ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48280

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 10, 9, 9, 3, 5, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.011, 0.020, 0.028, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.025, 0.040, 0.054, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.040 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.012, 0.027, 0.041, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.030 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.018, 0.037, 0.055, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.037 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.013, 0.033, 0.052, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.033 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.022, 0.042, 0.062, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.042 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.016, 0.036, 0.057, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.036 std_dev=0.021
O2' B 0, 0.345, 0.547, 0.749, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.547 std_dev=0.202
C2' B 0, 0.395, 0.634, 0.872, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.634 std_dev=0.238
O4' A 0, 0.199, 0.512, 0.825, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.512 std_dev=0.313
C2' A 0, 0.273, 0.599, 0.924, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.599 std_dev=0.326
O2' A 0, 0.991, 1.326, 1.660, 1.871 max_d=1.871 avg_d=1.326 std_dev=0.335
O3' B 0, 0.678, 1.014, 1.349, 1.846 max_d=1.846 avg_d=1.014 std_dev=0.335
C3' B 0, 0.844, 1.179, 1.515, 1.781 max_d=1.781 avg_d=1.179 std_dev=0.336
C3' A 0, 1.128, 1.470, 1.811, 2.006 max_d=2.006 avg_d=1.470 std_dev=0.342
O5' A 0, 1.212, 1.599, 1.986, 2.047 max_d=2.047 avg_d=1.599 std_dev=0.387
C1' B 0, 1.693, 2.084, 2.476, 2.776 max_d=2.776 avg_d=2.084 std_dev=0.392
O3' A 0, 2.265, 2.711, 3.157, 3.109 max_d=3.109 avg_d=2.711 std_dev=0.446
O4' B 0, 1.491, 1.943, 2.394, 2.758 max_d=2.758 avg_d=1.943 std_dev=0.452
C4' B 0, 1.874, 2.377, 2.879, 3.283 max_d=3.283 avg_d=2.377 std_dev=0.502
N3 B 0, 2.597, 3.118, 3.639, 3.498 max_d=3.498 avg_d=3.118 std_dev=0.521
C4' A 0, 0.449, 0.984, 1.518, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.984 std_dev=0.534
N9 B 0, 2.637, 3.199, 3.762, 3.855 max_d=3.855 avg_d=3.199 std_dev=0.563
C5' A 0, 0.485, 1.103, 1.721, 2.385 max_d=2.385 avg_d=1.103 std_dev=0.618
C4 B 0, 3.026, 3.648, 4.269, 4.248 max_d=4.248 avg_d=3.648 std_dev=0.621
C2 B 0, 3.372, 4.051, 4.731, 4.461 max_d=4.461 avg_d=4.051 std_dev=0.679
C5' B 0, 2.962, 3.670, 4.379, 4.894 max_d=4.894 avg_d=3.670 std_dev=0.708
O5' B 0, 2.182, 2.929, 3.676, 4.466 max_d=4.466 avg_d=2.929 std_dev=0.747
P A 0, 1.620, 2.415, 3.211, 3.694 max_d=3.694 avg_d=2.415 std_dev=0.795
C8 B 0, 4.010, 4.865, 5.720, 5.928 max_d=5.928 avg_d=4.865 std_dev=0.855
