ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48294

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.012, 0.035, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.035 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.012, 0.036, 0.059, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.036 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.018, 0.044, 0.071, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.044 std_dev=0.027
C6 A 0, 0.020, 0.049, 0.079, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.049 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.026, 0.064, 0.102, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.064 std_dev=0.038
N7 A 0, 0.023, 0.061, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.061 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.030, 0.072, 0.113, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.072 std_dev=0.041
N3 A 0, 0.033, 0.079, 0.124, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.079 std_dev=0.046
C2 A 0, 0.031, 0.079, 0.126, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.079 std_dev=0.047
N6 A 0, 0.030, 0.089, 0.148, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.089 std_dev=0.059
O4' B 0, 0.075, 0.193, 0.312, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.193 std_dev=0.119
C2' B 0, 0.105, 0.257, 0.409, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.257 std_dev=0.152
O4' A 0, 0.114, 0.270, 0.427, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.270 std_dev=0.156
C1' B 0, 0.129, 0.310, 0.492, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.310 std_dev=0.181
C4' B 0, 0.021, 0.216, 0.411, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.216 std_dev=0.195
C3' B 0, 0.032, 0.228, 0.425, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.228 std_dev=0.197
O5' B 0, 0.081, 0.279, 0.476, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.279 std_dev=0.198
C2' A 0, 0.146, 0.347, 0.549, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.347 std_dev=0.201
O2' B 0, 0.151, 0.360, 0.568, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.360 std_dev=0.208
C5' B 0, 0.060, 0.272, 0.483, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.272 std_dev=0.212
P B 0, 0.118, 0.359, 0.599, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.359 std_dev=0.240
N9 B 0, 0.174, 0.446, 0.718, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.446 std_dev=0.272
O3' B 0, 0.102, 0.391, 0.681, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.391 std_dev=0.289
OP2 B 0, 0.189, 0.489, 0.788, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.489 std_dev=0.299
C8 B 0, 0.194, 0.534, 0.873, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.534 std_dev=0.340
OP1 B 0, 0.158, 0.528, 0.898, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.528 std_dev=0.370
C3' A 0, 0.264, 0.633, 1.003, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.633 std_dev=0.370
C4 B 0, 0.277, 0.661, 1.044, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.661 std_dev=0.384
C4' A 0, 0.281, 0.666, 1.052, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.666 std_dev=0.385
O2' A 0, 0.306, 0.732, 1.157, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.732 std_dev=0.425
N3 B 0, 0.321, 0.762, 1.203, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.762 std_dev=0.441
N7 B 0, 0.305, 0.753, 1.201, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.753 std_dev=0.448
C5 B 0, 0.336, 0.805, 1.273, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.805 std_dev=0.469
C5' A 0, 0.389, 0.925, 1.460, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.925 std_dev=0.536
