ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48297

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.000, 0.041, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.041 std_dev=0.041
N7 A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
N9 A 0, 0.000, 0.049, 0.097, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.049 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.000, 0.103, 0.207, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.103 std_dev=0.103
C4' A 0, 0.000, 0.113, 0.225, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.113 std_dev=0.113
C3' A 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
C5' A 0, 0.000, 0.221, 0.441, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.221 std_dev=0.221
O2' A 0, 0.000, 0.221, 0.443, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.221 std_dev=0.221
O3' A 0, 0.000, 0.265, 0.529, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.265 std_dev=0.265
P B 0, 0.000, 0.459, 0.918, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.459 std_dev=0.459
O4' B 0, 0.000, 0.468, 0.936, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.468 std_dev=0.468
C8 B 0, 0.000, 0.473, 0.945, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.473 std_dev=0.473
OP2 B 0, 0.000, 0.476, 0.952, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.476 std_dev=0.476
N7 B 0, 0.000, 0.476, 0.952, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.476 std_dev=0.476
C5' B 0, 0.000, 0.485, 0.971, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.485 std_dev=0.485
C4' B 0, 0.000, 0.497, 0.994, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.497 std_dev=0.497
N9 B 0, 0.000, 0.516, 1.032, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.516 std_dev=0.516
OP1 B 0, 0.000, 0.521, 1.042, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.521 std_dev=0.521
C1' B 0, 0.000, 0.524, 1.047, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.524 std_dev=0.524
C5 B 0, 0.000, 0.551, 1.101, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.551 std_dev=0.551
C3' B 0, 0.000, 0.558, 1.117, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.558 std_dev=0.558
N6 B 0, 0.000, 0.573, 1.146, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.573 std_dev=0.573
P A 0, 0.000, 0.578, 1.156, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.578 std_dev=0.578
O5' B 0, 0.000, 0.582, 1.164, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.582 std_dev=0.582
C4 B 0, 0.000, 0.590, 1.179, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.590 std_dev=0.590
C2' B 0, 0.000, 0.595, 1.190, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.595 std_dev=0.595
C6 B 0, 0.000, 0.614, 1.228, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.614 std_dev=0.614
O3' B 0, 0.000, 0.638, 1.276, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.638 std_dev=0.638
O2' B 0, 0.000, 0.649, 1.297, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.649 std_dev=0.649
N3 B 0, 0.000, 0.698, 1.397, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.698 std_dev=0.698
N1 B 0, 0.000, 0.742, 1.484, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.742 std_dev=0.742
C2 B 0, 0.000, 0.775, 1.551, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.775 std_dev=0.775
O5' A 0, 0.000, 0.831, 1.662, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.831 std_dev=0.831
OP2 A 0, 0.000, 1.189, 2.379, 2.379 max_d=2.379 avg_d=1.189 std_dev=1.189
OP1 A 0, 0.000, 1.819, 3.637, 3.637 max_d=3.637 avg_d=1.819 std_dev=1.819

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.20 0.21 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.02 0.04 0.28 0.45 0.05
C2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.05 0.07 0.03 0.01 0.06 0.07 0.03 0.00 0.01 0.02 0.28 0.46 0.00 0.09
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.24 0.32 0.18 0.04
C4 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.02 0.01 0.03 0.25 0.46 0.04
C4' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.11 0.03 0.01 0.01 0.23 0.58 0.05
C5' 0.03 0.06 0.05 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.08 0.05 0.10 0.10 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00
C6 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.03 0.02 0.01 0.24 0.60 0.05
C8 0.02 0.00 0.07 0.04 0.00 0.02 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.03 0.00 0.01 0.16 0.55 0.03
N1 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.02 0.02 0.03 0.27 0.54 0.06
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.27 0.39 0.04
N6 0.00 0.01 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 0.02 0.00 0.21 0.66 0.05
N7 0.02 0.02 0.07 0.04 0.02 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.12 0.04 0.00 0.01 0.17 0.64 0.04
N9 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.21 0.42 0.03
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.07 0.00 0.11 0.05 0.11 0.10 0.08 0.03 0.12 0.12 0.05 0.00 0.00 0.01 0.32 0.59 0.03 0.12
