ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48259

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.031 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.019, 0.042, 0.066, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.042 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.002, 0.027, 0.051, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.027 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.004, 0.029, 0.055, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.029 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.008, 0.035, 0.062, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.035 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.001, 0.029, 0.057, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.029 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.017, 0.048, 0.079, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.048 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.014, 0.055, 0.095, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.055 std_dev=0.040
N6 A 0, 0.022, 0.075, 0.128, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.075 std_dev=0.053
O4' A 0, 0.398, 0.630, 0.862, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.630 std_dev=0.232
C2' A 0, 0.407, 0.641, 0.876, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.641 std_dev=0.234
O2' B 0, 0.261, 0.499, 0.738, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.499 std_dev=0.239
C4' A 0, 0.760, 1.160, 1.560, 1.552 max_d=1.552 avg_d=1.160 std_dev=0.400
O3' B 0, 0.341, 0.770, 1.200, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.770 std_dev=0.430
C3' A 0, 0.981, 1.479, 1.977, 1.773 max_d=1.773 avg_d=1.479 std_dev=0.498
C2' B 0, 0.480, 0.990, 1.499, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.990 std_dev=0.509
O2' A 0, 0.971, 1.489, 2.007, 2.019 max_d=2.019 avg_d=1.489 std_dev=0.518
C5' A 0, 0.624, 1.344, 2.065, 2.956 max_d=2.956 avg_d=1.344 std_dev=0.721
C3' B 0, 0.672, 1.413, 2.153, 2.258 max_d=2.258 avg_d=1.413 std_dev=0.741
O3' A 0, 1.746, 2.661, 3.576, 3.222 max_d=3.222 avg_d=2.661 std_dev=0.915
O5' A 0, 0.286, 1.223, 2.161, 3.860 max_d=3.860 avg_d=1.223 std_dev=0.938
C1' B 0, 0.844, 1.784, 2.724, 2.787 max_d=2.787 avg_d=1.784 std_dev=0.940
N3 B 0, 1.105, 2.158, 3.211, 3.147 max_d=3.147 avg_d=2.158 std_dev=1.053
C4' B 0, 1.052, 2.194, 3.336, 3.488 max_d=3.488 avg_d=2.194 std_dev=1.142
OP1 A 0, 0.415, 1.705, 2.995, 5.152 max_d=5.152 avg_d=1.705 std_dev=1.290
P A 0, 0.218, 1.532, 2.847, 5.277 max_d=5.277 avg_d=1.532 std_dev=1.314
N9 B 0, 1.264, 2.592, 3.921, 3.907 max_d=3.907 avg_d=2.592 std_dev=1.329
O4' B 0, 1.217, 2.549, 3.880, 3.910 max_d=3.910 avg_d=2.549 std_dev=1.331
N2 B 0, 1.530, 2.880, 4.231, 3.985 max_d=3.985 avg_d=2.880 std_dev=1.351
C4 B 0, 1.360, 2.724, 4.089, 4.014 max_d=4.014 avg_d=2.724 std_dev=1.365
C2 B 0, 1.490, 2.872, 4.254, 4.069 max_d=4.069 avg_d=2.872 std_dev=1.382
OP2 A 0, 1.267, 2.703, 4.139, 6.158 max_d=6.158 avg_d=2.703 std_dev=1.436
C5' B 0, 1.498, 3.085, 4.673, 4.823 max_d=4.823 avg_d=3.085 std_dev=1.588
