ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48253

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 6, 3, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.009, 0.033, 0.058, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.033 std_dev=0.025
O3' A 0, 0.137, 0.266, 0.395, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.266 std_dev=0.129
C4 B 0, 0.234, 0.393, 0.553, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.393 std_dev=0.160
O4' B 0, 0.154, 0.314, 0.474, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.314 std_dev=0.160
N9 B 0, 0.206, 0.371, 0.536, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.371 std_dev=0.165
C1' B 0, 0.170, 0.337, 0.505, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.337 std_dev=0.168
N3 B 0, 0.239, 0.411, 0.584, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.411 std_dev=0.173
C5 B 0, 0.288, 0.469, 0.651, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.469 std_dev=0.181
O4' A 0, 0.033, 0.218, 0.403, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.218 std_dev=0.185
C3' A 0, 0.079, 0.274, 0.470, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.274 std_dev=0.196
C8 B 0, 0.266, 0.463, 0.660, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.463 std_dev=0.197
O2' B 0, 0.323, 0.521, 0.719, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.521 std_dev=0.198
C6 B 0, 0.335, 0.536, 0.737, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.536 std_dev=0.201
C2' A 0, 0.074, 0.275, 0.477, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.275 std_dev=0.202
N7 B 0, 0.302, 0.516, 0.731, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.516 std_dev=0.214
O6 B 0, 0.417, 0.636, 0.855, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.636 std_dev=0.219
C2' B 0, 0.215, 0.444, 0.673, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.444 std_dev=0.229
C4' A 0, 0.008, 0.245, 0.481, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.245 std_dev=0.236
C2 B 0, 0.226, 0.464, 0.701, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.464 std_dev=0.238
O3' B 0, 0.326, 0.565, 0.803, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.565 std_dev=0.238
N1 B 0, 0.262, 0.509, 0.757, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.509 std_dev=0.248
C3' B 0, 0.260, 0.524, 0.787, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.524 std_dev=0.263
C4' B 0, 0.215, 0.505, 0.795, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.505 std_dev=0.290
N2 B 0, 0.224, 0.531, 0.837, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.531 std_dev=0.307
O2' A 0, 0.113, 0.428, 0.743, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.428 std_dev=0.315
C5' B 0, 0.245, 0.693, 1.141, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.693 std_dev=0.448
C5' A 0, 0.078, 0.532, 0.987, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.532 std_dev=0.454
O5' A 0, 0.247, 0.830, 1.412, 1.929 max_d=1.929 avg_d=0.830 std_dev=0.582
P A 0, 0.313, 1.072, 1.831, 2.530 max_d=2.530 avg_d=1.072 std_dev=0.759
OP1 A 0, 0.214, 1.006, 1.797, 2.406 max_d=2.406 avg_d=1.006 std_dev=0.791
O5' B 0, 0.088, 1.156, 2.223, 3.302 max_d=3.302 avg_d=1.156 std_dev=1.067
OP2 A 0, 0.762, 1.851, 2.941, 3.345 max_d=3.345 avg_d=1.851 std_dev=1.090
P B 0, 0.077, 1.626, 3.175, 4.665 max_d=4.665 avg_d=1.626 std_dev=1.549
OP2 B 0, 0.074, 2.141, 4.207, 6.395 max_d=6.395 avg_d=2.141 std_dev=2.067
OP1 B 0, -0.027, 2.110, 4.247, 6.561 max_d=6.561 avg_d=2.110 std_dev=2.137

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.11 0.09 0.17 0.12
C2 0.01 0.00 0.13 0.08 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.15 0.13 0.28 0.38 0.34 0.21
