ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48309

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 3, 1, 2, 3, 2, 2, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.014, 0.026, 0.039, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.015, 0.033, 0.050, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.030 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.015, 0.038, 0.061, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.038 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.080, 0.172, 0.265, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.172 std_dev=0.093
O4' A 0, 0.077, 0.187, 0.296, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.187 std_dev=0.110
O2' B 0, 0.283, 0.548, 0.813, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.548 std_dev=0.265
C1' B 0, 0.280, 0.548, 0.816, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.548 std_dev=0.268
O3' B 0, 0.195, 0.483, 0.771, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.483 std_dev=0.288
C2' B 0, 0.251, 0.545, 0.839, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.545 std_dev=0.294
O4' B 0, 0.269, 0.590, 0.912, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.590 std_dev=0.321
N1 B 0, 0.294, 0.622, 0.951, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.622 std_dev=0.329
C3' B 0, 0.205, 0.553, 0.900, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.553 std_dev=0.348
C4' B 0, 0.203, 0.576, 0.950, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.576 std_dev=0.374
C6 B 0, 0.309, 0.706, 1.102, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.706 std_dev=0.397
C5' A 0, 0.148, 0.573, 0.998, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.573 std_dev=0.425
C4' A 0, 0.019, 0.453, 0.887, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.453 std_dev=0.434
C2 B 0, 0.347, 0.807, 1.267, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.807 std_dev=0.460
O2 B 0, 0.434, 0.934, 1.435, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.934 std_dev=0.501
C5 B 0, 0.331, 0.877, 1.424, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.877 std_dev=0.546
O5' B 0, 0.087, 0.679, 1.270, 1.805 max_d=1.805 avg_d=0.679 std_dev=0.592
C5' B 0, 0.079, 0.675, 1.271, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.675 std_dev=0.596
N3 B 0, 0.336, 0.943, 1.549, 2.031 max_d=2.031 avg_d=0.943 std_dev=0.607
O2' A 0, -0.096, 0.522, 1.140, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.522 std_dev=0.618
C4 B 0, 0.306, 0.950, 1.594, 2.149 max_d=2.149 avg_d=0.950 std_dev=0.644
C3' A 0, -0.080, 0.608, 1.296, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.608 std_dev=0.688
N4 B 0, 0.327, 1.156, 1.985, 2.666 max_d=2.666 avg_d=1.156 std_dev=0.829
P B 0, 0.061, 0.902, 1.743, 2.486 max_d=2.486 avg_d=0.902 std_dev=0.841
OP1 B 0, 0.077, 0.941, 1.805, 2.536 max_d=2.536 avg_d=0.941 std_dev=0.864
OP2 B 0, 0.070, 1.075, 2.081, 2.966 max_d=2.966 avg_d=1.075 std_dev=1.005
O5' A 0, -0.235, 0.949, 2.133, 3.086 max_d=3.086 avg_d=0.949 std_dev=1.184
O3' A 0, -0.242, 1.072, 2.385, 3.355 max_d=3.355 avg_d=1.072 std_dev=1.314
P A 0, -0.558, 1.523, 3.603, 5.269 max_d=5.269 avg_d=1.523 std_dev=2.081
OP1 A 0, -0.611, 1.727, 4.066, 5.899 max_d=5.899 avg_d=1.727 std_dev=2.339
OP2 A 0, -0.714, 2.041, 4.796, 7.175 max_d=7.175 avg_d=2.041 std_dev=2.755

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.33 0.01 0.24 0.25 0.34 0.06
C2 0.04 0.00 0.10 0.09 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.41 0.53 0.06 0.46 0.08 0.90 0.37