O5' B 0, 1.758, 3.584, 5.409, 5.422 max_d=5.422 avg_d=3.584 std_dev=1.825
C8 B 0, 1.811, 3.647, 5.483, 5.356 max_d=5.356 avg_d=3.647 std_dev=1.836
N1 B 0, 1.985, 3.858, 5.730, 5.450 max_d=5.450 avg_d=3.858 std_dev=1.873
C5 B 0, 1.927, 3.820, 5.713, 5.498 max_d=5.498 avg_d=3.820 std_dev=1.893
C6 B 0, 2.244, 4.398, 6.552, 6.227 max_d=6.227 avg_d=4.398 std_dev=2.154
N7 B 0, 2.178, 4.332, 6.487, 6.233 max_d=6.233 avg_d=4.332 std_dev=2.154
OP1 B 0, 2.130, 4.293, 6.457, 6.542 max_d=6.542 avg_d=4.293 std_dev=2.163
P B 0, 2.222, 4.566, 6.910, 6.865 max_d=6.865 avg_d=4.566 std_dev=2.344
O6 B 0, 2.779, 5.414, 8.049, 7.573 max_d=7.573 avg_d=5.414 std_dev=2.635
OP2 B 0, 2.518, 5.213, 7.909, 7.659 max_d=7.659 avg_d=5.213 std_dev=2.696

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.07 0.03 0.02 0.04 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.19 0.08 0.25 0.20
C2 0.06 0.00 0.25 0.18 0.02 0.14 0.02 0.25 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.21 0.24 0.25 0.24 0.14 0.53 0.36
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.14 0.03 0.08 0.05 0.14 0.11 0.20 0.24 0.11 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.24 0.18 0.33 0.13
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.15 0.01 0.18 0.01 0.20 0.15 0.19 0.16 0.21 0.18 0.12 0.02 0.01 0.03 0.26 0.26 0.41 0.13
C4 0.03 0.02 0.14 0.15 0.00 0.07 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.10 0.17 0.13 0.29 0.24 0.58 0.44
C4' 0.01 0.14 0.03 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.22 0.10 0.15 0.11 0.19 0.09 0.12 0.02 0.01 0.02 0.15 0.53 0.17
C5 0.01 0.02 0.08 0.18 0.01 0.09 0.00 0.27 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.19 0.06 0.39 0.45 0.89 0.64
C5' 0.07 0.25 0.05 0.01 0.19 0.01 0.27 0.00 0.25 0.44 0.23 0.23 0.30 0.42 0.22 0.09 0.08 0.02 0.01 0.24 0.31 0.01
C6 0.03 0.01 0.14 0.20 0.02 0.08 0.02 0.25 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.12 0.23 0.11 0.36 0.44 0.94 0.63
C8 0.02 0.02 0.11 0.15 0.01 0.22 0.01 0.44 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.14 0.14 0.16 0.54 0.58 0.86 0.74
N1 0.04 0.00 0.20 0.19 0.02 0.10 0.02 0.23 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.24 0.19 0.28 0.28 0.75 0.49
N3 0.06 0.01 0.24 0.16 0.01 0.15 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.20 0.21 0.25 0.22 0.11 0.41 0.30
N6 0.03 0.01 0.11 0.21 0.03 0.11 0.03 0.30 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.06 0.04 0.11 0.25 0.09 0.42 0.59 1.14 0.76
N7 0.02 0.02 0.06 0.18 0.01 0.19 0.01 0.42 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.12 0.18 0.09 0.53 0.67 1.09 0.83
N9 0.01 0.02 0.02 0.12 0.01 0.09 0.01 0.22 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.05 0.11 0.02 0.33 0.27 0.50 0.44
O2' 0.02 0.21 0.01 0.02 0.10 0.12 0.09 0.09 0.12 0.14 0.17 0.20 0.11 0.12 0.05 0.00 0.06 0.11 0.13 0.27 0.58 0.19
O3' 0.07 0.24 0.02 0.01 0.17 0.02 0.19 0.08 0.23 0.14 0.24 0.21 0.25 0.18 0.11 0.06 0.00 0.06 0.25 0.43 0.76 0.33
O4' 0.01 0.25 0.01 0.03 0.13 0.01 0.06 0.02 0.11 0.16 0.19 0.25 0.09 0.09 0.02 0.11 0.06 0.00 0.13 0.16 0.28 0.17
