ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48278

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 13, 3, 4, 8, 6, 10, 8, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.024 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.010, 0.028, 0.047, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.028 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.012, 0.033, 0.055, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.033 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.005, 0.028, 0.051, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.028 std_dev=0.023
C2' B 0, 0.210, 0.434, 0.658, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.434 std_dev=0.224
O2' B 0, 0.198, 0.470, 0.743, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.470 std_dev=0.272
C3' B 0, 0.225, 0.511, 0.797, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.511 std_dev=0.286
C1' B 0, 0.222, 0.529, 0.835, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.529 std_dev=0.307
N9 B 0, 0.196, 0.525, 0.854, 1.902 max_d=1.902 avg_d=0.525 std_dev=0.329
O3' B 0, 0.221, 0.577, 0.934, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.577 std_dev=0.356
C4' B 0, 0.241, 0.601, 0.961, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.601 std_dev=0.360
C8 B 0, 0.219, 0.588, 0.956, 2.184 max_d=2.184 avg_d=0.588 std_dev=0.369
C4 B 0, 0.215, 0.599, 0.984, 2.201 max_d=2.201 avg_d=0.599 std_dev=0.385
O4' B 0, 0.217, 0.602, 0.988, 2.012 max_d=2.012 avg_d=0.602 std_dev=0.385
N3 B 0, 0.333, 0.733, 1.134, 2.248 max_d=2.248 avg_d=0.733 std_dev=0.400
N7 B 0, 0.217, 0.650, 1.084, 2.559 max_d=2.559 avg_d=0.650 std_dev=0.433
C5 B 0, 0.213, 0.656, 1.100, 2.583 max_d=2.583 avg_d=0.656 std_dev=0.444
C5' B 0, 0.233, 0.694, 1.156, 2.097 max_d=2.097 avg_d=0.694 std_dev=0.462
C2 B 0, 0.436, 0.902, 1.367, 2.713 max_d=2.713 avg_d=0.902 std_dev=0.465
C6 B 0, 0.315, 0.828, 1.342, 3.016 max_d=3.016 avg_d=0.828 std_dev=0.513
N1 B 0, 0.433, 0.948, 1.464, 3.069 max_d=3.069 avg_d=0.948 std_dev=0.516
N6 B 0, 0.372, 0.960, 1.548, 3.461 max_d=3.461 avg_d=0.960 std_dev=0.588
O5' B 0, 0.151, 0.798, 1.445, 2.601 max_d=2.601 avg_d=0.798 std_dev=0.647
OP1 B 0, 0.203, 0.873, 1.544, 3.017 max_d=3.017 avg_d=0.873 std_dev=0.671
P B 0, 0.179, 0.879, 1.580, 2.417 max_d=2.417 avg_d=0.879 std_dev=0.701
OP2 B 0, 0.132, 0.941, 1.749, 3.113 max_d=3.113 avg_d=0.941 std_dev=0.808
O4' A 0, 0.357, 1.586, 2.815, 2.690 max_d=2.690 avg_d=1.586 std_dev=1.229
C2' A 0, 0.376, 1.639, 2.902, 2.803 max_d=2.803 avg_d=1.639 std_dev=1.263
C3' A 0, 0.353, 1.912, 3.472, 3.570 max_d=3.570 avg_d=1.912 std_dev=1.560
O3' A 0, 0.129, 1.696, 3.262, 3.707 max_d=3.707 avg_d=1.696 std_dev=1.566
C4' A 0, 0.456, 2.043, 3.630, 3.493 max_d=3.493 avg_d=2.043 std_dev=1.587
