ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48281

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 10, 7, 10, 5, 1, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.001, 0.012, 0.024, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.007, 0.024, 0.040, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.001, 0.018, 0.035, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.018 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.008, 0.027, 0.047, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C2' B 0, 0.212, 0.359, 0.505, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.359 std_dev=0.147
O2' B 0, 0.226, 0.472, 0.718, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.472 std_dev=0.246
O4' A 0, -0.214, 0.208, 0.631, 1.945 max_d=1.945 avg_d=0.208 std_dev=0.423
C2' A 0, -0.206, 0.247, 0.701, 2.031 max_d=2.031 avg_d=0.247 std_dev=0.454
C4' A 0, -0.264, 0.304, 0.872, 2.487 max_d=2.487 avg_d=0.304 std_dev=0.568
O2' A 0, -0.272, 0.373, 1.019, 3.153 max_d=3.153 avg_d=0.373 std_dev=0.645
C3' B 0, -0.091, 0.593, 1.278, 2.616 max_d=2.616 avg_d=0.593 std_dev=0.685
C3' A 0, -0.325, 0.370, 1.066, 3.012 max_d=3.012 avg_d=0.370 std_dev=0.695
C1' B 0, -0.046, 0.733, 1.513, 2.946 max_d=2.946 avg_d=0.733 std_dev=0.779
O3' A 0, -0.431, 0.522, 1.476, 3.834 max_d=3.834 avg_d=0.522 std_dev=0.954
C5' A 0, -0.560, 0.565, 1.691, 5.092 max_d=5.092 avg_d=0.565 std_dev=1.125
O4' B 0, -0.251, 0.973, 2.196, 4.414 max_d=4.414 avg_d=0.973 std_dev=1.223
C4' B 0, -0.314, 0.915, 2.144, 4.433 max_d=4.433 avg_d=0.915 std_dev=1.229
N9 B 0, -0.323, 0.946, 2.215, 4.771 max_d=4.771 avg_d=0.946 std_dev=1.269
O3' B 0, -0.585, 0.875, 2.335, 5.011 max_d=5.011 avg_d=0.875 std_dev=1.460
C8 B 0, -0.429, 1.162, 2.754, 6.525 max_d=6.525 avg_d=1.162 std_dev=1.592
O5' A 0, -0.773, 0.829, 2.430, 5.274 max_d=5.274 avg_d=0.829 std_dev=1.601
O5' B 0, -0.491, 1.148, 2.787, 6.307 max_d=6.307 avg_d=1.148 std_dev=1.639
C4 B 0, -0.658, 1.134, 2.926, 6.129 max_d=6.129 avg_d=1.134 std_dev=1.792
OP2 B 0, -0.447, 1.367, 3.180, 7.772 max_d=7.772 avg_d=1.367 std_dev=1.814
C5' B 0, -0.623, 1.213, 3.049, 6.422 max_d=6.422 avg_d=1.213 std_dev=1.836
N3 B 0, -0.860, 1.163, 3.186, 7.152 max_d=7.152 avg_d=1.163 std_dev=2.023
N7 B 0, -0.642, 1.425, 3.491, 8.187 max_d=8.187 avg_d=1.425 std_dev=2.067
P B 0, -0.672, 1.442, 3.557, 7.757 max_d=7.757 avg_d=1.442 std_dev=2.114
OP1 A 0, -1.016, 1.156, 3.328, 8.662 max_d=8.662 avg_d=1.156 std_dev=2.172
P A 0, -1.015, 1.157, 3.328, 7.834 max_d=7.834 avg_d=1.157 std_dev=2.172
C5 B 0, -0.827, 1.416, 3.659, 7.881 max_d=7.881 avg_d=1.416 std_dev=2.243
OP1 B 0, -0.910, 1.700, 4.309, 8.885 max_d=8.885 avg_d=1.700 std_dev=2.609
C2 B 0, -1.311, 1.455, 4.222, 9.641 max_d=9.641 avg_d=1.455 std_dev=2.766
