ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48277

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 10, 15, 5, 1, 1, 4, 6, 10, 6, 13, 15, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.015, 0.025, 0.035, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.025 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.015, 0.027, 0.039, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.027 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.025 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.015, 0.028, 0.041, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.028 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.011, 0.025, 0.040, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.017, 0.033, 0.050, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.033 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.019, 0.038, 0.057, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.038 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.017, 0.039, 0.060, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.039 std_dev=0.021
O4' A 0, -0.047, 0.203, 0.453, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.203 std_dev=0.250
C2' A 0, -0.040, 0.274, 0.587, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.274 std_dev=0.313
C4' A 0, 0.048, 0.387, 0.727, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.387 std_dev=0.340
C2' B 0, 0.297, 0.672, 1.048, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.672 std_dev=0.375
O2' B 0, 0.310, 0.726, 1.142, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.726 std_dev=0.416
C3' A 0, 0.029, 0.457, 0.885, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.457 std_dev=0.428
O2' A 0, 0.034, 0.469, 0.903, 2.202 max_d=2.202 avg_d=0.469 std_dev=0.435
C1' B 0, 0.305, 0.848, 1.390, 3.094 max_d=3.094 avg_d=0.848 std_dev=0.543
C3' B 0, 0.345, 0.896, 1.448, 3.122 max_d=3.122 avg_d=0.896 std_dev=0.551
O3' A 0, 0.138, 0.736, 1.333, 2.635 max_d=2.635 avg_d=0.736 std_dev=0.597
O3' B 0, 0.388, 1.007, 1.626, 3.403 max_d=3.403 avg_d=1.007 std_dev=0.619
C5' A 0, 0.036, 0.670, 1.303, 2.453 max_d=2.453 avg_d=0.670 std_dev=0.634
N9 B 0, 0.230, 0.942, 1.653, 4.914 max_d=4.914 avg_d=0.942 std_dev=0.711
N3 B 0, -0.068, 0.680, 1.427, 5.902 max_d=5.902 avg_d=0.680 std_dev=0.747
O4' B 0, 0.366, 1.154, 1.942, 4.256 max_d=4.256 avg_d=1.154 std_dev=0.788
C4 B 0, 0.081, 0.884, 1.687, 5.949 max_d=5.949 avg_d=0.884 std_dev=0.803
C4' B 0, 0.387, 1.236, 2.085, 4.507 max_d=4.507 avg_d=1.236 std_dev=0.849
C2 B 0, -0.159, 0.838, 1.836, 7.816 max_d=7.816 avg_d=0.838 std_dev=0.998
C8 B 0, 0.224, 1.252, 2.280, 6.576 max_d=6.576 avg_d=1.252 std_dev=1.028
O5' B 0, 0.382, 1.536, 2.690, 8.341 max_d=8.341 avg_d=1.536 std_dev=1.154
C5 B 0, 0.028, 1.183, 2.338, 7.821 max_d=7.821 avg_d=1.183 std_dev=1.155
C5' B 0, 0.404, 1.560, 2.715, 6.773 max_d=6.773 avg_d=1.560 std_dev=1.155
