ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48267

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.015, 0.035, 0.055, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.035 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.013, 0.034, 0.055, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.034 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.021, 0.044, 0.067, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.044 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.017, 0.041, 0.066, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.041 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.023, 0.052, 0.082, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.052 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.048, 0.098, 0.148, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.098 std_dev=0.050
C8 A 0, 0.052, 0.106, 0.161, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.106 std_dev=0.055
O4' A 0, 0.104, 0.220, 0.336, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.220 std_dev=0.116
C5' B 0, 0.095, 0.213, 0.331, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.213 std_dev=0.118
O5' B 0, 0.090, 0.211, 0.332, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.211 std_dev=0.121
C2' A 0, 0.104, 0.228, 0.352, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.228 std_dev=0.124
C4' B 0, 0.107, 0.232, 0.356, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.232 std_dev=0.125
P B 0, 0.079, 0.207, 0.335, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.207 std_dev=0.128
O4' B 0, 0.124, 0.258, 0.392, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.258 std_dev=0.134
OP1 B 0, 0.052, 0.192, 0.331, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.192 std_dev=0.139
C3' B 0, 0.135, 0.279, 0.424, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.279 std_dev=0.144
C4' A 0, 0.136, 0.290, 0.444, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.290 std_dev=0.154
C1' B 0, 0.149, 0.312, 0.474, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.312 std_dev=0.163
O2' A 0, 0.136, 0.299, 0.463, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.299 std_dev=0.164
C3' A 0, 0.149, 0.320, 0.492, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.320 std_dev=0.171
C2' B 0, 0.163, 0.342, 0.520, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.342 std_dev=0.179
O3' B 0, 0.157, 0.340, 0.523, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.340 std_dev=0.183
N9 B 0, 0.164, 0.350, 0.536, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.350 std_dev=0.186
O2' B 0, 0.175, 0.363, 0.551, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.363 std_dev=0.188
OP2 B 0, 0.179, 0.372, 0.566, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.372 std_dev=0.194
C4 B 0, 0.151, 0.356, 0.561, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.356 std_dev=0.205
N3 B 0, 0.131, 0.341, 0.550, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.341 std_dev=0.209
O3' A 0, 0.184, 0.400, 0.617, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.400 std_dev=0.217
C8 B 0, 0.220, 0.451, 0.682, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.451 std_dev=0.231
C5 B 0, 0.181, 0.413, 0.646, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.413 std_dev=0.233
C2 B 0, 0.136, 0.372, 0.608, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.372 std_dev=0.236
N7 B 0, 0.226, 0.473, 0.721, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.473 std_dev=0.247
N2 B 0, 0.166, 0.413, 0.661, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.413 std_dev=0.247
N1 B 0, 0.147, 0.408, 0.670, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.408 std_dev=0.262
C6 B 0, 0.177, 0.443, 0.709, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.443 std_dev=0.266
O6 B 0, 0.198, 0.495, 0.793, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.495 std_dev=0.297
C5' A 0, 0.291, 0.611, 0.931, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.611 std_dev=0.320
O5' A 0, 0.297, 0.629, 0.960, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.629 std_dev=0.332
P A 0, 0.371, 0.773, 1.176, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.773 std_dev=0.402
OP2 A 0, 0.393, 0.796, 1.199, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.796 std_dev=0.403
OP1 A 0, 0.515, 1.059, 1.603, 1.525 max_d=1.525 avg_d=1.059 std_dev=0.544

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05 0.06 0.11 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.06 0.11 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.09 0.13 0.09
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.10 0.14 0.10
C8 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.09 0.11 0.09
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.08 0.13 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.10 0.06
N6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.12 0.16 0.11
N7 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.11 0.13 0.10
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.10 0.07
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.03
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.08 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.04
O5' 0.04 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.06 0.07 0.06 0.04 0.09 0.03 0.10 0.09 0.08 0.05 0.12 0.11 0.06 0.06 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.11 0.05 0.06 0.11 0.03 0.13 0.01 0.14 0.11 0.13 0.10 0.16 0.13 0.10 0.05 0.08 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.03 0.03 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.09 0.09 0.06 0.11 0.10 0.07 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03
C2 0.05 0.06 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.08 0.06 0.05 0.05 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.03
C2' 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02
C3' 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.07 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02
C4 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03
C4' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02
C5 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03
C5' 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.06 0.02 0.04 0.03 0.06 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03
C6 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.06 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04
C8 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.06 0.02 0.03 0.02 0.07 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03
N1 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04
N3 0.04 0.06 0.03 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03
N6 0.04 0.02 0.05 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.08 0.04 0.05 0.05 0.02 0.04 0.05 0.04
N7 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.07 0.04 0.03 0.03 0.08 0.04 0.03 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03
N9 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03
O2' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03
O3' 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.06 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03
O4' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04
O5' 0.08 0.05 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.10 0.05 0.05 0.06 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07
OP1 0.12 0.11 0.12 0.11 0.14 0.11 0.15 0.11 0.14 0.16 0.12 0.08 0.12 0.17 0.14 0.11 0.10 0.12 0.12 0.14 0.12 0.13 0.13
OP2 0.17 0.13 0.17 0.17 0.17 0.15 0.17 0.15 0.15 0.20 0.13 0.11 0.15 0.19 0.18 0.17 0.17 0.16 0.15 0.15 0.15 0.16 0.16
P 0.11 0.08 0.11 0.11 0.12 0.10 0.12 0.10 0.11 0.14 0.08 0.05 0.10 0.14 0.12 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01
C2 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.06 0.05
C8 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04
N1 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04
N2 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05
N3 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04
N7 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.05 0.04
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
O5' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.07 0.05
OP1 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.06 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.06 0.04 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00