ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48269

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.009, 0.029, 0.049, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.008, 0.030, 0.051, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.004, 0.026, 0.047, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.026 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.008, 0.033, 0.058, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.033 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.010, 0.036, 0.063, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.036 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.008, 0.037, 0.065, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.037 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.017, 0.047, 0.077, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.047 std_dev=0.030
N9 A 0, 0.013, 0.046, 0.080, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.046 std_dev=0.034
N6 A 0, 0.010, 0.052, 0.094, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.052 std_dev=0.042
C8 A 0, 0.018, 0.063, 0.107, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.063 std_dev=0.045
C2' B 0, -0.078, 0.376, 0.829, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.376 std_dev=0.453
O3' B 0, -0.034, 0.448, 0.931, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.448 std_dev=0.482
O2' B 0, -0.039, 0.487, 1.014, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.487 std_dev=0.527
C3' B 0, -0.103, 0.469, 1.041, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.469 std_dev=0.572
O4' B 0, -0.114, 0.469, 1.051, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.469 std_dev=0.582
C1' B 0, -0.157, 0.470, 1.098, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.470 std_dev=0.627
O4' A 0, -0.231, 0.562, 1.356, 1.927 max_d=1.927 avg_d=0.562 std_dev=0.794
C4' B 0, -0.227, 0.602, 1.431, 2.032 max_d=2.032 avg_d=0.602 std_dev=0.829
C2' A 0, -0.323, 0.586, 1.496, 2.159 max_d=2.159 avg_d=0.586 std_dev=0.910
O3' A 0, -0.383, 0.766, 1.915, 2.752 max_d=2.752 avg_d=0.766 std_dev=1.149
C3' A 0, -0.451, 0.702, 1.855, 2.698 max_d=2.698 avg_d=0.702 std_dev=1.153
C4' A 0, -0.453, 0.724, 1.901, 2.761 max_d=2.761 avg_d=0.724 std_dev=1.177
O2' A 0, -0.468, 0.848, 2.164, 3.126 max_d=3.126 avg_d=0.848 std_dev=1.316
N9 B 0, -0.488, 0.907, 2.303, 3.321 max_d=3.321 avg_d=0.907 std_dev=1.395
O5' B 0, -0.527, 1.013, 2.553, 3.677 max_d=3.677 avg_d=1.013 std_dev=1.540
C5' B 0, -0.545, 1.130, 2.804, 4.024 max_d=4.024 avg_d=1.130 std_dev=1.674
C5' A 0, -0.633, 1.226, 3.084, 4.432 max_d=4.432 avg_d=1.226 std_dev=1.859
C8 B 0, -0.698, 1.184, 3.067, 4.443 max_d=4.443 avg_d=1.184 std_dev=1.883
O5' A 0, -0.649, 1.248, 3.145, 4.524 max_d=4.524 avg_d=1.248 std_dev=1.897
C4 B 0, -0.709, 1.244, 3.197, 4.625 max_d=4.625 avg_d=1.244 std_dev=1.953
OP1 A 0, -0.618, 1.343, 3.304, 4.720 max_d=4.720 avg_d=1.343 std_dev=1.961
OP2 A 0, -0.683, 1.323, 3.328, 4.788 max_d=4.788 avg_d=1.323 std_dev=2.005