O5' 0.19 0.24 0.24 0.26 0.29 0.02 0.39 0.01 0.36 0.54 0.28 0.22 0.42 0.53 0.33 0.13 0.25 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.14 0.18 0.26 0.24 0.15 0.45 0.24 0.44 0.58 0.28 0.11 0.59 0.67 0.27 0.27 0.43 0.16 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.25 0.53 0.33 0.41 0.58 0.53 0.89 0.31 0.94 0.86 0.75 0.41 1.14 1.09 0.50 0.58 0.76 0.28 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.20 0.36 0.13 0.13 0.44 0.17 0.64 0.01 0.63 0.74 0.49 0.30 0.76 0.83 0.44 0.19 0.33 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.25 0.40 0.18 0.16 0.27 0.24 0.27 0.30 0.31 0.28 0.38 0.53 0.32 0.27 0.26 0.15 0.18 0.33 0.30 0.33 0.31 0.33 0.36
C2 0.21 0.16 0.15 0.14 0.19 0.16 0.19 0.18 0.16 0.24 0.15 0.21 0.18 0.22 0.22 0.14 0.14 0.23 0.21 0.16 0.18 0.24 0.24
C2' 0.29 0.25 0.20 0.21 0.21 0.33 0.23 0.37 0.25 0.29 0.28 0.34 0.19 0.26 0.26 0.22 0.22 0.39 0.35 0.28 0.36 0.34 0.39
C3' 0.30 0.29 0.23 0.24 0.22 0.36 0.24 0.40 0.28 0.29 0.32 0.38 0.21 0.26 0.26 0.25 0.26 0.40 0.37 0.32 0.40 0.35 0.41
C4 0.26 0.28 0.15 0.14 0.20 0.26 0.20 0.31 0.20 0.27 0.24 0.39 0.22 0.24 0.24 0.13 0.16 0.36 0.30 0.20 0.30 0.30 0.35
C4' 0.26 0.45 0.20 0.18 0.32 0.25 0.33 0.29 0.39 0.29 0.45 0.56 0.37 0.30 0.28 0.18 0.21 0.32 0.28 0.41 0.30 0.31 0.34
C5 0.31 0.26 0.15 0.18 0.18 0.36 0.18 0.42 0.17 0.30 0.23 0.39 0.19 0.24 0.26 0.13 0.18 0.47 0.38 0.18 0.39 0.34 0.43
C5' 0.29 0.47 0.25 0.25 0.33 0.31 0.34 0.36 0.40 0.30 0.47 0.58 0.38 0.31 0.30 0.26 0.35 0.37 0.33 0.42 0.39 0.34 0.38
C6 0.33 0.19 0.17 0.19 0.17 0.37 0.18 0.40 0.14 0.31 0.16 0.28 0.15 0.25 0.27 0.14 0.18 0.47 0.37 0.14 0.36 0.33 0.40
C8 0.30 0.37 0.15 0.17 0.20 0.39 0.21 0.46 0.26 0.30 0.35 0.53 0.26 0.25 0.26 0.12 0.18 0.48 0.41 0.27 0.45 0.38 0.48
N1 0.27 0.14 0.16 0.15 0.19 0.22 0.19 0.24 0.14 0.27 0.13 0.19 0.15 0.23 0.25 0.14 0.14 0.32 0.25 0.15 0.22 0.25 0.28
N3 0.21 0.22 0.15 0.13 0.21 0.17 0.21 0.20 0.19 0.24 0.19 0.30 0.22 0.23 0.23 0.14 0.15 0.25 0.23 0.19 0.20 0.26 0.27
N6 0.40 0.19 0.21 0.27 0.19 0.50 0.20 0.54 0.16 0.36 0.18 0.28 0.15 0.29 0.31 0.17 0.24 0.58 0.47 0.16 0.47 0.41 0.50
N7 0.34 0.33 0.15 0.20 0.18 0.44 0.19 0.52 0.21 0.32 0.30 0.48 0.22 0.26 0.27 0.12 0.20 0.53 0.45 0.23 0.48 0.40 0.51
N9 0.26 0.35 0.15 0.15 0.22 0.29 0.23 0.35 0.25 0.28 0.32 0.49 0.27 0.25 0.25 0.13 0.16 0.39 0.33 0.26 0.34 0.33 0.39
O2' 0.21 0.34 0.17 0.17 0.22 0.23 0.25 0.26 0.31 0.23 0.36 0.45 0.25 0.24 0.21 0.20 0.21 0.27 0.26 0.35 0.26 0.27 0.29
O3' 0.33 0.36 0.29 0.30 0.29 0.39 0.33 0.41 0.39 0.33 0.42 0.42 0.28 0.33 0.31 0.32 0.32 0.41 0.39 0.44 0.41 0.37 0.42
O4' 0.32 0.51 0.30 0.26 0.39 0.28 0.38 0.32 0.42 0.35 0.49 0.63 0.45 0.36 0.35 0.28 0.28 0.36 0.33 0.43 0.32 0.38 0.40
O5' 0.51 0.35 0.40 0.44 0.39 0.60 0.38 0.67 0.34 0.51 0.35 0.42 0.35 0.45 0.47 0.38 0.37 0.65 0.64 0.35 0.67 0.63 0.72
OP1 0.51 0.33 0.43 0.53 0.27 0.72 0.26 0.83 0.27 0.45 0.34 0.48 0.25 0.35 0.40 0.46 0.53 0.71 0.75 0.31 0.86 0.73 0.85
OP2 1.07 0.30 0.96 1.12 0.66 1.37 0.63 1.50 0.43 0.99 0.30 0.29 0.49 0.83 0.92 1.00 1.08 1.33 1.40 0.40 1.53 1.34 1.51
