ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48304

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 5, 14, 14, 11, 6, 3, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.016, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.017, 0.030, 0.043, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.030 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.015, 0.028, 0.042, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.028 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.021, 0.035, 0.049, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.035 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.026, 0.045, 0.063, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.045 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.020, 0.038, 0.057, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.038 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.028, 0.049, 0.069, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.049 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.014, 0.036, 0.058, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.036 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.026, 0.052, 0.078, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.052 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.017, 0.044, 0.072, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.044 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.027, 0.102, 0.177, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.102 std_dev=0.075
O4' A 0, 0.036, 0.142, 0.249, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.142 std_dev=0.106
C4' A 0, 0.048, 0.175, 0.302, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.175 std_dev=0.127
O2' A 0, 0.031, 0.158, 0.286, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.158 std_dev=0.128
C3' A 0, 0.056, 0.185, 0.314, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.185 std_dev=0.129
C2' B 0, 0.191, 0.382, 0.573, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.382 std_dev=0.191
O3' A 0, 0.081, 0.277, 0.472, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.277 std_dev=0.195
O2 B 0, 0.186, 0.389, 0.592, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.389 std_dev=0.203
O2' B 0, 0.328, 0.535, 0.742, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.535 std_dev=0.207
C1' B 0, 0.088, 0.307, 0.526, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.307 std_dev=0.219
C5' A 0, 0.075, 0.311, 0.547, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.311 std_dev=0.236
C3' B 0, 0.146, 0.395, 0.643, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.395 std_dev=0.248
C2 B 0, 0.126, 0.375, 0.624, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.375 std_dev=0.249
N1 B 0, 0.015, 0.291, 0.567, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.291 std_dev=0.276
O4' B 0, 0.129, 0.417, 0.705, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.417 std_dev=0.288
C4' B 0, 0.177, 0.469, 0.762, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.469 std_dev=0.292
O3' B 0, 0.220, 0.535, 0.850, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.535 std_dev=0.315
N3 B 0, 0.223, 0.545, 0.867, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.545 std_dev=0.322
C6 B 0, 0.026, 0.399, 0.772, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.399 std_dev=0.373
C5' B 0, 0.174, 0.550, 0.925, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.550 std_dev=0.375
O5' B 0, 0.085, 0.482, 0.879, 1.912 max_d=1.912 avg_d=0.482 std_dev=0.397
