ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48250

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 3, 3, 7, 13, 14, 2, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.015, 0.028, 0.041, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.019, 0.035, 0.050, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.019, 0.035, 0.051, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.035 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.020, 0.035, 0.051, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.035 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.025, 0.046, 0.066, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.046 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.027, 0.051, 0.074, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.051 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.037, 0.067, 0.098, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.067 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.042, 0.075, 0.108, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.075 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.052, 0.091, 0.131, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.091 std_dev=0.040
C2' B 0, 0.317, 0.498, 0.679, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.498 std_dev=0.181
O2' B 0, 0.305, 0.565, 0.826, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.565 std_dev=0.261
C3' B 0, 0.329, 0.645, 0.962, 1.758 max_d=1.758 avg_d=0.645 std_dev=0.316
O4' A 0, 0.110, 0.443, 0.776, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.443 std_dev=0.333
C2' A 0, 0.175, 0.538, 0.901, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.538 std_dev=0.363
O2' A 0, 0.255, 0.701, 1.148, 2.137 max_d=2.137 avg_d=0.701 std_dev=0.446
C1' B 0, 0.086, 0.540, 0.994, 2.863 max_d=2.863 avg_d=0.540 std_dev=0.454
C4' A 0, 0.196, 0.677, 1.158, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.677 std_dev=0.481
C3' A 0, 0.247, 0.791, 1.335, 2.076 max_d=2.076 avg_d=0.791 std_dev=0.544
O3' B 0, 0.325, 0.885, 1.446, 3.419 max_d=3.419 avg_d=0.885 std_dev=0.560
C4' B 0, 0.164, 0.748, 1.333, 3.630 max_d=3.630 avg_d=0.748 std_dev=0.585
O5' B 0, 0.386, 1.077, 1.768, 3.891 max_d=3.891 avg_d=1.077 std_dev=0.691
O4' B 0, 0.066, 0.780, 1.494, 4.665 max_d=4.665 avg_d=0.780 std_dev=0.714
N9 B 0, -0.005, 0.721, 1.447, 4.910 max_d=4.910 avg_d=0.721 std_dev=0.726
O3' A 0, 0.376, 1.139, 1.903, 2.931 max_d=2.931 avg_d=1.139 std_dev=0.763
N3 B 0, -0.074, 0.740, 1.553, 4.289 max_d=4.289 avg_d=0.740 std_dev=0.813
C5' B 0, 0.230, 1.054, 1.879, 4.739 max_d=4.739 avg_d=1.054 std_dev=0.825
C5' A 0, 0.400, 1.228, 2.056, 3.276 max_d=3.276 avg_d=1.228 std_dev=0.828
C4 B 0, -0.053, 0.792, 1.637, 5.601 max_d=5.601 avg_d=0.792 std_dev=0.845
OP2 B 0, 0.506, 1.367, 2.228, 3.660 max_d=3.660 avg_d=1.367 std_dev=0.861
P B 0, 0.339, 1.265, 2.191, 5.037 max_d=5.037 avg_d=1.265 std_dev=0.926
O5' A 0, 0.774, 1.723, 2.673, 4.871 max_d=4.871 avg_d=1.723 std_dev=0.949
