ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48285

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 2, 3, 1, 0, 1, 3, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.009, 0.024, 0.040, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.010, 0.030, 0.049, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.030 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.011, 0.035, 0.058, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.035 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.014, 0.039, 0.063, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.039 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.021, 0.164, 0.307, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.164 std_dev=0.143
O4' A 0, 0.008, 0.166, 0.323, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.166 std_dev=0.157
C4' A 0, 0.010, 0.268, 0.525, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.268 std_dev=0.258
O2' B 0, 0.085, 0.357, 0.629, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.357 std_dev=0.272
O2' A 0, -0.055, 0.291, 0.636, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.291 std_dev=0.346
C2' B 0, 0.144, 0.535, 0.925, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.535 std_dev=0.390
C3' A 0, -0.064, 0.375, 0.813, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.375 std_dev=0.438
O5' A 0, 0.011, 0.471, 0.930, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.471 std_dev=0.460
C5' A 0, -0.039, 0.463, 0.965, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.463 std_dev=0.502
C3' B 0, -0.026, 0.707, 1.439, 2.782 max_d=2.782 avg_d=0.707 std_dev=0.733
O3' A 0, -0.252, 0.597, 1.447, 3.114 max_d=3.114 avg_d=0.597 std_dev=0.850
C4' B 0, 0.075, 0.926, 1.777, 2.553 max_d=2.553 avg_d=0.926 std_dev=0.851
P A 0, -0.211, 0.696, 1.603, 2.964 max_d=2.964 avg_d=0.696 std_dev=0.907
OP2 A 0, -0.217, 0.788, 1.792, 3.429 max_d=3.429 avg_d=0.788 std_dev=1.005
C1' B 0, 0.024, 1.041, 2.058, 2.841 max_d=2.841 avg_d=1.041 std_dev=1.017
O4' B 0, -0.042, 0.991, 2.024, 3.512 max_d=3.512 avg_d=0.991 std_dev=1.033
OP1 A 0, -0.322, 0.972, 2.266, 3.966 max_d=3.966 avg_d=0.972 std_dev=1.294
O3' B 0, -0.010, 1.293, 2.595, 3.967 max_d=3.967 avg_d=1.293 std_dev=1.303
C5' B 0, -0.025, 1.385, 2.794, 4.322 max_d=4.322 avg_d=1.385 std_dev=1.410
O5' B 0, -0.103, 1.458, 3.019, 5.263 max_d=5.263 avg_d=1.458 std_dev=1.561
N9 B 0, -0.141, 1.720, 3.580, 5.366 max_d=5.366 avg_d=1.720 std_dev=1.861
P B 0, -0.212, 1.935, 4.081, 7.063 max_d=7.063 avg_d=1.935 std_dev=2.147
OP2 B 0, -0.394, 1.756, 3.907, 7.162 max_d=7.162 avg_d=1.756 std_dev=2.151
C8 B 0, -0.269, 1.939, 4.148, 6.692 max_d=6.692 avg_d=1.939 std_dev=2.209
C4 B 0, -0.289, 2.438, 5.165, 7.580 max_d=7.580 avg_d=2.438 std_dev=2.727
OP1 B 0, -0.287, 2.472, 5.232, 8.390 max_d=8.390 avg_d=2.472 std_dev=2.760
N3 B 0, -0.347, 2.660, 5.666, 8.240 max_d=8.240 avg_d=2.660 std_dev=3.006
N7 B 0, -0.414, 2.682, 5.778, 9.203 max_d=9.203 avg_d=2.682 std_dev=3.096
C5 B 0, -0.418, 2.997, 6.412, 9.612 max_d=9.612 avg_d=2.997 std_dev=3.415
C2 B 0, -0.502, 3.463, 7.428, 10.652 max_d=10.652 avg_d=3.463 std_dev=3.965
C6 B 0, -0.577, 3.815, 8.206, 12.042 max_d=12.042 avg_d=3.815 std_dev=4.392
N1 B 0, -0.606, 4.023, 8.652, 12.386 max_d=12.386 avg_d=4.023 std_dev=4.629
N6 B 0, -0.722, 4.443, 9.607, 14.293 max_d=14.293 avg_d=4.443 std_dev=5.165

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.22 0.00 0.16 0.31 0.41 0.21
C2 0.04 0.00 0.12 0.16 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.24 0.05 0.26 0.51 0.71 0.41
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.14 0.06 0.06 0.09 0.13 0.06 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.34 0.56 0.50 0.41