C4 B 0, 0.198, 0.612, 1.025, 2.301 max_d=2.301 avg_d=0.612 std_dev=0.413
C5 B 0, 0.099, 0.540, 0.980, 2.246 max_d=2.246 avg_d=0.540 std_dev=0.440
OP1 B 0, 0.109, 0.561, 1.014, 2.119 max_d=2.119 avg_d=0.561 std_dev=0.452
P B 0, 0.088, 0.573, 1.058, 2.206 max_d=2.206 avg_d=0.573 std_dev=0.485
N4 B 0, 0.302, 0.805, 1.308, 2.927 max_d=2.927 avg_d=0.805 std_dev=0.503
OP2 B 0, 0.048, 0.603, 1.159, 2.555 max_d=2.555 avg_d=0.603 std_dev=0.555
O5' A 0, -0.105, 0.526, 1.158, 3.435 max_d=3.435 avg_d=0.526 std_dev=0.631
OP1 A 0, 0.114, 0.816, 1.519, 3.425 max_d=3.425 avg_d=0.816 std_dev=0.703
P A 0, -0.129, 0.737, 1.604, 4.790 max_d=4.790 avg_d=0.737 std_dev=0.866
OP2 A 0, -0.534, 0.966, 2.467, 7.390 max_d=7.390 avg_d=0.966 std_dev=1.500

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.20 0.38 0.24
C2 0.04 0.00 0.07 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.11 0.08 0.05 0.39 0.36 0.82 0.48
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.04 0.07 0.07 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.16 0.17 0.17 0.14
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.06 0.05 0.07 0.09 0.04 0.02 0.01 0.01 0.17 0.24 0.08 0.14
C4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.05 0.02 0.43 0.37 0.81 0.49
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.06 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.09 0.13 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.52 0.47 1.04 0.61
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.11 0.08 0.05 0.10 0.12 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.17 0.26 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.52 0.49 1.10 0.63
C8 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.10 0.03 0.56 0.47 0.96 0.60
N1 0.03 0.01 0.07 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.08 0.04 0.47 0.43 0.99 0.57
N3 0.04 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.07 0.05 0.35 0.31 0.70 0.42
N6 0.02 0.02 0.06 0.07 0.02 0.04 0.02 0.10 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.07 0.08 0.03 0.56 0.55 1.22 0.69
N7 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.10 0.03 0.60 0.54 1.16 0.69
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.41 0.34 0.71 0.45
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.06 0.07 0.02 0.10 0.10 0.07 0.02 0.02 0.00 0.03 0.05 0.06 0.13 0.06 0.07
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.07 0.10 0.08 0.07 0.08 0.10 0.04 0.03 0.00 0.01 0.23 0.31 0.34 0.24
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.19 0.19 0.30 0.21
O5' 0.22 0.39 0.16 0.17 0.43 0.01 0.52 0.01 0.52 0.56 0.47 0.35 0.56 0.60 0.41 0.06 0.23 0.19 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.20 0.36 0.17 0.24 0.37 0.09 0.47 0.17 0.49 0.47 0.43 0.31 0.55 0.54 0.34 0.13 0.31 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.82 0.17 0.08 0.81 0.13 1.04 0.26 1.10 0.96 0.99 0.70 1.22 1.16 0.71 0.06 0.34 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.48 0.14 0.14 0.49 0.02 0.61 0.01 0.63 0.60 0.57 0.42 0.69 0.69 0.45 0.07 0.24 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.15 0.10 0.10 0.19 0.15 0.20 0.17 0.19 0.16 0.17 0.20 0.14 0.12 0.12 0.18 0.17 0.18 0.17 0.17
C2 0.15 0.16 0.12 0.13 0.19 0.15 0.20 0.16 0.19 0.17 0.17 0.20 0.15 0.14 0.13 0.17 0.17 0.17 0.16 0.16
C2' 0.12 0.12 0.09 0.10 0.15 0.13 0.16 0.15 0.15 0.13 0.14 0.16 0.12 0.10 0.11 0.16 0.15 0.15 0.15 0.15
C3' 0.12 0.12 0.09 0.09 0.14 0.13 0.16 0.15 0.15 0.12 0.13 0.15 0.11 0.10 0.11 0.16 0.15 0.16 0.15 0.15
