0, -0.246, 0.365, 0.975, 2.534 max_d=2.534 avg_d=0.365 std_dev=0.610
C2' A 0, -0.255, 0.378, 1.010, 2.645 max_d=2.645 avg_d=0.378 std_dev=0.632
C1' B 0, 0.048, 0.711, 1.374, 3.027 max_d=3.027 avg_d=0.711 std_dev=0.663
C4' A 0, -0.282, 0.539, 1.361, 3.432 max_d=3.432 avg_d=0.539 std_dev=0.822
C4' B 0, 0.079, 0.906, 1.733, 3.662 max_d=3.662 avg_d=0.906 std_dev=0.827
N9 B 0, -0.024, 0.834, 1.692, 3.816 max_d=3.816 avg_d=0.834 std_dev=0.858
C3' A 0, -0.289, 0.573, 1.436, 3.622 max_d=3.622 avg_d=0.573 std_dev=0.862
O3' A 0, -0.177, 0.743, 1.663, 3.914 max_d=3.914 avg_d=0.743 std_dev=0.920
O2' A 0, -0.415, 0.515, 1.446, 3.913 max_d=3.913 avg_d=0.515 std_dev=0.930
C4 B 0, -0.195, 0.878, 1.952, 4.745 max_d=4.745 avg_d=0.878 std_dev=1.073
C8 B 0, -0.043, 1.033, 2.109, 4.752 max_d=4.752 avg_d=1.033 std_dev=1.076
O4' B 0, -0.080, 1.009, 2.098, 4.852 max_d=4.852 avg_d=1.009 std_dev=1.089
N3 B 0, -0.343, 0.839, 2.021, 5.180 max_d=5.180 avg_d=0.839 std_dev=1.182
C5' B 0, 0.025, 1.261, 2.497, 5.338 max_d=5.338 avg_d=1.261 std_dev=1.236
C5 B 0, -0.236, 1.088, 2.413, 5.868 max_d=5.868 avg_d=1.088 std_dev=1.325
N7 B 0, -0.148, 1.192, 2.531, 5.920 max_d=5.920 avg_d=1.192 std_dev=1.339
O5' B 0, -0.164, 1.333, 2.831, 6.368 max_d=6.368 avg_d=1.333 std_dev=1.497
C2 B 0, -0.526, 0.974, 2.474, 6.547 max_d=6.547 avg_d=0.974 std_dev=1.500
C5' A 0, -0.579, 0.950, 2.478, 6.362 max_d=6.362 avg_d=0.950 std_dev=1.529
C6 B 0, -0.402, 1.234, 2.870, 7.241 max_d=7.241 avg_d=1.234 std_dev=1.636
N1 B 0, -0.536, 1.146, 2.828, 7.399 max_d=7.399 avg_d=1.146 std_dev=1.682
N2 B 0, -0.710, 1.040, 2.789, 7.553 max_d=7.553 avg_d=1.040 std_dev=1.749
O6 B 0, -0.455, 1.467, 3.389, 8.516 max_d=8.516 avg_d=1.467 std_dev=1.922
O5' A 0, -0.765, 1.169, 3.103, 7.966 max_d=7.966 avg_d=1.169 std_dev=1.934
OP1 B 0, -0.352, 1.815, 3.982, 8.792 max_d=8.792 avg_d=1.815 std_dev=2.167
P B 0, -0.472, 1.726, 3.924, 9.166 max_d=9.166 avg_d=1.726 std_dev=2.198
OP2 B 0, -0.635, 1.919, 4.473, 10.803 max_d=10.803 avg_d=1.919 std_dev=2.554
P A 0, -0.974, 1.689, 4.352, 10.979 max_d=10.979 avg_d=1.689 std_dev=2.663
OP2 A 0, -1.006, 1.884, 4.774, 11.502 max_d=11.502 avg_d=1.884 std_dev=2.890
OP1 A 0, -0.982, 2.066, 5.113, 12.562 max_d=12.562 avg_d=2.066 std_dev=3.047

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.19 0.00 0.27 0.23 0.29 0.24
C2 0.03 0.00 0.18 0.25 0.01 0.41 0.01 0.83 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.25 0.29 0.62 0.72 1.13 0.86
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.06 0.13 0.08 0.11 0.14 0.19 0.07 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.12 0.12 0.38 0.17
