ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48312

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 5, 2, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.012, 0.023, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.011, 0.028, 0.045, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.009, 0.031, 0.052, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.031 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.015, 0.039, 0.063, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.039 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.011, 0.039, 0.067, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.039 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.024, 0.054, 0.085, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.054 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.009, 0.040, 0.070, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.040 std_dev=0.031
C2' B 0, 0.315, 0.604, 0.893, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.604 std_dev=0.289
O2' B 0, 0.397, 0.703, 1.008, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.703 std_dev=0.305
C2' A 0, -0.127, 0.400, 0.927, 2.117 max_d=2.117 avg_d=0.400 std_dev=0.527
O4' A 0, -0.095, 0.465, 1.025, 2.175 max_d=2.175 avg_d=0.465 std_dev=0.560
C4' A 0, -0.049, 0.585, 1.218, 2.484 max_d=2.484 avg_d=0.585 std_dev=0.634
C3' B 0, 0.363, 1.011, 1.660, 1.928 max_d=1.928 avg_d=1.011 std_dev=0.648
C3' A 0, 0.077, 0.826, 1.575, 1.774 max_d=1.774 avg_d=0.826 std_dev=0.749
O2' A 0, -0.056, 0.978, 2.013, 3.688 max_d=3.688 avg_d=0.978 std_dev=1.035
C5' A 0, -0.035, 1.267, 2.569, 4.797 max_d=4.797 avg_d=1.267 std_dev=1.302
O3' A 0, -0.025, 1.309, 2.642, 3.136 max_d=3.136 avg_d=1.309 std_dev=1.334
C1' B 0, 0.110, 1.504, 2.897, 3.522 max_d=3.522 avg_d=1.504 std_dev=1.394
O3' B 0, 0.386, 1.889, 3.392, 4.124 max_d=4.124 avg_d=1.889 std_dev=1.503
O5' A 0, -0.078, 1.721, 3.521, 6.207 max_d=6.207 avg_d=1.721 std_dev=1.800
O2 B 0, 0.096, 1.908, 3.721, 4.560 max_d=4.560 avg_d=1.908 std_dev=1.812
C4' B 0, 0.177, 2.034, 3.892, 4.640 max_d=4.640 avg_d=2.034 std_dev=1.857
O5' B 0, 0.249, 2.403, 4.558, 5.515 max_d=5.515 avg_d=2.403 std_dev=2.155
O4' B 0, 0.000, 2.236, 4.471, 5.398 max_d=5.398 avg_d=2.236 std_dev=2.236
N1 B 0, -0.201, 2.229, 4.659, 5.650 max_d=5.650 avg_d=2.229 std_dev=2.430
C5' B 0, 0.126, 2.565, 5.003, 6.029 max_d=6.029 avg_d=2.565 std_dev=2.439
C2 B 0, -0.199, 2.437, 5.073, 6.104 max_d=6.104 avg_d=2.437 std_dev=2.636
OP1 B 0, 0.295, 2.989, 5.684, 6.818 max_d=6.818 avg_d=2.989 std_dev=2.695
P A 0, -0.096, 2.729, 5.554, 8.072 max_d=8.072 avg_d=2.729 std_dev=2.825
P B 0, 0.097, 3.092, 6.087, 7.435 max_d=7.435 avg_d=3.092 std_dev=2.995