P 0.77 0.31 0.65 0.75 0.50 0.96 0.49 1.07 0.36 0.74 0.30 0.35 0.39 0.63 0.68 0.65 0.69 0.97 1.01 0.35 1.09 0.99 1.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.06 0.08 0.07 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.05 0.08 0.07 0.06
C2 0.07 0.00 0.13 0.11 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.20 0.14 0.05 0.11 0.02 0.14 0.17 0.13
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.02 0.07 0.02 0.09 0.04 0.12 0.15 0.12 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.09 0.09 0.15 0.06
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.10 0.10 0.10 0.13 0.10 0.11 0.05 0.02 0.01 0.01 0.08 0.11 0.10 0.19 0.08
C4 0.04 0.01 0.08 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.08 0.02 0.11 0.03 0.13 0.15 0.12
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06 0.09 0.08 0.07 0.04 0.06 0.02 0.01 0.02 0.07 0.07 0.10 0.03
C5 0.03 0.02 0.07 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.09 0.10 0.04 0.14 0.02 0.18 0.23 0.17
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.10 0.10 0.07 0.07 0.07 0.12 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.13 0.09 0.07 0.03
C6 0.05 0.02 0.09 0.10 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.14 0.11 0.04 0.16 0.01 0.21 0.27 0.20
C8 0.02 0.02 0.04 0.10 0.01 0.07 0.02 0.10 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.11 0.05 0.14 0.04 0.16 0.21 0.16
N1 0.06 0.01 0.12 0.10 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.18 0.13 0.04 0.13 0.02 0.17 0.22 0.16
N2 0.08 0.01 0.15 0.13 0.02 0.09 0.03 0.07 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.24 0.18 0.06 0.10 0.04 0.13 0.17 0.12
N3 0.07 0.01 0.12 0.10 0.00 0.08 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.18 0.13 0.05 0.10 0.02 0.12 0.14 0.11
N7 0.02 0.03 0.05 0.11 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.12 0.05 0.17 0.04 0.20 0.29 0.20
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.10 0.04 0.12 0.12 0.11
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.11 0.06 0.09 0.06 0.14 0.02 0.18 0.24 0.18 0.04 0.03 0.00 0.07 0.05 0.06 0.13 0.07 0.16 0.06
O3' 0.03 0.14 0.03 0.01 0.08 0.02 0.10 0.04 0.11 0.11 0.13 0.18 0.13 0.12 0.05 0.07 0.00 0.02 0.14 0.13 0.15 0.24 0.12
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.08 0.06 0.09 0.07 0.07
O5' 0.06 0.11 0.05 0.08 0.11 0.02 0.14 0.01 0.16 0.14 0.13 0.10 0.10 0.17 0.10 0.06 0.14 0.08 0.00 0.18 0.02 0.02 0.01
O6 0.05 0.02 0.09 0.11 0.03 0.07 0.02 0.13 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.13 0.13 0.06 0.18 0.00 0.25 0.34 0.24
OP1 0.08 0.14 0.09 0.10 0.13 0.07 0.18 0.09 0.21 0.16 0.17 0.13 0.12 0.20 0.12 0.07 0.15 0.09 0.02 0.25 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.17 0.15 0.19 0.15 0.10 0.23 0.07 0.27 0.21 0.22 0.17 0.14 0.29 0.12 0.16 0.24 0.07 0.02 0.34 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.13 0.06 0.08 0.12 0.03 0.17 0.03 0.20 0.16 0.16 0.12 0.11 0.20 0.11 0.06 0.12 0.07 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00