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.10 0.00 0.16 0.02 0.13 0.35 0.16 0.25 0.18 0.32 0.14 0.02 0.01 0.02 0.10 0.18 0.23 0.10
C4 0.01 0.01 0.09 0.10 0.00 0.17 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.14 0.15 0.37 0.23 0.67 0.42
C4' 0.01 0.41 0.01 0.00 0.17 0.00 0.07 0.01 0.15 0.28 0.30 0.40 0.10 0.20 0.05 0.18 0.02 0.00 0.01 0.17 0.17 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.16 0.00 0.07 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.12 0.08 0.55 0.43 0.85 0.58
C5' 0.06 0.83 0.13 0.02 0.38 0.01 0.21 0.00 0.38 0.37 0.65 0.77 0.28 0.26 0.09 0.07 0.13 0.01 0.01 0.24 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.15 0.01 0.38 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.15 0.14 0.47 0.34 0.88 0.55
C8 0.02 0.01 0.11 0.35 0.01 0.28 0.01 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.19 0.15 0.15 0.95 0.92 1.10 0.99
N1 0.02 0.00 0.14 0.16 0.01 0.30 0.01 0.65 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.19 0.23 0.49 0.50 0.98 0.68
N3 0.03 0.00 0.19 0.25 0.00 0.40 0.01 0.77 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.25 0.28 0.55 0.59 0.99 0.74
N6 0.02 0.01 0.07 0.18 0.01 0.10 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.18 0.17 0.10 0.57 0.47 1.02 0.65
N7 0.02 0.01 0.08 0.32 0.01 0.20 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.20 0.17 0.08 0.89 0.88 1.20 0.97
N9 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.08 0.01 0.50 0.40 0.58 0.48
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.11 0.18 0.16 0.07 0.15 0.19 0.14 0.13 0.18 0.20 0.11 0.00 0.04 0.12 0.07 0.15 0.39 0.11
O3' 0.19 0.25 0.02 0.01 0.14 0.02 0.12 0.13 0.15 0.15 0.19 0.25 0.17 0.17 0.08 0.04 0.00 0.15 0.15 0.29 0.23 0.15
O4' 0.00 0.29 0.01 0.02 0.15 0.00 0.08 0.01 0.14 0.15 0.23 0.28 0.10 0.08 0.01 0.12 0.15 0.00 0.26 0.32 0.22 0.26
O5' 0.27 0.62 0.12 0.10 0.37 0.01 0.55 0.01 0.47 0.95 0.49 0.55 0.57 0.89 0.50 0.07 0.15 0.26 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.72 0.12 0.18 0.23 0.17 0.43 0.24 0.34 0.92 0.50 0.59 0.47 0.88 0.40 0.15 0.29 0.32 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 1.13 0.38 0.23 0.67 0.17 0.85 0.21 0.88 1.10 0.98 0.99 1.02 1.20 0.58 0.39 0.23 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.86 0.17 0.10 0.42 0.04 0.58 0.02 0.55 0.99 0.68 0.74 0.65 0.97 0.48 0.11 0.15 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.33 0.13 0.13 0.52 0.18 0.99 0.40 1.21 0.83 0.85 0.20 0.19 1.14 0.46 0.17 0.23 0.28 0.74 1.62 0.94 1.41 1.06
C2 0.16 0.87 0.18 0.18 0.70 0.16 1.02 0.42 1.28 0.68 1.22 0.73 0.57 0.96 0.48 0.22 0.30 0.23 0.88 1.45 1.09 1.65 1.22
C2' 0.21 0.57 0.19 0.19 0.67 0.25 1.14 0.56 1.42 0.90 1.12 0.27 0.35 1.24 0.56 0.17 0.21 0.34 0.94 1.84 1.20 1.70 1.31
