ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48305

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 13, 12, 11, 4, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.021 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.025, 0.084, 0.142, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.084 std_dev=0.059
C3' A 0, 0.060, 0.120, 0.181, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.120 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.036, 0.097, 0.158, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.097 std_dev=0.061
C4' A 0, 0.044, 0.106, 0.168, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.106 std_dev=0.062
O3' A 0, 0.098, 0.165, 0.233, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.165 std_dev=0.068
O2' A 0, 0.061, 0.165, 0.268, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.165 std_dev=0.103
C5' A 0, 0.056, 0.169, 0.282, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.169 std_dev=0.113
C3' B 0, 0.122, 0.240, 0.358, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.240 std_dev=0.118
C4' B 0, 0.124, 0.242, 0.361, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.242 std_dev=0.119
C1' B 0, 0.081, 0.202, 0.322, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.202 std_dev=0.120
O3' B 0, 0.097, 0.219, 0.342, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.219 std_dev=0.123
O4' B 0, 0.092, 0.220, 0.347, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.220 std_dev=0.128
C2' B 0, 0.106, 0.235, 0.363, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.235 std_dev=0.129
O5' B 0, 0.122, 0.257, 0.393, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.257 std_dev=0.136
N1 B 0, 0.101, 0.244, 0.386, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.244 std_dev=0.143
O5' A 0, 0.052, 0.201, 0.351, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.201 std_dev=0.150
C5' B 0, 0.159, 0.312, 0.466, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.312 std_dev=0.153
P B 0, 0.089, 0.255, 0.421, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.255 std_dev=0.166
O2' B 0, 0.135, 0.301, 0.468, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.301 std_dev=0.167
C2 B 0, 0.180, 0.350, 0.521, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.350 std_dev=0.171
C6 B 0, 0.075, 0.258, 0.442, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.258 std_dev=0.184
O2 B 0, 0.178, 0.374, 0.569, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.374 std_dev=0.196
OP1 B 0, 0.142, 0.342, 0.542, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.342 std_dev=0.200
OP2 B 0, 0.116, 0.322, 0.528, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.322 std_dev=0.206
N3 B 0, 0.244, 0.457, 0.670, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.457 std_dev=0.213
P A 0, 0.028, 0.245, 0.461, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.245 std_dev=0.217
C5 B 0, 0.100, 0.318, 0.536, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.318 std_dev=0.218
C4 B 0, 0.212, 0.433, 0.654, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.433 std_dev=0.221
OP1 A 0, 0.045, 0.267, 0.489, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.267 std_dev=0.222
OP2 A 0, 0.060, 0.311, 0.562, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.311 std_dev=0.251
N4 B 0, 0.291, 0.566, 0.841, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.566 std_dev=0.275

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.04 0.06 0.04
C2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.07 0.03 0.06 0.06 0.09 0.06
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.08 0.06
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.07 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.02 0.07 0.06 0.08 0.06
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.09 0.07 0.09 0.08
C5' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.05 0.02 0.09 0.08 0.10 0.08
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.11 0.08 0.11 0.09
N1 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.07 0.03 0.07 0.07 0.09 0.07
N3 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.07 0.03 0.06 0.05 0.08 0.06
N6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.10 0.09 0.11 0.09
N7 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.11 0.09 0.11 0.10
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.06 0.07 0.06
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.07 0.04 0.10 0.12 0.07 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.07 0.11 0.07