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.17 0.01 0.23 0.04 0.24 0.26 0.20 0.14 0.27 0.28 0.16 0.02 0.01 0.02 0.22 0.46 0.32 0.27
C4 0.02 0.01 0.07 0.17 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.21 0.13 0.02 0.25 0.45 0.62 0.36
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.10 0.11 0.08 0.04 0.12 0.12 0.06 0.21 0.03 0.00 0.01 0.20 0.25 0.08
C5 0.01 0.01 0.04 0.23 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.09 0.02 0.30 0.49 0.68 0.42
C5' 0.05 0.10 0.14 0.04 0.11 0.01 0.16 0.00 0.17 0.15 0.14 0.08 0.21 0.18 0.09 0.06 0.16 0.01 0.01 0.15 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.24 0.01 0.10 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.11 0.02 0.31 0.55 0.73 0.47
C8 0.01 0.01 0.06 0.26 0.01 0.11 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.16 0.12 0.06 0.29 0.38 0.51 0.33
N1 0.04 0.00 0.09 0.20 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.16 0.04 0.29 0.55 0.74 0.45
N3 0.04 0.00 0.13 0.14 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.26 0.06 0.23 0.46 0.64 0.36
N6 0.02 0.01 0.06 0.27 0.01 0.12 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.27 0.14 0.03 0.34 0.58 0.75 0.51
N7 0.01 0.01 0.05 0.28 0.00 0.12 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.21 0.15 0.05 0.33 0.46 0.62 0.42
N9 0.00 0.01 0.01 0.16 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.06 0.01 0.23 0.37 0.51 0.29
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.21 0.21 0.23 0.06 0.26 0.16 0.26 0.22 0.27 0.21 0.14 0.00 0.05 0.15 0.21 0.47 0.53 0.34
O3' 0.22 0.24 0.03 0.01 0.13 0.03 0.09 0.16 0.11 0.12 0.16 0.26 0.14 0.15 0.06 0.05 0.00 0.15 0.24 0.52 0.42 0.35
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04 0.06 0.03 0.05 0.01 0.15 0.15 0.00 0.06 0.13 0.32 0.11
O5' 0.16 0.26 0.34 0.22 0.25 0.01 0.30 0.01 0.31 0.29 0.29 0.23 0.34 0.33 0.23 0.21 0.24 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.31 0.51 0.56 0.46 0.45 0.20 0.49 0.15 0.55 0.38 0.55 0.46 0.58 0.46 0.37 0.47 0.52 0.13 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.41 0.71 0.50 0.32 0.62 0.25 0.68 0.27 0.73 0.51 0.74 0.64 0.75 0.62 0.51 0.53 0.42 0.32 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.41 0.41 0.27 0.36 0.08 0.42 0.02 0.47 0.33 0.45 0.36 0.51 0.42 0.29 0.34 0.35 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 1.03 0.19 0.36 0.64 0.29 0.90 0.64 0.97 1.00 0.96 0.88 1.21 1.20 0.54 0.19 0.61 0.23 1.10 1.88 1.22 1.42
C2 0.30 0.64 0.24 0.36 0.55 0.30 0.86 0.57 0.84 1.05 0.67 0.58 1.05 1.19 0.57 0.23 0.69 0.30 1.04 1.67 1.14 1.29
C2' 0.36 1.21 0.18 0.46 0.69 0.37 0.81 0.77 0.92 0.89 1.06 1.05 1.09 1.06 0.50 0.27 0.77 0.27 1.19 2.01 1.30 1.53
C3' 0.40 1.36 0.21 0.45 0.74 0.46 0.83 0.79 0.98 0.83 1.19 1.18 1.14 1.03 0.48 0.39 0.79 0.31 1.15 2.05 1.27 1.53
C4 0.27 0.95 0.20 0.35 0.59 0.27 0.79 0.58 0.84 0.91 0.85 0.84 1.01 1.05 0.50 0.17 0.54 0.17 1.01 1.66 1.05 1.25
C4' 0.33 1.20 0.20 0.38 0.71 0.35 0.91 0.68 1.03 0.95 1.11 1.02 1.25 1.17 0.53 0.24 0.63 0.23 1.10 1.93 1.22 1.45
C5 0.31 1.07 0.17 0.32 0.64 0.26 0.70 0.53 0.79 0.74 0.93 0.96 0.87 0.85 0.47 0.15 0.41 0.21 0.86 1.39 0.83 1.04
C5' 0.41 1.33 0.30 0.47 0.79 0.45 0.94 0.79 1.09 0.94 1.24 1.12 1.26 1.13 0.60 0.28 0.60 0.35 1.15 1.91 1.21 1.46
C6 0.30 0.94 0.16 0.29 0.58 0.24 0.61 0.46 0.67 0.66 0.79 0.88 0.72 0.74 0.43 0.14 0.36 0.22 0.76 1.21 0.71 0.90
C8 0.33 1.24 0.18 0.34 0.71 0.28 0.79 0.59 0.93 0.79 1.11 1.06 1.02 0.93 0.50 0.15 0.42 0.24 0.93 1.53 0.91 1.15
N1 0.23 0.66 0.21 0.31 0.47 0.23 0.65 0.47 0.64 0.81 0.59 0.63 0.77 0.89 0.45 0.19 0.51 0.14 0.86 1.34 0.87 1.02
N3 0.30 0.77 0.24 0.37 0.59 0.30 0.90 0.62 0.91 1.07 0.77 0.68 1.15 1.24 0.58 0.21 0.68 0.28 1.10 1.81 1.22 1.39
N6 0.45 1.07 0.13 0.26 0.72 0.30 0.65 0.42 0.74 0.54 0.91 1.02 0.70 0.60 0.52 0.17 0.28 0.44 0.58 0.90 0.48 0.65