P A 0, -0.816, 1.293, 3.402, 4.943 max_d=4.943 avg_d=1.293 std_dev=2.109
N3 B 0, -0.769, 1.377, 3.522, 5.090 max_d=5.090 avg_d=1.377 std_dev=2.146
N7 B 0, -0.955, 1.524, 4.004, 5.817 max_d=5.817 avg_d=1.524 std_dev=2.479
C5 B 0, -0.953, 1.554, 4.062, 5.895 max_d=5.895 avg_d=1.554 std_dev=2.507
P B 0, -1.014, 1.691, 4.397, 6.375 max_d=6.375 avg_d=1.691 std_dev=2.705
C2 B 0, -1.046, 1.786, 4.617, 6.687 max_d=6.687 avg_d=1.786 std_dev=2.831
C6 B 0, -1.198, 1.947, 5.093, 7.393 max_d=7.393 avg_d=1.947 std_dev=3.146
OP2 B 0, -1.237, 1.942, 5.120, 7.445 max_d=7.445 avg_d=1.942 std_dev=3.179
N1 B 0, -1.224, 2.019, 5.263, 7.635 max_d=7.635 avg_d=2.019 std_dev=3.243
N2 B 0, -1.200, 2.051, 5.302, 7.679 max_d=7.679 avg_d=2.051 std_dev=3.251
OP1 B 0, -1.289, 2.109, 5.507, 7.992 max_d=7.992 avg_d=2.109 std_dev=3.398
O6 B 0, -1.426, 2.265, 5.957, 8.657 max_d=8.657 avg_d=2.265 std_dev=3.692

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.13 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.24 0.01 0.20 0.43 0.56 0.15
C2 0.04 0.00 0.42 0.22 0.01 0.30 0.02 0.56 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.47 0.03 0.47 0.35 0.12 0.97 0.49
C2' 0.01 0.42 0.00 0.00 0.20 0.06 0.06 0.24 0.15 0.28 0.31 0.42 0.07 0.17 0.02 0.01 0.03 0.03 0.39 0.04 0.85 0.41
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.18 0.02 0.19 0.06 0.21 0.09 0.23 0.19 0.21 0.14 0.11 0.02 0.02 0.03 0.07 0.23 0.14 0.07
C4 0.02 0.01 0.20 0.18 0.00 0.17 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.05 0.26 0.29 0.31 0.91 0.36
C4' 0.02 0.30 0.06 0.02 0.17 0.00 0.11 0.02 0.17 0.10 0.25 0.28 0.15 0.05 0.06 0.21 0.01 0.01 0.04 0.29 0.10 0.05
C5 0.01 0.02 0.06 0.19 0.00 0.11 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.02 0.13 0.26 0.37 1.01 0.36
C5' 0.13 0.56 0.24 0.06 0.39 0.02 0.35 0.00 0.43 0.12 0.52 0.50 0.41 0.19 0.23 0.03 0.21 0.01 0.02 0.14 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.21 0.01 0.17 0.01 0.43 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.23 0.29 0.25 1.07 0.43
C8 0.01 0.01 0.28 0.09 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.47 0.06 0.22 0.15 0.65 0.88 0.14
N1 0.03 0.00 0.31 0.23 0.01 0.25 0.01 0.52 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.28 0.03 0.38 0.33 0.15 1.04 0.49
N3 0.04 0.00 0.42 0.19 0.01 0.28 0.01 0.50 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.48 0.07 0.47 0.33 0.18 0.88 0.43
N6 0.02 0.00 0.07 0.21 0.01 0.15 0.02 0.41 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.10 0.05 0.17 0.27 0.27 1.11 0.42
N7 0.01 0.02 0.17 0.14 0.00 0.05 0.00 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.39 0.01 0.11 0.18 0.57 1.00 0.22
N9 0.00 0.02 0.02 0.11 0.01 0.06 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.12 0.10 0.03 0.23 0.45 0.79 0.24
O2' 0.05 0.47 0.01 0.02 0.13 0.21 0.09 0.03 0.04 0.47 0.28 0.48 0.10 0.39 0.12 0.00 0.05 0.18 0.33 0.01 0.93 0.42
O3' 0.24 0.03 0.03 0.02 0.05 0.01 0.02 0.21 0.03 0.06 0.03 0.07 0.05 0.01 0.10 0.05 0.00 0.25 0.28 0.33 0.21 0.27