C2 B 0, -0.103, 0.939, 1.981, 5.378 max_d=5.378 avg_d=0.939 std_dev=1.042
C8 B 0, -0.033, 1.014, 2.060, 6.997 max_d=6.997 avg_d=1.014 std_dev=1.047
P A 0, 0.886, 1.956, 3.025, 5.744 max_d=5.744 avg_d=1.956 std_dev=1.069
OP1 B 0, 0.219, 1.335, 2.452, 6.346 max_d=6.346 avg_d=1.335 std_dev=1.116
C5 B 0, -0.164, 1.044, 2.252, 8.110 max_d=8.110 avg_d=1.044 std_dev=1.208
N2 B 0, -0.236, 0.989, 2.214, 7.873 max_d=7.873 avg_d=0.989 std_dev=1.225
N1 B 0, -0.083, 1.171, 2.425, 7.784 max_d=7.784 avg_d=1.171 std_dev=1.254
N7 B 0, -0.130, 1.205, 2.541, 9.026 max_d=9.026 avg_d=1.205 std_dev=1.336
OP2 A 0, 0.956, 2.299, 3.642, 5.666 max_d=5.666 avg_d=2.299 std_dev=1.343
OP1 A 0, 0.815, 2.210, 3.605, 7.903 max_d=7.903 avg_d=2.210 std_dev=1.395
C6 B 0, -0.176, 1.238, 2.653, 9.421 max_d=9.421 avg_d=1.238 std_dev=1.415
O6 B 0, -0.249, 1.505, 3.259, 11.756 max_d=11.756 avg_d=1.505 std_dev=1.754

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.09 0.00 0.17 0.37 0.38 0.28
C2 0.03 0.00 0.25 0.29 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.23 0.35 0.08 0.37 0.59 0.69 0.47
C2' 0.00 0.25 0.00 0.01 0.13 0.01 0.06 0.07 0.11 0.13 0.19 0.25 0.08 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.29 0.38 0.33 0.28
C3' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.17 0.01 0.15 0.03 0.18 0.20 0.24 0.27 0.18 0.17 0.09 0.02 0.01 0.02 0.31 0.42 0.20 0.22
C4 0.02 0.01 0.13 0.17 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.17 0.04 0.36 0.55 0.67 0.45
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.05 0.11 0.03 0.00 0.02 0.18 0.30 0.09
C5 0.02 0.01 0.06 0.15 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.13 0.03 0.42 0.62 0.84 0.52
C5' 0.04 0.16 0.07 0.03 0.14 0.01 0.18 0.00 0.19 0.18 0.18 0.14 0.22 0.20 0.11 0.06 0.09 0.01 0.01 0.25 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.18 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.19 0.04 0.44 0.65 0.90 0.55
C8 0.02 0.01 0.13 0.20 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.12 0.20 0.05 0.42 0.57 0.76 0.48
N1 0.03 0.01 0.19 0.24 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.20 0.29 0.07 0.42 0.64 0.81 0.52
N3 0.03 0.01 0.25 0.27 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.33 0.08 0.33 0.54 0.60 0.43
N6 0.03 0.02 0.08 0.18 0.01 0.10 0.02 0.22 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.15 0.17 0.05 0.47 0.69 1.01 0.59
N7 0.02 0.02 0.09 0.17 0.01 0.10 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.13 0.17 0.03 0.45 0.64 0.93 0.55
N9 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.32 0.49 0.58 0.40
O2' 0.02 0.23 0.01 0.02 0.13 0.11 0.13 0.06 0.16 0.12 0.20 0.22 0.15 0.13 0.07 0.00 0.05 0.08 0.15 0.29 0.36 0.20
O3' 0.09 0.35 0.02 0.01 0.17 0.03 0.13 0.09 0.19 0.20 0.29 0.33 0.17 0.17 0.06 0.05 0.00 0.07 0.28 0.53 0.31 0.24
O4' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.07 0.08 0.05 0.03 0.01 0.08 0.07 0.00 0.12 0.31 0.38 0.25
