ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48287

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 5, 0, 1, 1, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.008, 0.025, 0.043, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.008, 0.030, 0.053, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.030 std_dev=0.023
C4 B 0, 0.212, 0.381, 0.550, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.381 std_dev=0.169
N9 B 0, 0.242, 0.411, 0.580, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.411 std_dev=0.169
C1' B 0, 0.311, 0.540, 0.770, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.540 std_dev=0.229
C5 B 0, 0.315, 0.545, 0.775, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.545 std_dev=0.230
C8 B 0, 0.368, 0.603, 0.839, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.603 std_dev=0.235
N3 B 0, 0.269, 0.511, 0.752, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.511 std_dev=0.242
C2' B 0, 0.269, 0.529, 0.790, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.529 std_dev=0.260
O2' B 0, 0.208, 0.480, 0.753, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.480 std_dev=0.272
N7 B 0, 0.390, 0.667, 0.944, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.667 std_dev=0.277
C6 B 0, 0.401, 0.735, 1.068, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.735 std_dev=0.333
C2 B 0, 0.360, 0.704, 1.048, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.704 std_dev=0.344
O4' B 0, 0.536, 0.888, 1.240, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.888 std_dev=0.352
N1 B 0, 0.401, 0.796, 1.190, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.796 std_dev=0.394
C3' B 0, 0.347, 0.750, 1.152, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.750 std_dev=0.402
O5' B 0, 0.665, 1.070, 1.475, 1.732 max_d=1.732 avg_d=1.070 std_dev=0.405
C4' B 0, 0.590, 1.004, 1.417, 1.616 max_d=1.616 avg_d=1.004 std_dev=0.414
O3' B 0, 0.551, 0.980, 1.409, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.980 std_dev=0.429
N6 B 0, 0.538, 0.981, 1.423, 1.842 max_d=1.842 avg_d=0.981 std_dev=0.442
C5' B 0, 0.704, 1.184, 1.664, 1.990 max_d=1.990 avg_d=1.184 std_dev=0.480
P B 0, 0.871, 1.379, 1.888, 1.942 max_d=1.942 avg_d=1.379 std_dev=0.509
OP2 B 0, 0.823, 1.455, 2.086, 2.433 max_d=2.433 avg_d=1.455 std_dev=0.631
OP1 B 0, 1.016, 1.664, 2.312, 2.382 max_d=2.382 avg_d=1.664 std_dev=0.648
O4' A 0, -0.116, 1.097, 2.311, 2.655 max_d=2.655 avg_d=1.097 std_dev=1.214
C2' A 0, -0.043, 1.216, 2.476, 2.908 max_d=2.908 avg_d=1.216 std_dev=1.260
C3' A 0, 0.254, 1.697, 3.140, 3.822 max_d=3.822 avg_d=1.697 std_dev=1.443
O3' A 0, 0.729, 2.173, 3.616, 4.785 max_d=4.785 avg_d=2.173 std_dev=1.443
C4' A 0, -0.132, 1.410, 2.952, 3.401 max_d=3.401 avg_d=1.410 std_dev=1.542