O4' 0.01 0.47 0.03 0.03 0.26 0.01 0.13 0.01 0.23 0.22 0.38 0.47 0.17 0.11 0.03 0.18 0.25 0.00 0.16 0.64 0.09 0.15
O5' 0.20 0.35 0.39 0.07 0.29 0.04 0.26 0.02 0.29 0.15 0.33 0.33 0.27 0.18 0.23 0.33 0.28 0.16 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.43 0.12 0.04 0.23 0.31 0.29 0.37 0.14 0.25 0.65 0.15 0.18 0.27 0.57 0.45 0.01 0.33 0.64 0.02 0.00 0.04 0.01
OP2 0.56 0.97 0.85 0.14 0.91 0.10 1.01 0.25 1.07 0.88 1.04 0.88 1.11 1.00 0.79 0.93 0.21 0.09 0.04 0.04 0.00 0.03
P 0.15 0.49 0.41 0.07 0.36 0.05 0.36 0.02 0.43 0.14 0.49 0.43 0.42 0.22 0.24 0.42 0.27 0.15 0.01 0.01 0.03 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.52 2.52 0.34 0.11 1.65 0.22 1.87 0.35 2.38 1.03 2.69 2.87 1.93 1.47 1.05 0.11 0.19 0.13 0.14 2.53 0.04 1.16 0.50
C2 0.33 1.46 0.16 0.15 1.14 0.07 1.34 0.10 1.60 0.83 1.64 1.39 1.17 1.13 0.77 0.20 0.09 0.20 0.51 1.67 0.71 1.53 1.02
C2' 0.26 2.07 0.11 0.11 1.27 0.39 1.48 0.49 1.96 0.73 2.24 2.43 1.52 1.13 0.73 0.19 0.33 0.12 0.05 2.11 0.16 0.96 0.32
C3' 0.09 1.97 0.17 0.38 1.17 0.61 1.44 0.69 1.97 0.66 2.22 2.28 1.38 1.11 0.62 0.51 0.69 0.25 0.15 2.18 0.29 0.89 0.24
C4 0.46 2.13 0.27 0.09 1.45 0.20 1.58 0.29 1.95 0.87 2.20 2.33 1.72 1.23 0.92 0.11 0.17 0.11 0.18 2.01 0.10 1.13 0.53
C4' 0.49 2.36 0.22 0.10 1.58 0.26 1.84 0.37 2.35 1.03 2.60 2.65 1.80 1.48 1.02 0.20 0.38 0.18 0.24 2.56 0.06 1.22 0.59
C5 0.44 1.91 0.27 0.08 1.30 0.30 1.34 0.46 1.63 0.69 1.88 2.09 1.62 0.99 0.82 0.13 0.22 0.06 0.00 1.65 0.21 0.84 0.26
C5' 0.65 2.37 0.35 0.20 1.64 0.23 1.85 0.34 2.32 1.10 2.56 2.64 1.87 1.50 1.11 0.24 0.39 0.36 0.38 2.49 0.13 1.23 0.64
C6 0.35 1.40 0.20 0.09 1.03 0.24 1.03 0.34 1.23 0.54 1.38 1.46 1.24 0.76 0.66 0.13 0.18 0.07 0.09 1.23 0.05 0.88 0.37
C8 0.50 2.32 0.34 0.07 1.49 0.38 1.56 0.63 1.97 0.79 2.31 2.69 1.88 1.15 0.92 0.17 0.28 0.05 0.14 2.02 0.51 0.69 0.05
N1 0.29 1.15 0.14 0.12 0.94 0.08 1.03 0.05 1.19 0.62 1.24 1.10 0.99 0.84 0.64 0.19 0.11 0.15 0.40 1.22 0.50 1.29 0.83
N3 0.41 1.93 0.21 0.14 1.37 0.09 1.59 0.08 1.96 0.93 2.11 1.98 1.51 1.30 0.90 0.16 0.11 0.18 0.39 2.07 0.51 1.44 0.87
N6 0.26 1.02 0.17 0.14 0.71 0.37 0.65 0.55 0.80 0.24 0.96 1.11 0.93 0.40 0.41 0.17 0.22 0.14 0.14 0.77 0.39 0.50 0.05
N7 0.47 2.05 0.32 0.10 1.34 0.42 1.35 0.68 1.68 0.65 1.99 2.36 1.73 0.95 0.82 0.21 0.29 0.07 0.21 1.69 0.62 0.55 0.06
N9 0.50 2.38 0.32 0.08 1.56 0.27 1.70 0.42 2.14 0.91 2.45 2.71 1.88 1.30 0.98 0.11 0.21 0.09 0.06 2.23 0.13 1.01 0.37
O2' 0.54 2.41 0.50 0.29 1.57 0.09 1.78 0.20 2.28 1.02 2.59 2.81 1.84 1.42 1.03 0.24 0.12 0.13 0.16 2.43 0.09 1.20 0.53
O3' 0.28 2.17 0.05 0.19 1.42 0.40 1.76 0.42 2.32 0.97 2.53 2.43 1.56 1.45 0.87 0.42 0.53 0.06 0.11 2.60 0.06 1.26 0.57
O4' 0.65 2.61 0.38 0.14 1.79 0.14 2.04 0.27 2.57 1.20 2.84 2.90 2.03 1.66 1.20 0.10 0.21 0.28 0.32 2.76 0.16 1.31 0.67
O5' 0.42 2.09 0.10 0.21 1.37 0.38 1.54 0.56 1.98 0.82 2.23 2.40 1.62 1.20 0.86 0.18 0.55 0.12 0.12 2.12 0.35 0.90 0.32
OP1 0.13 1.51 0.42 0.77 0.76 0.95 0.85 1.24 1.27 0.13 1.57 1.85 1.08 0.47 0.26 0.57 1.08 0.48 0.58 1.37 1.16 0.04 0.51