OP2 A 0, 2.488, 3.357, 4.226, 4.685 max_d=4.685 avg_d=3.357 std_dev=0.869
N1 B 0, 4.548, 5.466, 6.384, 6.214 max_d=6.214 avg_d=5.466 std_dev=0.918
C5 B 0, 4.526, 5.457, 6.388, 6.426 max_d=6.426 avg_d=5.457 std_dev=0.931
P B 0, 3.147, 4.117, 5.086, 6.426 max_d=6.426 avg_d=4.117 std_dev=0.969
OP1 A 0, 1.997, 2.991, 3.985, 4.800 max_d=4.800 avg_d=2.991 std_dev=0.994
OP2 B 0, 3.406, 4.470, 5.534, 7.364 max_d=7.364 avg_d=4.470 std_dev=1.064
C6 B 0, 5.279, 6.351, 7.423, 7.352 max_d=7.352 avg_d=6.351 std_dev=1.072
N7 B 0, 5.205, 6.288, 7.371, 7.517 max_d=7.517 avg_d=6.288 std_dev=1.083
OP1 B 0, 3.587, 4.712, 5.837, 7.123 max_d=7.123 avg_d=4.712 std_dev=1.125
N6 B 0, 6.841, 8.227, 9.614, 9.515 max_d=9.515 avg_d=8.227 std_dev=1.387

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.14 0.20 0.30 0.11
C2 0.04 0.00 0.21 0.28 0.01 0.09 0.02 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.15 0.32 0.06 0.40 0.44 0.63 0.30
C2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.11 0.02 0.06 0.02 0.10 0.09 0.17 0.22 0.08 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.15 0.25 0.22 0.12
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.18 0.00 0.15 0.02 0.20 0.10 0.26 0.25 0.19 0.10 0.07 0.02 0.01 0.03 0.20 0.34 0.14 0.17
C4 0.02 0.01 0.11 0.18 0.00 0.09 0.00 0.21 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.18 0.03 0.40 0.41 0.57 0.30
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.13 0.14 0.11 0.08 0.16 0.15 0.08 0.05 0.01 0.00 0.02 0.15 0.23 0.05
C5 0.02 0.02 0.06 0.15 0.00 0.13 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.15 0.03 0.51 0.57 0.74 0.45
C5' 0.05 0.19 0.02 0.02 0.21 0.01 0.30 0.00 0.31 0.31 0.26 0.15 0.36 0.35 0.19 0.05 0.04 0.02 0.01 0.19 0.22 0.01
C6 0.03 0.01 0.10 0.20 0.01 0.13 0.01 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.21 0.03 0.53 0.63 0.81 0.48
C8 0.02 0.02 0.09 0.10 0.01 0.14 0.01 0.31 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.11 0.08 0.48 0.50 0.60 0.41
N1 0.04 0.00 0.17 0.26 0.02 0.11 0.01 0.26 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.29 0.04 0.48 0.55 0.75 0.41
N3 0.04 0.01 0.22 0.25 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.14 0.28 0.07 0.34 0.36 0.52 0.24
N6 0.03 0.01 0.08 0.19 0.02 0.16 0.01 0.36 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.10 0.20 0.04 0.59 0.76 0.93 0.58
N7 0.02 0.02 0.06 0.10 0.01 0.15 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.10 0.06 0.56 0.66 0.78 0.53
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.34 0.33 0.46 0.24
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.08 0.05 0.08 0.05 0.10 0.07 0.13 0.14 0.10 0.08 0.04 0.00 0.05 0.06 0.07 0.21 0.22 0.08
O3' 0.02 0.32 0.02 0.01 0.18 0.01 0.15 0.04 0.21 0.11 0.29 0.28 0.20 0.10 0.06 0.05 0.00 0.02 0.20 0.47 0.16 0.22