O2' A 0, 0.620, 2.552, 4.484, 4.644 max_d=4.644 avg_d=2.552 std_dev=1.932
C5' A 0, 0.830, 3.815, 6.799, 6.456 max_d=6.456 avg_d=3.815 std_dev=2.984
O5' A 0, 0.998, 4.760, 8.521, 8.069 max_d=8.069 avg_d=4.760 std_dev=3.761
P A 0, 1.377, 6.553, 11.729, 11.125 max_d=11.125 avg_d=6.553 std_dev=5.176
OP2 A 0, 1.453, 6.928, 12.403, 11.980 max_d=11.980 avg_d=6.928 std_dev=5.475
OP1 A 0, 1.587, 7.423, 13.260, 12.681 max_d=12.681 avg_d=7.423 std_dev=5.837

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.36 0.00 0.38 0.55 0.52 0.40
C2 0.03 0.00 0.28 0.42 0.01 0.79 0.01 1.55 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.34 0.56 0.96 1.19 1.53 1.34
C2' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.13 0.01 0.05 0.25 0.10 0.17 0.20 0.29 0.06 0.12 0.03 0.00 0.02 0.02 0.31 0.63 0.60 0.41
C3' 0.01 0.42 0.00 0.00 0.17 0.00 0.27 0.02 0.23 0.57 0.28 0.43 0.29 0.52 0.23 0.01 0.01 0.02 0.23 0.51 0.24 0.21
C4 0.02 0.01 0.13 0.17 0.00 0.33 0.00 0.68 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.21 0.20 0.29 0.22 0.23 0.41 0.15
C4' 0.01 0.79 0.01 0.00 0.33 0.00 0.12 0.01 0.29 0.48 0.59 0.76 0.17 0.32 0.08 0.31 0.02 0.01 0.02 0.28 0.36 0.10
C5 0.01 0.01 0.05 0.27 0.00 0.12 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.07 0.14 0.63 0.67 0.71 0.57
C5' 0.10 1.55 0.25 0.02 0.68 0.01 0.32 0.00 0.66 0.66 1.21 1.44 0.45 0.41 0.07 0.07 0.24 0.02 0.01 0.37 0.37 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.23 0.01 0.29 0.01 0.66 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.09 0.26 0.33 0.27 0.36 0.18
C8 0.02 0.01 0.17 0.57 0.01 0.48 0.01 0.66 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.40 0.17 0.29 1.59 1.73 1.83 1.70
N1 0.03 0.01 0.20 0.28 0.01 0.59 0.01 1.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.20 0.44 0.52 0.67 0.91 0.79
N3 0.03 0.00 0.29 0.43 0.00 0.76 0.01 1.44 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.39 0.56 0.86 0.98 1.34 1.14
N6 0.02 0.01 0.06 0.29 0.01 0.17 0.01 0.45 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.32 0.11 0.18 0.59 0.60 0.68 0.51
N7 0.02 0.01 0.12 0.52 0.01 0.32 0.01 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.40 0.19 0.15 1.43 1.60 1.75 1.56
N9 0.00 0.01 0.03 0.23 0.00 0.08 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.13 0.01 0.71 0.79 0.76 0.68
O2' 0.02 0.28 0.00 0.01 0.21 0.31 0.29 0.07 0.28 0.40 0.25 0.27 0.32 0.40 0.22 0.00 0.06 0.21 0.30 0.67 0.65 0.39
O3' 0.36 0.34 0.02 0.01 0.20 0.02 0.07 0.24 0.09 0.17 0.20 0.39 0.11 0.19 0.13 0.06 0.00 0.26 0.27 0.59 0.20 0.26
O4' 0.00 0.56 0.02 0.02 0.29 0.01 0.14 0.02 0.26 0.29 0.44 0.56 0.18 0.15 0.01 0.21 0.26 0.00 0.41 0.52 0.58 0.45
