ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48311

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 4, 2, 4, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.017, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.022 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.002, 0.023, 0.045, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.023 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.002, 0.025, 0.048, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.025 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.008, 0.031, 0.055, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.031 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.003, 0.030, 0.056, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.030 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.003, 0.044, 0.085, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.044 std_dev=0.041
O2' B 0, 0.087, 0.178, 0.269, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.178 std_dev=0.091
C2' A 0, 0.019, 0.194, 0.370, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.194 std_dev=0.176
O4' A 0, 0.010, 0.205, 0.401, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.205 std_dev=0.196
C2' B 0, 0.110, 0.336, 0.562, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.336 std_dev=0.226
C1' B 0, 0.070, 0.409, 0.748, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.409 std_dev=0.339
C3' B 0, 0.098, 0.517, 0.935, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.517 std_dev=0.419
O3' B 0, 0.097, 0.519, 0.941, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.519 std_dev=0.422
C4' A 0, -0.029, 0.403, 0.834, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.403 std_dev=0.432
O2' A 0, -0.018, 0.423, 0.865, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.423 std_dev=0.442
N1 B 0, 0.117, 0.624, 1.131, 1.799 max_d=1.799 avg_d=0.624 std_dev=0.507
C4' B 0, 0.078, 0.590, 1.102, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.590 std_dev=0.512
O4' B 0, 0.038, 0.561, 1.083, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.561 std_dev=0.523
C2 B 0, 0.100, 0.638, 1.177, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.638 std_dev=0.539
C5' A 0, 0.009, 0.564, 1.119, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.564 std_dev=0.555
O2 B 0, -0.068, 0.491, 1.051, 1.814 max_d=1.814 avg_d=0.491 std_dev=0.559
C3' A 0, -0.169, 0.472, 1.113, 1.909 max_d=1.909 avg_d=0.472 std_dev=0.641
N3 B 0, 0.108, 0.861, 1.614, 2.208 max_d=2.208 avg_d=0.861 std_dev=0.753
C6 B 0, 0.036, 0.848, 1.660, 2.872 max_d=2.872 avg_d=0.848 std_dev=0.812
C5' B 0, 0.080, 0.908, 1.736, 2.093 max_d=2.093 avg_d=0.908 std_dev=0.828
C4 B 0, 0.144, 1.056, 1.968, 3.084 max_d=3.084 avg_d=1.056 std_dev=0.912
C5 B 0, 0.081, 1.059, 2.037, 3.491 max_d=3.491 avg_d=1.059 std_dev=0.978
O5' B 0, 0.077, 1.085, 2.094, 2.503 max_d=2.503 avg_d=1.085 std_dev=1.008
N4 B 0, 0.125, 1.269, 2.413, 3.772 max_d=3.772 avg_d=1.269 std_dev=1.144
O3' A 0, -0.392, 0.779, 1.949, 3.407 max_d=3.407 avg_d=0.779 std_dev=1.170
P B 0, 0.042, 1.437, 2.833, 3.305 max_d=3.305 avg_d=1.437 std_dev=1.395
OP1 B 0, 0.089, 1.494, 2.900, 3.314 max_d=3.314 avg_d=1.494 std_dev=1.406
OP2 B 0, 0.023, 1.644, 3.266, 3.835 max_d=3.835 avg_d=1.644 std_dev=1.622
O5' A 0, -0.140, 1.501, 3.141, 4.061 max_d=4.061 avg_d=1.501 std_dev=1.641
P A 0, -0.214, 1.950, 4.114, 5.151 max_d=5.151 avg_d=1.950 std_dev=2.164
OP2 A 0, -0.049, 2.389, 4.826, 5.634 max_d=5.634 avg_d=2.389 std_dev=2.437
OP1 A 0, -0.277, 2.214, 4.705, 5.968 max_d=5.968 avg_d=2.214 std_dev=2.491

