Doublet Group distance statistics: 48261

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 3, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C4	A	0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C6	A	0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C5	A	0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1	A	0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N3	A	0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C8	A	0, 0.010, 0.024, 0.037, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N9	A	0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N7	A	0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C1'	A	0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C2	A	0, 0.004, 0.020, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N6	A	0, 0.015, 0.044, 0.074, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.044 std_dev=0.030
C2'	B	0, 0.090, 0.231, 0.371, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.231 std_dev=0.140
O2'	B	0, 0.116, 0.340, 0.564, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.340 std_dev=0.224
O2'	A	0, 0.025, 0.292, 0.559, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.292 std_dev=0.267
C2'	A	0, -0.016, 0.291, 0.597, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.291 std_dev=0.306
C3'	B	0, 0.032, 0.341, 0.650, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.341 std_dev=0.309
O4'	A	0, -0.015, 0.315, 0.646, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.315 std_dev=0.331
C4'	B	0, -0.017, 0.381, 0.779, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.381 std_dev=0.398
C1'	B	0, -0.057, 0.351, 0.760, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.351 std_dev=0.409
O3'	B	0, 0.002, 0.460, 0.919, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.460 std_dev=0.459
O4'	B	0, -0.041, 0.438, 0.916, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.438 std_dev=0.479
C4'	A	0, -0.046, 0.473, 0.992, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.473 std_dev=0.519
C3'	A	0, -0.044, 0.488, 1.020, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.488 std_dev=0.532
O5'	A	0, 0.007, 0.642, 1.276, 2.001 max_d=2.001 avg_d=0.642 std_dev=0.634
N9	B	0, -0.115, 0.528, 1.171, 2.232 max_d=2.232 avg_d=0.528 std_dev=0.643
C5'	B	0, -0.063, 0.659, 1.380, 2.485 max_d=2.485 avg_d=0.659 std_dev=0.721
O3'	A	0, -0.067, 0.702, 1.472, 2.107 max_d=2.107 avg_d=0.702 std_dev=0.770
C4	B	0, -0.146, 0.643, 1.431, 2.747 max_d=2.747 avg_d=0.643 std_dev=0.788
OP1	A	0, 0.095, 0.912, 1.728, 2.140 max_d=2.140 avg_d=0.912 std_dev=0.816
C5'	A	0, -0.060, 0.758, 1.576, 2.327 max_d=2.327 avg_d=0.758 std_dev=0.818
C8	B	0, -0.147, 0.719, 1.586, 3.017 max_d=3.017 avg_d=0.719 std_dev=0.867
O5'	B	0, -0.135, 0.780, 1.695, 3.106 max_d=3.106 avg_d=0.780 std_dev=0.915
N3	B	0, -0.238, 0.684, 1.606, 3.216 max_d=3.216 avg_d=0.684 std_dev=0.922
C5	B	0, -0.139, 0.797, 1.734, 3.283 max_d=3.283 avg_d=0.797 std_dev=0.936
P	A	0, -0.096, 0.888, 1.871, 3.178 max_d=3.178 avg_d=0.888 std_dev=0.984
