ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48310

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 1, 4, 5, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.018, 0.033, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.017 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.003, 0.020, 0.037, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.004, 0.024, 0.043, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.024 std_dev=0.019
C2 A 0, -0.001, 0.019, 0.039, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.019 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.010, 0.033, 0.057, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.033 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N3 A 0, -0.001, 0.024, 0.049, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.024 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.003, 0.038, 0.072, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.038 std_dev=0.035
N6 A 0, 0.013, 0.053, 0.093, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.053 std_dev=0.040
C8 A 0, 0.004, 0.045, 0.085, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.045 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.054, 0.157, 0.260, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.157 std_dev=0.103
C2' A 0, 0.060, 0.179, 0.299, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.179 std_dev=0.119
C4' A 0, 0.104, 0.243, 0.382, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.243 std_dev=0.139
O2' A 0, 0.115, 0.272, 0.429, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.272 std_dev=0.157
C3' A 0, 0.091, 0.259, 0.427, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.259 std_dev=0.168
O2' B 0, 0.338, 0.564, 0.791, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.564 std_dev=0.227
O3' A 0, 0.149, 0.376, 0.604, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.376 std_dev=0.228
C2' B 0, 0.285, 0.523, 0.761, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.523 std_dev=0.238
C1' B 0, 0.411, 0.691, 0.971, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.691 std_dev=0.280
C5' A 0, 0.162, 0.442, 0.723, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.442 std_dev=0.280
C3' B 0, 0.355, 0.737, 1.120, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.737 std_dev=0.383
N1 B 0, 0.405, 0.817, 1.229, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.817 std_dev=0.412
O4' B 0, 0.401, 0.884, 1.368, 2.019 max_d=2.019 avg_d=0.884 std_dev=0.483
C4' B 0, 0.386, 0.886, 1.386, 2.113 max_d=2.113 avg_d=0.886 std_dev=0.500
O3' B 0, 0.323, 0.847, 1.371, 1.965 max_d=1.965 avg_d=0.847 std_dev=0.524
O5' A 0, 0.125, 0.650, 1.176, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.650 std_dev=0.526
C2 B 0, 0.340, 0.885, 1.431, 1.953 max_d=1.953 avg_d=0.885 std_dev=0.546
C6 B 0, 0.444, 1.039, 1.635, 2.244 max_d=2.244 avg_d=1.039 std_dev=0.595
O2 B 0, 0.306, 0.937, 1.567, 2.308 max_d=2.308 avg_d=0.937 std_dev=0.630
P A 0, 0.173, 0.899, 1.625, 2.342 max_d=2.342 avg_d=0.899 std_dev=0.726
N3 B 0, 0.341, 1.068, 1.796, 2.470 max_d=2.470 avg_d=1.068 std_dev=0.728
C5 B 0, 0.481, 1.210, 1.939, 2.565 max_d=2.565 avg_d=1.210 std_dev=0.729
C4 B 0, 0.432, 1.184, 1.937, 2.535 max_d=2.535 avg_d=1.184 std_dev=0.753
C5' B 0, 0.432, 1.189, 1.947, 2.938 max_d=2.938 avg_d=1.189 std_dev=0.758
OP2 A 0, 0.155, 1.066, 1.977, 2.967 max_d=2.967 avg_d=1.066 std_dev=0.911
N4 B 0, 0.476, 1.408, 2.339, 3.062 max_d=3.062 avg_d=1.408 std_dev=0.931
O5' B 0, 0.312, 1.382, 2.452, 3.993 max_d=3.993 avg_d=1.382 std_dev=1.070
OP1 A 0, 0.097, 1.172, 2.248, 3.716 max_d=3.716 avg_d=1.172 std_dev=1.076
OP2 B 0, 0.430, 1.570, 2.711, 4.327 max_d=4.327 avg_d=1.570 std_dev=1.141
P B 0, 0.263, 1.460, 2.657, 4.423 max_d=4.423 avg_d=1.460 std_dev=1.197