O5' 0.38 0.96 0.31 0.23 0.22 0.02 0.63 0.01 0.33 1.59 0.52 0.86 0.59 1.43 0.71 0.30 0.27 0.41 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.55 1.19 0.63 0.51 0.23 0.28 0.67 0.37 0.27 1.73 0.67 0.98 0.60 1.60 0.79 0.67 0.59 0.52 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.52 1.53 0.60 0.24 0.41 0.36 0.71 0.37 0.36 1.83 0.91 1.34 0.68 1.75 0.76 0.65 0.20 0.58 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.40 1.34 0.41 0.21 0.15 0.10 0.57 0.02 0.18 1.70 0.79 1.14 0.51 1.56 0.68 0.39 0.26 0.45 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.66 0.17 0.17 0.34 0.20 0.31 0.27 0.46 0.26 0.67 0.51 0.44 0.28 0.23 0.18 0.19 0.20 0.55 0.47 0.57 0.62
C2 0.31 0.43 0.25 0.25 0.32 0.27 0.34 0.28 0.32 0.37 0.32 0.41 0.41 0.42 0.31 0.26 0.31 0.30 0.58 0.47 0.50 0.55
C2' 0.23 0.60 0.11 0.14 0.36 0.26 0.41 0.30 0.54 0.40 0.66 0.45 0.64 0.46 0.29 0.12 0.09 0.34 0.41 0.33 0.43 0.44
C3' 0.37 0.46 0.40 0.47 0.15 0.59 0.22 0.75 0.21 0.63 0.50 0.24 0.23 0.59 0.38 0.27 0.32 0.56 0.89 0.94 1.01 1.01
C4 0.24 0.60 0.19 0.19 0.33 0.21 0.28 0.26 0.37 0.30 0.56 0.48 0.31 0.32 0.25 0.20 0.21 0.22 0.58 0.45 0.56 0.60
C4' 0.52 1.23 0.40 0.37 0.78 0.38 0.76 0.37 1.06 0.46 1.31 1.00 1.12 0.51 0.55 0.50 0.49 0.44 0.65 0.59 0.73 0.71
C5 0.22 0.56 0.18 0.18 0.33 0.21 0.28 0.27 0.38 0.26 0.53 0.47 0.31 0.26 0.24 0.19 0.18 0.21 0.60 0.46 0.58 0.62
C5' 0.88 2.05 0.68 0.59 1.32 0.53 1.24 0.36 1.72 0.59 2.14 1.69 1.72 0.69 0.91 0.92 0.87 0.68 0.61 0.72 0.88 0.75
C6 0.25 0.41 0.21 0.21 0.26 0.23 0.19 0.27 0.19 0.29 0.33 0.38 0.16 0.27 0.24 0.21 0.22 0.23 0.61 0.46 0.54 0.58
C8 0.21 0.67 0.15 0.16 0.40 0.21 0.41 0.29 0.60 0.22 0.73 0.53 0.62 0.25 0.25 0.16 0.14 0.20 0.57 0.49 0.62 0.66
N1 0.31 0.33 0.26 0.26 0.27 0.27 0.28 0.28 0.22 0.35 0.21 0.34 0.29 0.37 0.30 0.26 0.29 0.29 0.59 0.48 0.50 0.55
N3 0.28 0.54 0.22 0.22 0.32 0.24 0.32 0.26 0.33 0.35 0.46 0.46 0.36 0.40 0.28 0.23 0.27 0.26 0.58 0.45 0.52 0.57
N6 0.23 0.33 0.20 0.20 0.22 0.23 0.15 0.28 0.18 0.23 0.27 0.32 0.16 0.19 0.21 0.19 0.18 0.22 0.62 0.47 0.54 0.57
N7 0.21 0.62 0.15 0.17 0.40 0.21 0.41 0.29 0.56 0.23 0.65 0.51 0.55 0.26 0.25 0.16 0.14 0.21 0.60 0.48 0.64 0.66
N9 0.22 0.66 0.17 0.17 0.36 0.20 0.32 0.26 0.49 0.26 0.68 0.51 0.46 0.27 0.24 0.18 0.18 0.20 0.57 0.47 0.58 0.63
O2' 0.54 1.20 0.35 0.36 0.81 0.42 0.82 0.33 1.11 0.46 1.31 0.99 1.21 0.58 0.59 0.38 0.45 0.55 0.30 0.40 0.54 0.40
O3' 0.32 0.60 0.29 0.37 0.21 0.53 0.24 0.69 0.28 0.59 0.60 0.38 0.24 0.56 0.34 0.13 0.23 0.52 0.82 0.87 0.92 0.97
O4' 0.71 1.26 0.51 0.49 0.97 0.57 1.03 0.51 1.25 0.73 1.35 1.09 1.37 0.85 0.79 0.52 0.58 0.69 0.70 0.53 0.58 0.70
O5' 0.36 1.42 0.52 0.66 0.52 0.79 0.44 1.18 1.01 0.62 1.54 0.96 1.07 0.43 0.32 0.29 0.39 0.61 1.37 1.87 2.04 1.77
OP1 0.33 1.84 0.52 0.70 0.70 0.90 0.66 1.49 1.28 0.78 1.93 1.26 1.34 0.67 0.37 0.20 0.25 0.66 1.73 2.54 2.63 2.31
