ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48254

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 0, 3, 2, 3, 2, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.010, 0.020, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.001, 0.013, 0.024, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.007, 0.032, 0.058, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.032 std_dev=0.025
C2' B 0, 0.494, 0.776, 1.059, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.776 std_dev=0.282
O2' B 0, 0.405, 0.697, 0.990, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.697 std_dev=0.293
O4' A 0, 0.085, 0.386, 0.687, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.386 std_dev=0.301
C2' A 0, 0.095, 0.399, 0.703, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.399 std_dev=0.304
N9 B 0, 0.708, 1.088, 1.467, 1.966 max_d=1.966 avg_d=1.088 std_dev=0.380
O2' A 0, 0.081, 0.493, 0.906, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.493 std_dev=0.412
C1' B 0, 0.707, 1.135, 1.563, 2.012 max_d=2.012 avg_d=1.135 std_dev=0.428
C4' A 0, 0.198, 0.672, 1.146, 1.831 max_d=1.831 avg_d=0.672 std_dev=0.474
C8 B 0, 0.746, 1.230, 1.714, 1.866 max_d=1.866 avg_d=1.230 std_dev=0.484
C3' A 0, 0.186, 0.679, 1.172, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.679 std_dev=0.493
C4 B 0, 0.518, 1.039, 1.560, 2.303 max_d=2.303 avg_d=1.039 std_dev=0.521
N7 B 0, 0.664, 1.233, 1.802, 2.206 max_d=2.206 avg_d=1.233 std_dev=0.569
C5 B 0, 0.546, 1.124, 1.701, 2.537 max_d=2.537 avg_d=1.124 std_dev=0.577
C3' B 0, 0.784, 1.368, 1.952, 2.293 max_d=2.293 avg_d=1.368 std_dev=0.584
N3 B 0, 0.586, 1.183, 1.779, 2.493 max_d=2.493 avg_d=1.183 std_dev=0.597
O3' A 0, 0.259, 0.958, 1.658, 2.409 max_d=2.409 avg_d=0.958 std_dev=0.700
C5' A 0, 0.420, 1.135, 1.849, 2.776 max_d=2.776 avg_d=1.135 std_dev=0.714
C2 B 0, 0.697, 1.417, 2.137, 2.988 max_d=2.988 avg_d=1.417 std_dev=0.720
O3' B 0, 1.012, 1.756, 2.500, 2.881 max_d=2.881 avg_d=1.756 std_dev=0.744
N2 B 0, 1.047, 1.793, 2.539, 3.255 max_d=3.255 avg_d=1.793 std_dev=0.746
O4' B 0, 0.932, 1.687, 2.441, 3.044 max_d=3.044 avg_d=1.687 std_dev=0.755
C6 B 0, 0.484, 1.266, 2.048, 3.141 max_d=3.141 avg_d=1.266 std_dev=0.782
C4' B 0, 0.819, 1.652, 2.485, 3.197 max_d=3.197 avg_d=1.652 std_dev=0.833
N1 B 0, 0.571, 1.420, 2.269, 3.342 max_d=3.342 avg_d=1.420 std_dev=0.849
O5' A 0, 0.409, 1.259, 2.108, 3.427 max_d=3.427 avg_d=1.259 std_dev=0.849
O6 B 0, 0.571, 1.444, 2.316, 3.522 max_d=3.522 avg_d=1.444 std_dev=0.873
P A 0, 0.766, 1.757, 2.749, 3.727 max_d=3.727 avg_d=1.757 std_dev=0.992
C5' B 0, 1.101, 2.334, 3.567, 4.281 max_d=4.281 avg_d=2.334 std_dev=1.233
OP2 A 0, 0.747, 1.988, 3.229, 5.257 max_d=5.257 avg_d=1.988 std_dev=1.241
O5' B 0, 1.513, 2.807, 4.101, 5.687 max_d=5.687 avg_d=2.807 std_dev=1.294
