ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48257

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 3, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.005, 0.021, 0.038, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.005, 0.023, 0.040, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.023 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.037 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.007, 0.039, 0.071, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.039 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.006, 0.042, 0.079, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.042 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.031, 0.306, 0.580, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.306 std_dev=0.274
O4' A 0, 0.040, 0.316, 0.593, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.316 std_dev=0.277
O2' A 0, 0.016, 0.318, 0.619, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.318 std_dev=0.301
C4' A 0, 0.089, 0.493, 0.896, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.493 std_dev=0.403
C3' A 0, 0.067, 0.505, 0.944, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.505 std_dev=0.439
O2' B 0, 0.120, 0.561, 1.003, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.561 std_dev=0.441
C2' B 0, 0.073, 0.583, 1.093, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.583 std_dev=0.510
O3' A 0, 0.095, 0.695, 1.295, 2.008 max_d=2.008 avg_d=0.695 std_dev=0.600
O5' A 0, 0.262, 0.915, 1.569, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.915 std_dev=0.654
C5' A 0, 0.171, 0.888, 1.605, 2.351 max_d=2.351 avg_d=0.888 std_dev=0.717
C3' B 0, 0.165, 1.078, 1.991, 2.598 max_d=2.598 avg_d=1.078 std_dev=0.913
P A 0, 0.365, 1.929, 3.492, 3.859 max_d=3.859 avg_d=1.929 std_dev=1.563
C1' B 0, 0.112, 1.680, 3.247, 3.730 max_d=3.730 avg_d=1.680 std_dev=1.567
O3' B 0, 0.191, 1.830, 3.470, 4.245 max_d=4.245 avg_d=1.830 std_dev=1.639
C8 B 0, 0.366, 2.162, 3.957, 4.551 max_d=4.551 avg_d=2.162 std_dev=1.796
N9 B 0, 0.216, 2.116, 4.017, 4.610 max_d=4.610 avg_d=2.116 std_dev=1.901
C4' B 0, 0.035, 1.938, 3.840, 4.454 max_d=4.454 avg_d=1.938 std_dev=1.902
OP1 A 0, 0.415, 2.377, 4.340, 5.189 max_d=5.189 avg_d=2.377 std_dev=1.963
OP2 A 0, 0.439, 2.442, 4.445, 5.167 max_d=5.167 avg_d=2.442 std_dev=2.003
O4' B 0, 0.098, 2.179, 4.260, 4.747 max_d=4.747 avg_d=2.179 std_dev=2.081
N7 B 0, 0.438, 2.639, 4.840, 5.522 max_d=5.522 avg_d=2.639 std_dev=2.201
C4 B 0, 0.171, 2.827, 5.483, 6.198 max_d=6.198 avg_d=2.827 std_dev=2.656
O5' B 0, 0.191, 2.852, 5.513, 6.577 max_d=6.577 avg_d=2.852 std_dev=2.661
C5 B 0, 0.308, 3.169, 6.029, 6.804 max_d=6.804 avg_d=3.169 std_dev=2.860
C5' B 0, 0.031, 2.973, 5.916, 6.853 max_d=6.853 avg_d=2.973 std_dev=2.942
OP2 B 0, 0.385, 3.517, 6.649, 7.917 max_d=7.917 avg_d=3.517 std_dev=3.132
N3 B 0, 0.030, 3.251, 6.473, 7.240 max_d=7.240 avg_d=3.251 std_dev=3.222
P B 0, 0.134, 3.847, 7.560, 8.901 max_d=8.901 avg_d=3.847 std_dev=3.713
C6 B 0, 0.287, 4.102, 7.916, 8.851 max_d=8.851 avg_d=4.102 std_dev=3.815
C2 B 0, 0.002, 4.158, 8.314, 9.234 max_d=9.234 avg_d=4.158 std_dev=4.156
O6 B 0, 0.392, 4.553, 8.714, 9.729 max_d=9.729 avg_d=4.553 std_dev=4.161
N1 B 0, 0.122, 4.582, 9.041, 10.045 max_d=10.045 avg_d=4.582 std_dev=4.459
OP1 B 0, 0.101, 4.734, 9.368, 10.812 max_d=10.812 avg_d=4.734 std_dev=4.633
N2 B 0, -0.133, 4.773, 9.678, 10.686 max_d=10.686 avg_d=4.773 std_dev=4.906

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.19 0.36 0.49 0.21
C2 0.02 0.00 0.18 0.20 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.23 0.07 0.40 0.58 1.13 0.65
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.02 0.09 0.09 0.14 0.18 0.07 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.31 0.28 0.48 0.19