N7	B	0, -0.155, 0.866, 1.887, 3.570 max_d=3.570 avg_d=0.866 std_dev=1.021
C6	B	0, -0.171, 0.921, 2.013, 3.846 max_d=3.846 avg_d=0.921 std_dev=1.092
C2	B	0, -0.313, 0.829, 1.972, 3.980 max_d=3.980 avg_d=0.829 std_dev=1.143
N1	B	0, -0.252, 0.915, 2.083, 4.097 max_d=4.097 avg_d=0.915 std_dev=1.167
O6	B	0, -0.168, 1.070, 2.307, 4.375 max_d=4.375 avg_d=1.070 std_dev=1.237
P	B	0, -0.202, 1.089, 2.380, 4.265 max_d=4.265 avg_d=1.089 std_dev=1.291
OP2	A	0, -0.263, 1.069, 2.400, 4.532 max_d=4.532 avg_d=1.069 std_dev=1.331
OP2	B	0, -0.174, 1.249, 2.673, 4.614 max_d=4.614 avg_d=1.249 std_dev=1.424
N2	B	0, -0.485, 0.945, 2.375, 4.930 max_d=4.930 avg_d=0.945 std_dev=1.430
OP1	B	0, -0.235, 1.201, 2.637, 4.726 max_d=4.726 avg_d=1.201 std_dev=1.436

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.03	0.03	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.04	0.09	0.20	0.09
C2	0.02	0.00	0.23	0.26	0.01	0.05	0.02	0.05	0.02	0.02	0.00	0.00	0.02	0.02	0.01	0.15	0.33	0.11	0.07	0.14	0.35	0.10
C2'	0.01	0.23	0.00	0.00	0.13	0.01	0.08	0.02	0.13	0.07	0.19	0.23	0.10	0.03	0.03	0.00	0.01	0.01	0.08	0.09	0.14	0.07
C3'	0.01	0.26	0.00	0.00	0.17	0.00	0.14	0.02	0.19	0.06	0.24	0.24	0.17	0.05	0.07	0.02	0.01	0.01	0.09	0.17	0.14	0.09
C4	0.01	0.01	0.13	0.17	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.07	0.20	0.06	0.06	0.13	0.36	0.09
C4'	0.00	0.05	0.01	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.05	0.03	0.06	0.05	0.06	0.03	0.02	0.04	0.02	0.00	0.01	0.06	0.09	0.04
C5	0.01	0.02	0.08	0.14	0.00	0.04	0.00	0.04	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.04	0.17	0.03	0.05	0.16	0.46	0.08
C5'	0.02	0.05	0.02	0.02	0.04	0.01	0.04	0.00	0.04	0.04	0.04	0.05	0.06	0.04	0.02	0.03	0.03	0.01	0.01	0.08	0.20	0.02
C6	0.02	0.02	0.13	0.19	0.01	0.05	0.01	0.04	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.25	0.05	0.06	0.17	0.47	0.08
C8	0.01	0.02	0.07	0.06	0.01	0.03	0.00	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.00	0.05	0.06	0.06	0.04	0.14	0.47	0.08
N1	0.03	0.00	0.19	0.24	0.01	0.06	0.00	0.04	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.12	0.32	0.08	0.07	0.16	0.41	0.10
N3	0.03	0.00	0.23	0.24	0.01	0.05	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.15	0.29	0.11	0.06	0.12	0.31	0.10
N6	0.03	0.02	0.10	0.17	0.02	0.06	0.02	0.06	0.00	0.03	0.01	0.01	0.00	0.03	0.03	0.06	0.23	0.04	0.06	0.18	0.52	0.06
N7	0.01	0.02	0.03	0.05	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.03	0.07	0.04	0.04	0.17	0.54	0.07
N9	0.01	0.01	0.03	0.07	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.01	0.00	0.02	0.07	0.02	0.05	0.12	0.34	0.09
O2'	0.01	0.15	0.00	0.02	0.07	0.04	0.04	0.03	0.07	0.05	0.12	0.15	0.06	0.03	0.02	0.00	0.04	0.04	0.04	0.05	0.08	0.04
O3'	0.01	0.33	0.01	0.01	0.20	0.02	0.17	0.03	0.25	0.06	0.32	0.29	0.23	0.07	0.07	0.04	0.00	0.01	0.08	0.26	0.27	0.10
O4'	0.00	0.11	0.01	0.01	0.06	0.00	0.03	0.01	0.05	0.06	0.08	0.11	0.04	0.04	0.02	0.04	0.01	0.00	0.06	0.17	0.15	0.14