OP1 A 0, 0.608, 1.987, 3.365, 4.794 max_d=4.794 avg_d=1.987 std_dev=1.378
OP2 B 0, 1.770, 3.345, 4.920, 5.779 max_d=5.779 avg_d=3.345 std_dev=1.575
P B 0, 1.576, 3.285, 4.993, 6.755 max_d=6.755 avg_d=3.285 std_dev=1.708
OP1 B 0, 1.516, 3.709, 5.901, 9.185 max_d=9.185 avg_d=3.709 std_dev=2.193

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.15 0.16 0.31 0.20
C2 0.03 0.00 0.28 0.25 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.28 0.31 0.14 0.30 0.41 0.70 0.50
C2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.15 0.02 0.09 0.04 0.14 0.12 0.22 0.27 0.11 0.06 0.03 0.01 0.04 0.02 0.24 0.30 0.25 0.20
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.17 0.01 0.19 0.03 0.21 0.23 0.23 0.22 0.21 0.22 0.13 0.03 0.01 0.03 0.28 0.40 0.17 0.19
C4 0.01 0.01 0.15 0.17 0.00 0.05 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.17 0.15 0.08 0.32 0.36 0.66 0.45
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.15 0.07 0.07 0.09 0.14 0.07 0.17 0.02 0.00 0.03 0.18 0.27 0.05
C5 0.01 0.01 0.09 0.19 0.01 0.09 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.17 0.13 0.05 0.40 0.46 0.84 0.55
C5' 0.05 0.16 0.04 0.03 0.15 0.01 0.21 0.00 0.21 0.25 0.19 0.14 0.24 0.27 0.14 0.13 0.09 0.03 0.01 0.25 0.30 0.02
C6 0.01 0.01 0.14 0.21 0.01 0.08 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.20 0.17 0.08 0.41 0.50 0.90 0.60
C8 0.01 0.01 0.12 0.23 0.00 0.15 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.18 0.20 0.08 0.44 0.39 0.71 0.47
N1 0.03 0.01 0.22 0.23 0.02 0.07 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.24 0.25 0.12 0.36 0.48 0.83 0.57
N3 0.03 0.01 0.27 0.22 0.01 0.07 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.26 0.28 0.14 0.27 0.35 0.59 0.43
N6 0.02 0.02 0.11 0.21 0.02 0.09 0.02 0.24 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.21 0.17 0.06 0.44 0.56 1.01 0.65
N7 0.01 0.01 0.06 0.22 0.01 0.14 0.00 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.19 0.18 0.04 0.47 0.49 0.90 0.58
N9 0.01 0.02 0.03 0.13 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.06 0.01 0.30 0.28 0.54 0.36
O2' 0.02 0.28 0.01 0.03 0.17 0.17 0.17 0.13 0.20 0.18 0.24 0.26 0.21 0.19 0.10 0.00 0.09 0.13 0.16 0.26 0.22 0.15
O3' 0.11 0.31 0.04 0.01 0.15 0.02 0.13 0.09 0.17 0.20 0.25 0.28 0.17 0.18 0.06 0.09 0.00 0.06 0.27 0.53 0.22 0.23
O4' 0.01 0.14 0.02 0.03 0.08 0.00 0.05 0.03 0.08 0.08 0.12 0.14 0.06 0.04 0.01 0.13 0.06 0.00 0.09 0.15 0.29 0.17
O5' 0.15 0.30 0.24 0.28 0.32 0.03 0.40 0.01 0.41 0.44 0.36 0.27 0.44 0.47 0.30 0.16 0.27 0.09 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.16 0.41 0.30 0.40 0.36 0.18 0.46 0.25 0.50 0.39 0.48 0.35 0.56 0.49 0.28 0.26 0.53 0.15 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 0.70 0.25 0.17 0.66 0.27 0.84 0.30 0.90 0.71 0.83 0.59 1.01 0.90 0.54 0.22 0.22 0.29 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.50 0.20 0.19 0.45 0.05 0.55 0.02 0.60 0.47 0.57 0.43 0.65 0.58 0.36 0.15 0.23 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.42 0.26 0.28 0.27 0.30 0.42 0.26 0.47 0.24 0.33 0.25 0.28 0.30 0.28 0.35 0.28 0.43 0.60 0.57 0.25 0.69 0.53 0.63