OP2 0.48 1.71 0.72 0.94 0.52 1.21 0.56 1.84 1.15 1.04 1.81 1.10 1.23 0.88 0.48 0.35 0.46 0.94 2.08 2.95 3.02 2.72
P 0.14 1.90 0.40 0.59 0.70 0.76 0.61 1.33 1.32 0.58 2.00 1.31 1.36 0.42 0.15 0.23 0.21 0.49 1.60 2.35 2.49 2.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.16 0.21 0.31 0.11
C2 0.04 0.00 0.12 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.22 0.15 0.08 0.20 0.21 0.38 0.19
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.06 0.05 0.10 0.09 0.12 0.05 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.39 0.44 0.18 0.29
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.06 0.08 0.03 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.44 0.15 0.23
C4 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.08 0.04 0.21 0.22 0.39 0.19
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.07 0.03 0.04 0.06 0.07 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.15 0.29 0.07
C5 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.03 0.23 0.26 0.44 0.24
C5' 0.03 0.07 0.06 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.12 0.12 0.09 0.06 0.15 0.14 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.13 0.24 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.12 0.08 0.04 0.23 0.28 0.44 0.25
C8 0.02 0.01 0.10 0.07 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.06 0.07 0.24 0.26 0.44 0.23
N1 0.03 0.01 0.09 0.06 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.17 0.12 0.06 0.22 0.24 0.41 0.23
N3 0.04 0.00 0.12 0.08 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.21 0.14 0.08 0.19 0.20 0.36 0.16
N6 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.11 0.06 0.05 0.25 0.33 0.48 0.29
N7 0.02 0.01 0.08 0.06 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.05 0.06 0.25 0.30 0.47 0.27
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.21 0.21 0.37 0.17
O2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.11 0.02 0.09 0.05 0.12 0.13 0.17 0.21 0.11 0.13 0.05 0.00 0.05 0.02 0.41 0.55 0.26 0.35
O3' 0.05 0.15 0.01 0.00 0.08 0.02 0.06 0.03 0.08 0.06 0.12 0.14 0.06 0.05 0.05 0.05 0.00 0.04 0.14 0.44 0.17 0.18
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.06 0.08 0.05 0.06 0.01 0.02 0.04 0.00 0.10 0.12 0.46 0.20
O5' 0.16 0.20 0.39 0.27 0.21 0.01 0.23 0.01 0.23 0.24 0.22 0.19 0.25 0.25 0.21 0.41 0.14 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.21 0.21 0.44 0.44 0.22 0.15 0.26 0.13 0.28 0.26 0.24 0.20 0.33 0.30 0.21 0.55 0.44 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.38 0.18 0.15 0.39 0.29 0.44 0.24 0.44 0.44 0.41 0.36 0.48 0.47 0.37 0.26 0.17 0.46 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.19 0.29 0.23 0.19 0.07 0.24 0.02 0.25 0.23 0.23 0.16 0.29 0.27 0.17 0.35 0.18 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00