ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48307

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 6, 6, 5, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.005, 0.021, 0.036, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.018, 0.034, 0.050, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.034 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.020, 0.036, 0.052, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.036 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.017, 0.034, 0.051, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.015, 0.034, 0.053, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.034 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.023, 0.045, 0.067, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.045 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.024, 0.052, 0.079, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.052 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.036, 0.070, 0.105, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.070 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.045, 0.087, 0.129, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.087 std_dev=0.042
N6 A 0, 0.037, 0.080, 0.124, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.080 std_dev=0.044
O2' B 0, 0.299, 0.556, 0.813, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.556 std_dev=0.257
O4' A 0, -0.027, 0.349, 0.726, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.349 std_dev=0.376
C2' A 0, 0.040, 0.433, 0.827, 2.044 max_d=2.044 avg_d=0.433 std_dev=0.393
C2' B 0, 0.370, 0.823, 1.276, 2.029 max_d=2.029 avg_d=0.823 std_dev=0.453
C3' A 0, 0.102, 0.632, 1.162, 2.462 max_d=2.462 avg_d=0.632 std_dev=0.530
C4' A 0, 0.056, 0.605, 1.155, 2.751 max_d=2.751 avg_d=0.605 std_dev=0.550
O2' A 0, 0.018, 0.650, 1.282, 2.991 max_d=2.991 avg_d=0.650 std_dev=0.632
O3' A 0, 0.233, 0.928, 1.623, 2.611 max_d=2.611 avg_d=0.928 std_dev=0.695
C5' A 0, 0.135, 0.969, 1.803, 4.357 max_d=4.357 avg_d=0.969 std_dev=0.834
O5' A 0, 0.443, 1.460, 2.476, 4.800 max_d=4.800 avg_d=1.460 std_dev=1.016
C3' B 0, 1.007, 2.212, 3.417, 3.969 max_d=3.969 avg_d=2.212 std_dev=1.205
C1' B 0, 1.003, 2.232, 3.461, 3.753 max_d=3.753 avg_d=2.232 std_dev=1.229
P A 0, 0.795, 2.047, 3.299, 4.533 max_d=4.533 avg_d=2.047 std_dev=1.252
OP1 A 0, 1.187, 2.717, 4.248, 5.136 max_d=5.136 avg_d=2.717 std_dev=1.530
N1 B 0, 1.358, 2.944, 4.529, 4.928 max_d=4.928 avg_d=2.944 std_dev=1.586
OP2 A 0, 0.908, 2.499, 4.090, 5.831 max_d=5.831 avg_d=2.499 std_dev=1.591
C6 B 0, 1.511, 3.439, 5.367, 6.451 max_d=6.451 avg_d=3.439 std_dev=1.928
C4' B 0, 1.332, 3.292, 5.252, 5.353 max_d=5.353 avg_d=3.292 std_dev=1.960
O3' B 0, 1.223, 3.202, 5.182, 5.268 max_d=5.268 avg_d=3.202 std_dev=1.980
