ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48268

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.002, 0.015, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.002, 0.016, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.003, 0.023, 0.042, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.002, 0.023, 0.044, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.023 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.002, 0.023, 0.044, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.023 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.001, 0.057, 0.113, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.057 std_dev=0.056
O4' A 0, -0.009, 0.065, 0.138, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.065 std_dev=0.074
C4' A 0, 0.007, 0.096, 0.186, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.096 std_dev=0.089
O2' A 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.105 std_dev=0.105
C3' A 0, -0.024, 0.097, 0.218, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.097 std_dev=0.121
C5' A 0, -0.004, 0.165, 0.333, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.165 std_dev=0.168
O3' A 0, -0.043, 0.144, 0.332, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.144 std_dev=0.187
O4' B 0, 0.033, 0.226, 0.420, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.226 std_dev=0.193
OP1 A 0, 0.051, 0.339, 0.626, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.339 std_dev=0.288
C4' B 0, 0.010, 0.311, 0.611, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.311 std_dev=0.301
C1' B 0, -0.023, 0.301, 0.625, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.301 std_dev=0.324
OP2 B 0, 0.051, 0.384, 0.717, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.384 std_dev=0.333
N9 B 0, -0.021, 0.325, 0.670, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.325 std_dev=0.346
C8 B 0, 0.009, 0.356, 0.704, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.356 std_dev=0.347
P B 0, 0.023, 0.385, 0.747, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.385 std_dev=0.362
O5' B 0, 0.010, 0.379, 0.749, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.379 std_dev=0.370
OP1 B 0, 0.014, 0.422, 0.830, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.422 std_dev=0.408
C3' B 0, -0.048, 0.375, 0.797, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.375 std_dev=0.422
C2' B 0, -0.075, 0.375, 0.824, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.375 std_dev=0.449
N7 B 0, -0.027, 0.424, 0.876, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.424 std_dev=0.451
C4 B 0, -0.084, 0.396, 0.876, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.396 std_dev=0.480
C5 B 0, -0.065, 0.420, 0.904, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.420 std_dev=0.485
C5' B 0, -0.054, 0.443, 0.941, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.443 std_dev=0.497
C6 B 0, -0.094, 0.480, 1.055, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.480 std_dev=0.575
O6 B 0, -0.086, 0.525, 1.135, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.525 std_dev=0.611
N3 B 0, -0.162, 0.471, 1.103, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.471 std_dev=0.633
O2' B 0, -0.169, 0.496, 1.161, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.496 std_dev=0.665
N1 B 0, -0.147, 0.525, 1.197, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.525 std_dev=0.672
C2 B 0, -0.185, 0.532, 1.249, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.532 std_dev=0.717
O3' B 0, -0.151, 0.573, 1.297, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.573 std_dev=0.724
N2 B 0, -0.253, 0.626, 1.505, 2.143 max_d=2.143 avg_d=0.626 std_dev=0.879
O5' A 0, -0.346, 0.635, 1.616, 2.330 max_d=2.330 avg_d=0.635 std_dev=0.981
