ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48306

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 15, 12, 8, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.013, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.013, 0.022, 0.031, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.022 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.016, 0.025, 0.034, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.025 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.012, 0.023, 0.035, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.022, 0.036, 0.050, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.036 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.013, 0.028, 0.044, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.018, 0.034, 0.050, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.034 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.014, 0.032, 0.049, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.032 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.045, 0.105, 0.165, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.105 std_dev=0.060
O4' A 0, 0.029, 0.101, 0.173, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.101 std_dev=0.072
C4' A 0, 0.048, 0.132, 0.216, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.132 std_dev=0.084
O2' A 0, 0.074, 0.166, 0.257, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.166 std_dev=0.091
C3' A 0, 0.055, 0.150, 0.244, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.150 std_dev=0.094
C4' B 0, 0.104, 0.223, 0.342, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.223 std_dev=0.119
C3' B 0, 0.124, 0.245, 0.366, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.245 std_dev=0.121
C5' B 0, 0.131, 0.253, 0.375, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.253 std_dev=0.122
C2' B 0, 0.168, 0.294, 0.421, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.294 std_dev=0.127
O4' B 0, 0.110, 0.239, 0.369, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.239 std_dev=0.129
C1' B 0, 0.154, 0.285, 0.417, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.285 std_dev=0.131
O3' A 0, 0.101, 0.233, 0.364, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.233 std_dev=0.132
O2' B 0, 0.206, 0.339, 0.472, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.339 std_dev=0.133
O3' B 0, 0.141, 0.275, 0.410, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.275 std_dev=0.135
O5' B 0, 0.161, 0.302, 0.444, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.302 std_dev=0.141
OP1 B 0, 0.229, 0.385, 0.541, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.385 std_dev=0.156
N1 B 0, 0.169, 0.333, 0.496, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.333 std_dev=0.163
P B 0, 0.165, 0.339, 0.512, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.339 std_dev=0.173
C5' A 0, 0.059, 0.236, 0.413, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.236 std_dev=0.177
C2 B 0, 0.176, 0.357, 0.538, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.357 std_dev=0.181
O2 B 0, 0.199, 0.387, 0.576, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.387 std_dev=0.189
C6 B 0, 0.208, 0.410, 0.612, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.410 std_dev=0.202
OP2 B 0, 0.199, 0.409, 0.620, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.409 std_dev=0.211
N3 B 0, 0.196, 0.412, 0.628, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.412 std_dev=0.216
O5' A 0, 0.071, 0.292, 0.514, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.292 std_dev=0.222
C5 B 0, 0.206, 0.452, 0.697, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.452 std_dev=0.246
C4 B 0, 0.186, 0.435, 0.684, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.435 std_dev=0.249
N4 B 0, 0.202, 0.500, 0.797, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.500 std_dev=0.297
P A 0, 0.010, 0.325, 0.640, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.325 std_dev=0.315
OP1 A 0, 0.052, 0.432, 0.812, 2.318 max_d=2.318 avg_d=0.432 std_dev=0.380
OP2 A 0, 0.049, 0.477, 0.905, 2.609 max_d=2.609 avg_d=0.477 std_dev=0.428

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.13 0.06 0.05
C2 0.03 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.07 0.03 0.09 0.17 0.17 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.09 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.07 0.05 0.05 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.10 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.17 0.13 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.08 0.17 0.16 0.08
C5' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.08 0.11 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.09 0.18 0.20 0.10
C8 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.09 0.18 0.09 0.08
N1 0.03 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.09 0.18 0.20 0.10