O3' A 0, 0.389, 0.944, 1.499, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.944 std_dev=0.555
O5' A 0, 0.405, 0.963, 1.520, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.963 std_dev=0.557
C2 B 0, 0.416, 0.991, 1.565, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.991 std_dev=0.575
C6 B 0, 0.436, 1.034, 1.632, 1.428 max_d=1.428 avg_d=1.034 std_dev=0.598
N1 B 0, 0.461, 1.095, 1.729, 1.524 max_d=1.524 avg_d=1.095 std_dev=0.634
N6 B 0, 0.507, 1.203, 1.899, 1.666 max_d=1.666 avg_d=1.203 std_dev=0.696
P A 0, 0.521, 1.233, 1.946, 1.674 max_d=1.674 avg_d=1.233 std_dev=0.713
OP2 A 0, 0.551, 1.307, 2.063, 1.804 max_d=1.804 avg_d=1.307 std_dev=0.756
OP1 A 0, 0.609, 1.441, 2.273, 1.934 max_d=1.934 avg_d=1.441 std_dev=0.832

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.08 0.00 0.05 0.11 0.12 0.08
C2 0.04 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.11 0.03 0.07 0.10 0.10 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.14 0.18 0.13
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.09 0.02 0.02 0.07 0.09 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.09 0.06
C4 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.05 0.10 0.09 0.07
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.08 0.01 0.03 0.04 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.04
C5 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02 0.09 0.13 0.14 0.11
C5' 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.06 0.12 0.03 0.01 0.08 0.12 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.08 0.03 0.10 0.13 0.16 0.12
C8 0.02 0.03 0.03 0.09 0.01 0.08 0.02 0.12 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.13 0.03 0.03 0.11 0.14 0.12 0.11
N1 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.09 0.02 0.08 0.11 0.13 0.09
N3 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.06 0.11 0.03 0.06 0.10 0.09 0.07
N6 0.04 0.02 0.04 0.07 0.03 0.04 0.02 0.08 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.09 0.08 0.04 0.13 0.17 0.21 0.16
N7 0.03 0.01 0.03 0.09 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.12 0.04 0.02 0.13 0.17 0.17 0.15
N9 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.09 0.08 0.06
O2' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.04 0.05 0.13 0.03 0.06 0.09 0.12 0.06 0.00 0.04 0.01 0.11 0.15 0.24 0.15
O3' 0.08 0.11 0.01 0.01 0.08 0.00 0.06 0.03 0.08 0.03 0.09 0.11 0.08 0.04 0.06 0.04 0.00 0.04 0.05 0.16 0.10 0.10
O4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.10 0.10 0.08
O5' 0.05 0.07 0.10 0.02 0.05 0.01 0.09 0.01 0.10 0.11 0.08 0.06 0.13 0.13 0.03 0.11 0.05 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.11 0.10 0.14 0.12 0.10 0.08 0.13 0.07 0.13 0.14 0.11 0.10 0.17 0.17 0.09 0.15 0.16 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.10 0.18 0.09 0.09 0.05 0.14 0.02 0.16 0.12 0.13 0.09 0.21 0.17 0.08 0.24 0.10 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.07 0.13 0.06 0.07 0.04 0.11 0.02 0.12 0.11 0.09 0.07 0.16 0.15 0.06 0.15 0.10 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.28 0.04 0.02 0.17 0.02 0.19 0.04 0.28 0.06 0.31 0.22 0.31 0.11 0.10 0.06 0.03 0.04 0.03 0.06 0.12 0.07
C2 0.10 0.23 0.09 0.10 0.14 0.10 0.10 0.10 0.14 0.06 0.21 0.19 0.10 0.04 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.13 0.10
C2' 0.05 0.26 0.02 0.01 0.16 0.01 0.17 0.04 0.25 0.05 0.29 0.20 0.29 0.10 0.08 0.04 0.01 0.03 0.02 0.06 0.11 0.06
C3' 0.11 0.25 0.10 0.07 0.18 0.06 0.19 0.02 0.25 0.10 0.27 0.21 0.27 0.14 0.13 0.13 0.09 0.07 0.05 0.04 0.02 0.02
C4 0.06 0.26 0.03 0.02 0.16 0.02 0.18 0.04 0.24 0.05 0.27 0.21 0.25 0.10 0.09 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.11 0.07