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.13 0.01 0.10 0.02 0.14 0.09 0.18 0.19 0.13 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.39 0.18 0.39 0.22
C4 0.01 0.01 0.09 0.13 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.13 0.04 0.42 0.60 1.08 0.66
C4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.42 0.07 0.15
C5 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.12 0.02 0.52 0.84 1.35 0.91
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.10 0.09 0.06 0.12 0.11 0.06 0.06 0.05 0.01 0.01 0.13 0.20 0.01
C6 0.01 0.00 0.09 0.14 0.00 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.16 0.03 0.53 0.88 1.44 0.95
C8 0.01 0.01 0.09 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.10 0.06 0.53 0.82 1.20 0.87
N1 0.01 0.00 0.14 0.18 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.21 0.05 0.48 0.74 1.33 0.83
N3 0.01 0.00 0.18 0.19 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.21 0.07 0.35 0.49 0.97 0.53
N6 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.16 0.03 0.57 1.04 1.60 1.10
N7 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.10 0.04 0.58 1.00 1.46 1.04
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.39 0.54 0.92 0.58
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.06 0.05 0.04 0.06 0.06 0.06 0.10 0.13 0.05 0.05 0.02 0.00 0.07 0.04 0.09 0.62 0.15 0.19
O3' 0.03 0.23 0.03 0.01 0.13 0.02 0.12 0.05 0.16 0.10 0.21 0.21 0.16 0.10 0.04 0.07 0.00 0.02 0.28 0.48 0.15 0.06
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.05 0.07 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.39 0.21 0.09
O5' 0.19 0.40 0.31 0.39 0.42 0.01 0.52 0.01 0.53 0.53 0.48 0.35 0.57 0.58 0.39 0.09 0.28 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.36 0.58 0.28 0.18 0.60 0.42 0.84 0.13 0.88 0.82 0.74 0.49 1.04 1.00 0.54 0.62 0.48 0.39 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.49 1.13 0.48 0.39 1.08 0.07 1.35 0.20 1.44 1.20 1.33 0.97 1.60 1.46 0.92 0.15 0.15 0.21 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.65 0.19 0.22 0.66 0.15 0.91 0.01 0.95 0.87 0.83 0.53 1.10 1.04 0.58 0.19 0.06 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.41 2.43 0.12 0.83 1.43 1.16 1.44 1.81 1.94 0.56 2.39 2.95 1.94 0.92 0.78 0.19 1.32 0.47 1.56 1.97 2.67 1.62 1.97
C2 0.58 2.61 0.22 0.92 1.66 1.29 1.56 1.98 1.98 0.62 2.44 3.04 2.25 0.97 0.96 0.30 1.46 0.42 1.64 1.92 2.61 1.59 1.97
C2' 0.41 2.73 0.23 0.77 1.57 1.27 1.61 1.99 2.19 0.60 2.71 3.34 2.13 1.01 0.83 0.27 1.18 0.62 1.69 2.26 2.89 1.75 2.17
C3' 0.36 2.54 0.23 0.67 1.44 1.16 1.49 1.83 2.05 0.55 2.54 3.13 1.97 0.94 0.75 0.28 1.02 0.59 1.55 2.12 2.66 1.61 2.01
C4 0.37 2.16 0.11 0.81 1.28 1.14 1.24 1.71 1.64 0.47 2.05 2.61 1.78 0.77 0.70 0.20 1.26 0.47 1.44 1.63 2.33 1.43 1.75
C4' 0.36 2.35 0.13 0.75 1.35 1.10 1.39 1.72 1.90 0.53 2.35 2.88 1.83 0.89 0.72 0.19 1.19 0.49 1.49 1.97 2.59 1.57 1.91
C5 0.23 1.57 0.07 0.70 0.90 0.99 0.85 1.40 1.15 0.31 1.46 1.92 1.30 0.50 0.46 0.17 1.06 0.47 1.18 1.13 1.81 1.15 1.39
C5' 0.29 2.03 0.13 0.68 1.16 1.00 1.20 1.54 1.65 0.45 2.04 2.50 1.58 0.76 0.61 0.19 1.08 0.47 1.33 1.71 2.30 1.40 1.70
C6 0.23 1.40 0.07 0.69 0.82 0.97 0.74 1.31 0.98 0.26 1.27 1.69 1.21 0.41 0.42 0.17 1.04 0.45 1.09 0.94 1.59 1.03 1.25
C8 0.21 1.57 0.07 0.67 0.87 0.96 0.87 1.39 1.19 0.32 1.51 1.94 1.25 0.52 0.44 0.16 1.02 0.49 1.19 1.20 1.90 1.20 1.45
N1 0.45 1.98 0.16 0.84 1.26 1.18 1.13 1.66 1.44 0.42 1.80 2.31 1.77 0.67 0.72 0.27 1.30 0.42 1.36 1.37 2.01 1.27 1.56
N3 0.53 2.66 0.19 0.90 1.63 1.27 1.58 1.97 2.06 0.63 2.54 3.16 2.22 1.00 0.92 0.26 1.44 0.45 1.66 2.04 2.74 1.66 2.04
N6 0.15 0.66 0.15 0.53 0.34 0.70 0.28 0.86 0.40 0.17 0.58 0.84 0.56 0.15 0.15 0.17 0.72 0.42 0.74 0.37 0.97 0.70 0.81