O4' 0.01 0.06 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.08 0.04 0.07 0.04 0.06 0.02 0.06 0.02 0.00 0.09 0.29 0.31 0.20
O5' 0.14 0.40 0.15 0.20 0.40 0.02 0.51 0.01 0.53 0.48 0.48 0.34 0.59 0.56 0.34 0.07 0.20 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.44 0.25 0.34 0.41 0.15 0.57 0.19 0.63 0.50 0.55 0.36 0.76 0.66 0.33 0.21 0.47 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.63 0.22 0.14 0.57 0.23 0.74 0.22 0.81 0.60 0.75 0.52 0.93 0.78 0.46 0.22 0.16 0.31 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.30 0.12 0.17 0.30 0.05 0.45 0.01 0.48 0.41 0.41 0.24 0.58 0.53 0.24 0.08 0.22 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.31 0.18 0.21 0.22 0.15 0.28 0.16 0.35 0.20 0.37 0.22 0.41 0.26 0.18 0.19 0.27 0.16 0.18 0.21 0.33 0.19
C2 0.15 0.23 0.16 0.18 0.14 0.19 0.16 0.20 0.22 0.13 0.25 0.17 0.24 0.14 0.13 0.19 0.24 0.19 0.17 0.23 0.22 0.17
C2' 0.17 0.31 0.20 0.21 0.22 0.16 0.27 0.17 0.34 0.20 0.37 0.24 0.39 0.24 0.19 0.18 0.26 0.18 0.19 0.20 0.33 0.20
C3' 0.24 0.34 0.27 0.28 0.28 0.23 0.32 0.24 0.38 0.27 0.40 0.28 0.43 0.30 0.25 0.24 0.32 0.24 0.29 0.30 0.42 0.30
C4 0.15 0.28 0.18 0.19 0.18 0.15 0.22 0.15 0.28 0.16 0.31 0.20 0.32 0.20 0.15 0.19 0.24 0.16 0.16 0.19 0.28 0.16
C4' 0.23 0.36 0.24 0.26 0.30 0.21 0.36 0.23 0.43 0.29 0.44 0.29 0.49 0.35 0.27 0.21 0.30 0.23 0.29 0.31 0.45 0.32
C5 0.15 0.27 0.19 0.20 0.18 0.15 0.21 0.15 0.26 0.16 0.29 0.20 0.29 0.19 0.16 0.18 0.24 0.15 0.17 0.19 0.29 0.17
C5' 0.42 0.53 0.39 0.41 0.49 0.40 0.55 0.44 0.60 0.50 0.60 0.47 0.66 0.54 0.47 0.33 0.41 0.44 0.49 0.51 0.65 0.54
C6 0.15 0.22 0.18 0.18 0.15 0.16 0.16 0.16 0.20 0.14 0.23 0.17 0.21 0.15 0.13 0.19 0.22 0.16 0.16 0.19 0.25 0.15
C8 0.16 0.31 0.20 0.23 0.23 0.15 0.29 0.17 0.35 0.22 0.37 0.23 0.40 0.27 0.20 0.18 0.27 0.16 0.22 0.24 0.37 0.24
N1 0.15 0.21 0.17 0.17 0.13 0.19 0.15 0.19 0.19 0.13 0.22 0.16 0.20 0.13 0.13 0.19 0.22 0.19 0.17 0.22 0.22 0.17
N3 0.15 0.26 0.17 0.18 0.16 0.18 0.20 0.18 0.26 0.14 0.29 0.19 0.29 0.17 0.13 0.19 0.24 0.17 0.16 0.20 0.24 0.16
N6 0.15 0.19 0.20 0.19 0.14 0.15 0.15 0.15 0.17 0.14 0.19 0.16 0.17 0.14 0.14 0.19 0.21 0.16 0.17 0.19 0.25 0.16
N7 0.16 0.30 0.21 0.23 0.22 0.15 0.26 0.17 0.31 0.21 0.34 0.23 0.34 0.25 0.19 0.18 0.27 0.16 0.22 0.24 0.36 0.23
N9 0.15 0.30 0.19 0.21 0.21 0.15 0.26 0.15 0.33 0.19 0.36 0.22 0.38 0.24 0.17 0.19 0.26 0.16 0.18 0.21 0.33 0.19
O2' 0.18 0.31 0.18 0.19 0.22 0.18 0.26 0.18 0.33 0.19 0.36 0.24 0.39 0.24 0.18 0.19 0.24 0.20 0.18 0.19 0.31 0.19
O3' 0.27 0.36 0.29 0.29 0.30 0.25 0.34 0.26 0.40 0.29 0.42 0.30 0.45 0.33 0.28 0.25 0.32 0.27 0.31 0.32 0.45 0.33
O4' 0.16 0.31 0.19 0.22 0.24 0.15 0.31 0.16 0.39 0.23 0.40 0.23 0.46 0.30 0.19 0.20 0.28 0.16 0.21 0.24 0.37 0.23
O5' 0.64 0.68 0.63 0.65 0.67 0.64 0.68 0.66 0.70 0.67 0.70 0.66 0.72 0.68 0.66 0.60 0.66 0.65 0.68 0.70 0.78 0.71