OP2 A 0, 0.009, 3.145, 6.281, 8.390 max_d=8.390 avg_d=3.145 std_dev=3.136
OP1 A 0, -0.053, 3.181, 6.414, 8.741 max_d=8.741 avg_d=3.181 std_dev=3.233
OP2 B 0, 0.080, 3.403, 6.727, 8.364 max_d=8.364 avg_d=3.403 std_dev=3.324
C6 B 0, -0.362, 2.984, 6.330, 7.711 max_d=7.711 avg_d=2.984 std_dev=3.346
N3 B 0, -0.456, 3.390, 7.236, 8.681 max_d=8.681 avg_d=3.390 std_dev=3.846
C5 B 0, -0.517, 3.888, 8.293, 10.020 max_d=10.020 avg_d=3.888 std_dev=4.405
C4 B 0, -0.592, 4.074, 8.739, 10.451 max_d=10.451 avg_d=4.074 std_dev=4.665
N4 B 0, -0.747, 5.069, 10.886, 12.975 max_d=12.975 avg_d=5.069 std_dev=5.816

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.31 0.01 0.28 0.30 0.21 0.23
C2 0.05 0.00 0.20 0.10 0.01 0.30 0.01 0.45 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.67 0.58 0.38 0.42 0.48 0.78 0.66
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.12 0.01 0.07 0.19 0.11 0.11 0.17 0.20 0.09 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.34 0.56 0.54 0.38
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.09 0.01 0.23 0.02 0.18 0.43 0.07 0.12 0.26 0.40 0.20 0.03 0.01 0.02 0.07 0.35 0.37 0.16
C4 0.02 0.01 0.12 0.09 0.00 0.15 0.01 0.26 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.45 0.30 0.19 0.47 0.50 0.71 0.61
C4' 0.01 0.30 0.01 0.01 0.15 0.00 0.14 0.01 0.17 0.25 0.23 0.29 0.19 0.22 0.10 0.29 0.02 0.01 0.03 0.23 0.25 0.06
C5 0.02 0.01 0.07 0.23 0.01 0.14 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.43 0.11 0.09 0.64 0.75 0.98 0.82
C5' 0.09 0.45 0.19 0.02 0.26 0.01 0.30 0.00 0.34 0.42 0.39 0.41 0.38 0.40 0.20 0.12 0.20 0.03 0.01 0.28 0.29 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.18 0.02 0.17 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.52 0.20 0.17 0.62 0.79 1.07 0.87
C8 0.03 0.02 0.11 0.43 0.01 0.25 0.01 0.42 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.37 0.25 0.20 0.81 0.80 0.83 0.80
N1 0.04 0.01 0.17 0.07 0.02 0.23 0.01 0.39 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.62 0.41 0.30 0.50 0.64 0.95 0.78
N3 0.05 0.01 0.20 0.12 0.01 0.29 0.01 0.41 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.62 0.59 0.39 0.37 0.38 0.63 0.56
N6 0.03 0.02 0.09 0.26 0.02 0.19 0.02 0.38 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.51 0.09 0.12 0.71 0.97 1.25 0.99
N7 0.02 0.01 0.06 0.40 0.01 0.22 0.01 0.40 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.39 0.20 0.12 0.83 0.94 1.09 0.94
N9 0.01 0.02 0.02 0.20 0.01 0.10 0.01 0.20 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.24 0.12 0.02 0.51 0.48 0.55 0.53
O2' 0.02 0.67 0.01 0.03 0.45 0.29 0.43 0.12 0.52 0.37 0.62 0.62 0.51 0.39 0.24 0.00 0.04 0.21 0.26 0.52 0.64 0.34
O3' 0.31 0.58 0.03 0.01 0.30 0.02 0.11 0.20 0.20 0.25 0.41 0.59 0.09 0.20 0.12 0.04 0.00 0.21 0.21 0.18 0.37 0.17
