ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48308

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 2, 1, 9, 2, 2, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.009, 0.022, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.009, 0.022, 0.036, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.024, 0.041, 0.058, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.041 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.009, 0.034, 0.059, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.034 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.023, 0.050, 0.077, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.050 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.021, 0.051, 0.081, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.051 std_dev=0.030
O2' A 0, 0.039, 0.244, 0.448, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.244 std_dev=0.204
C2' A 0, -0.004, 0.211, 0.427, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.211 std_dev=0.216
C2' B 0, 0.191, 0.433, 0.674, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.433 std_dev=0.242
O4' A 0, -0.015, 0.228, 0.472, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.228 std_dev=0.243
O2' B 0, 0.199, 0.505, 0.812, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.505 std_dev=0.306
C1' B 0, 0.160, 0.486, 0.812, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.486 std_dev=0.326
O4' B 0, 0.205, 0.544, 0.883, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.544 std_dev=0.339
C3' A 0, -0.003, 0.370, 0.742, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.370 std_dev=0.373
C4' A 0, 0.017, 0.405, 0.792, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.405 std_dev=0.387
O3' A 0, 0.050, 0.469, 0.887, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.469 std_dev=0.419
C4' B 0, 0.239, 0.688, 1.137, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.688 std_dev=0.449
C3' B 0, 0.224, 0.734, 1.243, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.734 std_dev=0.509
O5' A 0, 0.224, 0.763, 1.303, 1.786 max_d=1.786 avg_d=0.763 std_dev=0.540
N1 B 0, 0.164, 0.748, 1.331, 2.036 max_d=2.036 avg_d=0.748 std_dev=0.584
O2 B 0, 0.736, 1.377, 2.017, 2.498 max_d=2.498 avg_d=1.377 std_dev=0.641
C2 B 0, 0.414, 1.081, 1.748, 2.408 max_d=2.408 avg_d=1.081 std_dev=0.667
C5' B 0, 0.304, 1.008, 1.711, 2.278 max_d=2.278 avg_d=1.008 std_dev=0.703
P A 0, 0.199, 0.906, 1.612, 2.102 max_d=2.102 avg_d=0.906 std_dev=0.706
O3' B 0, 0.193, 0.938, 1.682, 2.428 max_d=2.428 avg_d=0.938 std_dev=0.745
OP1 A 0, 0.300, 1.049, 1.799, 2.285 max_d=2.285 avg_d=1.049 std_dev=0.749
C6 B 0, 0.229, 1.012, 1.796, 2.667 max_d=2.667 avg_d=1.012 std_dev=0.783
C5' A 0, -0.043, 0.760, 1.563, 2.863 max_d=2.863 avg_d=0.760 std_dev=0.803
OP2 A 0, 0.269, 1.139, 2.009, 3.086 max_d=3.086 avg_d=1.139 std_dev=0.870
O5' B 0, 0.277, 1.157, 2.037, 2.791 max_d=2.791 avg_d=1.157 std_dev=0.880
N3 B 0, 0.332, 1.259, 2.186, 3.007 max_d=3.007 avg_d=1.259 std_dev=0.927
C5 B 0, 0.270, 1.277, 2.284, 3.284 max_d=3.284 avg_d=1.277 std_dev=1.007
C4 B 0, 0.146, 1.243, 2.339, 3.324 max_d=3.324 avg_d=1.243 std_dev=1.097
P B 0, 0.316, 1.452, 2.588, 3.622 max_d=3.622 avg_d=1.452 std_dev=1.136
OP1 B 0, 0.356, 1.591, 2.826, 3.771 max_d=3.771 avg_d=1.591 std_dev=1.235
OP2 B 0, 0.328, 1.634, 2.939, 3.978 max_d=3.978 avg_d=1.634 std_dev=1.306
N4 B 0, 0.166, 1.509, 2.852, 3.953 max_d=3.953 avg_d=1.509 std_dev=1.343

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.22 0.24 0.39 0.29
C2 0.03 0.00 0.15 0.21 0.01 0.04 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.21 0.08 0.40 0.38 0.71 0.53