O5' 0.17 0.37 0.29 0.31 0.36 0.02 0.42 0.01 0.44 0.42 0.42 0.33 0.47 0.45 0.32 0.15 0.28 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.37 0.59 0.38 0.42 0.55 0.18 0.62 0.25 0.65 0.57 0.64 0.54 0.69 0.64 0.49 0.29 0.53 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 0.69 0.33 0.20 0.67 0.30 0.84 0.32 0.90 0.76 0.81 0.60 1.01 0.93 0.58 0.36 0.31 0.38 0.02 0.02 0.00 0.02
P 0.28 0.47 0.28 0.22 0.45 0.09 0.52 0.02 0.55 0.48 0.52 0.43 0.59 0.55 0.40 0.20 0.24 0.25 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.26 0.77 0.19 0.20 0.40 0.24 0.50 0.24 0.62 0.58 0.74 1.07 0.60 0.64 0.33 0.20 0.30 0.31 0.26 0.72 0.40 0.28 0.27
C2 0.30 0.68 0.18 0.19 0.52 0.28 0.75 0.29 0.86 0.71 0.78 0.82 0.54 0.84 0.45 0.21 0.28 0.35 0.25 1.01 0.35 0.27 0.26
C2' 0.28 0.76 0.20 0.20 0.39 0.27 0.47 0.29 0.57 0.57 0.69 1.06 0.60 0.62 0.33 0.19 0.29 0.35 0.31 0.66 0.41 0.35 0.34
C3' 0.29 0.76 0.23 0.19 0.34 0.29 0.39 0.31 0.48 0.55 0.65 1.09 0.60 0.58 0.31 0.21 0.21 0.36 0.37 0.56 0.39 0.42 0.38
C4 0.26 0.72 0.18 0.19 0.42 0.23 0.55 0.24 0.66 0.59 0.71 0.96 0.57 0.66 0.36 0.20 0.28 0.31 0.24 0.74 0.36 0.27 0.25
C4' 0.24 0.76 0.17 0.17 0.34 0.23 0.41 0.24 0.51 0.57 0.67 1.09 0.58 0.60 0.31 0.18 0.28 0.31 0.28 0.59 0.43 0.31 0.30
C5 0.25 0.67 0.18 0.19 0.36 0.22 0.43 0.22 0.49 0.54 0.59 0.91 0.55 0.56 0.31 0.20 0.29 0.28 0.25 0.54 0.35 0.27 0.25
C5' 0.31 0.73 0.23 0.23 0.36 0.30 0.42 0.32 0.46 0.62 0.63 1.07 0.56 0.64 0.37 0.22 0.33 0.38 0.33 0.51 0.49 0.35 0.35
C6 0.26 0.59 0.18 0.19 0.39 0.24 0.49 0.24 0.53 0.56 0.55 0.77 0.50 0.59 0.35 0.20 0.27 0.29 0.24 0.58 0.33 0.27 0.24
C8 0.24 0.74 0.20 0.21 0.31 0.22 0.32 0.22 0.39 0.51 0.60 1.06 0.58 0.51 0.27 0.20 0.34 0.28 0.27 0.41 0.41 0.30 0.28
N1 0.29 0.60 0.18 0.19 0.48 0.28 0.68 0.29 0.74 0.67 0.67 0.73 0.49 0.77 0.44 0.21 0.28 0.34 0.25 0.83 0.34 0.27 0.26
N3 0.28 0.73 0.17 0.19 0.50 0.26 0.69 0.27 0.83 0.67 0.81 0.92 0.57 0.79 0.42 0.20 0.27 0.33 0.24 0.97 0.36 0.26 0.25
N6 0.24 0.50 0.19 0.19 0.29 0.23 0.34 0.22 0.35 0.47 0.41 0.66 0.45 0.45 0.28 0.21 0.27 0.27 0.25 0.37 0.31 0.27 0.23
N7 0.23 0.70 0.20 0.21 0.29 0.22 0.28 0.21 0.33 0.49 0.54 1.01 0.57 0.48 0.25 0.20 0.34 0.27 0.27 0.33 0.39 0.29 0.27
N9 0.25 0.75 0.19 0.20 0.38 0.23 0.46 0.23 0.56 0.56 0.68 1.04 0.59 0.60 0.32 0.20 0.30 0.30 0.25 0.63 0.39 0.28 0.26
O2' 0.34 0.79 0.24 0.27 0.48 0.31 0.60 0.33 0.70 0.67 0.77 1.07 0.63 0.74 0.43 0.25 0.38 0.39 0.32 0.81 0.47 0.36 0.36
O3' 0.33 0.79 0.21 0.20 0.41 0.33 0.51 0.36 0.61 0.62 0.73 1.10 0.62 0.67 0.38 0.19 0.23 0.41 0.40 0.73 0.46 0.46 0.44
O4' 0.25 0.78 0.19 0.22 0.38 0.24 0.46 0.24 0.58 0.57 0.73 1.10 0.60 0.61 0.32 0.22 0.34 0.31 0.25 0.66 0.45 0.28 0.28
O5' 0.62 0.98 0.56 0.55 0.66 0.62 0.62 0.61 0.65 0.71 0.85 1.29 0.85 0.71 0.62 0.57 0.61 0.66 0.67 0.63 0.73 0.66 0.68
OP1 0.85 1.10 0.81 0.84 0.89 0.86 0.91 0.87 0.93 0.98 1.03 1.33 0.99 1.00 0.88 0.79 0.90 0.88 0.90 0.93 1.01 0.90 0.93
OP2 1.26 1.54 1.23 1.25 1.37 1.25 1.42 1.27 1.45 1.43 1.53 1.70 1.41 1.48 1.33 1.19 1.28 1.27 1.29 1.46 1.34 1.35 1.33
