ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48298

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C6 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C4 A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N6 A 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C5 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C1' A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N9 A 0, 0.000, 0.038, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.038
N1 A 0, 0.000, 0.041, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.041 std_dev=0.041
N7 A 0, 0.000, 0.049, 0.097, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.049 std_dev=0.049
C8 A 0, 0.000, 0.059, 0.118, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.059 std_dev=0.059
N3 B 0, 0.000, 0.112, 0.225, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.112 std_dev=0.112
C4' B 0, 0.000, 0.132, 0.265, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.132 std_dev=0.132
C4 B 0, 0.000, 0.139, 0.279, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.139 std_dev=0.139
C3' B 0, 0.000, 0.140, 0.279, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.140 std_dev=0.140
N9 B 0, 0.000, 0.157, 0.313, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.157 std_dev=0.157
C2' B 0, 0.000, 0.167, 0.333, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C1' B 0, 0.000, 0.176, 0.351, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.176 std_dev=0.176
P B 0, 0.000, 0.186, 0.372, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.186 std_dev=0.186
OP2 B 0, 0.000, 0.192, 0.383, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.192 std_dev=0.192
OP1 B 0, 0.000, 0.201, 0.403, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.201 std_dev=0.201
C2 B 0, 0.000, 0.219, 0.438, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.219 std_dev=0.219
O5' B 0, 0.000, 0.228, 0.457, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.228 std_dev=0.228
P A 0, 0.000, 0.230, 0.459, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.230 std_dev=0.230
O3' B 0, 0.000, 0.249, 0.498, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.249 std_dev=0.249
O2' B 0, 0.000, 0.258, 0.516, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.258 std_dev=0.258
C5 B 0, 0.000, 0.262, 0.525, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.262 std_dev=0.262
C3' A 0, 0.000, 0.264, 0.529, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.264 std_dev=0.264
C5' B 0, 0.000, 0.283, 0.567, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.283 std_dev=0.283
C8 B 0, 0.000, 0.284, 0.567, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.284 std_dev=0.284
O4' B 0, 0.000, 0.304, 0.608, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.304 std_dev=0.304
N1 B 0, 0.000, 0.324, 0.647, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.324 std_dev=0.324
N7 B 0, 0.000, 0.330, 0.661, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.330 std_dev=0.330
C6 B 0, 0.000, 0.340, 0.679, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.340 std_dev=0.340
O3' A 0, 0.000, 0.344, 0.687, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.344 std_dev=0.344
C2' A 0, 0.000, 0.352, 0.704, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.352 std_dev=0.352
O4' A 0, 0.000, 0.423, 0.845, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.423 std_dev=0.423
N6 B 0, 0.000, 0.461, 0.922, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.461 std_dev=0.461
O5' A 0, 0.000, 0.564, 1.127, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.564 std_dev=0.564
O2' A 0, 0.000, 0.594, 1.188, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.594 std_dev=0.594
C4' A 0, 0.000, 0.611, 1.222, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.611 std_dev=0.611
OP1 A 0, 0.000, 0.841, 1.682, 1.682 max_d=1.682 avg_d=0.841 std_dev=0.841