O2' A 0, -0.155, 1.814, 3.784, 4.725 max_d=4.725 avg_d=1.814 std_dev=1.970
C5' A 0, 0.123, 2.874, 5.624, 6.362 max_d=6.362 avg_d=2.874 std_dev=2.750
O5' A 0, -0.072, 3.451, 6.974, 7.966 max_d=7.966 avg_d=3.451 std_dev=3.523
P A 0, 0.057, 4.909, 9.761, 11.046 max_d=11.046 avg_d=4.909 std_dev=4.852
OP2 A 0, 0.187, 5.350, 10.513, 11.866 max_d=11.866 avg_d=5.350 std_dev=5.163
OP1 A 0, 0.050, 5.567, 11.085, 12.545 max_d=12.545 avg_d=5.567 std_dev=5.517

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.31 0.01 0.49 0.48 0.24 0.41
C2 0.02 0.00 0.29 0.46 0.01 0.77 0.01 1.48 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.25 0.55 0.76 1.08 1.38 1.17
C2' 0.00 0.29 0.00 0.01 0.13 0.03 0.04 0.23 0.08 0.21 0.19 0.30 0.05 0.15 0.04 0.01 0.03 0.02 0.32 0.29 0.47 0.29
C3' 0.03 0.46 0.01 0.00 0.19 0.00 0.22 0.04 0.21 0.48 0.32 0.46 0.25 0.43 0.19 0.04 0.01 0.02 0.15 0.12 0.47 0.21
C4 0.01 0.01 0.13 0.19 0.00 0.33 0.00 0.63 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.17 0.15 0.29 0.25 0.17 0.11 0.14
C4' 0.01 0.77 0.03 0.00 0.33 0.00 0.13 0.01 0.29 0.44 0.57 0.74 0.18 0.29 0.07 0.24 0.04 0.00 0.03 0.23 0.27 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.22 0.00 0.13 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.26 0.11 0.15 0.75 0.72 0.69 0.71
C5' 0.09 1.48 0.23 0.04 0.63 0.01 0.28 0.00 0.61 0.66 1.14 1.37 0.39 0.43 0.06 0.12 0.18 0.02 0.02 0.43 0.32 0.03
C6 0.01 0.00 0.08 0.21 0.00 0.29 0.00 0.61 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.08 0.26 0.41 0.31 0.27 0.29
C8 0.01 0.01 0.21 0.48 0.00 0.44 0.01 0.66 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.33 0.23 0.27 1.69 1.75 1.80 1.79
N1 0.02 0.00 0.19 0.32 0.01 0.57 0.01 1.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.14 0.43 0.31 0.56 0.72 0.61
N3 0.02 0.00 0.30 0.46 0.00 0.74 0.00 1.37 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.19 0.29 0.54 0.68 0.88 1.22 0.99
N6 0.01 0.01 0.05 0.25 0.01 0.18 0.01 0.39 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.29 0.11 0.18 0.70 0.68 0.74 0.67
N7 0.01 0.01 0.15 0.43 0.01 0.29 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.34 0.22 0.13 1.53 1.65 1.78 1.68
N9 0.00 0.01 0.04 0.19 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.17 0.03 0.82 0.79 0.63 0.76
O2' 0.02 0.20 0.01 0.04 0.17 0.24 0.26 0.12 0.25 0.33 0.21 0.19 0.29 0.34 0.18 0.00 0.07 0.17 0.25 0.21 0.57 0.25
O3' 0.31 0.25 0.03 0.01 0.15 0.04 0.11 0.18 0.08 0.23 0.14 0.29 0.11 0.22 0.17 0.07 0.00 0.24 0.31 0.38 0.58 0.39
O4' 0.01 0.55 0.02 0.02 0.29 0.00 0.15 0.02 0.26 0.27 0.43 0.54 0.18 0.13 0.03 0.17 0.24 0.00 0.46 0.55 0.23 0.43