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.26 0.00 0.31 0.20 0.26 0.17
C2 0.04 0.00 0.13 0.08 0.01 0.14 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.21 0.40 0.18 0.24 0.46 0.45 0.40
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.09 0.02 0.09 0.17 0.11 0.03 0.13 0.11 0.12 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.68 0.62 0.65 0.59
C3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.16 0.01 0.29 0.02 0.27 0.40 0.17 0.06 0.34 0.41 0.21 0.02 0.01 0.02 0.45 0.52 0.26 0.33
C4 0.02 0.01 0.09 0.16 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.21 0.09 0.36 0.22 0.36 0.23
C4' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.09 0.23 0.09 0.14 0.12 0.21 0.09 0.25 0.01 0.01 0.02 0.16 0.32 0.10
C5 0.01 0.01 0.09 0.29 0.00 0.11 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.13 0.05 0.55 0.33 0.52 0.35
C5' 0.06 0.17 0.17 0.02 0.13 0.01 0.20 0.00 0.19 0.29 0.17 0.16 0.23 0.30 0.14 0.10 0.18 0.02 0.01 0.36 0.41 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.27 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.25 0.14 0.09 0.49 0.37 0.58 0.38
C8 0.03 0.01 0.03 0.40 0.01 0.23 0.01 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.22 0.27 0.09 0.80 0.57 0.48 0.54
N1 0.03 0.01 0.13 0.17 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.23 0.26 0.14 0.35 0.43 0.53 0.39
N3 0.04 0.00 0.11 0.06 0.00 0.14 0.01 0.16 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.18 0.43 0.17 0.19 0.35 0.38 0.34
N6 0.02 0.02 0.12 0.34 0.01 0.12 0.02 0.23 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.27 0.16 0.05 0.60 0.44 0.70 0.46
N7 0.02 0.01 0.05 0.41 0.01 0.21 0.00 0.30 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.25 0.27 0.05 0.78 0.55 0.64 0.55
N9 0.01 0.01 0.03 0.21 0.01 0.09 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.15 0.11 0.01 0.48 0.27 0.28 0.24
O2' 0.03 0.21 0.00 0.02 0.19 0.25 0.24 0.10 0.25 0.22 0.23 0.18 0.27 0.25 0.15 0.00 0.08 0.18 0.68 0.66 0.81 0.63
O3' 0.26 0.40 0.03 0.01 0.21 0.01 0.13 0.18 0.14 0.27 0.26 0.43 0.16 0.27 0.11 0.08 0.00 0.17 0.27 0.49 0.19 0.24
O4' 0.00 0.18 0.01 0.02 0.09 0.01 0.05 0.02 0.09 0.09 0.14 0.17 0.05 0.05 0.01 0.18 0.17 0.00 0.11 0.12 0.46 0.24
O5' 0.31 0.24 0.68 0.45 0.36 0.02 0.55 0.01 0.49 0.80 0.35 0.19 0.60 0.78 0.48 0.68 0.27 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.46 0.62 0.52 0.22 0.16 0.33 0.36 0.37 0.57 0.43 0.35 0.44 0.55 0.27 0.66 0.49 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.45 0.65 0.26 0.36 0.32 0.52 0.41 0.58 0.48 0.53 0.38 0.70 0.64 0.28 0.81 0.19 0.46 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.40 0.59 0.33 0.23 0.10 0.35 0.02 0.38 0.54 0.39 0.34 0.46 0.55 0.24 0.63 0.24 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.18 0.16 0.16 0.25 0.16 0.20 0.18 0.15 0.10 0.27 0.31 0.21 0.05 0.22 0.22 0.12 0.14 0.26 0.13
C2 0.12 0.16 0.15 0.13 0.19 0.16 0.16 0.17 0.14 0.11 0.20 0.21 0.20 0.08 0.17 0.20 0.12 0.15 0.18 0.12
C2' 0.17 0.13 0.19 0.24 0.22 0.22 0.21 0.22 0.18 0.13 0.20 0.28 0.14 0.18 0.32 0.25 0.23 0.22 0.38 0.25
C3' 0.14 0.15 0.19 0.25 0.20 0.23 0.11 0.24 0.07 0.06 0.24 0.28 0.19 0.22 0.38 0.25 0.18 0.21 0.27 0.18
C4 0.11 0.16 0.15 0.15 0.21 0.17 0.18 0.18 0.14 0.10 0.22 0.25 0.19 0.06 0.20 0.22 0.12 0.15 0.22 0.12
C4' 0.14 0.23 0.19 0.18 0.26 0.17 0.18 0.19 0.14 0.14 0.31 0.32 0.28 0.09 0.25 0.23 0.12 0.15 0.22 0.11
C5 0.11 0.15 0.16 0.15 0.21 0.17 0.18 0.19 0.15 0.11 0.21 0.24 0.17 0.06 0.21 0.21 0.12 0.17 0.23 0.14
C5' 0.20 0.22 0.25 0.26 0.26 0.27 0.22 0.30 0.21 0.18 0.29 0.30 0.26 0.20 0.30 0.29 0.23 0.29 0.27 0.23
C6 0.10 0.13 0.16 0.14 0.18 0.16 0.17 0.18 0.14 0.11 0.18 0.20 0.14 0.06 0.18 0.19 0.12 0.18 0.20 0.13