OP2 A 0, -1.336, 1.524, 4.384, 9.326 max_d=9.326 avg_d=1.524 std_dev=2.860
C6 B 0, -1.205, 1.717, 4.640, 9.778 max_d=9.778 avg_d=1.717 std_dev=2.923
N1 B 0, -1.470, 1.720, 4.911, 10.961 max_d=10.961 avg_d=1.720 std_dev=3.191
N6 B 0, -1.356, 2.042, 5.440, 11.628 max_d=11.628 avg_d=2.042 std_dev=3.398

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.13 0.00 0.14 0.17 0.25 0.23
C2 0.03 0.00 0.23 0.22 0.01 0.20 0.01 0.46 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.27 0.14 0.41 0.59 0.68 0.65
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.11 0.01 0.05 0.10 0.09 0.12 0.17 0.23 0.06 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.21 0.17 0.28 0.21
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.12 0.00 0.13 0.01 0.13 0.25 0.17 0.22 0.15 0.22 0.11 0.02 0.01 0.01 0.27 0.18 0.27 0.18
C4 0.02 0.01 0.11 0.12 0.00 0.08 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.16 0.13 0.07 0.29 0.33 0.60 0.48
C4' 0.00 0.20 0.01 0.00 0.08 0.00 0.03 0.00 0.07 0.15 0.15 0.20 0.04 0.11 0.04 0.15 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.08 0.03 0.39 0.36 0.90 0.64
C5' 0.04 0.46 0.10 0.01 0.22 0.00 0.11 0.00 0.21 0.21 0.36 0.42 0.14 0.14 0.05 0.04 0.11 0.01 0.01 0.14 0.16 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.13 0.01 0.07 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.14 0.06 0.37 0.41 0.88 0.64
C8 0.01 0.01 0.12 0.25 0.01 0.15 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.13 0.09 0.60 0.53 1.10 0.84
N1 0.03 0.00 0.17 0.17 0.01 0.15 0.01 0.36 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.22 0.11 0.37 0.52 0.74 0.64
N3 0.03 0.00 0.23 0.22 0.00 0.20 0.01 0.42 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.26 0.13 0.37 0.49 0.57 0.55
N6 0.02 0.01 0.06 0.15 0.01 0.04 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.12 0.04 0.43 0.42 1.07 0.73
N7 0.01 0.01 0.07 0.22 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.11 0.05 0.58 0.51 1.23 0.87
N9 0.01 0.01 0.01 0.11 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.03 0.01 0.32 0.28 0.61 0.48
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.16 0.15 0.15 0.04 0.18 0.13 0.23 0.24 0.18 0.14 0.09 0.00 0.04 0.11 0.13 0.15 0.19 0.13
O3' 0.13 0.27 0.02 0.01 0.13 0.01 0.08 0.11 0.14 0.13 0.22 0.26 0.12 0.11 0.03 0.04 0.00 0.10 0.23 0.23 0.15 0.15
O4' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.09 0.11 0.13 0.04 0.05 0.01 0.11 0.10 0.00 0.11 0.15 0.17 0.19