N7 0.38 1.27 0.16 0.32 0.75 0.29 0.77 0.55 0.91 0.70 1.13 1.10 0.95 0.82 0.52 0.15 0.36 0.32 0.83 1.34 0.76 1.00
N9 0.28 1.07 0.19 0.35 0.64 0.27 0.82 0.61 0.90 0.90 0.97 0.92 1.07 1.06 0.50 0.16 0.53 0.17 1.03 1.71 1.07 1.29
O2' 0.48 1.03 0.49 0.69 0.79 0.53 1.08 1.08 1.10 1.29 1.02 0.88 1.35 1.45 0.79 0.14 0.80 0.48 1.60 2.42 1.78 1.98
O3' 0.31 1.29 0.31 0.57 0.80 0.49 1.07 0.97 1.19 1.13 1.24 1.08 1.46 1.37 0.63 0.24 0.83 0.17 1.41 2.41 1.60 1.84
O4' 0.29 1.09 0.20 0.33 0.69 0.27 0.96 0.61 1.07 1.02 1.06 0.91 1.32 1.24 0.57 0.15 0.53 0.19 1.06 1.82 1.17 1.37
O5' 0.60 1.61 0.43 0.45 1.05 0.31 1.15 0.72 1.32 1.06 1.53 1.37 1.43 1.23 0.82 0.28 0.30 0.44 1.16 1.81 1.20 1.43
OP1 0.92 1.72 0.74 0.81 1.23 0.80 1.30 1.14 1.43 1.28 1.63 1.50 1.50 1.39 1.07 0.62 0.60 0.89 1.47 2.05 1.49 1.73
OP2 1.09 1.86 0.89 1.01 1.35 1.07 1.36 1.36 1.51 1.31 1.76 1.64 1.53 1.37 1.19 0.82 0.86 1.12 1.53 2.00 1.46 1.73
P 0.85 1.74 0.63 0.69 1.21 0.69 1.26 1.00 1.42 1.17 1.64 1.51 1.48 1.30 1.01 0.52 0.50 0.81 1.30 1.85 1.30 1.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.21 0.00 0.14 0.41 0.31 0.21
C2 0.02 0.00 0.23 0.20 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.22 0.11 0.26 0.63 0.36 0.31
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.12 0.01 0.07 0.13 0.12 0.10 0.18 0.23 0.09 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.33 0.49 0.31 0.34
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.19 0.00 0.24 0.04 0.25 0.24 0.23 0.17 0.28 0.26 0.16 0.02 0.01 0.02 0.28 0.31 0.16 0.24
C4 0.01 0.01 0.12 0.19 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.11 0.05 0.27 0.63 0.31 0.29
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.16 0.05 0.06 0.10 0.15 0.07 0.22 0.02 0.00 0.02 0.10 0.30 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.24 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.07 0.03 0.35 0.73 0.37 0.35
C5' 0.05 0.09 0.13 0.04 0.10 0.01 0.16 0.00 0.15 0.21 0.11 0.08 0.19 0.22 0.10 0.10 0.16 0.01 0.01 0.23 0.32 0.01
C6 0.02 0.01 0.12 0.25 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.09 0.05 0.36 0.75 0.42 0.38
C8 0.01 0.01 0.10 0.24 0.00 0.16 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.13 0.09 0.35 0.68 0.28 0.31
N1 0.02 0.00 0.18 0.23 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.16 0.08 0.31 0.71 0.39 0.35
N3 0.02 0.00 0.23 0.17 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.24 0.11 0.22 0.58 0.34 0.28
N6 0.02 0.01 0.09 0.28 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.11 0.03 0.40 0.81 0.49 0.43
N7 0.01 0.01 0.05 0.26 0.00 0.15 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.13 0.05 0.40 0.77 0.42 0.38
N9 0.01 0.01 0.02 0.16 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.06 0.01 0.24 0.57 0.26 0.26
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.15 0.22 0.22 0.10 0.22 0.26 0.18 0.15 0.26 0.28 0.15 0.00 0.03 0.16 0.18 0.39 0.25 0.22
O3' 0.21 0.22 0.02 0.01 0.11 0.02 0.07 0.16 0.09 0.13 0.16 0.24 0.11 0.13 0.06 0.03 0.00 0.14 0.31 0.53 0.22 0.34
O4' 0.00 0.11 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.09 0.08 0.11 0.03 0.05 0.01 0.16 0.14 0.00 0.07 0.22 0.42 0.16
O5' 0.14 0.26 0.33 0.28 0.27 0.02 0.35 0.01 0.36 0.35 0.31 0.22 0.40 0.40 0.24 0.18 0.31 0.07 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.41 0.63 0.49 0.31 0.63 0.10 0.73 0.23 0.75 0.68 0.71 0.58 0.81 0.77 0.57 0.39 0.53 0.22 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.36 0.31 0.16 0.31 0.30 0.37 0.32 0.42 0.28 0.39 0.34 0.49 0.42 0.26 0.25 0.22 0.42 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.31 0.34 0.24 0.29 0.04 0.35 0.01 0.38 0.31 0.35 0.28 0.43 0.38 0.26 0.22 0.34 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00