N7 0.16 1.21 0.10 0.61 0.65 0.87 0.63 1.21 0.88 0.24 1.14 1.52 0.97 0.36 0.31 0.16 0.89 0.48 1.03 0.88 1.57 1.01 1.22
N9 0.33 2.09 0.09 0.77 1.21 1.10 1.20 1.65 1.61 0.46 2.02 2.54 1.68 0.75 0.65 0.18 1.21 0.48 1.41 1.63 2.33 1.43 1.74
O2' 0.47 3.00 0.23 0.90 1.72 1.38 1.79 2.18 2.45 0.68 3.01 3.65 2.33 1.14 0.92 0.26 1.37 0.65 1.89 2.53 3.28 2.00 2.45
O3' 0.39 2.76 0.29 0.66 1.55 1.23 1.63 1.95 2.26 0.59 2.79 3.40 2.11 1.03 0.81 0.33 0.99 0.66 1.66 2.36 2.86 1.74 2.18
O4' 0.37 2.21 0.07 0.82 1.30 1.07 1.32 1.65 1.78 0.53 2.19 2.69 1.76 0.85 0.71 0.16 1.32 0.42 1.45 1.82 2.51 1.53 1.83
O5' 0.50 1.28 0.56 1.11 0.63 1.37 0.67 1.80 0.99 0.50 1.29 1.65 0.92 0.49 0.43 0.53 1.42 0.92 1.62 1.05 2.40 1.67 1.91
OP1 0.96 1.35 0.92 1.27 0.96 1.51 1.01 1.84 1.23 0.96 1.42 1.63 1.08 0.95 0.90 0.91 1.48 1.25 1.71 1.30 2.34 1.72 1.91
OP2 1.56 0.63 1.68 2.05 1.05 2.21 1.01 2.46 0.78 1.45 0.62 0.52 0.84 1.25 1.35 1.71 2.27 1.88 2.33 0.75 2.82 2.32 2.49
P 0.95 0.88 1.06 1.49 0.65 1.67 0.66 1.99 0.76 0.88 0.91 1.14 0.69 0.74 0.78 1.07 1.76 1.29 1.85 0.80 2.48 1.86 2.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.22 0.08 0.08
C2 0.03 0.00 0.06 0.08 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.05 0.15 0.01 0.45 0.28 0.23
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.08 0.03 0.09 0.08 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.29 0.06 0.10
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.06 0.11 0.09 0.09 0.04 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.29 0.06 0.11
C4 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03 0.16 0.01 0.41 0.25 0.22
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.08 0.03 0.02 0.01 0.08 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.11 0.02 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.03 0.21 0.01 0.48 0.33 0.29
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.13 0.15 0.09 0.04 0.05 0.16 0.08 0.04 0.03 0.01 0.01 0.15 0.07 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.03 0.22 0.00 0.52 0.37 0.31
C8 0.01 0.01 0.08 0.09 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.10 0.05 0.21 0.01 0.39 0.25 0.24
N1 0.02 0.00 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.03 0.19 0.01 0.50 0.34 0.28
N2 0.03 0.00 0.09 0.11 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.07 0.13 0.01 0.44 0.27 0.22
N3 0.02 0.00 0.08 0.09 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.12 0.05 0.13 0.01 0.39 0.23 0.19
N7 0.01 0.01 0.08 0.09 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.11 0.05 0.24 0.01 0.47 0.35 0.31
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.14 0.01 0.34 0.19 0.17
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.04 0.07 0.04 0.09 0.06 0.09 0.11 0.08 0.08 0.03 0.00 0.04 0.05 0.03 0.11 0.24 0.05 0.09
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.07 0.10 0.08 0.15 0.12 0.11 0.04 0.04 0.00 0.02 0.10 0.09 0.32 0.10 0.13
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.07 0.05 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.04 0.10 0.05 0.04
O5' 0.05 0.15 0.03 0.06 0.16 0.01 0.21 0.01 0.22 0.21 0.19 0.13 0.13 0.24 0.14 0.03 0.10 0.04 0.00 0.24 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.09 0.04 0.24 0.00 0.56 0.42 0.35
OP1 0.22 0.45 0.29 0.29 0.41 0.11 0.48 0.07 0.52 0.39 0.50 0.44 0.39 0.47 0.34 0.24 0.32 0.10 0.02 0.56 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.28 0.06 0.06 0.25 0.02 0.33 0.01 0.37 0.25 0.34 0.27 0.23 0.35 0.19 0.05 0.10 0.05 0.01 0.42 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.23 0.10 0.11 0.22 0.03 0.29 0.01 0.31 0.24 0.28 0.22 0.19 0.31 0.17 0.09 0.13 0.04 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00