O5' 0.49 0.76 0.32 0.15 0.25 0.03 0.75 0.02 0.41 1.69 0.31 0.68 0.70 1.53 0.82 0.25 0.31 0.46 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.48 1.08 0.29 0.12 0.17 0.23 0.72 0.43 0.31 1.75 0.56 0.88 0.68 1.65 0.79 0.21 0.38 0.55 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 1.38 0.47 0.47 0.11 0.27 0.69 0.32 0.27 1.80 0.72 1.22 0.74 1.78 0.63 0.57 0.58 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.41 1.17 0.29 0.21 0.14 0.05 0.71 0.03 0.29 1.79 0.61 0.99 0.67 1.68 0.76 0.25 0.39 0.43 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.54 0.15 0.16 0.20 0.25 0.22 0.40 0.27 0.40 0.51 0.39 0.30 0.45 0.20 0.14 0.12 0.26 0.45 0.68 0.76 0.75
C2 0.20 0.34 0.20 0.20 0.19 0.16 0.31 0.17 0.33 0.32 0.24 0.32 0.48 0.42 0.19 0.24 0.25 0.18 0.24 0.33 0.51 0.42
C2' 0.25 0.74 0.17 0.19 0.42 0.27 0.44 0.31 0.62 0.35 0.80 0.57 0.69 0.43 0.30 0.16 0.14 0.33 0.31 0.47 0.52 0.49
C3' 0.33 0.52 0.38 0.42 0.27 0.49 0.30 0.61 0.32 0.50 0.52 0.37 0.35 0.50 0.34 0.30 0.32 0.46 0.62 0.79 0.81 0.80
C4 0.16 0.46 0.16 0.16 0.19 0.21 0.24 0.33 0.22 0.39 0.40 0.35 0.27 0.45 0.21 0.15 0.14 0.22 0.40 0.54 0.70 0.64
C4' 0.58 0.91 0.47 0.47 0.69 0.56 0.71 0.60 0.84 0.63 0.96 0.78 0.91 0.67 0.61 0.46 0.52 0.62 0.57 0.71 0.73 0.77
C5 0.19 0.40 0.18 0.19 0.19 0.27 0.23 0.40 0.27 0.40 0.39 0.30 0.26 0.41 0.23 0.13 0.14 0.28 0.47 0.57 0.73 0.68
C5' 0.97 1.71 0.77 0.74 1.22 0.81 1.14 0.71 1.43 0.79 1.74 1.47 1.39 0.81 0.98 0.87 0.93 0.93 0.61 0.74 0.77 0.76
C6 0.20 0.28 0.19 0.19 0.20 0.23 0.23 0.32 0.20 0.36 0.24 0.25 0.21 0.36 0.24 0.15 0.17 0.24 0.40 0.43 0.61 0.54
C8 0.20 0.51 0.19 0.23 0.21 0.36 0.23 0.53 0.40 0.40 0.56 0.34 0.45 0.38 0.22 0.12 0.15 0.35 0.57 0.78 0.87 0.86
N1 0.20 0.26 0.21 0.21 0.20 0.18 0.26 0.21 0.25 0.30 0.20 0.27 0.32 0.35 0.21 0.22 0.24 0.19 0.27 0.33 0.49 0.40
N3 0.17 0.43 0.16 0.16 0.19 0.14 0.29 0.22 0.28 0.36 0.30 0.36 0.46 0.46 0.20 0.20 0.20 0.17 0.30 0.42 0.60 0.52
N6 0.25 0.22 0.24 0.24 0.22 0.31 0.25 0.40 0.24 0.35 0.23 0.20 0.26 0.31 0.27 0.16 0.18 0.32 0.46 0.43 0.60 0.54
N7 0.22 0.44 0.21 0.25 0.21 0.38 0.26 0.54 0.41 0.41 0.50 0.30 0.46 0.38 0.23 0.13 0.17 0.37 0.60 0.74 0.87 0.85
N9 0.17 0.51 0.16 0.18 0.20 0.27 0.22 0.42 0.29 0.41 0.50 0.36 0.29 0.44 0.21 0.13 0.13 0.28 0.48 0.67 0.78 0.75
O2' 0.64 1.44 0.39 0.40 0.95 0.53 0.95 0.46 1.28 0.59 1.55 1.18 1.34 0.70 0.70 0.36 0.45 0.67 0.44 0.60 0.68 0.58
O3' 0.30 0.74 0.27 0.32 0.34 0.44 0.36 0.59 0.45 0.52 0.73 0.54 0.46 0.55 0.33 0.16 0.20 0.44 0.60 0.87 0.88 0.88
O4' 0.71 0.92 0.53 0.53 0.84 0.69 0.94 0.75 1.03 0.87 0.99 0.83 1.18 0.96 0.79 0.44 0.55 0.80 0.71 0.81 0.83 0.91
O5' 0.24 1.05 0.43 0.52 0.32 0.58 0.26 0.90 0.66 0.52 1.10 0.69 0.68 0.44 0.22 0.19 0.23 0.44 1.09 1.49 1.62 1.38
OP1 0.28 1.49 0.41 0.55 0.50 0.69 0.34 1.14 0.83 0.60 1.47 1.04 0.78 0.51 0.24 0.14 0.27 0.52 1.39 2.03 2.16 1.86