OP2 A 0, 0.000, 0.940, 1.880, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.940 std_dev=0.940
C5' A 0, 0.000, 1.183, 2.367, 2.367 max_d=2.367 avg_d=1.183 std_dev=1.183

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.09 0.04 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.12 0.01 0.28 0.50 0.22 0.04
C2 0.03 0.00 0.12 0.06 0.02 0.01 0.03 0.21 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.18 0.05 0.11 0.24 0.43 0.31 0.01
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.15 0.01 0.11 0.05 0.13 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.42 0.15 0.59 0.25
C3' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.02 0.07 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.31 0.23 0.37 0.11
C4 0.02 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.18 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.08 0.07 0.27 0.41 0.30 0.02
C4' 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.50 0.12 0.25
C5 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.18 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.04 0.25 0.33 0.30 0.05
C5' 0.09 0.21 0.15 0.02 0.18 0.00 0.18 0.00 0.20 0.11 0.20 0.18 0.22 0.15 0.14 0.16 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.02
C6 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.20 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.07 0.24 0.33 0.31 0.05
C8 0.01 0.05 0.11 0.06 0.02 0.04 0.02 0.11 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.00 0.00 0.13 0.09 0.05 0.30 0.31 0.27 0.05
N1 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.09 0.03 0.11 0.26 0.36 0.33 0.04
N3 0.02 0.01 0.13 0.07 0.01 0.02 0.00 0.18 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.20 0.06 0.11 0.26 0.44 0.30 0.01
N6 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.22 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.07 0.03 0.19 0.29 0.27 0.03
N7 0.03 0.04 0.09 0.05 0.01 0.04 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.11 0.08 0.02 0.26 0.27 0.28 0.06
N9 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.10 0.02 0.29 0.41 0.27 0.01
O2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.16 0.02 0.13 0.09 0.20 0.00 0.11 0.01 0.00 0.07 0.01 0.46 0.11 0.76 0.33
O3' 0.12 0.05 0.01 0.01 0.08 0.04 0.07 0.03 0.05 0.09 0.03 0.06 0.07 0.08 0.10 0.07 0.00 0.16 0.18 0.56 0.16 0.12
O4' 0.01 0.11 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.05 0.11 0.11 0.03 0.02 0.02 0.01 0.16 0.00 0.07 0.73 0.17 0.32
O5' 0.28 0.24 0.42 0.31 0.27 0.01 0.25 0.00 0.24 0.30 0.26 0.26 0.19 0.26 0.29 0.46 0.18 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.50 0.43 0.15 0.23 0.41 0.50 0.33 0.07 0.33 0.31 0.36 0.44 0.29 0.27 0.41 0.11 0.56 0.73 0.01 0.00 0.02 0.02
OP2 0.22 0.31 0.59 0.37 0.30 0.12 0.30 0.00 0.31 0.27 0.33 0.30 0.27 0.28 0.27 0.76 0.16 0.17 0.00 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.01 0.25 0.11 0.02 0.25 0.05 0.02 0.05 0.05 0.04 0.01 0.03 0.06 0.01 0.33 0.12 0.32 0.01 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.08 0.06 0.03 0.00 0.06 0.03 0.09 0.01 0.10 0.05 0.06 0.04 0.09 0.04 0.11 0.10 0.18 0.09 0.00 0.03 0.01
C2 0.09 0.04 0.02 0.01 0.04 0.08 0.07 0.08 0.05 0.14 0.01 0.02 0.07 0.13 0.09 0.07 0.10 0.23 0.09 0.03 0.04 0.02
C2' 0.13 0.02 0.09 0.11 0.09 0.17 0.12 0.17 0.09 0.19 0.04 0.04 0.12 0.18 0.13 0.06 0.07 0.26 0.18 0.08 0.11 0.09
C3' 0.10 0.05 0.04 0.07 0.04 0.15 0.07 0.17 0.04 0.16 0.03 0.02 0.07 0.14 0.09 0.00 0.03 0.24 0.18 0.10 0.10 0.10
C4 0.05 0.04 0.03 0.00 0.03 0.08 0.06 0.11 0.04 0.13 0.01 0.03 0.08 0.12 0.06 0.09 0.07 0.20 0.10 0.01 0.04 0.02
C4' 0.03 0.20 0.05 0.04 0.06 0.16 0.02 0.24 0.07 0.12 0.17 0.15 0.03 0.09 0.02 0.11 0.00 0.23 0.23 0.17 0.13 0.16
C5 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.10 0.09 0.15 0.08 0.15 0.03 0.00 0.12 0.15 0.08 0.10 0.04 0.20 0.13 0.02 0.06 0.04
C5' 0.21 0.10 0.18 0.32 0.08 0.43 0.12 0.54 0.05 0.30 0.07 0.04 0.09 0.25 0.19 0.11 0.31 0.43 0.52 0.47 0.38 0.43