OP2 1.22 2.71 0.93 0.57 2.05 0.37 2.13 0.08 2.49 1.47 2.75 3.00 2.34 1.78 1.58 0.77 0.22 0.84 0.66 2.57 0.06 1.31 0.72
P 0.51 2.05 0.19 0.18 1.37 0.32 1.48 0.56 1.87 0.80 2.13 2.35 1.65 1.14 0.89 0.14 0.53 0.18 0.09 1.98 0.46 0.77 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.02 0.05 0.70 0.27
C2 0.03 0.00 0.21 0.23 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.30 0.06 0.11 0.00 0.18 0.82 0.43
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.12 0.04 0.09 0.01 0.14 0.04 0.18 0.25 0.19 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.18 0.12 0.30 0.51 0.06
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.15 0.01 0.14 0.01 0.18 0.04 0.21 0.26 0.20 0.07 0.07 0.02 0.01 0.01 0.27 0.17 0.46 0.30 0.12
C4 0.01 0.01 0.12 0.15 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.19 0.05 0.16 0.01 0.15 0.78 0.36
C4' 0.02 0.06 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.09 0.06 0.04 0.02 0.12 0.02 0.01 0.03 0.04 0.23 0.49 0.10
C5 0.01 0.01 0.09 0.14 0.00 0.02 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.18 0.07 0.20 0.02 0.27 0.78 0.38
C5' 0.03 0.04 0.01 0.01 0.07 0.03 0.12 0.00 0.13 0.14 0.09 0.01 0.02 0.16 0.08 0.13 0.06 0.02 0.03 0.16 0.26 0.39 0.02
C6 0.02 0.00 0.14 0.18 0.01 0.03 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.24 0.09 0.17 0.01 0.33 0.79 0.43
C8 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.05 0.28 0.02 0.18 0.72 0.26
N1 0.02 0.00 0.18 0.21 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.29 0.08 0.13 0.00 0.28 0.82 0.45
N2 0.04 0.01 0.25 0.26 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.35 0.05 0.08 0.01 0.15 0.82 0.43
N3 0.03 0.00 0.19 0.20 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.25 0.04 0.11 0.01 0.11 0.79 0.38
N7 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.00 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.06 0.27 0.02 0.29 0.72 0.32
N9 0.00 0.01 0.04 0.07 0.01 0.02 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.04 0.18 0.02 0.09 0.75 0.30
O2' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.05 0.12 0.04 0.13 0.07 0.03 0.10 0.17 0.10 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.13 0.06 0.40 0.47 0.04
O3' 0.03 0.30 0.03 0.01 0.19 0.02 0.18 0.06 0.24 0.04 0.29 0.35 0.25 0.10 0.09 0.03 0.00 0.02 0.26 0.23 0.70 0.11 0.28
O4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.09 0.05 0.08 0.05 0.04 0.06 0.04 0.08 0.02 0.00 0.08 0.10 0.07 0.73 0.34
O5' 0.08 0.11 0.18 0.27 0.16 0.03 0.20 0.03 0.17 0.28 0.13 0.08 0.11 0.27 0.18 0.13 0.26 0.08 0.00 0.18 0.04 0.02 0.00
O6 0.02 0.00 0.12 0.17 0.01 0.04 0.02 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.23 0.10 0.18 0.00 0.41 0.76 0.45
OP1 0.05 0.18 0.30 0.46 0.15 0.23 0.27 0.26 0.33 0.18 0.28 0.15 0.11 0.29 0.09 0.40 0.70 0.07 0.04 0.41 0.00 0.01 0.02
OP2 0.70 0.82 0.51 0.30 0.78 0.49 0.78 0.39 0.79 0.72 0.82 0.82 0.79 0.72 0.75 0.47 0.11 0.73 0.02 0.76 0.01 0.00 0.00
P 0.27 0.43 0.06 0.12 0.36 0.10 0.38 0.02 0.43 0.26 0.45 0.43 0.38 0.32 0.30 0.04 0.28 0.34 0.00 0.45 0.02 0.00 0.00