O5'	0.04	0.07	0.08	0.09	0.06	0.01	0.05	0.01	0.06	0.04	0.07	0.06	0.06	0.04	0.05	0.04	0.08	0.06	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.09	0.14	0.09	0.17	0.13	0.06	0.16	0.08	0.17	0.14	0.16	0.12	0.18	0.17	0.12	0.05	0.26	0.17	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.20	0.35	0.14	0.14	0.36	0.09	0.46	0.20	0.47	0.47	0.41	0.31	0.52	0.54	0.34	0.08	0.27	0.15	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.09	0.10	0.07	0.09	0.09	0.04	0.08	0.02	0.08	0.08	0.10	0.10	0.06	0.07	0.09	0.04	0.10	0.14	0.01	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.13	0.22	0.12	0.08	0.16	0.09	0.14	0.27	0.16	0.12	0.20	0.25	0.20	0.13	0.13	0.20	0.10	0.10	0.31	0.15	0.61	0.44	0.46
C2	0.11	0.13	0.11	0.07	0.11	0.13	0.12	0.34	0.12	0.16	0.12	0.14	0.12	0.16	0.12	0.22	0.11	0.16	0.36	0.13	0.58	0.46	0.48
C2'	0.14	0.12	0.18	0.20	0.10	0.21	0.12	0.38	0.10	0.19	0.10	0.15	0.11	0.18	0.13	0.22	0.23	0.15	0.45	0.12	0.73	0.59	0.60
C3'	0.24	0.12	0.20	0.24	0.20	0.30	0.25	0.46	0.22	0.34	0.15	0.11	0.13	0.33	0.26	0.19	0.21	0.30	0.52	0.25	0.76	0.65	0.66
C4	0.13	0.20	0.12	0.08	0.15	0.07	0.14	0.24	0.15	0.12	0.19	0.21	0.19	0.12	0.12	0.19	0.09	0.10	0.26	0.15	0.51	0.34	0.37
C4'	0.17	0.22	0.13	0.09	0.19	0.08	0.21	0.24	0.21	0.22	0.22	0.23	0.20	0.22	0.18	0.19	0.13	0.16	0.29	0.23	0.57	0.43	0.44
C5	0.19	0.24	0.13	0.08	0.22	0.08	0.22	0.19	0.23	0.21	0.24	0.24	0.23	0.22	0.20	0.17	0.10	0.18	0.19	0.24	0.40	0.23	0.27
C5'	0.23	0.28	0.18	0.15	0.28	0.12	0.31	0.21	0.32	0.32	0.31	0.28	0.26	0.34	0.27	0.23	0.23	0.25	0.26	0.35	0.50	0.38	0.40
C6	0.19	0.22	0.13	0.09	0.20	0.09	0.20	0.18	0.21	0.20	0.22	0.21	0.21	0.20	0.19	0.17	0.08	0.18	0.17	0.21	0.34	0.19	0.22
C8	0.21	0.30	0.14	0.09	0.27	0.08	0.28	0.20	0.30	0.26	0.30	0.30	0.27	0.27	0.24	0.17	0.14	0.20	0.20	0.31	0.45	0.26	0.30
N1	0.11	0.15	0.12	0.08	0.12	0.08	0.11	0.23	0.12	0.11	0.14	0.15	0.14	0.11	0.11	0.20	0.09	0.11	0.22	0.11	0.39	0.27	0.29
N3	0.10	0.15	0.12	0.07	0.10	0.12	0.10	0.32	0.10	0.13	0.12	0.17	0.14	0.13	0.10	0.22	0.09	0.12	0.36	0.10	0.62	0.48	0.50
N6	0.28	0.26	0.14	0.11	0.29	0.17	0.32	0.22	0.31	0.35	0.29	0.24	0.26	0.35	0.31	0.16	0.08	0.32	0.23	0.33	0.29	0.24	0.25
N7	0.24	0.30	0.13	0.09	0.29	0.11	0.32	0.20	0.33	0.31	0.32	0.29	0.28	0.33	0.28	0.16	0.14	0.25	0.21	0.34	0.40	0.24	0.27
N9	0.15	0.24	0.13	0.08	0.19	0.06	0.18	0.23	0.20	0.15	0.23	0.25	0.22	0.16	0.16	0.19	0.11	0.12	0.24	0.19	0.52	0.34	0.37
O2'	0.06	0.13	0.14	0.13	0.07	0.12	0.09	0.34	0.08	0.14	0.10	0.17	0.11	0.14	0.07	0.22	0.19	0.08	0.43	0.10	0.75	0.63	0.62
O3'	0.32	0.14	0.29	0.35	0.27	0.41	0.33	0.58	0.29	0.45	0.19	0.09	0.16	0.44	0.34	0.24	0.32	0.39	0.66	0.33	0.89	0.80	0.81
O4'	0.19	0.29	0.20	0.19	0.23	0.13	0.22	0.23	0.24	0.17	0.28	0.31	0.27	0.19	0.19	0.25	0.26	0.15	0.24	0.24	0.55	0.36	0.38
O5'	0.28	0.32	0.17	0.14	0.34	0.17	0.39	0.26	0.40	0.42	0.36	0.30	0.30	0.44	0.34	0.20	0.18	0.33	0.31	0.44	0.50	0.41	0.43
OP1	0.47	0.57	0.31	0.24	0.57	0.27	0.64	0.30	0.66	0.62	0.63	0.55	0.53	0.66	0.55	0.30	0.21	0.48	0.36	0.71	0.50	0.46	0.46
OP2	0.34	0.57	0.56	0.47	0.38	0.27	0.33	0.15	0.37	0.26	0.48	0.71	0.53	0.29	0.30	0.72	0.66	0.23	0.13	0.36	0.33	0.21	0.24
