ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48263

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.005 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.010
O5' B 0, 0.227, 0.443, 0.660, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.443 std_dev=0.216
P B 0, 0.281, 0.521, 0.760, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.521 std_dev=0.240
N9 B 0, 0.428, 0.741, 1.053, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.741 std_dev=0.313
OP2 B 0, 0.289, 0.602, 0.915, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.602 std_dev=0.313
C1' B 0, 0.451, 0.773, 1.095, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.773 std_dev=0.322
C5' B 0, 0.432, 0.755, 1.077, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.755 std_dev=0.323
C2' B 0, 0.438, 0.761, 1.085, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.761 std_dev=0.323
O4' B 0, 0.475, 0.817, 1.159, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.817 std_dev=0.342
C3' B 0, 0.486, 0.842, 1.198, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.842 std_dev=0.356
O4' A 0, 0.509, 0.868, 1.227, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.868 std_dev=0.359
C4' B 0, 0.523, 0.900, 1.277, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.900 std_dev=0.377
C8 B 0, 0.453, 0.831, 1.209, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.831 std_dev=0.378
C2' A 0, 0.539, 0.926, 1.313, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.926 std_dev=0.387
OP1 B 0, 0.517, 0.916, 1.314, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.916 std_dev=0.398
O2' A 0, 0.592, 1.025, 1.458, 1.384 max_d=1.384 avg_d=1.025 std_dev=0.433
C4 B 0, 0.622, 1.081, 1.540, 1.443 max_d=1.443 avg_d=1.081 std_dev=0.459
N3 B 0, 0.701, 1.201, 1.702, 1.555 max_d=1.555 avg_d=1.201 std_dev=0.501
O2' B 0, 0.759, 1.298, 1.838, 1.699 max_d=1.699 avg_d=1.298 std_dev=0.540
C4' A 0, 0.780, 1.331, 1.882, 1.670 max_d=1.670 avg_d=1.331 std_dev=0.551
O3' B 0, 0.803, 1.378, 1.953, 1.840 max_d=1.840 avg_d=1.378 std_dev=0.575
N7 B 0, 0.746, 1.329, 1.912, 1.810 max_d=1.810 avg_d=1.329 std_dev=0.583
C3' A 0, 0.859, 1.471, 2.084, 1.890 max_d=1.890 avg_d=1.471 std_dev=0.612
C5 B 0, 0.823, 1.445, 2.066, 1.959 max_d=1.959 avg_d=1.445 std_dev=0.621
C2 B 0, 0.911, 1.574, 2.236, 2.112 max_d=2.112 avg_d=1.574 std_dev=0.663
N2 B 0, 1.013, 1.743, 2.473, 2.319 max_d=2.319 avg_d=1.743 std_dev=0.730
N1 B 0, 1.112, 1.929, 2.746, 2.616 max_d=2.616 avg_d=1.929 std_dev=0.817
C6 B 0, 1.122, 1.952, 2.782, 2.638 max_d=2.638 avg_d=1.952 std_dev=0.830
O5' A 0, 1.092, 1.960, 2.827, 2.768 max_d=2.768 avg_d=1.960 std_dev=0.867
O3' A 0, 1.292, 2.205, 3.118, 2.824 max_d=2.824 avg_d=2.205 std_dev=0.913
C5' A 0, 1.295, 2.221, 3.148, 2.850 max_d=2.850 avg_d=2.221 std_dev=0.926
P A 0, 1.316, 2.253, 3.190, 2.986 max_d=2.986 avg_d=2.253 std_dev=0.937
O6 B 0, 1.398, 2.426, 3.454, 3.257 max_d=3.257 avg_d=2.426 std_dev=1.028
OP2 A 0, 1.460, 2.543, 3.626, 3.636 max_d=3.636 avg_d=2.543 std_dev=1.083
OP1 A 0, 1.473, 2.568, 3.662, 3.622 max_d=3.622 avg_d=2.568 std_dev=1.094

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.17 0.36 0.08