C3' 0.22 0.29 0.17 0.16 0.39 0.23 0.79 0.44 1.03 0.62 0.75 0.23 0.18 0.90 0.32 0.24 0.24 0.31 0.78 1.41 1.09 1.55 1.16
C4 0.16 0.42 0.14 0.13 0.55 0.16 0.99 0.36 1.21 0.77 0.92 0.15 0.23 1.07 0.46 0.17 0.23 0.25 0.72 1.50 0.89 1.36 1.00
C4' 0.20 0.30 0.20 0.21 0.44 0.24 0.80 0.52 0.97 0.69 0.68 0.26 0.22 0.93 0.40 0.17 0.22 0.30 0.88 1.29 1.18 1.60 1.24
C5 0.17 0.17 0.13 0.12 0.43 0.17 0.85 0.29 0.97 0.73 0.62 0.30 0.12 0.99 0.40 0.16 0.19 0.24 0.58 1.22 0.70 1.08 0.80
C5' 0.32 0.38 0.41 0.44 0.50 0.42 0.76 0.75 0.87 0.70 0.65 0.31 0.33 0.86 0.49 0.38 0.40 0.42 1.10 1.10 1.46 1.81 1.46
C6 0.15 0.32 0.13 0.13 0.46 0.16 0.80 0.26 0.90 0.64 0.67 0.15 0.17 0.86 0.38 0.16 0.20 0.21 0.58 1.04 0.69 1.08 0.78
C8 0.20 0.24 0.13 0.13 0.33 0.20 0.78 0.31 0.87 0.78 0.39 0.70 0.27 1.05 0.38 0.15 0.17 0.28 0.53 1.25 0.65 0.99 0.74
N1 0.14 0.72 0.17 0.16 0.63 0.15 0.89 0.34 1.08 0.61 1.00 0.56 0.48 0.85 0.44 0.21 0.27 0.20 0.77 1.20 0.91 1.41 1.03
N3 0.16 0.74 0.16 0.16 0.67 0.16 1.06 0.43 1.34 0.75 1.19 0.52 0.45 1.06 0.49 0.20 0.28 0.25 0.86 1.60 1.08 1.63 1.20
N6 0.17 0.15 0.14 0.14 0.25 0.19 0.53 0.18 0.53 0.52 0.30 0.32 0.17 0.65 0.27 0.16 0.17 0.22 0.39 0.64 0.45 0.73 0.52
N7 0.20 0.32 0.13 0.13 0.26 0.20 0.70 0.27 0.73 0.74 0.25 0.81 0.34 0.98 0.34 0.15 0.16 0.27 0.45 1.03 0.55 0.84 0.63
N9 0.18 0.24 0.13 0.13 0.47 0.18 0.94 0.36 1.13 0.81 0.74 0.28 0.15 1.10 0.44 0.16 0.20 0.27 0.67 1.51 0.84 1.27 0.94
O2' 0.41 0.86 0.33 0.33 0.97 0.42 1.50 0.76 1.81 1.23 1.47 0.51 0.62 1.61 0.85 0.17 0.26 0.54 1.15 2.29 1.38 1.92 1.53
O3' 0.22 0.32 0.19 0.19 0.45 0.27 0.89 0.46 1.13 0.73 0.80 0.24 0.20 1.04 0.39 0.25 0.25 0.33 0.78 1.55 1.07 1.53 1.15
O4' 0.20 0.24 0.17 0.18 0.43 0.20 0.82 0.45 0.97 0.73 0.64 0.31 0.19 0.98 0.42 0.16 0.22 0.29 0.78 1.31 1.02 1.43 1.09
O5' 0.64 0.63 0.50 0.49 0.57 0.55 0.58 0.61 0.62 0.56 0.57 0.76 0.65 0.61 0.57 0.49 0.49 0.64 0.84 0.74 1.19 1.50 1.18
OP1 0.60 0.66 0.42 0.43 0.60 0.50 0.60 0.67 0.62 0.57 0.63 0.73 0.64 0.59 0.59 0.40 0.41 0.62 0.92 0.65 1.39 1.62 1.32
OP2 1.16 1.26 1.04 1.07 1.23 1.11 1.26 1.25 1.28 1.23 1.28 1.27 1.22 1.26 1.21 0.97 0.99 1.18 1.45 1.29 1.79 2.01 1.76
P 0.74 0.80 0.62 0.63 0.76 0.67 0.76 0.81 0.78 0.74 0.78 0.88 0.79 0.76 0.74 0.59 0.60 0.75 1.04 0.80 1.44 1.68 1.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.18 0.01 0.13 0.02 0.14 0.15 0.13
C2 0.04 0.00 0.21 0.23 0.01 0.32 0.01 0.63 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.25 0.23 0.85 0.02 1.06 1.28 1.10
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.10 0.01 0.06 0.12 0.10 0.10 0.16 0.25 0.20 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.27 0.09 0.27 0.35 0.29