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.02 0.04 0.03 0.08 0.08 0.12 0.15 0.07 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.24 0.31 0.24 0.21
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.15 0.01 0.15 0.04 0.19 0.06 0.21 0.18 0.19 0.10 0.07 0.01 0.01 0.01 0.32 0.40 0.15 0.24
C4 0.02 0.01 0.08 0.15 0.00 0.05 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.13 0.04 0.42 0.40 0.70 0.55
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.10 0.14 0.07 0.04 0.13 0.15 0.06 0.03 0.03 0.00 0.02 0.20 0.26 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.15 0.00 0.10 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.14 0.02 0.53 0.54 0.87 0.69
C5' 0.05 0.14 0.03 0.04 0.19 0.01 0.29 0.00 0.29 0.34 0.22 0.10 0.36 0.38 0.19 0.03 0.03 0.02 0.01 0.19 0.37 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.19 0.01 0.10 0.01 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.18 0.03 0.53 0.56 0.92 0.72
C8 0.01 0.02 0.08 0.06 0.01 0.14 0.01 0.34 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.08 0.07 0.08 0.55 0.54 0.80 0.68
N1 0.03 0.00 0.12 0.21 0.01 0.07 0.01 0.22 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.21 0.06 0.48 0.48 0.84 0.64
N3 0.03 0.00 0.15 0.18 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.18 0.08 0.35 0.33 0.62 0.46
N6 0.02 0.01 0.07 0.19 0.02 0.13 0.02 0.36 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.19 0.03 0.59 0.66 1.02 0.81
N7 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.15 0.01 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.09 0.06 0.59 0.63 0.94 0.78
N9 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.19 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.40 0.37 0.62 0.50
O2' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.06 0.03 0.07 0.03 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.05 0.00 0.03 0.04 0.05 0.32 0.20 0.09
O3' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.13 0.03 0.14 0.03 0.18 0.07 0.21 0.18 0.19 0.09 0.06 0.03 0.00 0.02 0.26 0.54 0.18 0.29
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.08 0.06 0.08 0.03 0.06 0.01 0.04 0.02 0.00 0.17 0.24 0.33 0.26
O5' 0.22 0.40 0.24 0.32 0.42 0.02 0.53 0.01 0.53 0.55 0.48 0.35 0.59 0.59 0.40 0.05 0.26 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.24 0.38 0.31 0.40 0.40 0.20 0.54 0.19 0.56 0.54 0.48 0.33 0.66 0.63 0.37 0.32 0.54 0.24 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.39 0.71 0.24 0.15 0.70 0.26 0.87 0.37 0.92 0.80 0.84 0.62 1.02 0.94 0.62 0.20 0.18 0.33 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.53 0.21 0.24 0.55 0.05 0.69 0.01 0.72 0.68 0.64 0.46 0.81 0.78 0.50 0.09 0.29 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.56 0.16 0.36 0.66 0.37 0.57 0.49 0.47 0.44 0.66 0.74 0.58 0.19 0.65 0.28 0.44 0.76 0.45 0.56
C2 0.37 0.63 0.20 0.30 0.81 0.34 0.78 0.41 0.68 0.58 0.75 0.88 0.57 0.26 0.47 0.40 0.42 0.49 0.43 0.45
C2' 0.27 0.61 0.11 0.36 0.69 0.35 0.57 0.48 0.45 0.45 0.72 0.78 0.64 0.19 0.69 0.23 0.39 0.73 0.38 0.51
C3' 0.22 0.55 0.22 0.44 0.58 0.40 0.44 0.54 0.33 0.37 0.64 0.66 0.62 0.34 0.79 0.15 0.45 0.84 0.47 0.60
C4 0.27 0.51 0.16 0.33 0.60 0.35 0.54 0.44 0.46 0.42 0.59 0.66 0.52 0.21 0.58 0.29 0.39 0.62 0.37 0.47
C4' 0.20 0.51 0.18 0.42 0.58 0.40 0.47 0.56 0.36 0.35 0.61 0.67 0.56 0.32 0.75 0.18 0.50 0.91 0.55 0.67
C5 0.22 0.40 0.15 0.34 0.43 0.36 0.38 0.45 0.33 0.32 0.44 0.47 0.43 0.20 0.56 0.24 0.40 0.64 0.39 0.49
C5' 0.30 0.45 0.46 0.65 0.43 0.58 0.32 0.72 0.26 0.31 0.49 0.50 0.55 0.60 0.96 0.28 0.65 1.09 0.72 0.82