OP1 B 0, 0.315, 1.567, 2.819, 4.645 max_d=4.645 avg_d=1.567 std_dev=1.252

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.07 0.01 0.18 0.28 0.15 0.19
C2 0.05 0.00 0.11 0.15 0.01 0.08 0.02 0.15 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.17 0.17 0.05 0.35 0.56 0.35 0.36
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.06 0.08 0.09 0.11 0.06 0.08 0.03 0.02 0.06 0.01 0.19 0.23 0.11 0.17
C3' 0.03 0.15 0.01 0.00 0.09 0.01 0.08 0.02 0.11 0.10 0.13 0.14 0.10 0.08 0.06 0.02 0.02 0.02 0.26 0.27 0.08 0.20
C4 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.06 0.01 0.15 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.11 0.10 0.04 0.37 0.56 0.34 0.37
C4' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.07 0.06 0.07 0.05 0.01 0.02 0.16 0.21 0.04
C5 0.02 0.02 0.05 0.08 0.01 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.09 0.05 0.44 0.71 0.44 0.45
C5' 0.05 0.15 0.03 0.02 0.15 0.01 0.19 0.00 0.20 0.18 0.19 0.14 0.22 0.19 0.14 0.07 0.04 0.04 0.01 0.26 0.34 0.03
C6 0.03 0.01 0.06 0.11 0.02 0.09 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.12 0.11 0.06 0.45 0.74 0.48 0.47
C8 0.02 0.03 0.08 0.10 0.02 0.08 0.01 0.18 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.06 0.12 0.06 0.45 0.66 0.38 0.44
N1 0.04 0.01 0.09 0.13 0.02 0.09 0.02 0.19 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.15 0.15 0.05 0.41 0.67 0.44 0.43
N3 0.05 0.01 0.11 0.14 0.01 0.08 0.01 0.14 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.15 0.16 0.06 0.32 0.49 0.30 0.32
N6 0.04 0.02 0.06 0.10 0.03 0.10 0.02 0.22 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.11 0.11 0.07 0.48 0.83 0.55 0.52
N7 0.03 0.02 0.08 0.08 0.02 0.07 0.01 0.19 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.09 0.10 0.05 0.47 0.78 0.48 0.49
N9 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.14 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.06 0.07 0.03 0.35 0.50 0.27 0.33
O2' 0.02 0.17 0.02 0.02 0.11 0.07 0.10 0.07 0.12 0.06 0.15 0.15 0.11 0.09 0.06 0.00 0.08 0.06 0.06 0.16 0.11 0.08
O3' 0.07 0.17 0.06 0.02 0.10 0.05 0.09 0.04 0.11 0.12 0.15 0.16 0.11 0.10 0.07 0.08 0.00 0.06 0.20 0.31 0.11 0.17
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.03 0.06 0.06 0.00 0.14 0.21 0.20 0.15
O5' 0.18 0.35 0.19 0.26 0.37 0.02 0.44 0.01 0.45 0.45 0.41 0.32 0.48 0.47 0.35 0.06 0.20 0.14 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.28 0.56 0.23 0.27 0.56 0.16 0.71 0.26 0.74 0.66 0.67 0.49 0.83 0.78 0.50 0.16 0.31 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.35 0.11 0.08 0.34 0.21 0.44 0.34 0.48 0.38 0.44 0.30 0.55 0.48 0.27 0.11 0.11 0.20 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.36 0.17 0.20 0.37 0.04 0.45 0.03 0.47 0.44 0.43 0.32 0.52 0.49 0.33 0.08 0.17 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.58 0.15 0.20 0.71 0.17 0.55 0.18 0.42 0.42 0.74 0.85 0.60 0.17 0.36 0.30 0.33 0.30 0.43 0.28
C2 0.23 0.39 0.16 0.23 0.41 0.23 0.29 0.24 0.24 0.26 0.48 0.49 0.46 0.19 0.37 0.28 0.27 0.22 0.40 0.18
C2' 0.34 0.54 0.17 0.21 0.66 0.26 0.53 0.28 0.43 0.42 0.68 0.79 0.55 0.19 0.34 0.38 0.37 0.31 0.42 0.28
C3' 0.37 0.59 0.15 0.15 0.75 0.27 0.64 0.31 0.51 0.48 0.74 0.89 0.56 0.16 0.25 0.44 0.46 0.45 0.47 0.43
C4 0.27 0.51 0.14 0.18 0.58 0.18 0.44 0.18 0.34 0.36 0.63 0.68 0.56 0.16 0.33 0.29 0.28 0.26 0.38 0.21
C4' 0.35 0.63 0.14 0.15 0.82 0.21 0.68 0.23 0.53 0.49 0.81 0.99 0.61 0.15 0.29 0.39 0.47 0.45 0.53 0.46
C5 0.29 0.51 0.14 0.16 0.56 0.19 0.44 0.20 0.36 0.38 0.61 0.64 0.56 0.14 0.27 0.31 0.35 0.32 0.40 0.27
C5' 0.45 0.71 0.22 0.21 0.94 0.32 0.81 0.36 0.66 0.60 0.90 1.11 0.65 0.22 0.26 0.51 0.64 0.64 0.69 0.66
C6 0.27 0.42 0.14 0.16 0.42 0.21 0.34 0.21 0.29 0.31 0.47 0.48 0.48 0.15 0.26 0.29 0.28 0.26 0.36 0.19