O3' 0.03 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.07 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.04 0.06 0.08 0.05
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03
O5' 0.05 0.06 0.04 0.04 0.07 0.01 0.09 0.01 0.09 0.11 0.07 0.06 0.10 0.11 0.08 0.05 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.04 0.06 0.06 0.06 0.06 0.04 0.07 0.03 0.08 0.08 0.07 0.05 0.09 0.09 0.06 0.07 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.09 0.08 0.07 0.08 0.04 0.09 0.02 0.10 0.11 0.09 0.08 0.11 0.11 0.07 0.11 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.06 0.04 0.06 0.02 0.08 0.01 0.08 0.09 0.07 0.06 0.09 0.10 0.06 0.07 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.11 0.06 0.07 0.10 0.10 0.08 0.13 0.08 0.07 0.13 0.12 0.16 0.08 0.07 0.10 0.09 0.14 0.09 0.09
C2 0.10 0.12 0.10 0.12 0.10 0.13 0.09 0.14 0.09 0.09 0.13 0.12 0.16 0.10 0.11 0.13 0.11 0.13 0.10 0.10
C2' 0.07 0.12 0.06 0.07 0.11 0.10 0.09 0.12 0.08 0.08 0.14 0.13 0.15 0.09 0.07 0.09 0.09 0.14 0.09 0.09
C3' 0.06 0.11 0.06 0.07 0.11 0.10 0.08 0.12 0.08 0.07 0.13 0.13 0.14 0.08 0.07 0.09 0.09 0.14 0.08 0.09
C4 0.07 0.11 0.07 0.08 0.09 0.11 0.08 0.13 0.08 0.07 0.12 0.10 0.16 0.08 0.08 0.10 0.10 0.13 0.09 0.09
C4' 0.06 0.11 0.06 0.07 0.10 0.10 0.08 0.13 0.08 0.07 0.13 0.12 0.15 0.08 0.06 0.10 0.09 0.14 0.09 0.10
C5 0.07 0.11 0.07 0.08 0.09 0.11 0.08 0.13 0.09 0.07 0.12 0.09 0.16 0.08 0.07 0.10 0.10 0.14 0.10 0.10
C5' 0.06 0.12 0.05 0.06 0.10 0.09 0.08 0.12 0.08 0.07 0.13 0.12 0.16 0.07 0.06 0.09 0.09 0.15 0.10 0.10
C6 0.07 0.11 0.07 0.08 0.09 0.11 0.09 0.14 0.09 0.07 0.12 0.09 0.16 0.07 0.08 0.10 0.10 0.14 0.10 0.10
C8 0.07 0.11 0.07 0.08 0.09 0.10 0.08 0.13 0.09 0.07 0.12 0.10 0.16 0.09 0.09 0.09 0.10 0.15 0.10 0.11
N1 0.08 0.11 0.09 0.11 0.09 0.13 0.08 0.14 0.09 0.07 0.12 0.10 0.16 0.08 0.10 0.12 0.10 0.13 0.10 0.09
N3 0.09 0.12 0.09 0.10 0.11 0.12 0.09 0.13 0.09 0.08 0.13 0.12 0.16 0.09 0.10 0.12 0.10 0.13 0.10 0.09
N6 0.08 0.12 0.08 0.09 0.10 0.11 0.11 0.15 0.11 0.09 0.12 0.11 0.15 0.08 0.09 0.09 0.11 0.15 0.11 0.11
N7 0.07 0.11 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.13 0.09 0.08 0.11 0.09 0.16 0.09 0.09 0.09 0.10 0.15 0.11 0.11
N9 0.07 0.11 0.07 0.08 0.09 0.11 0.08 0.13 0.08 0.07 0.12 0.11 0.16 0.08 0.07 0.10 0.10 0.14 0.10 0.10
O2' 0.09 0.14 0.08 0.08 0.14 0.11 0.11 0.12 0.10 0.10 0.16 0.16 0.16 0.10 0.07 0.10 0.10 0.14 0.09 0.10
O3' 0.07 0.12 0.06 0.07 0.12 0.10 0.09 0.12 0.08 0.08 0.14 0.14 0.14 0.08 0.07 0.10 0.09 0.14 0.08 0.09
O4' 0.07 0.12 0.07 0.08 0.11 0.11 0.09 0.13 0.09 0.08 0.14 0.12 0.17 0.08 0.07 0.10 0.10 0.15 0.10 0.10
O5' 0.07 0.13 0.05 0.05 0.11 0.09 0.09 0.11 0.08 0.08 0.14 0.13 0.16 0.08 0.05 0.09 0.09 0.15 0.10 0.11
OP1 0.06 0.12 0.05 0.05 0.10 0.07 0.08 0.10 0.07 0.07 0.14 0.12 0.16 0.08 0.05 0.07 0.08 0.16 0.09 0.10
OP2 0.06 0.11 0.06 0.06 0.10 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.12 0.11 0.15 0.10 0.07 0.07 0.07 0.16 0.07 0.09
P 0.05 0.11 0.05 0.05 0.09 0.07 0.07 0.10 0.07 0.06 0.12 0.11 0.15 0.08 0.06 0.07 0.08 0.16 0.08 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.03 0.06 0.06 0.10 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.08 0.06
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.08 0.10 0.13 0.10
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.09 0.10 0.14 0.10
C5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.04 0.05 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.08 0.08 0.11 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.06 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.07 0.08 0.12 0.08
N4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.09 0.11 0.14 0.11
O2 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.05 0.05 0.05 0.06 0.09 0.06
O2' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.02 0.06 0.03 0.06 0.02 0.04 0.05 0.09 0.00 0.04 0.01 0.06 0.10 0.10 0.08
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.00 0.02 0.04 0.09 0.06 0.04
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.08 0.06
O5' 0.03 0.06 0.05 0.05 0.08 0.01 0.09 0.01 0.08 0.05 0.07 0.09 0.05 0.06 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.08 0.08 0.10 0.05 0.10 0.05 0.08 0.06 0.08 0.11 0.06 0.10 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.10 0.08 0.07 0.13 0.03 0.14 0.01 0.11 0.09 0.12 0.14 0.09 0.10 0.06 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.06 0.05 0.10 0.01 0.10 0.01 0.08 0.06 0.08 0.11 0.06 0.08 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00