P	0.33	0.41	0.24	0.19	0.42	0.17	0.49	0.23	0.50	0.50	0.46	0.40	0.38	0.54	0.41	0.30	0.31	0.37	0.29	0.56	0.46	0.41	0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.02	0.04	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.05	0.03	0.05	0.13	0.10
C2	0.03	0.00	0.08	0.08	0.01	0.03	0.02	0.06	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.09	0.11	0.04	0.13	0.04	0.16	0.31	0.23
C2'	0.01	0.08	0.00	0.01	0.05	0.03	0.05	0.02	0.05	0.06	0.06	0.11	0.09	0.06	0.03	0.00	0.01	0.01	0.06	0.05	0.04	0.11	0.07
C3'	0.01	0.08	0.01	0.00	0.06	0.00	0.08	0.02	0.08	0.12	0.07	0.10	0.08	0.11	0.06	0.02	0.00	0.02	0.06	0.10	0.05	0.08	0.05
C4	0.02	0.01	0.05	0.06	0.00	0.03	0.00	0.07	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.07	0.03	0.13	0.01	0.16	0.28	0.22
C4'	0.01	0.03	0.03	0.00	0.03	0.00	0.05	0.00	0.04	0.06	0.03	0.05	0.03	0.06	0.03	0.04	0.03	0.01	0.02	0.06	0.04	0.04	0.01
C5	0.02	0.02	0.05	0.08	0.00	0.05	0.00	0.11	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.03	0.10	0.03	0.17	0.01	0.24	0.36	0.29
C5'	0.03	0.06	0.02	0.02	0.07	0.00	0.11	0.00	0.11	0.13	0.08	0.04	0.04	0.14	0.08	0.05	0.05	0.01	0.01	0.13	0.04	0.03	0.01
C6	0.02	0.02	0.05	0.08	0.01	0.04	0.01	0.11	0.00	0.01	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.04	0.09	0.03	0.17	0.01	0.26	0.39	0.30
C8	0.01	0.01	0.06	0.12	0.01	0.06	0.01	0.13	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.13	0.03	0.17	0.02	0.23	0.30	0.26
N1	0.02	0.01	0.06	0.07	0.01	0.03	0.01	0.08	0.01	0.01	0.00	0.03	0.01	0.02	0.01	0.06	0.09	0.03	0.16	0.04	0.22	0.36	0.28
N2	0.04	0.01	0.11	0.10	0.01	0.05	0.02	0.04	0.04	0.01	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.12	0.14	0.05	0.11	0.06	0.13	0.30	0.21
N3	0.03	0.00	0.09	0.08	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.08	0.10	0.04	0.10	0.03	0.12	0.26	0.19
N7	0.01	0.02	0.06	0.11	0.01	0.06	0.01	0.14	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.00	0.00	0.04	0.13	0.03	0.19	0.02	0.29	0.39	0.32
N9	0.01	0.01	0.03	0.06	0.01	0.03	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.06	0.02	0.11	0.02	0.14	0.23	0.19
O2'	0.02	0.09	0.00	0.02	0.04	0.04	0.03	0.05	0.04	0.04	0.06	0.12	0.08	0.04	0.01	0.00	0.03	0.02	0.04	0.04	0.08	0.07	0.04
O3'	0.01	0.11	0.01	0.00	0.07	0.03	0.10	0.05	0.09	0.13	0.09	0.14	0.10	0.13	0.06	0.03	0.00	0.02	0.07	0.11	0.13	0.13	0.08
O4'	0.00	0.04	0.01	0.02	0.03	0.01	0.03	0.01	0.03	0.03	0.03	0.05	0.04	0.03	0.02	0.02	0.02	0.00	0.04	0.04	0.04	0.07	0.05
O5'	0.05	0.13	0.06	0.06	0.13	0.02	0.17	0.01	0.17	0.17	0.16	0.11	0.10	0.19	0.11	0.04	0.07	0.04	0.00	0.19	0.02	0.02	0.00
O6	0.03	0.04	0.05	0.10	0.01	0.06	0.01	0.13	0.01	0.02	0.04	0.06	0.03	0.02	0.02	0.04	0.11	0.04	0.19	0.00	0.31	0.43	0.33
OP1	0.05	0.16	0.04	0.05	0.16	0.04	0.24	0.04	0.26	0.23	0.22	0.13	0.12	0.29	0.14	0.08	0.13	0.04	0.02	0.31	0.00	0.01	0.00
OP2	0.13	0.31	0.11	0.08	0.28	0.04	0.36	0.03	0.39	0.30	0.36	0.30	0.26	0.39	0.23	0.07	0.13	0.07	0.02	0.43	0.01	0.00	0.01
P	0.10	0.23	0.07	0.05	0.22	0.01	0.29	0.01	0.30	0.26	0.28	0.21	0.19	0.32	0.19	0.04	0.08	0.05	0.00	0.33	0.00	0.01	0.00