O5' 0.14 0.41 0.21 0.27 0.29 0.01 0.39 0.01 0.37 0.60 0.37 0.37 0.43 0.58 0.32 0.13 0.23 0.11 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.17 0.59 0.17 0.18 0.33 0.09 0.36 0.14 0.41 0.53 0.52 0.49 0.42 0.51 0.28 0.15 0.23 0.15 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.68 0.28 0.27 0.60 0.10 0.90 0.16 0.88 1.10 0.74 0.57 1.07 1.23 0.61 0.19 0.15 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.65 0.21 0.18 0.48 0.03 0.64 0.01 0.64 0.84 0.64 0.55 0.73 0.87 0.48 0.13 0.15 0.19 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 2.06 0.15 0.44 1.20 0.68 1.27 0.94 1.72 0.50 2.10 1.60 1.77 0.84 0.65 0.09 0.87 0.23 0.69 1.07 0.66 0.80
C2 0.15 1.15 0.14 0.28 0.63 0.44 0.59 0.55 0.83 0.20 1.08 0.94 0.80 0.33 0.30 0.11 0.49 0.24 0.44 0.59 0.42 0.48
C2' 0.37 2.04 0.18 0.42 1.22 0.56 1.26 0.80 1.69 0.54 2.06 1.61 1.73 0.85 0.70 0.13 0.86 0.12 0.62 1.01 0.60 0.71
C3' 0.52 2.39 0.25 0.36 1.48 0.50 1.55 0.78 2.04 0.72 2.45 1.90 2.10 1.09 0.90 0.13 0.85 0.15 0.52 1.04 0.42 0.64
C4 0.25 1.79 0.14 0.42 1.05 0.63 1.07 0.84 1.43 0.41 1.76 1.43 1.44 0.69 0.56 0.09 0.80 0.24 0.61 0.90 0.56 0.68
C4' 0.34 2.35 0.15 0.49 1.38 0.70 1.48 0.98 2.02 0.60 2.44 1.80 2.11 1.01 0.76 0.14 0.98 0.19 0.68 1.19 0.57 0.81
C5 0.29 1.89 0.14 0.46 1.14 0.69 1.17 0.91 1.54 0.49 1.86 1.53 1.54 0.79 0.64 0.09 0.90 0.25 0.63 0.93 0.56 0.70
C5' 0.32 2.48 0.21 0.60 1.44 0.79 1.57 1.09 2.17 0.61 2.62 1.88 2.29 1.06 0.77 0.32 1.11 0.22 0.74 1.31 0.56 0.88
C6 0.23 1.52 0.14 0.41 0.93 0.61 0.92 0.76 1.20 0.37 1.46 1.28 1.18 0.61 0.51 0.09 0.77 0.24 0.53 0.74 0.46 0.58
C8 0.35 2.31 0.15 0.54 1.39 0.79 1.49 1.09 1.98 0.66 2.37 1.80 2.04 1.05 0.79 0.10 1.05 0.26 0.76 1.19 0.69 0.87
N1 0.16 1.11 0.13 0.29 0.63 0.45 0.59 0.55 0.81 0.20 1.04 0.93 0.78 0.34 0.31 0.10 0.52 0.24 0.42 0.55 0.39 0.45
N3 0.18 1.45 0.13 0.34 0.81 0.52 0.80 0.68 1.11 0.26 1.41 1.16 1.10 0.47 0.41 0.10 0.63 0.24 0.53 0.74 0.50 0.58
N6 0.27 1.51 0.14 0.46 0.99 0.67 0.98 0.81 1.22 0.45 1.45 1.31 1.20 0.69 0.58 0.10 0.88 0.25 0.53 0.72 0.43 0.57
N7 0.36 2.28 0.15 0.55 1.39 0.80 1.47 1.08 1.92 0.67 2.30 1.80 1.96 1.05 0.80 0.11 1.07 0.26 0.74 1.13 0.65 0.83
N9 0.29 2.06 0.14 0.47 1.22 0.70 1.28 0.96 1.72 0.52 2.09 1.62 1.76 0.86 0.67 0.09 0.91 0.24 0.69 1.06 0.64 0.79
O2' 0.33 1.79 0.23 0.53 1.02 0.69 1.06 0.92 1.46 0.47 1.81 1.39 1.50 0.71 0.57 0.23 0.90 0.33 0.83 1.15 0.87 0.90
O3' 0.57 2.38 0.27 0.35 1.50 0.45 1.57 0.73 2.05 0.77 2.45 1.90 2.12 1.13 0.94 0.16 0.86 0.17 0.52 1.04 0.49 0.63
O4' 0.25 2.21 0.11 0.53 1.27 0.78 1.37 1.07 1.89 0.52 2.30 1.68 1.97 0.91 0.67 0.14 0.98 0.31 0.76 1.20 0.66 0.88
O5' 0.76 2.99 0.55 0.23 1.93 0.34 2.07 0.63 2.68 1.09 3.13 2.37 2.80 1.55 1.25 0.42 0.70 0.26 0.26 0.85 0.09 0.42
OP1 0.71 3.08 0.58 0.45 1.95 0.51 2.16 0.80 2.85 1.09 3.31 2.37 3.04 1.61 1.22 0.58 0.94 0.16 0.37 1.05 0.13 0.55
OP2 1.50 3.92 1.27 0.75 2.79 0.44 3.00 0.21 3.67 1.93 4.14 3.21 3.84 2.46 2.06 1.03 0.50 0.98 0.62 0.35 0.94 0.55
P 1.07 3.41 0.89 0.45 2.30 0.23 2.49 0.37 3.15 1.45 3.61 2.72 3.31 1.96 1.59 0.76 0.66 0.52 0.12 0.55 0.38 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.05 0.17 0.06