P A 0, -0.342, 0.818, 1.978, 2.819 max_d=2.819 avg_d=0.818 std_dev=1.160
OP2 A 0, -0.696, 1.426, 3.548, 5.094 max_d=5.094 avg_d=1.426 std_dev=2.122

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.09 0.40 0.26
C2 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.10 0.04 0.03 0.52 0.04 1.03 0.62
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.29 0.03 0.45 0.25
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.08 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.00 0.00 0.01 0.34 0.07 0.45 0.25
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.55 0.02 1.00 0.62
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.09 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.69 0.08 1.31 0.80
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.70 0.10 1.40 0.84
C8 0.00 0.02 0.02 0.08 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.71 0.05 1.20 0.77
N1 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.02 0.03 0.63 0.08 1.25 0.75
N3 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.03 0.03 0.45 0.00 0.86 0.52
N6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.01 0.77 0.14 1.59 0.94
N7 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.78 0.10 1.46 0.90
N9 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.51 0.01 0.86 0.55
O2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.04 0.05 0.03 0.07 0.01 0.09 0.09 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.03 0.15 0.08
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.09 0.02 0.03 0.02 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.21 0.13 0.28 0.11
O4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.06 0.16 0.13 0.12
O5' 0.24 0.52 0.29 0.34 0.55 0.01 0.69 0.01 0.70 0.71 0.63 0.45 0.77 0.78 0.51 0.09 0.21 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.09 0.04 0.03 0.07 0.02 0.09 0.08 0.09 0.10 0.05 0.08 0.00 0.14 0.10 0.01 0.03 0.13 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.40 1.03 0.45 0.45 1.00 0.02 1.31 0.01 1.40 1.20 1.25 0.86 1.59 1.46 0.86 0.15 0.28 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.26 0.62 0.25 0.25 0.62 0.01 0.80 0.02 0.84 0.77 0.75 0.52 0.94 0.90 0.55 0.08 0.11 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.05 0.10 0.02 0.13 0.10 0.26 0.24 0.27 0.28 0.16 0.13 0.04 0.35 0.15 0.27 0.10 0.16 0.15 0.35 0.13 0.08 0.10
C2 0.05 0.08 0.18 0.05 0.09 0.10 0.26 0.27 0.25 0.31 0.10 0.23 0.11 0.38 0.12 0.39 0.12 0.15 0.17 0.35 0.14 0.10 0.11
C2' 0.09 0.15 0.10 0.03 0.24 0.09 0.38 0.22 0.40 0.37 0.29 0.07 0.11 0.45 0.24 0.29 0.15 0.20 0.16 0.49 0.13 0.10 0.10
C3' 0.08 0.19 0.10 0.06 0.24 0.03 0.36 0.12 0.39 0.33 0.31 0.10 0.15 0.41 0.22 0.27 0.21 0.15 0.07 0.47 0.04 0.03 0.02
C4 0.03 0.04 0.10 0.02 0.13 0.10 0.26 0.24 0.26 0.29 0.15 0.13 0.03 0.34 0.15 0.27 0.08 0.16 0.15 0.33 0.13 0.07 0.09
C4' 0.07 0.13 0.07 0.01 0.19 0.07 0.30 0.17 0.32 0.29 0.24 0.06 0.09 0.35 0.18 0.21 0.12 0.16 0.10 0.40 0.07 0.04 0.04
C5 0.07 0.07 0.04 0.04 0.15 0.11 0.24 0.21 0.24 0.26 0.16 0.08 0.05 0.30 0.16 0.18 0.05 0.17 0.12 0.30 0.10 0.04 0.06
C5' 0.09 0.17 0.03 0.01 0.20 0.06 0.29 0.12 0.32 0.26 0.26 0.10 0.13 0.32 0.18 0.14 0.09 0.14 0.05 0.38 0.02 0.03 0.02
C6 0.06 0.07 0.04 0.05 0.14 0.11 0.24 0.21 0.23 0.26 0.15 0.08 0.05 0.30 0.15 0.18 0.05 0.17 0.12 0.28 0.09 0.03 0.05
C8 0.09 0.10 0.02 0.05 0.16 0.11 0.25 0.19 0.25 0.25 0.18 0.06 0.08 0.30 0.16 0.13 0.03 0.16 0.11 0.31 0.10 0.04 0.05
N1 0.03 0.05 0.13 0.04 0.10 0.11 0.24 0.25 0.23 0.30 0.12 0.17 0.07 0.35 0.13 0.31 0.09 0.15 0.15 0.31 0.12 0.07 0.08
N3 0.03 0.05 0.16 0.04 0.10 0.10 0.26 0.27 0.26 0.31 0.12 0.21 0.08 0.38 0.13 0.36 0.12 0.16 0.18 0.36 0.15 0.10 0.12
N6 0.11 0.11 0.06 0.10 0.15 0.13 0.21 0.16 0.21 0.22 0.16 0.07 0.09 0.24 0.16 0.04 0.08 0.17 0.07 0.24 0.05 0.03 0.02