O4' 0.01 0.38 0.03 0.02 0.19 0.01 0.09 0.03 0.17 0.20 0.30 0.39 0.12 0.12 0.02 0.21 0.21 0.00 0.29 0.35 0.29 0.33
O5' 0.28 0.42 0.34 0.07 0.47 0.03 0.64 0.01 0.62 0.81 0.50 0.37 0.71 0.83 0.51 0.26 0.21 0.29 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.30 0.48 0.56 0.35 0.50 0.23 0.75 0.28 0.79 0.80 0.64 0.38 0.97 0.94 0.48 0.52 0.18 0.35 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.78 0.54 0.37 0.71 0.25 0.98 0.29 1.07 0.83 0.95 0.63 1.25 1.09 0.55 0.64 0.37 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.66 0.38 0.16 0.61 0.06 0.82 0.02 0.87 0.80 0.78 0.56 0.99 0.94 0.53 0.34 0.17 0.33 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 1.72 0.24 0.23 2.65 0.72 2.00 0.70 1.26 1.06 2.55 3.33 1.53 0.22 0.35 0.53 0.28 0.47 1.09 0.44
C2 0.47 2.07 0.37 0.28 3.18 0.61 2.65 0.46 1.87 1.51 2.93 3.72 1.63 0.28 0.52 0.29 0.53 0.49 1.56 0.81
C2' 0.24 1.65 0.32 0.27 2.53 0.82 1.87 0.82 1.14 0.98 2.45 3.22 1.48 0.35 0.40 0.66 0.23 0.44 0.97 0.27
C3' 0.31 1.33 0.17 0.35 2.25 0.99 1.62 1.00 0.89 0.69 2.13 2.97 1.15 0.24 0.39 0.87 0.45 0.65 0.87 0.44
C4 0.26 1.72 0.26 0.23 2.54 0.70 1.94 0.63 1.26 1.07 2.48 3.09 1.51 0.23 0.35 0.51 0.25 0.38 1.06 0.42
C4' 0.28 1.47 0.24 0.27 2.43 0.76 1.85 0.80 1.14 0.89 2.28 3.14 1.27 0.20 0.31 0.66 0.54 0.76 1.22 0.74
C5 0.21 1.38 0.20 0.22 1.93 0.73 1.39 0.69 0.85 0.77 1.97 2.32 1.30 0.23 0.37 0.66 0.23 0.38 0.74 0.26
C5' 0.50 1.19 0.41 0.42 2.08 0.88 1.62 0.96 1.03 0.77 1.91 2.73 0.99 0.36 0.40 0.88 0.78 0.98 1.26 0.96
C6 0.21 1.40 0.22 0.23 1.89 0.69 1.44 0.59 0.95 0.84 1.92 2.19 1.27 0.23 0.35 0.59 0.16 0.28 0.81 0.28
C8 0.25 1.22 0.17 0.22 1.73 0.76 1.16 0.79 0.63 0.59 1.80 2.18 1.22 0.25 0.45 0.76 0.36 0.53 0.58 0.33
N1 0.38 1.82 0.34 0.26 2.61 0.62 2.17 0.46 1.56 1.31 2.48 2.95 1.46 0.27 0.44 0.35 0.39 0.35 1.28 0.62
N3 0.40 2.02 0.33 0.26 3.12 0.65 2.52 0.53 1.72 1.40 2.92 3.77 1.66 0.26 0.45 0.35 0.43 0.45 1.45 0.70
N6 0.31 0.85 0.15 0.22 1.07 0.71 0.73 0.64 0.41 0.39 1.16 1.25 0.85 0.26 0.45 0.78 0.25 0.32 0.45 0.20
N7 0.30 1.02 0.15 0.23 1.39 0.77 0.88 0.80 0.44 0.43 1.51 1.75 1.08 0.26 0.50 0.83 0.41 0.54 0.45 0.36
N9 0.22 1.58 0.22 0.22 2.35 0.73 1.73 0.71 1.07 0.92 2.32 2.92 1.44 0.22 0.35 0.60 0.26 0.44 0.92 0.35
O2' 0.65 2.18 0.82 0.54 3.17 0.50 2.53 0.45 1.76 1.54 3.02 3.88 1.93 0.76 0.57 0.34 0.48 0.35 1.57 0.67
O3' 0.34 1.82 0.46 0.27 2.82 0.65 2.16 0.64 1.37 1.16 2.67 3.59 1.60 0.43 0.41 0.51 0.24 0.37 1.26 0.44
O4' 0.29 1.62 0.26 0.24 2.56 0.66 1.98 0.69 1.27 1.03 2.43 3.25 1.41 0.19 0.30 0.53 0.53 0.73 1.28 0.76
O5' 0.81 0.46 0.59 0.68 1.26 1.22 0.88 1.22 0.47 0.29 1.09 1.87 0.41 0.63 0.65 1.27 0.83 0.92 0.73 0.80