C2 0.03 0.00 0.12 0.31 0.01 0.31 0.00 0.48 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.29 0.19 0.28 0.55 0.25 0.46
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.08 0.09 0.13 0.05 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.16 0.15 0.16 0.11
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.10 0.00 0.05 0.01 0.07 0.27 0.20 0.31 0.06 0.22 0.07 0.02 0.00 0.01 0.20 0.27 0.12 0.15
C4 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.13 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.11 0.05 0.23 0.19 0.10
C4' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.13 0.00 0.04 0.00 0.11 0.20 0.23 0.30 0.06 0.14 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.09 0.09 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.06 0.18 0.12 0.46 0.12
C5' 0.02 0.48 0.01 0.01 0.18 0.00 0.05 0.00 0.16 0.33 0.36 0.44 0.08 0.25 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.16 0.19 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.11 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.10 0.08 0.25 0.33 0.08
C8 0.01 0.01 0.08 0.27 0.00 0.20 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.24 0.09 0.52 0.28 0.83 0.51
N1 0.02 0.00 0.09 0.20 0.01 0.23 0.01 0.36 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.18 0.16 0.16 0.46 0.09 0.32
N3 0.03 0.00 0.13 0.31 0.00 0.30 0.00 0.44 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.29 0.18 0.25 0.46 0.21 0.40
N6 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.08 0.08 0.17 0.18 0.51 0.11
N7 0.01 0.01 0.07 0.22 0.00 0.14 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.22 0.04 0.45 0.21 0.86 0.46
N9 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.21 0.05 0.38 0.16
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.06 0.09 0.11 0.05 0.05 0.02 0.00 0.05 0.05 0.11 0.14 0.10 0.08
O3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.09 0.02 0.06 0.02 0.06 0.24 0.18 0.29 0.08 0.22 0.06 0.05 0.00 0.02 0.18 0.37 0.11 0.16
O4' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.11 0.00 0.06 0.01 0.10 0.09 0.16 0.18 0.08 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.11 0.08 0.06
O5' 0.09 0.28 0.16 0.20 0.05 0.01 0.18 0.01 0.08 0.52 0.16 0.25 0.17 0.45 0.21 0.11 0.18 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.55 0.15 0.27 0.23 0.09 0.12 0.16 0.25 0.28 0.46 0.46 0.18 0.21 0.05 0.14 0.37 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.25 0.16 0.12 0.19 0.09 0.46 0.19 0.33 0.83 0.09 0.21 0.51 0.86 0.38 0.10 0.11 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.46 0.11 0.15 0.10 0.02 0.12 0.02 0.08 0.51 0.32 0.40 0.11 0.46 0.16 0.08 0.16 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00