N7 0.11 0.11 0.02 0.07 0.17 0.11 0.24 0.17 0.24 0.24 0.18 0.06 0.10 0.27 0.17 0.08 0.03 0.16 0.09 0.29 0.08 0.02 0.04
N9 0.06 0.06 0.07 0.03 0.15 0.11 0.26 0.23 0.26 0.28 0.17 0.10 0.04 0.33 0.16 0.22 0.07 0.17 0.14 0.34 0.12 0.07 0.08
O2' 0.11 0.15 0.10 0.03 0.26 0.13 0.42 0.29 0.45 0.42 0.31 0.08 0.11 0.51 0.26 0.31 0.13 0.24 0.22 0.55 0.19 0.16 0.17
O3' 0.09 0.25 0.12 0.09 0.29 0.02 0.42 0.10 0.46 0.36 0.38 0.14 0.19 0.46 0.25 0.30 0.26 0.16 0.06 0.55 0.03 0.03 0.02
O4' 0.05 0.06 0.06 0.03 0.13 0.11 0.24 0.22 0.25 0.25 0.16 0.10 0.04 0.31 0.14 0.20 0.05 0.15 0.14 0.32 0.11 0.06 0.07
O5' 0.67 0.53 0.84 0.81 0.51 0.73 0.38 0.63 0.33 0.43 0.41 0.62 0.59 0.33 0.54 0.98 0.94 0.61 0.67 0.24 0.70 0.69 0.70
OP1 0.03 0.08 0.13 0.14 0.10 0.09 0.18 0.06 0.21 0.14 0.16 0.05 0.05 0.19 0.07 0.21 0.24 0.03 0.09 0.26 0.13 0.15 0.14
OP2 1.51 1.27 1.71 1.73 1.29 1.65 1.16 1.57 1.09 1.25 1.15 1.33 1.36 1.13 1.36 1.83 1.89 1.47 1.57 0.98 1.64 1.56 1.58
P 0.81 0.62 0.96 0.98 0.64 0.92 0.54 0.88 0.48 0.63 0.52 0.67 0.69 0.54 0.70 1.05 1.09 0.80 0.92 0.41 0.98 0.96 0.97

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.09 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.01 0.02 0.17 0.12
C2 0.06 0.00 0.14 0.13 0.00 0.08 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.17 0.03 0.13 0.02 0.08 0.24 0.18
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.03 0.11 0.18 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.18 0.03 0.05
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.10 0.18 0.12 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.23 0.11 0.14
C4 0.03 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.01 0.12 0.01 0.10 0.27 0.19
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.12 0.08 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.09 0.00 0.12 0.29 0.20
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.07 0.02 0.09 0.06 0.08 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.07 0.06 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.08 0.03 0.08 0.01 0.12 0.28 0.18
C8 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.04 0.10 0.03 0.15 0.31 0.23
N1 0.04 0.00 0.11 0.10 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.14 0.02 0.10 0.02 0.09 0.25 0.18
N2 0.09 0.00 0.18 0.18 0.01 0.12 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.23 0.23 0.07 0.15 0.00 0.08 0.24 0.18
N3 0.06 0.00 0.13 0.12 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.15 0.04 0.14 0.02 0.07 0.24 0.18
N7 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.08 0.03 0.16 0.33 0.22
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.12 0.01 0.09 0.26 0.19
O2' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.08 0.02 0.06 0.02 0.09 0.02 0.13 0.23 0.14 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.09 0.24 0.06 0.08
O3' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.08 0.01 0.05 0.02 0.08 0.06 0.14 0.23 0.15 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.16 0.07 0.44 0.29 0.31
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.07 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.05 0.08 0.20 0.16
O5' 0.09 0.13 0.01 0.07 0.12 0.01 0.09 0.01 0.08 0.10 0.10 0.15 0.14 0.08 0.12 0.03 0.16 0.12 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.02 0.06 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.09 0.07 0.05 0.06 0.00 0.12 0.27 0.17
OP1 0.02 0.08 0.18 0.23 0.10 0.09 0.12 0.04 0.12 0.15 0.09 0.08 0.07 0.16 0.09 0.24 0.44 0.08 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.24 0.03 0.11 0.27 0.03 0.29 0.02 0.28 0.31 0.25 0.24 0.24 0.33 0.26 0.06 0.29 0.20 0.02 0.27 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.18 0.05 0.14 0.19 0.02 0.20 0.01 0.18 0.23 0.18 0.18 0.18 0.22 0.19 0.08 0.31 0.16 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00