P 0.76 1.07 0.73 0.75 0.82 0.77 0.83 0.76 0.86 0.90 0.99 1.32 0.94 0.92 0.79 0.73 0.83 0.78 0.78 0.86 0.88 0.79 0.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.10 0.01 0.20 0.03 0.20 0.29 0.17
C2 0.05 0.00 0.22 0.34 0.01 0.33 0.01 0.54 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.36 0.22 0.46 0.02 0.48 0.63 0.48
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.12 0.02 0.08 0.06 0.12 0.11 0.18 0.26 0.21 0.08 0.03 0.00 0.03 0.01 0.17 0.12 0.25 0.16 0.12
C3' 0.02 0.34 0.00 0.00 0.19 0.01 0.19 0.02 0.22 0.25 0.28 0.42 0.32 0.23 0.12 0.02 0.01 0.02 0.21 0.23 0.31 0.15 0.17
C4 0.02 0.01 0.12 0.19 0.00 0.15 0.01 0.25 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.18 0.12 0.35 0.02 0.22 0.47 0.31
C4' 0.01 0.33 0.02 0.01 0.15 0.00 0.09 0.01 0.14 0.20 0.24 0.42 0.31 0.15 0.05 0.12 0.03 0.00 0.02 0.13 0.21 0.21 0.08
C5 0.02 0.01 0.08 0.19 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.19 0.06 0.49 0.02 0.35 0.69 0.49
C5' 0.03 0.54 0.06 0.02 0.25 0.01 0.17 0.00 0.26 0.26 0.42 0.69 0.49 0.21 0.08 0.08 0.08 0.02 0.01 0.23 0.17 0.25 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.22 0.01 0.14 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.13 0.23 0.10 0.47 0.01 0.32 0.70 0.48
C8 0.02 0.01 0.11 0.25 0.01 0.20 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.24 0.13 0.70 0.03 0.61 0.87 0.71
N1 0.04 0.01 0.18 0.28 0.02 0.24 0.01 0.42 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.30 0.17 0.43 0.02 0.35 0.63 0.43
N2 0.06 0.00 0.26 0.42 0.01 0.42 0.01 0.69 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.28 0.47 0.27 0.61 0.03 0.73 0.84 0.69
N3 0.05 0.01 0.21 0.32 0.01 0.31 0.01 0.49 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.20 0.33 0.22 0.39 0.02 0.41 0.51 0.39
N7 0.02 0.01 0.08 0.23 0.01 0.15 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.24 0.07 0.70 0.03 0.62 0.96 0.75
N9 0.01 0.02 0.03 0.12 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.10 0.01 0.40 0.03 0.28 0.49 0.36
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.10 0.12 0.11 0.08 0.13 0.17 0.17 0.28 0.20 0.16 0.07 0.00 0.06 0.09 0.07 0.14 0.19 0.16 0.07
O3' 0.10 0.36 0.03 0.01 0.18 0.03 0.19 0.08 0.23 0.24 0.30 0.47 0.33 0.24 0.10 0.06 0.00 0.07 0.21 0.25 0.41 0.27 0.26
O4' 0.01 0.22 0.01 0.02 0.12 0.00 0.06 0.02 0.10 0.13 0.17 0.27 0.22 0.07 0.01 0.09 0.07 0.00 0.18 0.08 0.20 0.32 0.19
O5' 0.20 0.46 0.17 0.21 0.35 0.02 0.49 0.01 0.47 0.70 0.43 0.61 0.39 0.70 0.40 0.07 0.21 0.18 0.00 0.55 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.12 0.23 0.02 0.13 0.02 0.23 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.14 0.25 0.08 0.55 0.00 0.42 0.83 0.58
OP1 0.20 0.48 0.25 0.31 0.22 0.21 0.35 0.17 0.32 0.61 0.35 0.73 0.41 0.62 0.28 0.19 0.41 0.20 0.02 0.42 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.63 0.16 0.15 0.47 0.21 0.69 0.25 0.70 0.87 0.63 0.84 0.51 0.96 0.49 0.16 0.27 0.32 0.02 0.83 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.48 0.12 0.17 0.31 0.08 0.49 0.02 0.48 0.71 0.43 0.69 0.39 0.75 0.36 0.07 0.26 0.19 0.01 0.58 0.01 0.01 0.00