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.03 0.07 0.09 0.10 0.12 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.09 0.24 0.17
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.06 0.06 0.07 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.16 0.42 0.13
C4 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.08 0.07 0.27 0.34 0.33 0.20
C4' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.29 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.06 0.04 0.32 0.45 0.43 0.24
C5' 0.02 0.13 0.03 0.02 0.10 0.00 0.12 0.00 0.13 0.08 0.14 0.11 0.14 0.10 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.15 0.29 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.08 0.07 0.33 0.50 0.47 0.26
C8 0.00 0.00 0.09 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.04 0.07 0.27 0.36 0.39 0.23
N1 0.01 0.00 0.10 0.06 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.12 0.11 0.32 0.46 0.42 0.24
N3 0.01 0.00 0.12 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.25 0.13 0.12 0.24 0.30 0.28 0.18
N6 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.07 0.05 0.35 0.57 0.53 0.27
N7 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.32 0.48 0.48 0.26
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.23 0.26 0.27 0.18
O2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.13 0.01 0.08 0.03 0.14 0.11 0.22 0.25 0.12 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.13 0.28 0.21
O3' 0.03 0.15 0.02 0.00 0.08 0.01 0.06 0.02 0.08 0.04 0.12 0.13 0.07 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.11 0.19 0.45 0.12
O4' 0.00 0.13 0.01 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.07 0.11 0.12 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.10 0.17 0.06
O5' 0.11 0.28 0.05 0.11 0.27 0.01 0.32 0.01 0.33 0.27 0.32 0.24 0.35 0.32 0.23 0.07 0.11 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.38 0.09 0.16 0.34 0.12 0.45 0.15 0.50 0.36 0.46 0.30 0.57 0.48 0.26 0.13 0.19 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.34 0.24 0.42 0.33 0.29 0.43 0.29 0.47 0.39 0.42 0.28 0.53 0.48 0.27 0.28 0.45 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.21 0.17 0.13 0.20 0.03 0.24 0.01 0.26 0.23 0.24 0.18 0.27 0.26 0.18 0.21 0.12 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.09 0.12 0.13 0.11 0.17 0.13 0.19 0.14 0.13 0.12 0.08 0.09 0.14 0.11 0.21 0.17 0.09 0.55 0.16 0.97 0.53 0.68
C2 0.14 0.05 0.16 0.19 0.08 0.21 0.09 0.27 0.09 0.13 0.06 0.10 0.06 0.13 0.11 0.23 0.22 0.11 0.75 0.11 1.12 0.89 0.89
C2' 0.11 0.15 0.12 0.13 0.13 0.19 0.16 0.20 0.19 0.14 0.18 0.18 0.13 0.16 0.12 0.18 0.17 0.11 0.50 0.21 1.00 0.46 0.65
C3' 0.09 0.13 0.11 0.12 0.12 0.18 0.14 0.20 0.17 0.12 0.16 0.13 0.11 0.15 0.11 0.17 0.16 0.10 0.52 0.19 0.99 0.49 0.66
C4 0.11 0.06 0.13 0.14 0.09 0.18 0.11 0.21 0.11 0.12 0.08 0.07 0.07 0.13 0.11 0.21 0.17 0.09 0.58 0.13 0.93 0.57 0.69
C4' 0.08 0.09 0.10 0.12 0.09 0.18 0.11 0.21 0.13 0.09 0.12 0.08 0.08 0.11 0.08 0.18 0.14 0.11 0.54 0.15 0.87 0.50 0.63
C5 0.11 0.05 0.12 0.11 0.09 0.16 0.10 0.18 0.09 0.12 0.07 0.07 0.07 0.11 0.10 0.20 0.13 0.09 0.48 0.10 0.77 0.42 0.56
C5' 0.13 0.07 0.15 0.22 0.06 0.28 0.06 0.29 0.10 0.07 0.11 0.08 0.06 0.06 0.08 0.16 0.26 0.20 0.54 0.14 0.80 0.45 0.60
C6 0.12 0.06 0.13 0.12 0.08 0.17 0.09 0.20 0.08 0.12 0.07 0.10 0.07 0.11 0.11 0.20 0.13 0.10 0.53 0.09 0.78 0.50 0.61
C8 0.10 0.10 0.12 0.10 0.11 0.14 0.12 0.15 0.13 0.11 0.12 0.08 0.10 0.12 0.11 0.21 0.14 0.09 0.39 0.14 0.71 0.33 0.48
N1 0.14 0.07 0.15 0.17 0.08 0.20 0.09 0.26 0.08 0.13 0.06 0.11 0.07 0.12 0.12 0.22 0.19 0.11 0.70 0.10 0.98 0.78 0.80
N3 0.13 0.05 0.15 0.17 0.08 0.20 0.10 0.25 0.10 0.13 0.08 0.09 0.06 0.13 0.11 0.23 0.21 0.10 0.70 0.13 1.10 0.79 0.84
N6 0.11 0.10 0.12 0.08 0.10 0.14 0.10 0.17 0.10 0.12 0.10 0.12 0.09 0.12 0.11 0.19 0.08 0.10 0.41 0.11 0.56 0.33 0.45