C2 0.36 0.20 0.30 0.31 0.22 0.33 0.21 0.33 0.20 0.30 0.21 0.28 0.19 0.25 0.28 0.29 0.52 0.47 0.40 0.21 0.49 0.48 0.43
C2' 0.41 0.24 0.26 0.24 0.27 0.45 0.24 0.54 0.22 0.32 0.24 0.28 0.27 0.26 0.33 0.25 0.41 0.62 0.62 0.23 0.82 0.57 0.71
C3' 0.50 0.40 0.27 0.27 0.42 0.54 0.40 0.66 0.38 0.44 0.39 0.43 0.43 0.41 0.46 0.25 0.35 0.73 0.76 0.38 0.96 0.69 0.85
C4 0.40 0.21 0.29 0.28 0.27 0.38 0.24 0.41 0.21 0.32 0.21 0.25 0.25 0.27 0.33 0.28 0.45 0.55 0.51 0.21 0.58 0.50 0.53
C4' 0.46 0.39 0.26 0.24 0.39 0.45 0.37 0.54 0.36 0.39 0.38 0.41 0.40 0.37 0.41 0.25 0.36 0.66 0.66 0.37 0.81 0.58 0.73
C5 0.41 0.20 0.28 0.27 0.27 0.38 0.23 0.41 0.19 0.32 0.20 0.26 0.25 0.27 0.34 0.27 0.41 0.55 0.52 0.19 0.57 0.50 0.54
C5' 0.56 0.55 0.34 0.31 0.54 0.53 0.53 0.63 0.53 0.53 0.54 0.58 0.55 0.52 0.54 0.31 0.35 0.74 0.76 0.53 0.90 0.67 0.83
C6 0.38 0.20 0.29 0.28 0.23 0.34 0.21 0.35 0.18 0.31 0.19 0.30 0.19 0.25 0.31 0.26 0.43 0.48 0.44 0.18 0.47 0.48 0.45
C8 0.44 0.26 0.27 0.27 0.32 0.45 0.27 0.51 0.23 0.34 0.23 0.27 0.33 0.28 0.37 0.27 0.38 0.62 0.62 0.22 0.73 0.56 0.67
N1 0.35 0.21 0.30 0.31 0.21 0.32 0.20 0.32 0.19 0.29 0.20 0.30 0.18 0.25 0.28 0.28 0.51 0.44 0.39 0.19 0.46 0.48 0.41
N3 0.38 0.21 0.30 0.29 0.24 0.36 0.23 0.37 0.21 0.31 0.22 0.26 0.22 0.26 0.31 0.29 0.50 0.51 0.45 0.22 0.53 0.48 0.48
N6 0.39 0.24 0.27 0.27 0.22 0.32 0.20 0.34 0.17 0.31 0.21 0.36 0.20 0.25 0.31 0.24 0.38 0.46 0.44 0.17 0.44 0.47 0.42
N7 0.44 0.23 0.27 0.27 0.31 0.44 0.25 0.49 0.20 0.34 0.20 0.25 0.31 0.28 0.37 0.27 0.37 0.61 0.60 0.19 0.68 0.54 0.63
N9 0.42 0.24 0.28 0.27 0.30 0.41 0.26 0.46 0.23 0.33 0.23 0.26 0.29 0.28 0.35 0.28 0.42 0.59 0.57 0.23 0.66 0.53 0.61
O2' 0.45 0.32 0.38 0.36 0.33 0.48 0.31 0.54 0.30 0.37 0.31 0.35 0.33 0.32 0.38 0.39 0.54 0.62 0.60 0.30 0.79 0.57 0.68
O3' 0.48 0.43 0.26 0.27 0.42 0.55 0.41 0.70 0.41 0.44 0.42 0.47 0.43 0.42 0.45 0.24 0.38 0.74 0.79 0.43 1.04 0.74 0.92
O4' 0.42 0.32 0.30 0.29 0.33 0.41 0.31 0.46 0.31 0.34 0.32 0.33 0.34 0.31 0.37 0.30 0.44 0.59 0.57 0.32 0.67 0.53 0.62
O5' 0.62 0.64 0.48 0.47 0.62 0.60 0.60 0.70 0.59 0.60 0.60 0.67 0.64 0.59 0.61 0.48 0.49 0.76 0.79 0.57 0.82 0.79 0.84
OP1 0.82 0.93 0.65 0.65 0.90 0.80 0.92 0.92 0.94 0.89 0.95 0.94 0.90 0.92 0.87 0.60 0.58 0.96 1.03 0.96 1.09 1.02 1.10
OP2 1.27 1.43 1.15 1.16 1.37 1.26 1.37 1.36 1.38 1.32 1.42 1.48 1.39 1.34 1.32 1.09 1.12 1.36 1.44 1.36 1.52 1.48 1.54
P 0.88 0.97 0.74 0.73 0.93 0.85 0.92 0.94 0.92 0.90 0.95 1.01 0.95 0.91 0.91 0.71 0.70 0.99 1.04 0.91 1.08 1.02 1.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.20 0.02 0.27 0.53 0.25