O5' A 0, 0.505, 1.663, 2.821, 3.102 max_d=3.102 avg_d=1.663 std_dev=1.158
N1 B 0, -0.151, 1.128, 2.407, 9.383 max_d=9.383 avg_d=1.128 std_dev=1.279
N7 B 0, 0.098, 1.394, 2.690, 8.157 max_d=8.157 avg_d=1.394 std_dev=1.296
C6 B 0, -0.089, 1.292, 2.673, 9.441 max_d=9.441 avg_d=1.292 std_dev=1.381
P A 0, 0.630, 2.032, 3.434, 3.642 max_d=3.642 avg_d=2.032 std_dev=1.402
OP2 A 0, 0.644, 2.060, 3.475, 3.763 max_d=3.763 avg_d=2.060 std_dev=1.415
P B 0, 0.438, 1.937, 3.436, 11.127 max_d=11.127 avg_d=1.937 std_dev=1.499
OP1 A 0, 0.776, 2.350, 3.923, 4.787 max_d=4.787 avg_d=2.350 std_dev=1.573
OP2 B 0, 0.427, 2.000, 3.573, 12.311 max_d=12.311 avg_d=2.000 std_dev=1.573
OP1 B 0, 0.565, 2.188, 3.812, 11.457 max_d=11.457 avg_d=2.188 std_dev=1.623
N6 B 0, -0.142, 1.610, 3.363, 11.319 max_d=11.319 avg_d=1.610 std_dev=1.753

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.00 0.23 0.29 0.22 0.16
C2 0.02 0.00 0.19 0.20 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.24 0.08 0.53 0.56 0.51 0.48
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.07 0.08 0.12 0.14 0.20 0.05 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.36 0.45 0.26 0.32
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.15 0.00 0.16 0.02 0.18 0.17 0.19 0.18 0.19 0.18 0.11 0.02 0.01 0.02 0.40 0.52 0.16 0.35
C4 0.01 0.01 0.09 0.15 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.13 0.04 0.57 0.55 0.45 0.48
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.11 0.06 0.03 0.10 0.12 0.06 0.13 0.02 0.00 0.02 0.21 0.32 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.16 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.12 0.02 0.73 0.68 0.64 0.65
C5' 0.04 0.10 0.07 0.02 0.13 0.01 0.20 0.00 0.20 0.23 0.15 0.07 0.24 0.25 0.13 0.07 0.09 0.02 0.01 0.23 0.42 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.18 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.15 0.04 0.75 0.73 0.73 0.70
C8 0.01 0.01 0.12 0.17 0.00 0.11 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.16 0.16 0.07 0.74 0.62 0.48 0.60
N1 0.02 0.00 0.14 0.19 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.19 0.06 0.66 0.66 0.65 0.61
N3 0.02 0.00 0.20 0.18 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.23 0.08 0.45 0.49 0.39 0.40
N6 0.01 0.01 0.05 0.19 0.01 0.10 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.15 0.03 0.83 0.82 0.86 0.80
N7 0.01 0.01 0.08 0.18 0.00 0.12 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.17 0.16 0.05 0.82 0.74 0.70 0.74
N9 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.07 0.01 0.52 0.48 0.33 0.40
O2' 0.01 0.16 0.00 0.02 0.12 0.13 0.14 0.07 0.15 0.16 0.15 0.16 0.16 0.17 0.10 0.00 0.06 0.09 0.14 0.31 0.27 0.16
O3' 0.12 0.24 0.02 0.01 0.13 0.02 0.12 0.09 0.15 0.16 0.19 0.23 0.15 0.16 0.07 0.06 0.00 0.07 0.30 0.58 0.23 0.35
O4' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.07 0.06 0.08 0.03 0.05 0.01 0.09 0.07 0.00 0.07 0.25 0.39 0.17