C4 0.15 0.15 0.10 0.11 0.19 0.15 0.21 0.17 0.20 0.17 0.17 0.20 0.14 0.12 0.12 0.19 0.17 0.18 0.18 0.18
C4' 0.14 0.14 0.09 0.10 0.18 0.15 0.19 0.17 0.18 0.15 0.15 0.19 0.13 0.11 0.11 0.18 0.17 0.18 0.17 0.18
C5 0.16 0.16 0.10 0.11 0.19 0.16 0.20 0.18 0.20 0.17 0.17 0.19 0.15 0.11 0.12 0.20 0.18 0.19 0.19 0.20
C5' 0.15 0.13 0.11 0.13 0.17 0.17 0.19 0.19 0.18 0.15 0.15 0.18 0.13 0.14 0.16 0.20 0.19 0.20 0.18 0.19
C6 0.16 0.16 0.11 0.11 0.19 0.16 0.20 0.18 0.19 0.17 0.17 0.19 0.16 0.12 0.13 0.20 0.18 0.19 0.18 0.19
C8 0.16 0.16 0.10 0.11 0.19 0.17 0.21 0.20 0.20 0.17 0.17 0.20 0.14 0.11 0.12 0.21 0.20 0.21 0.20 0.21
N1 0.15 0.16 0.11 0.12 0.19 0.15 0.20 0.16 0.19 0.17 0.17 0.19 0.16 0.13 0.13 0.18 0.17 0.17 0.16 0.16
N3 0.15 0.16 0.12 0.12 0.20 0.15 0.21 0.16 0.20 0.17 0.17 0.20 0.15 0.13 0.13 0.18 0.17 0.17 0.17 0.16
N6 0.17 0.17 0.13 0.12 0.18 0.17 0.19 0.19 0.19 0.18 0.17 0.19 0.17 0.14 0.15 0.21 0.19 0.20 0.19 0.20
N7 0.17 0.16 0.11 0.11 0.19 0.17 0.21 0.21 0.21 0.18 0.17 0.19 0.15 0.11 0.12 0.22 0.20 0.22 0.21 0.22
N9 0.15 0.15 0.10 0.10 0.19 0.15 0.21 0.18 0.20 0.16 0.17 0.20 0.14 0.11 0.12 0.19 0.18 0.19 0.18 0.19
O2' 0.14 0.14 0.12 0.12 0.17 0.15 0.18 0.17 0.17 0.15 0.16 0.18 0.14 0.12 0.13 0.17 0.16 0.17 0.17 0.17
O3' 0.12 0.12 0.10 0.11 0.14 0.13 0.15 0.15 0.14 0.12 0.13 0.15 0.11 0.10 0.12 0.15 0.14 0.15 0.14 0.15
O4' 0.15 0.16 0.10 0.11 0.20 0.16 0.22 0.19 0.21 0.17 0.18 0.21 0.15 0.12 0.12 0.20 0.19 0.20 0.19 0.19
O5' 0.51 0.43 0.53 0.56 0.40 0.57 0.43 0.57 0.47 0.47 0.39 0.37 0.42 0.57 0.62 0.54 0.55 0.56 0.53 0.54
OP1 0.52 0.43 0.53 0.57 0.42 0.59 0.46 0.60 0.49 0.48 0.40 0.40 0.42 0.56 0.63 0.56 0.59 0.62 0.59 0.60
OP2 1.08 0.88 1.12 1.20 0.84 1.24 0.94 1.26 1.01 0.99 0.81 0.78 0.85 1.17 1.29 1.17 1.21 1.27 1.16 1.20
P 0.63 0.52 0.64 0.69 0.49 0.72 0.54 0.72 0.58 0.58 0.47 0.45 0.50 0.68 0.76 0.68 0.70 0.72 0.68 0.69

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.08 0.02 0.07 0.08 0.10 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.10 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.08 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.06 0.06 0.10 0.02 0.01 0.01 0.04 0.10 0.07 0.05
C4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.10 0.12 0.14 0.11
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.03 0.12 0.13 0.15 0.13
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.07 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.03 0.11 0.11 0.12 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.07 0.08 0.09 0.07
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.03 0.08 0.10 0.13 0.09
N4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.04 0.10 0.13 0.15 0.12
O2 0.03 0.00 0.10 0.10 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.12 0.04 0.06 0.07 0.09 0.06
O2' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.05 0.04 0.08 0.00 0.03 0.03 0.03 0.07 0.06 0.04
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.08 0.08 0.12 0.03 0.00 0.01 0.05 0.12 0.09 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.04 0.07 0.06
O5' 0.04 0.07 0.04 0.04 0.10 0.01 0.12 0.01 0.11 0.07 0.08 0.10 0.06 0.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.05 0.08 0.08 0.10 0.12 0.04 0.13 0.04 0.11 0.08 0.10 0.13 0.07 0.07 0.12 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.10 0.08 0.07 0.14 0.03 0.15 0.02 0.12 0.09 0.13 0.15 0.09 0.06 0.09 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.04 0.05 0.11 0.02 0.13 0.02 0.10 0.07 0.09 0.12 0.06 0.04 0.06 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00