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.09 0.00 0.17 0.02 0.14 0.35 0.15 0.34 0.23 0.32 0.14 0.02 0.01 0.01 0.08 0.18 0.12 0.11 0.08
C4 0.02 0.01 0.10 0.09 0.00 0.11 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.14 0.12 0.33 0.01 0.38 0.46 0.41
C4' 0.01 0.32 0.01 0.00 0.11 0.00 0.06 0.01 0.08 0.28 0.21 0.43 0.31 0.22 0.07 0.17 0.02 0.00 0.01 0.07 0.09 0.06 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.17 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.12 0.04 0.18 0.01 0.19 0.23 0.19
C5' 0.05 0.63 0.12 0.02 0.25 0.01 0.12 0.00 0.20 0.42 0.45 0.85 0.60 0.34 0.09 0.05 0.12 0.02 0.01 0.16 0.13 0.09 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.14 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.15 0.09 0.26 0.01 0.32 0.39 0.34
C8 0.02 0.01 0.10 0.35 0.01 0.28 0.01 0.42 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.16 0.13 0.15 0.60 0.03 0.62 0.68 0.63
N1 0.03 0.01 0.16 0.15 0.01 0.21 0.01 0.45 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.20 0.17 0.58 0.01 0.75 0.91 0.78
N2 0.05 0.01 0.25 0.34 0.01 0.43 0.01 0.85 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.31 0.28 1.13 0.02 1.49 1.80 1.52
N3 0.04 0.01 0.20 0.23 0.00 0.31 0.01 0.60 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.24 0.23 0.80 0.01 0.92 1.09 0.97
N7 0.01 0.01 0.07 0.32 0.01 0.22 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.14 0.09 0.51 0.03 0.55 0.64 0.56
N9 0.01 0.02 0.03 0.14 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.08 0.01 0.17 0.02 0.16 0.17 0.15
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.16 0.17 0.20 0.05 0.23 0.16 0.21 0.18 0.15 0.20 0.12 0.00 0.05 0.13 0.20 0.25 0.22 0.39 0.25
O3' 0.18 0.25 0.02 0.01 0.14 0.02 0.12 0.12 0.15 0.13 0.20 0.31 0.24 0.14 0.08 0.05 0.00 0.12 0.16 0.16 0.25 0.21 0.19
O4' 0.01 0.23 0.01 0.01 0.12 0.00 0.04 0.02 0.09 0.15 0.17 0.28 0.23 0.09 0.01 0.13 0.12 0.00 0.12 0.06 0.14 0.11 0.12
O5' 0.13 0.85 0.27 0.08 0.33 0.01 0.18 0.01 0.26 0.60 0.58 1.13 0.80 0.51 0.17 0.20 0.16 0.12 0.00 0.21 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.09 0.18 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.25 0.16 0.06 0.21 0.00 0.23 0.28 0.23
OP1 0.14 1.06 0.27 0.12 0.38 0.09 0.19 0.13 0.32 0.62 0.75 1.49 0.92 0.55 0.16 0.22 0.25 0.14 0.03 0.23 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 1.28 0.35 0.11 0.46 0.06 0.23 0.09 0.39 0.68 0.91 1.80 1.09 0.64 0.17 0.39 0.21 0.11 0.02 0.28 0.01 0.00 0.01
P 0.13 1.10 0.29 0.08 0.41 0.03 0.19 0.02 0.34 0.63 0.78 1.52 0.97 0.56 0.15 0.25 0.19 0.12 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00