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.19 0.06 0.05 0.08 0.10 0.06 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.20 0.38 0.31 0.09
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.16 0.01 0.31 0.02 0.28 0.45 0.16 0.09 0.36 0.46 0.23 0.02 0.01 0.02 0.36 0.39 0.35 0.13
C4 0.02 0.02 0.05 0.16 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.35 0.26 0.02 0.55 0.22 0.99 0.52
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.16 0.01 0.13 0.27 0.06 0.07 0.18 0.26 0.11 0.30 0.02 0.01 0.03 0.46 0.14 0.29
C5 0.02 0.02 0.04 0.31 0.01 0.16 0.00 0.22 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.41 0.06 0.03 0.76 0.60 1.45 0.89
C5' 0.05 0.05 0.19 0.02 0.10 0.01 0.22 0.00 0.21 0.29 0.13 0.03 0.29 0.33 0.11 0.11 0.20 0.02 0.01 0.08 0.02 0.02
C6 0.02 0.02 0.06 0.28 0.01 0.13 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.47 0.14 0.02 0.76 0.60 1.51 0.91
C8 0.02 0.02 0.05 0.45 0.01 0.27 0.01 0.29 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.26 0.24 0.08 0.85 0.74 1.43 1.00
N1 0.03 0.01 0.08 0.16 0.02 0.06 0.02 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.46 0.35 0.04 0.63 0.32 1.24 0.65
N3 0.04 0.01 0.10 0.09 0.01 0.07 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.34 0.56 0.06 0.38 0.14 0.71 0.24
N6 0.03 0.03 0.06 0.36 0.01 0.18 0.01 0.29 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.49 0.06 0.04 0.88 0.87 1.81 1.14
N7 0.02 0.02 0.04 0.46 0.02 0.26 0.01 0.33 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.36 0.23 0.07 0.93 0.93 1.74 1.19
N9 0.01 0.02 0.02 0.23 0.01 0.11 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.23 0.10 0.02 0.54 0.23 0.89 0.50
O2' 0.02 0.41 0.01 0.02 0.35 0.30 0.41 0.11 0.47 0.26 0.46 0.34 0.49 0.36 0.23 0.00 0.03 0.22 0.34 0.29 0.35 0.11
O3' 0.33 0.53 0.03 0.01 0.26 0.02 0.06 0.20 0.14 0.24 0.35 0.56 0.06 0.23 0.10 0.03 0.00 0.20 0.39 0.42 0.29 0.19
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.08 0.04 0.06 0.04 0.07 0.02 0.22 0.20 0.00 0.13 0.26 0.11 0.13
O5' 0.24 0.46 0.20 0.36 0.55 0.03 0.76 0.01 0.76 0.85 0.63 0.38 0.88 0.93 0.54 0.34 0.39 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 0.08 0.38 0.39 0.22 0.46 0.60 0.08 0.60 0.74 0.32 0.14 0.87 0.93 0.23 0.29 0.42 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.90 0.31 0.35 0.99 0.14 1.45 0.02 1.51 1.43 1.24 0.71 1.81 1.74 0.89 0.35 0.29 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.37 0.09 0.13 0.52 0.29 0.89 0.02 0.91 1.00 0.65 0.24 1.14 1.19 0.50 0.11 0.19 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.35 0.10 0.09 0.21 0.29 0.12 0.44 0.14 0.13 0.37 0.24 0.53 0.17 0.05 0.26 0.38 0.55 0.39 0.47
C2 0.14 0.38 0.13 0.07 0.27 0.22 0.15 0.29 0.12 0.20 0.39 0.30 0.53 0.18 0.08 0.21 0.21 0.30 0.18 0.24
C2' 0.16 0.47 0.21 0.08 0.34 0.20 0.16 0.34 0.12 0.23 0.51 0.38 0.65 0.26 0.13 0.19 0.28 0.48 0.29 0.38
C3' 0.14 0.36 0.25 0.20 0.24 0.10 0.12 0.19 0.11 0.18 0.38 0.27 0.51 0.30 0.35 0.17 0.16 0.26 0.17 0.23
C4 0.11 0.33 0.11 0.06 0.19 0.24 0.10 0.38 0.11 0.14 0.33 0.20 0.51 0.19 0.05 0.21 0.32 0.47 0.32 0.40
C4' 0.09 0.27 0.13 0.05 0.14 0.24 0.16 0.40 0.19 0.11 0.28 0.16 0.45 0.20 0.15 0.28 0.35 0.50 0.39 0.45
C5 0.10 0.26 0.09 0.07 0.11 0.22 0.12 0.36 0.13 0.10 0.24 0.11 0.43 0.17 0.04 0.17 0.35 0.50 0.36 0.42
C5' 0.15 0.35 0.20 0.12 0.20 0.12 0.13 0.26 0.13 0.17 0.35 0.21 0.53 0.27 0.25 0.16 0.24 0.39 0.29 0.35
C6 0.11 0.23 0.08 0.06 0.09 0.18 0.10 0.28 0.12 0.10 0.20 0.09 0.37 0.16 0.04 0.14 0.29 0.41 0.29 0.34
C8 0.09 0.27 0.09 0.07 0.11 0.24 0.15 0.41 0.16 0.10 0.25 0.11 0.46 0.18 0.04 0.20 0.41 0.61 0.45 0.52
N1 0.13 0.29 0.10 0.06 0.17 0.19 0.09 0.25 0.09 0.15 0.28 0.18 0.42 0.17 0.07 0.17 0.21 0.29 0.19 0.24