C6 0.24 0.38 0.16 0.30 0.43 0.33 0.41 0.39 0.37 0.34 0.43 0.46 0.40 0.21 0.48 0.28 0.34 0.50 0.31 0.40
C8 0.18 0.38 0.15 0.40 0.38 0.40 0.31 0.56 0.26 0.27 0.42 0.42 0.44 0.19 0.65 0.20 0.51 0.85 0.55 0.66
N1 0.34 0.53 0.19 0.29 0.65 0.34 0.65 0.40 0.59 0.50 0.61 0.70 0.49 0.25 0.43 0.39 0.39 0.46 0.38 0.41
N3 0.34 0.62 0.18 0.31 0.78 0.34 0.73 0.42 0.62 0.54 0.74 0.86 0.59 0.24 0.54 0.36 0.39 0.54 0.39 0.45
N6 0.15 0.24 0.15 0.28 0.23 0.32 0.21 0.37 0.20 0.19 0.25 0.25 0.29 0.20 0.42 0.21 0.33 0.47 0.31 0.39
N7 0.15 0.31 0.15 0.39 0.29 0.40 0.24 0.55 0.21 0.22 0.34 0.32 0.38 0.19 0.61 0.19 0.51 0.82 0.55 0.65
N9 0.24 0.48 0.15 0.37 0.54 0.38 0.47 0.50 0.39 0.38 0.56 0.61 0.52 0.20 0.64 0.25 0.44 0.74 0.44 0.55
O2' 0.41 0.76 0.23 0.37 0.89 0.38 0.77 0.48 0.64 0.61 0.90 1.00 0.76 0.20 0.66 0.37 0.43 0.70 0.42 0.52
O3' 0.24 0.60 0.22 0.45 0.64 0.40 0.48 0.54 0.36 0.40 0.70 0.74 0.67 0.36 0.82 0.14 0.44 0.84 0.46 0.59
O4' 0.24 0.50 0.15 0.39 0.59 0.39 0.52 0.54 0.42 0.39 0.60 0.67 0.53 0.21 0.66 0.25 0.50 0.87 0.55 0.66
O5' 0.50 0.31 0.72 1.05 0.35 0.99 0.47 1.17 0.52 0.42 0.30 0.34 0.30 0.69 1.35 0.62 1.14 1.58 1.23 1.32
OP1 0.59 0.34 0.78 1.19 0.45 1.16 0.64 1.44 0.69 0.52 0.32 0.43 0.26 0.69 1.47 0.77 1.45 2.01 1.63 1.71
OP2 1.02 0.82 1.19 1.52 0.89 1.48 1.04 1.70 1.08 0.97 0.80 0.86 0.76 1.12 1.74 1.14 1.72 2.17 1.87 1.92
P 0.74 0.50 0.93 1.28 0.56 1.25 0.73 1.46 0.78 0.66 0.46 0.52 0.43 0.88 1.54 0.88 1.46 1.94 1.61 1.68

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.12 0.10
C2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.11 0.03 0.09 0.10 0.16 0.11
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.06 0.04 0.16 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.09 0.04
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.13 0.00 0.16 0.01 0.16 0.07 0.11 0.14 0.14 0.01 0.01 0.01 0.07 0.16 0.13 0.10
C4 0.02 0.01 0.03 0.13 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.03 0.14 0.17 0.21 0.16
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.05 0.09 0.06 0.05 0.01 0.00 0.02 0.07 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.10 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.19 0.04 0.15 0.18 0.22 0.17
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.13 0.01 0.15 0.00 0.12 0.06 0.09 0.15 0.06 0.05 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.18 0.05 0.12 0.13 0.17 0.14
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.07 0.08 0.14 0.10
N3 0.02 0.00 0.06 0.11 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.12 0.03 0.11 0.13 0.19 0.13
N4 0.02 0.01 0.04 0.14 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.17 0.03 0.16 0.20 0.25 0.19
O2 0.04 0.00 0.16 0.14 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.19 0.18 0.06 0.09 0.11 0.16 0.11
O2' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.03 0.10 0.06 0.19 0.00 0.04 0.05 0.05 0.15 0.08 0.06
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.15 0.01 0.19 0.02 0.18 0.07 0.12 0.17 0.18 0.04 0.00 0.01 0.13 0.28 0.24 0.20
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03 0.03 0.06 0.05 0.01 0.00 0.11 0.10 0.16 0.15
O5' 0.07 0.09 0.04 0.07 0.14 0.02 0.15 0.01 0.12 0.07 0.11 0.16 0.09 0.05 0.13 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.10 0.10 0.16 0.17 0.07 0.18 0.06 0.13 0.08 0.13 0.20 0.11 0.15 0.28 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.16 0.09 0.13 0.21 0.03 0.22 0.02 0.17 0.14 0.19 0.25 0.16 0.08 0.24 0.16 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.11 0.04 0.10 0.16 0.02 0.17 0.01 0.14 0.10 0.13 0.19 0.11 0.06 0.20 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00