O5' 0.23 0.53 0.36 0.40 0.57 0.02 0.73 0.01 0.75 0.74 0.66 0.45 0.83 0.82 0.52 0.14 0.30 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.29 0.56 0.45 0.52 0.55 0.21 0.68 0.23 0.73 0.62 0.66 0.49 0.82 0.74 0.48 0.31 0.58 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.51 0.26 0.16 0.45 0.32 0.64 0.42 0.73 0.48 0.65 0.39 0.86 0.70 0.33 0.27 0.23 0.39 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.48 0.32 0.35 0.48 0.04 0.65 0.01 0.70 0.60 0.61 0.40 0.80 0.74 0.40 0.16 0.35 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.93 0.25 0.26 0.60 0.26 0.65 0.38 0.83 0.38 0.97 0.74 0.88 0.51 0.42 0.28 0.35 0.27 0.20 0.45 0.62 0.44
C2 0.38 0.59 0.32 0.35 0.34 0.46 0.29 0.49 0.40 0.20 0.53 0.52 0.40 0.20 0.27 0.36 0.38 0.45 0.43 0.63 0.72 0.58
C2' 0.39 0.88 0.25 0.25 0.55 0.29 0.58 0.37 0.76 0.32 0.90 0.71 0.81 0.44 0.39 0.29 0.33 0.34 0.24 0.53 0.66 0.49
C3' 0.52 1.00 0.34 0.29 0.68 0.33 0.71 0.31 0.89 0.46 1.03 0.82 0.93 0.56 0.53 0.36 0.36 0.45 0.22 0.48 0.56 0.40
C4 0.36 0.80 0.26 0.27 0.51 0.29 0.51 0.36 0.65 0.29 0.78 0.67 0.66 0.38 0.36 0.29 0.34 0.31 0.22 0.43 0.57 0.41
C4' 0.39 0.98 0.27 0.28 0.66 0.24 0.73 0.39 0.93 0.45 1.06 0.77 1.01 0.60 0.48 0.29 0.37 0.28 0.20 0.48 0.64 0.46
C5 0.37 0.79 0.24 0.24 0.53 0.23 0.53 0.31 0.65 0.33 0.76 0.68 0.65 0.41 0.39 0.24 0.29 0.28 0.15 0.34 0.47 0.33
C5' 0.42 0.97 0.30 0.32 0.68 0.27 0.77 0.45 0.98 0.51 1.08 0.76 1.07 0.66 0.51 0.33 0.41 0.30 0.26 0.52 0.65 0.51
C6 0.37 0.62 0.26 0.26 0.42 0.29 0.38 0.31 0.46 0.25 0.56 0.57 0.45 0.29 0.33 0.26 0.28 0.34 0.22 0.37 0.45 0.33
C8 0.38 0.97 0.21 0.21 0.67 0.17 0.73 0.36 0.89 0.48 1.01 0.77 0.93 0.61 0.49 0.21 0.28 0.25 0.18 0.38 0.53 0.40
N1 0.39 0.52 0.31 0.32 0.32 0.44 0.27 0.44 0.35 0.21 0.45 0.48 0.34 0.21 0.27 0.33 0.34 0.44 0.39 0.55 0.63 0.51
N3 0.37 0.72 0.30 0.32 0.42 0.40 0.40 0.43 0.54 0.21 0.68 0.60 0.54 0.27 0.30 0.34 0.38 0.39 0.34 0.56 0.67 0.52
N6 0.37 0.52 0.23 0.21 0.41 0.23 0.37 0.25 0.41 0.28 0.47 0.52 0.40 0.31 0.35 0.18 0.20 0.31 0.16 0.25 0.31 0.23
N7 0.38 0.93 0.20 0.20 0.65 0.16 0.69 0.34 0.82 0.47 0.93 0.76 0.84 0.58 0.49 0.19 0.25 0.26 0.17 0.33 0.46 0.35
N9 0.36 0.91 0.24 0.25 0.59 0.23 0.63 0.35 0.80 0.38 0.93 0.73 0.83 0.50 0.42 0.26 0.33 0.27 0.18 0.41 0.57 0.40
O2' 0.26 0.81 0.23 0.29 0.48 0.29 0.55 0.45 0.74 0.29 0.85 0.62 0.81 0.44 0.30 0.25 0.33 0.23 0.31 0.60 0.75 0.58
O3' 0.46 0.95 0.32 0.32 0.62 0.35 0.64 0.39 0.83 0.39 0.99 0.77 0.88 0.49 0.46 0.33 0.38 0.42 0.28 0.56 0.62 0.48
O4' 0.35 0.99 0.25 0.29 0.66 0.23 0.76 0.43 0.96 0.47 1.08 0.77 1.04 0.63 0.47 0.27 0.38 0.22 0.24 0.47 0.66 0.49
O5' 0.96 1.08 0.93 0.94 0.94 0.94 0.92 0.98 1.01 0.85 1.09 1.02 1.04 0.86 0.90 0.95 0.98 0.92 0.81 0.92 0.85 0.89
OP1 0.98 1.12 0.92 0.91 0.99 0.90 1.01 0.92 1.11 0.92 1.17 1.05 1.17 0.95 0.95 0.93 0.96 0.92 0.77 0.86 0.78 0.83
OP2 1.01 1.15 0.90 0.88 1.03 0.90 1.04 0.92 1.12 0.96 1.18 1.08 1.17 0.99 0.99 0.89 0.90 0.96 0.80 0.86 0.77 0.85