C6 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.09 0.10 0.15 0.10 0.16 0.04 0.00 0.13 0.16 0.09 0.11 0.05 0.21 0.12 0.02 0.06 0.04
C8 0.06 0.00 0.01 0.04 0.06 0.12 0.11 0.18 0.10 0.16 0.04 0.01 0.14 0.17 0.09 0.07 0.02 0.22 0.16 0.04 0.09 0.07
N1 0.10 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.10 0.12 0.09 0.17 0.04 0.01 0.12 0.16 0.11 0.09 0.07 0.24 0.11 0.03 0.06 0.03
N3 0.07 0.07 0.03 0.02 0.01 0.07 0.04 0.08 0.02 0.12 0.04 0.04 0.04 0.10 0.06 0.08 0.09 0.21 0.09 0.02 0.03 0.02
N6 0.02 0.00 0.07 0.00 0.04 0.06 0.09 0.17 0.10 0.14 0.05 0.02 0.14 0.15 0.05 0.15 0.05 0.14 0.11 0.00 0.05 0.02
N7 0.05 0.01 0.02 0.04 0.06 0.11 0.11 0.19 0.11 0.16 0.06 0.01 0.15 0.17 0.09 0.09 0.02 0.20 0.16 0.03 0.09 0.07
N9 0.05 0.04 0.03 0.00 0.02 0.09 0.06 0.13 0.04 0.13 0.01 0.03 0.08 0.12 0.06 0.09 0.06 0.20 0.12 0.02 0.05 0.03
O2' 0.20 0.14 0.17 0.14 0.18 0.17 0.20 0.11 0.19 0.24 0.15 0.16 0.21 0.23 0.20 0.16 0.10 0.28 0.15 0.04 0.10 0.06
O3' 0.14 0.06 0.03 0.03 0.12 0.11 0.15 0.12 0.13 0.21 0.08 0.07 0.16 0.20 0.15 0.01 0.07 0.27 0.12 0.05 0.09 0.06
O4' 0.06 0.24 0.16 0.08 0.13 0.04 0.08 0.12 0.12 0.03 0.21 0.21 0.08 0.01 0.06 0.23 0.15 0.13 0.09 0.03 0.02 0.03
O5' 0.20 0.34 0.26 0.17 0.24 0.08 0.18 0.02 0.21 0.08 0.30 0.32 0.16 0.09 0.18 0.33 0.21 0.02 0.01 0.05 0.07 0.05
OP1 0.37 0.37 0.32 0.34 0.38 0.37 0.40 0.39 0.41 0.41 0.39 0.37 0.43 0.42 0.38 0.29 0.29 0.47 0.37 0.17 0.27 0.24
OP2 0.26 0.15 0.35 0.35 0.16 0.29 0.10 0.24 0.06 0.11 0.10 0.19 0.00 0.07 0.19 0.42 0.43 0.16 0.25 0.39 0.26 0.31
P 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01 0.03 0.06 0.09 0.06 0.09 0.02 0.02 0.11 0.11 0.02 0.13 0.09 0.12 0.07 0.07 0.00 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.09 0.11
C2 0.02 0.00 0.07 0.04 0.00 0.01 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.09 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.12 0.00 0.05 0.07 0.11 0.05 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.06 0.02 0.02 0.00
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.07 0.12 0.04 0.00 0.10 0.12 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.06
C5 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.12 0.08 0.08 0.07
C5' 0.03 0.10 0.01 0.00 0.12 0.00 0.19 0.00 0.19 0.23 0.15 0.08 0.23 0.24 0.13 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01
C6 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.12 0.11 0.11 0.10
C8 0.01 0.01 0.05 0.12 0.02 0.12 0.01 0.23 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.11 0.01 0.14 0.04 0.02 0.04
N1 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.05 0.04 0.08 0.09 0.09 0.07
N3 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.09 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02
N6 0.03 0.01 0.01 0.07 0.02 0.10 0.02 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.15 0.16 0.16 0.15
N7 0.02 0.01 0.04 0.11 0.00 0.12 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.02 0.16 0.10 0.09 0.10
N9 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.13 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.03 0.03
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.09 0.11 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03
O3' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.11 0.05 0.09 0.05 0.11 0.03 0.02 0.00 0.01 0.09 0.17 0.10 0.09
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.20 0.19 0.21
O5' 0.02 0.04 0.03 0.06 0.06 0.01 0.12 0.00 0.12 0.14 0.08 0.02 0.15 0.16 0.06 0.03 0.09 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.09 0.04 0.02 0.08 0.02 0.04 0.08 0.05 0.11 0.04 0.09 0.00 0.16 0.10 0.01 0.02 0.17 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.04 0.00 0.05 0.02 0.03 0.08 0.04 0.11 0.02 0.09 0.00 0.16 0.09 0.03 0.01 0.10 0.19 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.10 0.04 0.07 0.02 0.15 0.10 0.03 0.03 0.09 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00