N3 0.03 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.08 0.17 0.14 0.08
N6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.09 0.18 0.22 0.11
N7 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.08 0.18 0.14 0.08
N9 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.16 0.09 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.09 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.08 0.03 0.03 0.00 0.01 0.06 0.08 0.13 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.12 0.08 0.06
O5' 0.06 0.09 0.03 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.03 0.06 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.13 0.17 0.06 0.04 0.17 0.04 0.17 0.08 0.18 0.18 0.18 0.17 0.18 0.18 0.16 0.06 0.08 0.12 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.17 0.09 0.10 0.13 0.08 0.16 0.11 0.20 0.09 0.20 0.14 0.22 0.14 0.09 0.09 0.13 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.09 0.03 0.04 0.07 0.02 0.08 0.01 0.10 0.08 0.10 0.08 0.11 0.08 0.06 0.03 0.06 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.13 0.12 0.10 0.08 0.10 0.12 0.10 0.10
C2 0.07 0.08 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.12 0.09 0.07 0.07 0.08 0.10 0.14 0.11 0.09 0.11 0.14 0.12 0.12
C2' 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.07 0.08 0.07 0.13 0.12 0.09 0.07 0.09 0.12 0.10 0.10
C3' 0.08 0.10 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.11 0.09 0.08 0.10 0.09 0.15 0.13 0.09 0.08 0.11 0.13 0.11 0.12
C4 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.11 0.08 0.07 0.08 0.07 0.11 0.12 0.10 0.08 0.10 0.12 0.11 0.11
C4' 0.07 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.11 0.10 0.08 0.10 0.10 0.15 0.12 0.09 0.08 0.10 0.12 0.11 0.11
C5 0.07 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.08 0.11 0.08 0.07 0.08 0.07 0.11 0.12 0.10 0.09 0.11 0.12 0.11 0.11
C5' 0.07 0.11 0.08 0.07 0.10 0.09 0.12 0.12 0.11 0.09 0.11 0.11 0.16 0.11 0.09 0.09 0.11 0.13 0.13 0.13
C6 0.07 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.08 0.11 0.08 0.07 0.07 0.07 0.10 0.13 0.10 0.09 0.11 0.12 0.11 0.11
C8 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.08 0.10 0.09 0.14 0.12 0.10 0.09 0.11 0.12 0.11 0.11
N1 0.07 0.08 0.10 0.09 0.08 0.10 0.09 0.12 0.09 0.07 0.08 0.08 0.10 0.15 0.11 0.09 0.11 0.13 0.11 0.12
N3 0.07 0.08 0.09 0.09 0.07 0.10 0.09 0.12 0.09 0.07 0.07 0.07 0.10 0.13 0.10 0.09 0.11 0.14 0.12 0.12
N6 0.08 0.08 0.10 0.09 0.07 0.10 0.08 0.11 0.08 0.07 0.08 0.07 0.11 0.14 0.10 0.09 0.11 0.12 0.11 0.11
N7 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.08 0.09 0.09 0.13 0.12 0.10 0.09 0.11 0.12 0.11 0.11
N9 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.11 0.08 0.08 0.09 0.08 0.13 0.12 0.10 0.09 0.10 0.12 0.11 0.11
O2' 0.07 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.10 0.07 0.07 0.08 0.07 0.12 0.12 0.09 0.07 0.09 0.12 0.09 0.10
O3' 0.08 0.11 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.09 0.08 0.10 0.09 0.15 0.14 0.09 0.08 0.11 0.14 0.12 0.12
O4' 0.08 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.10 0.15 0.13 0.10 0.09 0.10 0.12 0.11 0.11
O5' 0.08 0.12 0.09 0.08 0.12 0.10 0.14 0.13 0.13 0.10 0.12 0.12 0.17 0.12 0.10 0.11 0.13 0.15 0.15 0.15
OP1 0.21 0.24 0.26 0.23 0.20 0.18 0.18 0.16 0.18 0.20 0.23 0.19 0.30 0.30 0.26 0.16 0.15 0.13 0.14 0.13
OP2 0.19 0.18 0.14 0.19 0.24 0.24 0.29 0.30 0.28 0.22 0.19 0.24 0.19 0.12 0.17 0.27 0.32 0.35 0.35 0.35
P 0.08 0.11 0.08 0.08 0.12 0.11 0.15 0.14 0.14 0.10 0.12 0.13 0.17 0.12 0.09 0.12 0.14 0.16 0.17 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.05 0.06 0.09 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.04 0.07 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.03
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.07 0.08 0.10 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.07 0.08 0.10 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.07 0.06 0.07 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.07 0.10 0.07
N4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.07 0.09 0.11 0.09
O2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.02 0.05 0.06 0.09 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.04 0.07 0.00 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.05 0.05 0.09 0.03 0.00 0.01 0.05 0.08 0.06 0.05
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.07 0.01 0.07 0.01 0.07 0.04 0.06 0.07 0.05 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.06 0.05 0.06 0.08 0.03 0.08 0.03 0.06 0.05 0.07 0.09 0.06 0.06 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.09 0.04 0.03 0.10 0.02 0.10 0.01 0.07 0.07 0.10 0.11 0.09 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.03 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.05 0.07 0.09 0.06 0.04 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00