O4' B 0, 1.119, 3.147, 5.175, 5.377 max_d=5.377 avg_d=3.147 std_dev=2.028
C2 B 0, 1.655, 3.806, 5.958, 6.306 max_d=6.306 avg_d=3.806 std_dev=2.151
C5 B 0, 1.725, 4.064, 6.402, 8.312 max_d=8.312 avg_d=4.064 std_dev=2.338
O2 B 0, 1.707, 4.078, 6.450, 6.623 max_d=6.623 avg_d=4.078 std_dev=2.372
C4 B 0, 1.952, 4.662, 7.372, 8.907 max_d=8.907 avg_d=4.662 std_dev=2.710
N3 B 0, 1.993, 4.765, 7.538, 8.030 max_d=8.030 avg_d=4.765 std_dev=2.772
C5' B 0, 1.856, 4.792, 7.728, 8.203 max_d=8.203 avg_d=4.792 std_dev=2.936
N4 B 0, 2.258, 5.598, 8.937, 10.909 max_d=10.909 avg_d=5.598 std_dev=3.339
O5' B 0, 2.121, 5.536, 8.951, 9.300 max_d=9.300 avg_d=5.536 std_dev=3.415
OP2 B 0, 2.589, 6.713, 10.836, 12.231 max_d=12.231 avg_d=6.713 std_dev=4.123
P B 0, 2.566, 7.040, 11.514, 12.272 max_d=12.272 avg_d=7.040 std_dev=4.474
OP1 B 0, 3.072, 8.310, 13.548, 13.954 max_d=13.954 avg_d=8.310 std_dev=5.238

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.02 0.01 0.02 0.22 0.01 0.26 0.53 0.61 0.30
C2 0.05 0.00 0.35 0.32 0.02 0.15 0.02 0.17 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.34 0.36 0.20 0.52 0.76 1.11 0.63
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.19 0.02 0.11 0.14 0.18 0.14 0.28 0.34 0.14 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.42 0.82 0.66 0.50
C3' 0.02 0.32 0.01 0.00 0.24 0.01 0.27 0.02 0.30 0.25 0.33 0.29 0.32 0.28 0.17 0.03 0.01 0.02 0.34 0.70 0.56 0.37
C4 0.03 0.02 0.19 0.24 0.00 0.08 0.01 0.14 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.19 0.19 0.11 0.52 0.70 1.06 0.61
C4' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.20 0.12 0.14 0.12 0.18 0.08 0.22 0.03 0.01 0.03 0.46 0.41 0.19
C5 0.03 0.02 0.11 0.27 0.01 0.10 0.00 0.21 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.22 0.17 0.06 0.65 0.85 1.28 0.79
C5' 0.05 0.17 0.14 0.02 0.14 0.01 0.21 0.00 0.21 0.31 0.18 0.15 0.25 0.31 0.15 0.10 0.16 0.02 0.01 0.31 0.39 0.02
C6 0.04 0.02 0.18 0.30 0.02 0.10 0.01 0.21 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.24 0.23 0.10 0.67 0.91 1.36 0.84
C8 0.02 0.02 0.14 0.25 0.01 0.20 0.02 0.31 0.03 0.00 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.30 0.16 0.12 0.66 0.77 1.10 0.73
N1 0.05 0.01 0.28 0.33 0.03 0.12 0.02 0.18 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.28 0.31 0.16 0.60 0.84 1.27 0.75
N3 0.05 0.01 0.34 0.29 0.01 0.14 0.01 0.15 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.32 0.33 0.19 0.46 0.69 0.98 0.53
N6 0.05 0.03 0.14 0.32 0.03 0.12 0.03 0.25 0.01 0.06 0.03 0.02 0.00 0.06 0.05 0.26 0.23 0.09 0.74 1.04 1.50 0.96
N7 0.02 0.02 0.07 0.28 0.01 0.18 0.01 0.31 0.02 0.00 0.02 0.02 0.06 0.00 0.01 0.29 0.18 0.07 0.72 0.93 1.34 0.89
N9 0.01 0.03 0.02 0.17 0.01 0.08 0.02 0.15 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.15 0.09 0.01 0.48 0.62 0.91 0.52