OP2 0.39 1.39 0.60 0.77 0.35 0.95 0.28 1.46 0.71 0.88 1.36 0.92 0.70 0.79 0.36 0.22 0.39 0.72 1.73 2.43 2.55 2.25
P 0.24 1.55 0.36 0.49 0.56 0.60 0.40 1.03 0.93 0.51 1.55 1.10 0.87 0.42 0.20 0.14 0.23 0.43 1.29 1.90 2.06 1.74

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.10 0.00 0.12 0.21 0.14 0.13
C2 0.04 0.00 0.11 0.09 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.22 0.09 0.19 0.22 0.29 0.21
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.08 0.06 0.10 0.08 0.11 0.07 0.08 0.03 0.00 0.03 0.01 0.17 0.34 0.17 0.19
C3' 0.03 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.10 0.06 0.09 0.06 0.09 0.03 0.02 0.01 0.01 0.13 0.33 0.13 0.15
C4 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.06 0.20 0.22 0.29 0.21
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.11 0.07 0.04
C5 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.09 0.07 0.26 0.25 0.39 0.26
C5' 0.04 0.07 0.08 0.03 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.09 0.08 0.06 0.12 0.10 0.05 0.07 0.03 0.02 0.01 0.09 0.07 0.02
C6 0.02 0.00 0.06 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.12 0.08 0.27 0.26 0.41 0.28
C8 0.02 0.02 0.10 0.10 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.12 0.07 0.10 0.26 0.23 0.36 0.23
N1 0.04 0.00 0.08 0.06 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.16 0.18 0.08 0.23 0.24 0.36 0.25
N3 0.04 0.01 0.11 0.09 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.21 0.08 0.17 0.21 0.25 0.19
N6 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.11 0.10 0.07 0.32 0.31 0.49 0.33
N7 0.02 0.01 0.08 0.09 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.11 0.06 0.09 0.29 0.26 0.44 0.27
N9 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.08 0.05 0.19 0.21 0.25 0.18
O2' 0.03 0.20 0.00 0.02 0.10 0.02 0.08 0.07 0.11 0.12 0.16 0.20 0.11 0.11 0.04 0.00 0.06 0.02 0.21 0.42 0.27 0.24
O3' 0.10 0.22 0.03 0.01 0.13 0.02 0.09 0.03 0.12 0.07 0.18 0.21 0.10 0.06 0.08 0.06 0.00 0.08 0.11 0.36 0.13 0.15
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.02 0.08 0.10 0.08 0.08 0.07 0.09 0.05 0.02 0.08 0.00 0.11 0.09 0.11 0.09
O5' 0.12 0.19 0.17 0.13 0.20 0.02 0.26 0.01 0.27 0.26 0.23 0.17 0.32 0.29 0.19 0.21 0.11 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.21 0.22 0.34 0.33 0.22 0.11 0.25 0.09 0.26 0.23 0.24 0.21 0.31 0.26 0.21 0.42 0.36 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.29 0.17 0.13 0.29 0.07 0.39 0.07 0.41 0.36 0.36 0.25 0.49 0.44 0.25 0.27 0.13 0.11 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.21 0.19 0.15 0.21 0.04 0.26 0.02 0.28 0.23 0.25 0.19 0.33 0.27 0.18 0.24 0.15 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00