C2 0.04 0.00 0.31 0.30 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.39 0.43 0.16 0.39 0.01 0.29 0.44 0.29
C2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.16 0.03 0.08 0.02 0.14 0.15 0.24 0.37 0.30 0.09 0.02 0.01 0.06 0.02 0.25 0.10 0.31 0.51 0.24
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.20 0.01 0.20 0.03 0.23 0.27 0.27 0.36 0.28 0.26 0.14 0.03 0.02 0.02 0.31 0.22 0.38 0.35 0.23
C4 0.02 0.01 0.16 0.20 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.22 0.27 0.09 0.43 0.02 0.29 0.46 0.28
C4' 0.01 0.08 0.03 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.10 0.15 0.09 0.09 0.07 0.16 0.08 0.12 0.04 0.00 0.02 0.11 0.19 0.39 0.12
C5 0.01 0.01 0.08 0.20 0.00 0.11 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.29 0.06 0.55 0.02 0.34 0.48 0.35
C5' 0.04 0.16 0.02 0.03 0.17 0.01 0.24 0.00 0.25 0.27 0.21 0.14 0.13 0.30 0.16 0.10 0.12 0.02 0.01 0.27 0.24 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.23 0.01 0.10 0.01 0.25 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.23 0.34 0.09 0.55 0.01 0.35 0.49 0.38
C8 0.02 0.02 0.15 0.27 0.01 0.15 0.01 0.27 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.32 0.08 0.61 0.04 0.42 0.50 0.38
N1 0.03 0.01 0.24 0.27 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.32 0.40 0.13 0.48 0.01 0.32 0.46 0.34
N2 0.05 0.01 0.37 0.36 0.02 0.09 0.01 0.14 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.47 0.51 0.18 0.34 0.03 0.31 0.44 0.30
N3 0.04 0.00 0.30 0.28 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.37 0.38 0.15 0.34 0.01 0.27 0.45 0.26
N7 0.02 0.01 0.09 0.26 0.01 0.16 0.00 0.30 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.33 0.04 0.65 0.04 0.43 0.51 0.43
N9 0.01 0.02 0.02 0.14 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.09 0.17 0.02 0.41 0.02 0.30 0.48 0.28
O2' 0.02 0.39 0.01 0.03 0.22 0.12 0.17 0.10 0.23 0.12 0.32 0.47 0.37 0.10 0.09 0.00 0.22 0.10 0.18 0.22 0.26 0.46 0.17
O3' 0.03 0.43 0.06 0.02 0.27 0.04 0.29 0.12 0.34 0.32 0.40 0.51 0.38 0.33 0.17 0.22 0.00 0.03 0.26 0.35 0.47 0.41 0.26
O4' 0.01 0.16 0.02 0.02 0.09 0.00 0.06 0.02 0.09 0.08 0.13 0.18 0.15 0.04 0.02 0.10 0.03 0.00 0.12 0.08 0.30 0.58 0.31
O5' 0.20 0.39 0.25 0.31 0.43 0.02 0.55 0.01 0.55 0.61 0.48 0.34 0.34 0.65 0.41 0.18 0.26 0.12 0.00 0.60 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.10 0.22 0.02 0.11 0.02 0.27 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.22 0.35 0.08 0.60 0.00 0.39 0.55 0.43
OP1 0.27 0.29 0.31 0.38 0.29 0.19 0.34 0.24 0.35 0.42 0.32 0.31 0.27 0.43 0.30 0.26 0.47 0.30 0.02 0.39 0.00 0.01 0.00
OP2 0.53 0.44 0.51 0.35 0.46 0.39 0.48 0.32 0.49 0.50 0.46 0.44 0.45 0.51 0.48 0.46 0.41 0.58 0.02 0.55 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.29 0.24 0.23 0.28 0.12 0.35 0.02 0.38 0.38 0.34 0.30 0.26 0.43 0.28 0.17 0.26 0.31 0.01 0.43 0.00 0.01 0.00