O2' 0.02 0.34 0.01 0.03 0.19 0.22 0.22 0.10 0.24 0.30 0.28 0.32 0.26 0.29 0.15 0.00 0.06 0.16 0.20 0.84 0.61 0.44
O3' 0.22 0.36 0.02 0.01 0.19 0.03 0.17 0.16 0.23 0.16 0.31 0.33 0.23 0.18 0.09 0.06 0.00 0.15 0.29 0.84 0.62 0.41
O4' 0.01 0.20 0.02 0.02 0.11 0.01 0.06 0.02 0.10 0.12 0.16 0.19 0.09 0.07 0.01 0.16 0.15 0.00 0.10 0.36 0.52 0.26
O5' 0.26 0.52 0.42 0.34 0.52 0.03 0.65 0.01 0.67 0.66 0.60 0.46 0.74 0.72 0.48 0.20 0.29 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.53 0.76 0.82 0.70 0.70 0.46 0.85 0.31 0.91 0.77 0.84 0.69 1.04 0.93 0.62 0.84 0.84 0.36 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.61 1.11 0.66 0.56 1.06 0.41 1.28 0.39 1.36 1.10 1.27 0.98 1.50 1.34 0.91 0.61 0.62 0.52 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.63 0.50 0.37 0.61 0.19 0.79 0.02 0.84 0.73 0.75 0.53 0.96 0.89 0.52 0.44 0.41 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.45 1.47 0.17 0.78 1.38 1.12 0.82 1.61 0.55 0.80 1.71 1.61 1.82 0.18 1.34 0.56 1.58 2.44 1.52 1.87
C2 0.52 1.39 0.22 0.81 1.21 1.11 0.79 1.46 0.60 0.82 1.50 1.32 1.76 0.22 1.36 0.56 1.33 1.84 1.22 1.46
C2' 0.32 1.35 0.26 1.00 1.25 1.45 0.67 2.04 0.44 0.62 1.62 1.51 1.75 0.33 1.49 0.82 2.06 3.04 2.04 2.44
C3' 0.30 1.23 0.31 0.94 1.12 1.41 0.53 1.97 0.33 0.52 1.50 1.38 1.64 0.38 1.38 0.83 2.02 2.98 2.01 2.41
C4 0.43 1.27 0.18 0.67 1.14 0.99 0.69 1.34 0.49 0.72 1.43 1.29 1.61 0.17 1.16 0.50 1.27 1.86 1.17 1.45
C4' 0.37 1.43 0.21 0.76 1.36 1.14 0.74 1.66 0.45 0.73 1.70 1.61 1.79 0.22 1.27 0.57 1.68 2.62 1.66 2.03
C5 0.37 1.09 0.21 0.50 1.00 0.79 0.64 1.03 0.46 0.63 1.22 1.12 1.36 0.15 0.87 0.44 0.94 1.35 0.84 1.06
C5' 0.45 1.42 0.30 0.66 1.37 1.04 0.80 1.50 0.54 0.78 1.69 1.63 1.74 0.29 1.10 0.57 1.53 2.39 1.49 1.85
C6 0.35 0.93 0.22 0.43 0.84 0.68 0.57 0.84 0.44 0.57 1.02 0.93 1.16 0.15 0.73 0.40 0.73 1.00 0.65 0.80
C8 0.39 1.22 0.21 0.53 1.17 0.85 0.73 1.15 0.51 0.69 1.42 1.36 1.49 0.14 0.93 0.46 1.10 1.65 1.00 1.27
N1 0.40 0.98 0.19 0.58 0.82 0.82 0.53 1.01 0.41 0.59 1.03 0.89 1.26 0.19 0.98 0.43 0.88 1.19 0.80 0.96
N3 0.52 1.49 0.21 0.82 1.34 1.15 0.85 1.58 0.63 0.86 1.66 1.50 1.87 0.21 1.40 0.58 1.49 2.17 1.40 1.70
N6 0.41 1.00 0.32 0.38 0.99 0.57 0.77 0.66 0.62 0.68 1.11 1.08 1.16 0.18 0.54 0.42 0.52 0.67 0.53 0.55
N7 0.38 1.15 0.25 0.44 1.14 0.74 0.76 0.97 0.55 0.69 1.34 1.30 1.38 0.13 0.77 0.44 0.88 1.29 0.80 1.00
N9 0.42 1.32 0.18 0.66 1.22 0.99 0.73 1.38 0.50 0.73 1.52 1.40 1.65 0.16 1.16 0.51 1.33 2.01 1.24 1.55
O2' 0.54 1.60 0.30 1.10 1.57 1.56 0.98 2.23 0.73 0.87 1.93 1.85 1.99 0.31 1.64 0.93 2.24 3.38 2.29 2.68
O3' 0.42 1.28 0.32 0.98 1.16 1.52 0.58 2.17 0.46 0.57 1.56 1.43 1.70 0.39 1.36 1.00 2.25 3.32 2.30 2.72
O4' 0.55 1.53 0.30 0.69 1.48 1.00 0.92 1.44 0.65 0.90 1.79 1.71 1.85 0.26 1.22 0.53 1.42 2.26 1.36 1.69