C8 0.11 0.17 0.16 0.17 0.25 0.17 0.21 0.20 0.16 0.11 0.25 0.31 0.19 0.06 0.23 0.22 0.14 0.18 0.28 0.16
N1 0.11 0.12 0.14 0.12 0.15 0.15 0.14 0.16 0.12 0.10 0.15 0.16 0.14 0.07 0.15 0.19 0.10 0.15 0.15 0.10
N3 0.12 0.17 0.15 0.15 0.21 0.16 0.18 0.17 0.15 0.11 0.23 0.25 0.21 0.07 0.19 0.21 0.12 0.14 0.20 0.13
N6 0.12 0.15 0.19 0.18 0.21 0.17 0.21 0.19 0.18 0.14 0.19 0.23 0.13 0.09 0.21 0.18 0.16 0.24 0.26 0.19
N7 0.11 0.17 0.16 0.17 0.24 0.17 0.21 0.20 0.17 0.12 0.24 0.29 0.18 0.06 0.23 0.21 0.14 0.20 0.28 0.16
N9 0.11 0.17 0.15 0.16 0.24 0.17 0.20 0.19 0.15 0.11 0.25 0.29 0.20 0.06 0.22 0.23 0.13 0.16 0.25 0.14
O2' 0.28 0.31 0.22 0.21 0.30 0.24 0.22 0.21 0.18 0.23 0.33 0.35 0.39 0.29 0.24 0.31 0.18 0.18 0.34 0.20
O3' 0.49 0.64 0.25 0.19 0.67 0.38 0.57 0.38 0.51 0.54 0.72 0.74 0.68 0.27 0.13 0.54 0.32 0.29 0.32 0.32
O4' 0.17 0.27 0.23 0.21 0.30 0.20 0.24 0.23 0.20 0.18 0.34 0.35 0.32 0.15 0.24 0.24 0.15 0.21 0.22 0.14
O5' 0.34 0.13 0.35 0.42 0.14 0.48 0.24 0.52 0.31 0.25 0.12 0.13 0.10 0.39 0.49 0.45 0.45 0.51 0.44 0.47
OP1 0.57 0.43 0.52 0.54 0.41 0.63 0.48 0.66 0.53 0.50 0.41 0.38 0.43 0.51 0.53 0.66 0.62 0.65 0.62 0.63
OP2 0.58 0.26 0.51 0.61 0.24 0.76 0.40 0.82 0.51 0.45 0.17 0.16 0.20 0.57 0.64 0.74 0.74 0.81 0.70 0.77
P 0.48 0.32 0.43 0.47 0.32 0.57 0.40 0.61 0.46 0.41 0.30 0.28 0.32 0.42 0.47 0.59 0.57 0.60 0.57 0.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.07 0.09 0.07
C2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.07 0.03 0.12 0.12 0.19 0.15
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.04 0.10 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.10 0.06
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.02 0.09 0.04 0.06 0.07 0.10 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.10 0.07
C4 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.08 0.03 0.15 0.19 0.25 0.22
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.04 0.07 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.03 0.02
C5 0.02 0.02 0.05 0.09 0.01 0.07 0.00 0.15 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.12 0.04 0.16 0.20 0.24 0.22
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.11 0.15 0.08 0.03 0.04 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01
C6 0.02 0.02 0.05 0.09 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.11 0.05 0.14 0.15 0.18 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.10 0.10 0.15 0.13
N3 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.02 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.07 0.03 0.14 0.15 0.23 0.19
N4 0.02 0.02 0.04 0.07 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.10 0.04 0.17 0.22 0.29 0.26
O2 0.04 0.01 0.10 0.10 0.02 0.05 0.03 0.08 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.09 0.12 0.04 0.12 0.12 0.19 0.14
O2' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.07 0.05 0.09 0.00 0.07 0.04 0.05 0.09 0.09 0.05
O3' 0.03 0.07 0.03 0.01 0.08 0.02 0.12 0.04 0.11 0.05 0.07 0.10 0.12 0.07 0.00 0.02 0.08 0.17 0.17 0.12
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.07 0.09 0.08 0.08
O5' 0.05 0.12 0.05 0.06 0.15 0.01 0.16 0.01 0.14 0.10 0.14 0.17 0.12 0.05 0.08 0.07 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.07 0.12 0.07 0.09 0.19 0.07 0.20 0.07 0.15 0.10 0.15 0.22 0.12 0.09 0.17 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02
OP2 0.09 0.19 0.10 0.10 0.25 0.03 0.24 0.02 0.18 0.15 0.23 0.29 0.19 0.09 0.17 0.08 0.02 0.03 0.00 0.02
P 0.07 0.15 0.06 0.07 0.22 0.02 0.22 0.01 0.18 0.13 0.19 0.26 0.14 0.05 0.12 0.08 0.01 0.02 0.02 0.00