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.19 0.30 0.19 0.03
O4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.15 0.08 0.19 0.10
O5' 0.05 0.04 0.28 0.24 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.32 0.19 0.15 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.20 0.28 0.46 0.32 0.25 0.04 0.23 0.03 0.24 0.16 0.27 0.27 0.21 0.17 0.21 0.59 0.30 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.45 0.00 0.18 0.46 0.02 0.58 0.06 0.60 0.55 0.54 0.39 0.66 0.64 0.42 0.03 0.19 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.05 0.09 0.04 0.04 0.03 0.05 0.00 0.05 0.03 0.06 0.04 0.05 0.04 0.03 0.12 0.03 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.13 0.00 0.05 0.04 0.07 0.03 0.13 0.01 0.09 0.07 0.13 0.07 0.10 0.00 0.04 0.02 0.07 0.23 0.09 0.06 0.09
C2 0.06 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.11 0.11 0.10 0.16 0.04 0.01 0.14 0.17 0.08 0.08 0.01 0.01 0.20 0.08 0.02 0.07
C2' 0.13 0.27 0.12 0.15 0.16 0.17 0.09 0.22 0.11 0.02 0.20 0.26 0.04 0.00 0.12 0.08 0.12 0.17 0.32 0.16 0.14 0.17
C3' 0.10 0.28 0.09 0.12 0.16 0.14 0.10 0.19 0.13 0.02 0.22 0.26 0.07 0.02 0.11 0.03 0.08 0.14 0.30 0.14 0.14 0.16
C4 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.06 0.10 0.13 0.09 0.14 0.02 0.04 0.14 0.16 0.05 0.06 0.01 0.04 0.21 0.10 0.04 0.08
C4' 0.00 0.14 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.12 0.01 0.08 0.09 0.12 0.04 0.08 0.00 0.08 0.01 0.06 0.22 0.09 0.07 0.09
C5 0.04 0.02 0.03 0.03 0.07 0.08 0.14 0.15 0.14 0.15 0.08 0.00 0.18 0.18 0.08 0.06 0.02 0.05 0.21 0.12 0.05 0.09
C5' 0.09 0.02 0.11 0.06 0.07 0.02 0.13 0.05 0.11 0.18 0.04 0.01 0.17 0.19 0.10 0.15 0.09 0.02 0.14 0.03 0.01 0.02
C6 0.08 0.07 0.05 0.02 0.11 0.07 0.17 0.14 0.17 0.18 0.12 0.05 0.21 0.21 0.12 0.08 0.02 0.02 0.19 0.12 0.03 0.08
C8 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.09 0.10 0.14 0.10 0.12 0.03 0.05 0.15 0.15 0.04 0.04 0.02 0.08 0.21 0.12 0.06 0.09
N1 0.09 0.05 0.06 0.01 0.10 0.04 0.16 0.12 0.15 0.19 0.10 0.04 0.19 0.20 0.11 0.09 0.01 0.02 0.19 0.10 0.01 0.06
N3 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.05 0.08 0.12 0.07 0.13 0.00 0.05 0.12 0.14 0.05 0.07 0.01 0.02 0.22 0.08 0.04 0.08
N6 0.11 0.15 0.07 0.02 0.17 0.09 0.22 0.15 0.23 0.21 0.19 0.13 0.25 0.24 0.16 0.07 0.03 0.02 0.17 0.14 0.02 0.07
N7 0.02 0.02 0.02 0.04 0.07 0.09 0.14 0.15 0.14 0.14 0.09 0.00 0.19 0.17 0.07 0.04 0.03 0.08 0.20 0.13 0.05 0.09
N9 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.09 0.14 0.08 0.12 0.01 0.07 0.13 0.14 0.04 0.05 0.02 0.06 0.22 0.10 0.05 0.09
O2' 0.22 0.39 0.21 0.24 0.28 0.25 0.20 0.29 0.22 0.11 0.32 0.37 0.15 0.10 0.22 0.17 0.21 0.25 0.40 0.21 0.21 0.23
O3' 0.10 0.31 0.08 0.11 0.19 0.12 0.14 0.17 0.18 0.04 0.27 0.28 0.14 0.05 0.12 0.01 0.07 0.13 0.31 0.12 0.15 0.16
O4' 0.03 0.10 0.05 0.00 0.00 0.03 0.06 0.09 0.04 0.11 0.04 0.08 0.09 0.12 0.04 0.09 0.03 0.03 0.19 0.06 0.04 0.06
O5' 0.03 0.08 0.01 0.04 0.13 0.10 0.26 0.14 0.29 0.24 0.20 0.03 0.39 0.31 0.12 0.01 0.05 0.06 0.16 0.08 0.05 0.02
OP1 0.28 0.53 0.22 0.17 0.54 0.10 0.73 0.08 0.82 0.63 0.72 0.42 0.97 0.77 0.48 0.10 0.11 0.17 0.14 0.17 0.41 0.29
OP2 0.60 0.38 0.66 0.61 0.51 0.57 0.52 0.49 0.46 0.60 0.39 0.44 0.46 0.57 0.57 0.73 0.68 0.53 0.37 0.46 0.44 0.45
P 0.04 0.07 0.04 0.01 0.13 0.06 0.24 0.10 0.26 0.22 0.18 0.03 0.35 0.28 0.12 0.03 0.00 0.04 0.14 0.07 0.04 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.03 0.01
C2 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.07 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.10 0.06 0.03
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.06 0.03
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.08 0.05 0.04
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.07 0.04
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.06 0.04
C8 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.07 0.06 0.10 0.08 0.05
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.07 0.05 0.03
N3 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.03 0.03 0.07 0.04 0.03
N6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.08 0.07 0.05
N7 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.06 0.06 0.09 0.08 0.05
N9 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.06 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.08 0.04 0.00
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.08 0.06 0.09 0.03 0.07 0.01 0.03 0.00 0.02 0.07 0.15 0.09 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03
O5' 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.04 0.07 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.07 0.06 0.10 0.11 0.08 0.06 0.09 0.03 0.08 0.10 0.07 0.07 0.08 0.09 0.09 0.08 0.15 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.04 0.06 0.06 0.05 0.01 0.07 0.00 0.06 0.08 0.05 0.04 0.07 0.08 0.06 0.04 0.09 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.04 0.00 0.06 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00