C2 0.01 0.00 0.10 0.12 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.16 0.02 0.07 0.21 0.33 0.06
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.08 0.11 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.07 0.48 0.16
C3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.09 0.09 0.11 0.05 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.09 0.10 0.49 0.19
C4 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.06 0.20 0.33 0.06
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.09 0.30 0.08
C5 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.08 0.21 0.28 0.07
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.09 0.06 0.06 0.08 0.09 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.10 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.08 0.21 0.27 0.07
C8 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.10 0.02 0.10 0.20 0.30 0.10
N1 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.12 0.01 0.08 0.21 0.30 0.06
N3 0.01 0.00 0.11 0.11 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.14 0.02 0.06 0.20 0.35 0.06
N6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.10 0.22 0.23 0.08
N7 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.10 0.21 0.25 0.10
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.19 0.34 0.07
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.07 0.09 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.48 0.15
O3' 0.01 0.16 0.02 0.00 0.07 0.01 0.04 0.03 0.07 0.10 0.12 0.14 0.06 0.08 0.02 0.03 0.00 0.00 0.13 0.19 0.52 0.22
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.22 0.26 0.05
O5' 0.02 0.07 0.07 0.09 0.06 0.02 0.08 0.01 0.08 0.10 0.08 0.06 0.10 0.10 0.05 0.05 0.13 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.17 0.21 0.07 0.10 0.20 0.09 0.21 0.09 0.21 0.20 0.21 0.20 0.22 0.21 0.19 0.06 0.19 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.36 0.33 0.48 0.49 0.33 0.30 0.28 0.10 0.27 0.30 0.30 0.35 0.23 0.25 0.34 0.48 0.52 0.26 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.06 0.16 0.19 0.06 0.08 0.07 0.01 0.07 0.10 0.06 0.06 0.08 0.10 0.07 0.15 0.22 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.18 0.13 0.16 0.12 0.13 0.14 0.12 0.17 0.09 0.19 0.20 0.15 0.12 0.09 0.18 0.24 0.07 0.12 0.18 0.16 0.10 0.11
C2 0.12 0.15 0.14 0.17 0.13 0.14 0.12 0.12 0.13 0.10 0.15 0.17 0.14 0.10 0.11 0.17 0.24 0.10 0.13 0.13 0.16 0.11 0.12
C2' 0.07 0.14 0.16 0.22 0.08 0.18 0.10 0.18 0.13 0.04 0.15 0.16 0.10 0.07 0.04 0.22 0.32 0.07 0.16 0.15 0.23 0.14 0.16
C3' 0.05 0.18 0.14 0.21 0.10 0.19 0.12 0.21 0.17 0.04 0.19 0.21 0.13 0.08 0.04 0.20 0.30 0.08 0.18 0.19 0.28 0.17 0.20
C4 0.08 0.16 0.13 0.16 0.12 0.13 0.13 0.12 0.15 0.09 0.17 0.18 0.14 0.11 0.09 0.18 0.24 0.07 0.13 0.16 0.16 0.10 0.11
C4' 0.06 0.22 0.11 0.16 0.13 0.15 0.15 0.16 0.20 0.07 0.23 0.25 0.17 0.11 0.08 0.16 0.24 0.06 0.15 0.22 0.22 0.13 0.16
C5 0.07 0.16 0.13 0.16 0.12 0.14 0.14 0.13 0.16 0.09 0.17 0.18 0.13 0.12 0.09 0.19 0.23 0.07 0.13 0.18 0.15 0.09 0.11
C5' 0.06 0.27 0.09 0.14 0.17 0.14 0.19 0.17 0.25 0.08 0.29 0.31 0.21 0.13 0.10 0.13 0.21 0.06 0.15 0.27 0.24 0.14 0.17