P 0.97 1.14 0.91 0.91 1.00 0.90 1.01 0.93 1.11 0.92 1.18 1.05 1.17 0.96 0.95 0.91 0.95 0.91 0.78 0.87 0.80 0.85

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.00 0.11 0.08 0.17 0.08
C2 0.03 0.00 0.15 0.20 0.01 0.25 0.01 0.49 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.23 0.17 0.37 0.63 0.41 0.55
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.09 0.01 0.09 0.09 0.11 0.07 0.13 0.14 0.11 0.07 0.04 0.00 0.02 0.01 0.11 0.09 0.10 0.06
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.14 0.00 0.21 0.02 0.21 0.28 0.19 0.19 0.25 0.28 0.14 0.02 0.01 0.01 0.19 0.26 0.12 0.15
C4 0.01 0.01 0.09 0.14 0.00 0.10 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.18 0.09 0.16 0.25 0.27 0.21
C4' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.10 0.00 0.08 0.01 0.10 0.22 0.17 0.24 0.10 0.18 0.07 0.13 0.03 0.00 0.02 0.09 0.16 0.05
C5 0.01 0.01 0.09 0.21 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.23 0.03 0.26 0.20 0.54 0.29
C5' 0.03 0.49 0.09 0.02 0.21 0.01 0.12 0.00 0.20 0.32 0.37 0.47 0.16 0.26 0.08 0.06 0.10 0.01 0.01 0.17 0.16 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.21 0.01 0.10 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.27 0.07 0.22 0.30 0.48 0.29
C8 0.01 0.01 0.07 0.28 0.00 0.22 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.14 0.18 0.11 0.55 0.40 0.81 0.57
N1 0.02 0.00 0.13 0.19 0.01 0.17 0.01 0.37 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.25 0.13 0.26 0.51 0.36 0.41
N3 0.03 0.00 0.14 0.19 0.00 0.24 0.00 0.47 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.20 0.18 0.34 0.53 0.34 0.47
N6 0.02 0.01 0.11 0.25 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.17 0.32 0.04 0.28 0.28 0.66 0.35
N7 0.01 0.01 0.07 0.28 0.00 0.18 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.16 0.25 0.07 0.51 0.37 0.89 0.57
N9 0.00 0.01 0.04 0.14 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.12 0.01 0.23 0.12 0.38 0.22
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.10 0.13 0.14 0.06 0.15 0.14 0.12 0.09 0.17 0.16 0.09 0.00 0.06 0.09 0.14 0.17 0.18 0.10
O3' 0.14 0.23 0.02 0.01 0.18 0.03 0.23 0.10 0.27 0.18 0.25 0.20 0.32 0.25 0.12 0.06 0.00 0.10 0.23 0.38 0.24 0.23
O4' 0.00 0.17 0.01 0.01 0.09 0.00 0.03 0.01 0.07 0.11 0.13 0.18 0.04 0.07 0.01 0.09 0.10 0.00 0.07 0.10 0.14 0.07
O5' 0.11 0.37 0.11 0.19 0.16 0.02 0.26 0.01 0.22 0.55 0.26 0.34 0.28 0.51 0.23 0.14 0.23 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.63 0.09 0.26 0.25 0.09 0.20 0.17 0.30 0.40 0.51 0.53 0.28 0.37 0.12 0.17 0.38 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.41 0.10 0.12 0.27 0.16 0.54 0.16 0.48 0.81 0.36 0.34 0.66 0.89 0.38 0.18 0.24 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.55 0.06 0.15 0.21 0.05 0.29 0.02 0.29 0.57 0.41 0.47 0.35 0.57 0.22 0.10 0.23 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00