C8 0.33 0.60 0.15 0.17 0.73 0.20 0.59 0.22 0.47 0.46 0.75 0.85 0.61 0.14 0.28 0.35 0.47 0.43 0.50 0.43
N1 0.23 0.36 0.16 0.20 0.36 0.23 0.27 0.23 0.23 0.25 0.42 0.42 0.43 0.17 0.32 0.28 0.25 0.21 0.39 0.16
N3 0.24 0.46 0.16 0.22 0.51 0.21 0.37 0.21 0.28 0.31 0.57 0.61 0.52 0.18 0.38 0.27 0.25 0.20 0.38 0.15
N6 0.28 0.37 0.15 0.16 0.36 0.23 0.31 0.24 0.29 0.31 0.40 0.39 0.42 0.15 0.20 0.31 0.34 0.32 0.36 0.23
N7 0.33 0.59 0.15 0.16 0.67 0.21 0.56 0.23 0.46 0.45 0.71 0.76 0.60 0.15 0.23 0.35 0.49 0.45 0.48 0.43
N9 0.29 0.57 0.14 0.18 0.68 0.18 0.53 0.18 0.41 0.41 0.71 0.80 0.60 0.16 0.33 0.31 0.36 0.32 0.43 0.31
O2' 0.33 0.53 0.23 0.28 0.66 0.30 0.51 0.31 0.40 0.40 0.68 0.80 0.55 0.25 0.44 0.37 0.36 0.25 0.43 0.24
O3' 0.40 0.58 0.17 0.17 0.75 0.32 0.65 0.36 0.53 0.49 0.73 0.89 0.55 0.18 0.26 0.48 0.48 0.47 0.46 0.44
O4' 0.30 0.63 0.14 0.19 0.80 0.15 0.64 0.17 0.49 0.46 0.81 0.97 0.63 0.16 0.35 0.32 0.40 0.37 0.50 0.39
O5' 0.58 0.81 0.54 0.55 1.04 0.52 0.94 0.54 0.80 0.72 0.99 1.20 0.73 0.55 0.60 0.59 0.75 0.76 0.78 0.76
OP1 1.08 1.27 1.05 1.07 1.53 1.04 1.46 1.08 1.32 1.22 1.44 1.67 1.14 0.97 1.06 1.08 1.33 1.34 1.41 1.36
OP2 0.69 0.84 0.60 0.59 1.07 0.65 1.03 0.67 0.91 0.81 0.98 1.21 0.74 0.62 0.59 0.75 0.92 0.94 0.94 0.95
P 0.68 0.89 0.62 0.63 1.17 0.63 1.09 0.66 0.94 0.83 1.08 1.34 0.78 0.60 0.65 0.70 0.92 0.94 0.99 0.96

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.23 0.20 0.40 0.15
C2 0.03 0.00 0.08 0.10 0.02 0.03 0.02 0.09 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.13 0.09 0.02 0.45 0.30 0.49 0.31
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.09 0.03 0.11 0.03 0.07 0.04 0.18 0.01 0.02 0.01 0.28 0.28 0.35 0.18
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.14 0.01 0.19 0.02 0.19 0.09 0.11 0.14 0.15 0.05 0.01 0.01 0.35 0.34 0.32 0.24
C4 0.03 0.02 0.04 0.14 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.08 0.16 0.04 0.66 0.53 0.69 0.58
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.14 0.06 0.05 0.10 0.07 0.09 0.03 0.01 0.03 0.21 0.38 0.12
C5 0.02 0.02 0.09 0.19 0.01 0.15 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.23 0.08 0.72 0.58 0.71 0.64
C5' 0.03 0.09 0.03 0.02 0.18 0.01 0.23 0.00 0.20 0.10 0.13 0.21 0.07 0.09 0.04 0.02 0.01 0.19 0.35 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.19 0.01 0.14 0.01 0.20 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.20 0.08 0.64 0.45 0.53 0.50
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.03 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.08 0.04 0.45 0.29 0.45 0.30
N3 0.04 0.02 0.07 0.11 0.01 0.05 0.01 0.13 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.14 0.12 0.02 0.55 0.40 0.58 0.43
N4 0.04 0.04 0.04 0.14 0.01 0.10 0.02 0.21 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.10 0.18 0.05 0.71 0.61 0.80 0.66
O2 0.06 0.01 0.18 0.15 0.02 0.07 0.03 0.07 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.24 0.18 0.05 0.33 0.23 0.46 0.22
O2' 0.02 0.13 0.01 0.05 0.08 0.09 0.06 0.09 0.07 0.03 0.14 0.10 0.24 0.00 0.07 0.05 0.14 0.19 0.37 0.10
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.16 0.03 0.23 0.04 0.20 0.08 0.12 0.18 0.18 0.07 0.00 0.03 0.26 0.36 0.30 0.20
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.03 0.00 0.11 0.20 0.49 0.19
O5' 0.23 0.45 0.28 0.35 0.66 0.03 0.72 0.01 0.64 0.45 0.55 0.71 0.33 0.14 0.26 0.11 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.20 0.30 0.28 0.34 0.53 0.21 0.58 0.19 0.45 0.29 0.40 0.61 0.23 0.19 0.36 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 0.49 0.35 0.32 0.69 0.38 0.71 0.35 0.53 0.45 0.58 0.80 0.46 0.37 0.30 0.49 0.03 0.02 0.00 0.02
P 0.15 0.31 0.18 0.24 0.58 0.12 0.64 0.02 0.50 0.30 0.43 0.66 0.22 0.10 0.20 0.19 0.01 0.01 0.02 0.00