OP1 0.94 1.02 0.82 0.83 1.01 0.91 1.06 0.96 1.09 1.03 1.08 0.97 1.12 1.06 0.99 0.77 0.79 0.99 1.01 1.02 1.13 1.07
OP2 1.01 1.00 0.91 0.93 1.01 1.00 1.02 1.03 1.01 1.02 1.00 0.99 0.98 1.02 1.02 0.87 0.90 1.04 1.03 1.06 1.12 1.08
P 0.70 0.77 0.62 0.64 0.76 0.68 0.81 0.72 0.84 0.78 0.84 0.73 0.88 0.81 0.74 0.57 0.62 0.73 0.76 0.78 0.89 0.81

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.08 0.08 0.18 0.07
C2 0.04 0.00 0.15 0.17 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.22 0.07 0.18 0.20 0.29 0.18
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.06 0.02 0.09 0.08 0.12 0.15 0.08 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.10 0.13 0.14 0.06
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.11 0.01 0.12 0.02 0.14 0.13 0.17 0.15 0.15 0.13 0.07 0.02 0.01 0.01 0.15 0.18 0.15 0.12
C4 0.02 0.01 0.08 0.11 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.12 0.04 0.17 0.17 0.26 0.15
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.09 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.09 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.14 0.03 0.22 0.23 0.31 0.22
C5' 0.02 0.10 0.02 0.02 0.10 0.01 0.14 0.00 0.14 0.15 0.12 0.09 0.17 0.17 0.09 0.04 0.04 0.02 0.01 0.10 0.12 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.17 0.04 0.23 0.26 0.34 0.24
C8 0.01 0.01 0.08 0.13 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.15 0.05 0.22 0.19 0.26 0.18
N1 0.03 0.00 0.12 0.17 0.02 0.07 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.21 0.05 0.21 0.24 0.33 0.22
N3 0.03 0.01 0.15 0.15 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.19 0.07 0.15 0.16 0.25 0.14
N6 0.03 0.01 0.08 0.15 0.02 0.09 0.02 0.17 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.09 0.18 0.04 0.26 0.31 0.39 0.29
N7 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.15 0.04 0.25 0.25 0.33 0.25
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.15 0.13 0.22 0.12
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.08 0.04 0.06 0.04 0.09 0.06 0.13 0.14 0.09 0.05 0.03 0.00 0.06 0.04 0.05 0.12 0.14 0.04
O3' 0.03 0.22 0.03 0.01 0.12 0.02 0.14 0.04 0.17 0.15 0.21 0.19 0.18 0.15 0.07 0.06 0.00 0.02 0.18 0.26 0.20 0.18
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.10 0.11 0.23 0.13
O5' 0.08 0.18 0.10 0.15 0.17 0.01 0.22 0.01 0.23 0.22 0.21 0.15 0.26 0.25 0.15 0.05 0.18 0.10 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.08 0.20 0.13 0.18 0.17 0.09 0.23 0.10 0.26 0.19 0.24 0.16 0.31 0.25 0.13 0.12 0.26 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.29 0.14 0.15 0.26 0.13 0.31 0.12 0.34 0.26 0.33 0.25 0.39 0.33 0.22 0.14 0.20 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.18 0.06 0.12 0.15 0.03 0.22 0.02 0.24 0.18 0.22 0.14 0.29 0.25 0.12 0.04 0.18 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00