C4' 0.09 0.23 0.08 0.06 0.16 0.04 0.16 0.02 0.23 0.08 0.25 0.18 0.25 0.11 0.11 0.12 0.09 0.05 0.03 0.03 0.03 0.01
C5 0.07 0.23 0.04 0.01 0.16 0.01 0.19 0.04 0.22 0.10 0.24 0.19 0.23 0.15 0.11 0.06 0.02 0.04 0.02 0.05 0.10 0.06
C5' 0.14 0.24 0.15 0.13 0.18 0.10 0.19 0.07 0.23 0.13 0.24 0.20 0.25 0.15 0.15 0.18 0.15 0.10 0.08 0.09 0.07 0.08
C6 0.06 0.19 0.03 0.02 0.13 0.01 0.14 0.04 0.16 0.06 0.18 0.16 0.15 0.09 0.09 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.11 0.07
C8 0.09 0.27 0.07 0.04 0.19 0.04 0.23 0.05 0.28 0.13 0.29 0.22 0.31 0.19 0.13 0.10 0.05 0.05 0.04 0.07 0.11 0.07
N1 0.08 0.18 0.08 0.09 0.11 0.08 0.08 0.09 0.11 0.03 0.16 0.16 0.10 0.01 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.10 0.13 0.11
N3 0.08 0.26 0.06 0.07 0.15 0.07 0.13 0.08 0.21 0.04 0.26 0.20 0.19 0.03 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.13 0.09
N6 0.10 0.17 0.06 0.04 0.14 0.07 0.14 0.06 0.15 0.10 0.16 0.16 0.14 0.11 0.12 0.07 0.05 0.10 0.02 0.04 0.13 0.07
N7 0.09 0.23 0.08 0.06 0.18 0.05 0.21 0.07 0.25 0.14 0.25 0.19 0.26 0.19 0.13 0.11 0.06 0.06 0.05 0.06 0.11 0.07
N9 0.07 0.28 0.04 0.01 0.18 0.01 0.21 0.04 0.28 0.08 0.30 0.22 0.30 0.14 0.11 0.07 0.03 0.04 0.03 0.06 0.12 0.07
O2' 0.01 0.28 0.06 0.09 0.14 0.07 0.16 0.12 0.27 0.04 0.32 0.20 0.32 0.08 0.04 0.05 0.07 0.03 0.12 0.19 0.25 0.19
O3' 0.03 0.17 0.02 0.02 0.10 0.04 0.11 0.09 0.17 0.03 0.19 0.12 0.20 0.06 0.05 0.07 0.02 0.03 0.06 0.07 0.10 0.08
O4' 0.06 0.25 0.04 0.03 0.15 0.03 0.16 0.05 0.25 0.04 0.27 0.19 0.29 0.08 0.08 0.07 0.05 0.04 0.04 0.06 0.10 0.07
O5' 0.15 0.24 0.14 0.14 0.19 0.12 0.20 0.09 0.23 0.14 0.24 0.21 0.24 0.17 0.16 0.16 0.15 0.12 0.10 0.11 0.10 0.10
OP1 0.14 0.20 0.14 0.14 0.17 0.12 0.17 0.10 0.20 0.14 0.21 0.18 0.20 0.15 0.15 0.16 0.16 0.12 0.12 0.14 0.14 0.14
OP2 0.18 0.23 0.19 0.19 0.21 0.17 0.21 0.15 0.22 0.18 0.23 0.22 0.22 0.20 0.19 0.21 0.20 0.16 0.16 0.18 0.19 0.18
P 0.15 0.21 0.15 0.15 0.18 0.13 0.18 0.10 0.20 0.15 0.21 0.19 0.21 0.16 0.15 0.17 0.17 0.12 0.12 0.14 0.14 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03
C2 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.09 0.10 0.10 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.05 0.02
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01
C4 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.07 0.07 0.05
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C5 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.08 0.08 0.06
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.06 0.08 0.09 0.07
C8 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.07 0.07 0.05
N1 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.08 0.09 0.10 0.08
N3 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.08 0.09 0.09 0.07
N6 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.07 0.08 0.09 0.07
N7 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.05 0.08 0.09 0.07
N9 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.06 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.02
O3' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.01
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02
O5' 0.01 0.09 0.03 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.08 0.08 0.07 0.05 0.03 0.04 0.05 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01
OP1 0.06 0.10 0.05 0.04 0.07 0.05 0.08 0.05 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.06 0.04 0.03 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00
OP2 0.05 0.10 0.05 0.03 0.07 0.01 0.08 0.02 0.09 0.07 0.10 0.09 0.09 0.09 0.06 0.06 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02
P 0.03 0.08 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.08 0.07 0.07 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00