N7 0.10 0.08 0.12 0.09 0.10 0.14 0.11 0.14 0.11 0.11 0.10 0.07 0.09 0.11 0.10 0.20 0.12 0.09 0.35 0.12 0.62 0.30 0.42
N9 0.10 0.08 0.12 0.12 0.10 0.16 0.12 0.18 0.13 0.12 0.11 0.07 0.08 0.13 0.11 0.21 0.16 0.09 0.51 0.15 0.88 0.46 0.62
O2' 0.14 0.24 0.15 0.18 0.18 0.22 0.22 0.23 0.28 0.19 0.29 0.30 0.18 0.22 0.16 0.20 0.22 0.14 0.49 0.32 1.12 0.48 0.69
O3' 0.13 0.13 0.15 0.17 0.13 0.19 0.16 0.21 0.19 0.16 0.18 0.14 0.11 0.18 0.13 0.22 0.21 0.11 0.55 0.23 1.08 0.57 0.72
O4' 0.09 0.12 0.12 0.11 0.12 0.17 0.13 0.21 0.15 0.12 0.15 0.11 0.10 0.13 0.11 0.22 0.13 0.09 0.55 0.17 0.85 0.52 0.64
O5' 0.35 0.19 0.37 0.46 0.24 0.48 0.20 0.46 0.17 0.26 0.17 0.17 0.24 0.22 0.28 0.37 0.52 0.40 0.66 0.18 0.93 0.53 0.72
OP1 0.67 0.36 0.69 0.80 0.50 0.80 0.45 0.76 0.36 0.57 0.32 0.30 0.47 0.50 0.58 0.67 0.88 0.71 0.81 0.33 0.96 0.54 0.81
OP2 0.63 0.69 0.71 0.62 0.67 0.52 0.69 0.51 0.71 0.66 0.72 0.70 0.67 0.68 0.65 0.82 0.61 0.53 0.51 0.73 0.66 0.75 0.54
P 0.27 0.18 0.27 0.36 0.19 0.40 0.19 0.38 0.21 0.22 0.21 0.17 0.18 0.20 0.22 0.26 0.42 0.34 0.47 0.25 0.73 0.29 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.29 0.01 0.35 0.52 0.28
C2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.00 0.11 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.10 0.12 0.16 0.01 0.44 0.54 0.26
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.07 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.51 0.04 0.88 0.75 0.59
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.32 0.02 0.92 0.36 0.46
C4 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.06 0.27 0.01 0.20 0.72 0.28
C4' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.10 0.07 0.15 0.10 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.36 0.12 0.06
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.41 0.01 0.28 0.95 0.41
C5' 0.03 0.10 0.02 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.08 0.20 0.07 0.14 0.09 0.18 0.09 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.33 0.28 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.05 0.34 0.00 0.36 0.91 0.37
C8 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.03 0.07 0.69 0.01 0.50 1.14 0.65
N1 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.08 0.09 0.21 0.00 0.45 0.71 0.29
N2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.15 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.11 0.15 0.22 0.01 0.57 0.42 0.32
N3 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.10 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.09 0.12 0.14 0.01 0.30 0.50 0.21
N7 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.04 0.63 0.01 0.40 1.20 0.62
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.42 0.01 0.28 0.78 0.38
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.11 0.11 0.18 0.14 0.08 0.03 0.00 0.03 0.01 0.53 0.04 1.05 0.91 0.70
O3' 0.03 0.10 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.08 0.11 0.09 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.16 0.06 0.83 0.25 0.35
O4' 0.00 0.12 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.05 0.07 0.09 0.15 0.12 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.04 0.04 0.15 0.08
O5' 0.29 0.16 0.51 0.32 0.27 0.01 0.41 0.01 0.34 0.69 0.21 0.22 0.14 0.63 0.42 0.53 0.16 0.07 0.00 0.39 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.04 0.39 0.00 0.40 1.03 0.42
OP1 0.35 0.44 0.88 0.92 0.20 0.36 0.28 0.33 0.36 0.50 0.45 0.57 0.30 0.40 0.28 1.05 0.83 0.04 0.01 0.40 0.00 0.01 0.00
OP2 0.52 0.54 0.75 0.36 0.72 0.12 0.95 0.28 0.91 1.14 0.71 0.42 0.50 1.20 0.78 0.91 0.25 0.15 0.01 1.03 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.26 0.59 0.46 0.28 0.06 0.41 0.01 0.37 0.65 0.29 0.32 0.21 0.62 0.38 0.70 0.35 0.08 0.00 0.42 0.00 0.01 0.00