OP1 1.29 0.43 0.99 0.98 0.79 1.54 0.76 1.53 0.81 0.80 0.52 1.26 0.50 0.92 0.76 1.69 1.22 1.20 0.85 1.15
OP2 1.69 0.94 1.33 1.27 0.91 1.85 1.06 1.84 1.26 1.28 0.75 1.11 0.98 1.18 0.95 2.07 1.56 1.48 1.05 1.45
P 1.28 0.44 1.01 0.99 0.87 1.54 0.82 1.54 0.84 0.80 0.60 1.35 0.45 0.94 0.75 1.68 1.23 1.23 0.89 1.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.30 0.01 0.11 0.12 0.23 0.09
C2 0.03 0.00 0.17 0.28 0.02 0.08 0.02 0.17 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.27 0.14 0.08 0.41 0.39 0.36 0.36
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.03 0.02 0.12 0.17 0.17 0.02 0.12 0.03 0.30 0.01 0.02 0.02 0.34 0.28 0.52 0.39
C3' 0.01 0.28 0.01 0.00 0.42 0.01 0.40 0.02 0.33 0.25 0.36 0.45 0.20 0.03 0.01 0.02 0.16 0.16 0.28 0.16
C4 0.03 0.02 0.03 0.42 0.00 0.25 0.01 0.39 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.42 0.17 0.06 0.71 0.68 0.64 0.68
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.25 0.00 0.31 0.01 0.28 0.13 0.15 0.27 0.06 0.32 0.02 0.01 0.01 0.20 0.14 0.03
C5 0.04 0.02 0.12 0.40 0.01 0.31 0.00 0.45 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.42 0.23 0.14 0.74 0.65 0.52 0.66
C5' 0.04 0.17 0.17 0.02 0.39 0.01 0.45 0.00 0.37 0.19 0.28 0.45 0.09 0.13 0.18 0.02 0.01 0.26 0.10 0.02
C6 0.04 0.02 0.17 0.33 0.01 0.28 0.01 0.37 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.35 0.16 0.16 0.58 0.46 0.28 0.42
N1 0.01 0.01 0.02 0.25 0.02 0.13 0.02 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.23 0.08 0.03 0.38 0.32 0.23 0.26
N3 0.02 0.01 0.12 0.36 0.01 0.15 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.36 0.10 0.06 0.58 0.56 0.55 0.54
N4 0.03 0.03 0.03 0.45 0.01 0.27 0.02 0.45 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.46 0.23 0.07 0.80 0.80 0.80 0.81
O2 0.04 0.01 0.30 0.20 0.03 0.06 0.02 0.09 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.22 0.30 0.17 0.28 0.29 0.32 0.25
O2' 0.03 0.27 0.01 0.03 0.42 0.32 0.42 0.13 0.35 0.23 0.36 0.46 0.22 0.00 0.06 0.25 0.24 0.18 0.60 0.34
O3' 0.30 0.14 0.02 0.01 0.17 0.02 0.23 0.18 0.16 0.08 0.10 0.23 0.30 0.06 0.00 0.17 0.21 0.50 0.46 0.33
O4' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.06 0.01 0.14 0.02 0.16 0.03 0.06 0.07 0.17 0.25 0.17 0.00 0.19 0.23 0.16 0.09
O5' 0.11 0.41 0.34 0.16 0.71 0.01 0.74 0.01 0.58 0.38 0.58 0.80 0.28 0.24 0.21 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.39 0.28 0.16 0.68 0.20 0.65 0.26 0.46 0.32 0.56 0.80 0.29 0.18 0.50 0.23 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.36 0.52 0.28 0.64 0.14 0.52 0.10 0.28 0.23 0.55 0.80 0.32 0.60 0.46 0.16 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.36 0.39 0.16 0.68 0.03 0.66 0.02 0.42 0.26 0.54 0.81 0.25 0.34 0.33 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00