N3 0.12 0.39 0.12 0.07 0.27 0.25 0.13 0.35 0.12 0.18 0.41 0.30 0.56 0.18 0.07 0.23 0.27 0.39 0.25 0.32
N6 0.12 0.15 0.09 0.11 0.10 0.14 0.18 0.23 0.17 0.10 0.11 0.12 0.27 0.14 0.10 0.12 0.31 0.42 0.32 0.36
N7 0.09 0.23 0.08 0.08 0.08 0.22 0.17 0.38 0.18 0.08 0.19 0.08 0.40 0.17 0.05 0.17 0.41 0.60 0.45 0.51
N9 0.10 0.33 0.11 0.06 0.18 0.25 0.11 0.41 0.13 0.13 0.33 0.19 0.52 0.19 0.04 0.22 0.37 0.55 0.39 0.46
O2' 0.32 0.17 0.35 0.48 0.15 0.63 0.28 0.74 0.36 0.23 0.21 0.17 0.30 0.33 0.46 0.55 0.68 0.86 0.66 0.74
O3' 0.50 0.32 0.32 0.30 0.42 0.57 0.56 0.65 0.59 0.47 0.31 0.40 0.23 0.29 0.10 0.71 0.61 0.63 0.62 0.67
O4' 0.09 0.28 0.08 0.12 0.14 0.32 0.19 0.50 0.22 0.11 0.28 0.16 0.47 0.16 0.04 0.31 0.45 0.63 0.49 0.56
O5' 0.54 0.69 0.68 0.63 0.49 0.40 0.34 0.24 0.35 0.52 0.66 0.48 0.87 0.75 0.83 0.32 0.25 0.17 0.18 0.15
OP1 0.22 0.27 0.39 0.49 0.15 0.29 0.12 0.24 0.12 0.19 0.24 0.14 0.38 0.40 0.75 0.12 0.25 0.33 0.21 0.21
OP2 1.11 1.12 1.35 1.44 0.93 1.17 0.84 1.06 0.89 1.04 1.06 0.88 1.25 1.38 1.74 0.94 1.06 1.07 0.96 0.95
P 0.53 0.59 0.72 0.78 0.42 0.55 0.32 0.45 0.35 0.48 0.54 0.39 0.72 0.75 1.03 0.37 0.46 0.47 0.38 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.08 0.09 0.09 0.07
C2 0.03 0.00 0.06 0.08 0.02 0.03 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.08 0.03 0.07 0.09 0.13 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.11 0.01 0.02 0.01 0.05 0.09 0.09 0.06
C3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.14 0.01 0.17 0.02 0.16 0.09 0.10 0.16 0.09 0.03 0.01 0.01 0.12 0.12 0.11 0.11
C4 0.01 0.02 0.04 0.14 0.00 0.10 0.01 0.18 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.16 0.03 0.14 0.18 0.22 0.17
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.13 0.05 0.05 0.12 0.06 0.08 0.02 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02
C5 0.02 0.02 0.05 0.17 0.01 0.14 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.20 0.05 0.16 0.18 0.19 0.17
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.18 0.01 0.21 0.00 0.18 0.09 0.12 0.21 0.05 0.07 0.03 0.02 0.01 0.10 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.16 0.02 0.13 0.00 0.18 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.17 0.05 0.11 0.10 0.11 0.09
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.08 0.02 0.06 0.06 0.09 0.05
N3 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.05 0.01 0.12 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.14 0.11 0.02 0.10 0.13 0.18 0.12
N4 0.01 0.02 0.04 0.16 0.01 0.12 0.02 0.21 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.10 0.19 0.04 0.18 0.24 0.28 0.22
O2 0.05 0.01 0.11 0.09 0.03 0.06 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.22 0.11 0.05 0.07 0.09 0.12 0.06
O2' 0.02 0.14 0.01 0.03 0.09 0.08 0.03 0.07 0.03 0.04 0.14 0.10 0.22 0.00 0.04 0.08 0.07 0.10 0.08 0.07
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.16 0.02 0.20 0.03 0.17 0.08 0.11 0.19 0.11 0.04 0.00 0.02 0.20 0.23 0.20 0.21
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.08 0.02 0.00 0.16 0.16 0.15 0.15
O5' 0.08 0.07 0.05 0.12 0.14 0.02 0.16 0.01 0.11 0.06 0.10 0.18 0.07 0.07 0.20 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.09 0.09 0.12 0.18 0.06 0.18 0.10 0.10 0.06 0.13 0.24 0.09 0.10 0.23 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.13 0.09 0.11 0.22 0.03 0.19 0.02 0.11 0.09 0.18 0.28 0.12 0.08 0.20 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.07 0.06 0.11 0.17 0.02 0.17 0.02 0.09 0.05 0.12 0.22 0.06 0.07 0.21 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00