C6 0.07 0.15 0.13 0.15 0.11 0.14 0.12 0.13 0.15 0.09 0.16 0.16 0.13 0.11 0.09 0.19 0.22 0.07 0.13 0.15 0.14 0.09 0.10
C8 0.07 0.19 0.13 0.16 0.13 0.14 0.16 0.13 0.20 0.11 0.21 0.20 0.15 0.14 0.10 0.20 0.23 0.08 0.13 0.22 0.15 0.09 0.11
N1 0.11 0.15 0.14 0.16 0.12 0.13 0.12 0.12 0.13 0.09 0.15 0.17 0.14 0.10 0.11 0.17 0.23 0.08 0.12 0.13 0.15 0.10 0.11
N3 0.10 0.15 0.14 0.17 0.12 0.13 0.12 0.13 0.13 0.09 0.15 0.17 0.14 0.10 0.10 0.17 0.24 0.09 0.13 0.13 0.16 0.11 0.12
N6 0.07 0.15 0.13 0.15 0.11 0.16 0.13 0.15 0.15 0.10 0.16 0.16 0.12 0.12 0.08 0.20 0.20 0.10 0.13 0.16 0.15 0.10 0.11
N7 0.07 0.18 0.13 0.16 0.13 0.14 0.16 0.13 0.20 0.11 0.20 0.19 0.14 0.15 0.10 0.20 0.22 0.08 0.13 0.22 0.15 0.10 0.11
N9 0.07 0.17 0.13 0.16 0.12 0.13 0.14 0.12 0.17 0.09 0.18 0.19 0.14 0.12 0.09 0.18 0.24 0.07 0.13 0.19 0.16 0.10 0.11
O2' 0.07 0.13 0.17 0.22 0.08 0.17 0.09 0.17 0.12 0.05 0.14 0.16 0.10 0.07 0.05 0.22 0.32 0.07 0.15 0.14 0.21 0.13 0.14
O3' 0.07 0.17 0.17 0.25 0.08 0.23 0.11 0.26 0.16 0.04 0.19 0.20 0.11 0.07 0.02 0.22 0.35 0.11 0.22 0.19 0.34 0.22 0.25
O4' 0.09 0.22 0.11 0.14 0.15 0.12 0.16 0.12 0.20 0.10 0.23 0.25 0.18 0.13 0.11 0.15 0.21 0.07 0.13 0.22 0.16 0.10 0.11
O5' 0.07 0.27 0.10 0.13 0.18 0.14 0.20 0.16 0.26 0.10 0.29 0.31 0.21 0.15 0.11 0.15 0.20 0.07 0.14 0.28 0.22 0.14 0.17
OP1 0.23 0.43 0.27 0.25 0.31 0.22 0.31 0.20 0.38 0.19 0.43 0.49 0.37 0.24 0.23 0.32 0.30 0.18 0.15 0.40 0.20 0.14 0.16
OP2 0.19 0.28 0.19 0.25 0.21 0.30 0.24 0.34 0.29 0.23 0.31 0.32 0.21 0.24 0.19 0.21 0.29 0.25 0.34 0.32 0.41 0.30 0.35
P 0.06 0.31 0.08 0.10 0.20 0.12 0.23 0.15 0.30 0.12 0.34 0.36 0.24 0.18 0.12 0.13 0.17 0.06 0.13 0.33 0.20 0.10 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.07 0.01 0.10 0.11 0.09
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.05 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.07 0.00 0.09 0.10 0.09
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.09 0.00 0.11 0.12 0.11
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.09 0.00 0.12 0.14 0.12
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.00 0.10 0.10 0.10
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.01 0.11 0.13 0.11
N2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.07 0.01 0.09 0.11 0.09
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.07 0.01 0.09 0.10 0.08
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.12 0.13 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.08 0.08
O2' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.06 0.07 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.04 0.05
O5' 0.05 0.07 0.02 0.02 0.07 0.01 0.09 0.01 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.01 0.03 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.10 0.00 0.13 0.15 0.13
OP1 0.06 0.10 0.06 0.06 0.09 0.05 0.11 0.05 0.12 0.10 0.11 0.09 0.09 0.12 0.08 0.04 0.06 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.11 0.05 0.05 0.10 0.02 0.12 0.01 0.14 0.10 0.13 0.11 0.10 0.13 0.08 0.04 0.07 0.04 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.03 0.03 0.09 0.02 0.11 0.01 0.12 0.10 0.11 0.09 0.08 0.12 0.08 0.01 0.04 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00