O5' 0.84 1.54 0.71 0.85 1.50 1.17 1.03 1.52 0.86 1.03 1.77 1.72 1.81 0.74 1.15 0.90 1.58 2.28 1.51 1.82
OP1 1.15 2.00 1.05 0.84 2.02 0.92 1.54 1.16 1.29 1.47 2.26 2.26 2.23 0.98 0.94 0.89 1.34 1.94 1.36 1.56
OP2 1.47 1.87 1.47 1.49 1.87 1.59 1.62 1.76 1.52 1.59 2.03 2.02 2.02 1.47 1.62 1.47 1.85 2.24 1.82 1.98
P 1.02 1.74 0.94 0.89 1.76 1.05 1.32 1.29 1.12 1.27 1.99 1.98 1.97 0.93 1.09 0.90 1.38 1.96 1.34 1.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.15 0.15 0.27 0.13
C2 0.04 0.00 0.10 0.11 0.03 0.05 0.03 0.11 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.11 0.13 0.04 0.35 0.29 0.34 0.29
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.02 0.08 0.02 0.09 0.03 0.08 0.07 0.17 0.01 0.02 0.01 0.22 0.26 0.21 0.17
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.12 0.00 0.15 0.02 0.16 0.07 0.11 0.13 0.17 0.02 0.01 0.01 0.30 0.34 0.18 0.24
C4 0.04 0.03 0.06 0.12 0.00 0.09 0.01 0.18 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.08 0.14 0.05 0.48 0.41 0.45 0.43
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.07 0.10 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.13 0.26 0.04
C5 0.03 0.03 0.08 0.15 0.01 0.11 0.00 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.19 0.06 0.49 0.41 0.43 0.43
C5' 0.03 0.11 0.02 0.02 0.18 0.01 0.21 0.00 0.18 0.11 0.15 0.21 0.09 0.06 0.05 0.02 0.01 0.15 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.16 0.02 0.10 0.01 0.18 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.06 0.18 0.06 0.43 0.33 0.33 0.33
N1 0.02 0.02 0.03 0.07 0.03 0.05 0.02 0.11 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.07 0.03 0.32 0.25 0.30 0.25
N3 0.04 0.01 0.08 0.11 0.01 0.07 0.01 0.15 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.11 0.13 0.04 0.42 0.36 0.40 0.37
N4 0.05 0.04 0.07 0.13 0.01 0.10 0.02 0.21 0.03 0.03 0.03 0.00 0.05 0.08 0.17 0.05 0.52 0.47 0.51 0.48
O2 0.06 0.01 0.17 0.17 0.04 0.08 0.03 0.09 0.02 0.03 0.02 0.05 0.00 0.19 0.21 0.06 0.29 0.26 0.32 0.25
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.04 0.11 0.08 0.19 0.00 0.05 0.07 0.10 0.20 0.22 0.09
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.14 0.02 0.19 0.05 0.18 0.07 0.13 0.17 0.21 0.05 0.00 0.02 0.27 0.40 0.21 0.27
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.04 0.05 0.06 0.07 0.02 0.00 0.10 0.11 0.35 0.15
O5' 0.15 0.35 0.22 0.30 0.48 0.02 0.49 0.01 0.43 0.32 0.42 0.52 0.29 0.10 0.27 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.29 0.26 0.34 0.41 0.13 0.41 0.15 0.33 0.25 0.36 0.47 0.26 0.20 0.40 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.34 0.21 0.18 0.45 0.26 0.43 0.30 0.33 0.30 0.40 0.51 0.32 0.22 0.21 0.35 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.29 0.17 0.24 0.43 0.04 0.43 0.02 0.33 0.25 0.37 0.48 0.25 0.09 0.27 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00