ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48313

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 1, 1, 0, 1, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.008, 0.023, 0.039, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.013, 0.029, 0.046, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.013, 0.031, 0.049, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.004, 0.024, 0.044, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.024 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.016, 0.038, 0.059, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.038 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.005, 0.028, 0.051, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.028 std_dev=0.023
C2 A 0, -0.005, 0.019, 0.043, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.019 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.017, 0.046, 0.075, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.046 std_dev=0.029
N6 A 0, 0.014, 0.052, 0.090, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.052 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.073, 0.181, 0.289, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.181 std_dev=0.108
O4' A 0, 0.026, 0.154, 0.282, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.154 std_dev=0.128
C3' A 0, 0.103, 0.284, 0.465, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.284 std_dev=0.181
O2' A 0, 0.111, 0.294, 0.478, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.294 std_dev=0.183
O3' A 0, 0.136, 0.358, 0.580, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.358 std_dev=0.222
C4' A 0, 0.072, 0.312, 0.551, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.312 std_dev=0.239
O2' B 0, 0.203, 0.536, 0.869, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.536 std_dev=0.333
C2' B 0, 0.190, 0.659, 1.127, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.659 std_dev=0.469
C5' A 0, 0.052, 0.603, 1.154, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.603 std_dev=0.551
C1' B 0, 0.135, 0.718, 1.302, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.718 std_dev=0.584
O4' B 0, 0.082, 0.689, 1.295, 1.751 max_d=1.751 avg_d=0.689 std_dev=0.606
O5' A 0, 0.029, 0.716, 1.403, 1.939 max_d=1.939 avg_d=0.716 std_dev=0.687
C4' B 0, -0.015, 0.881, 1.778, 2.366 max_d=2.366 avg_d=0.881 std_dev=0.897
OP1 A 0, -0.020, 0.965, 1.951, 2.800 max_d=2.800 avg_d=0.965 std_dev=0.985
C3' B 0, -0.021, 1.019, 2.059, 2.667 max_d=2.667 avg_d=1.019 std_dev=1.040
P A 0, -0.081, 0.982, 2.044, 2.960 max_d=2.960 avg_d=0.982 std_dev=1.063
N1 B 0, 0.002, 1.092, 2.182, 2.958 max_d=2.958 avg_d=1.092 std_dev=1.090
O2 B 0, 0.207, 1.316, 2.425, 3.199 max_d=3.199 avg_d=1.316 std_dev=1.109
C2 B 0, 0.054, 1.342, 2.630, 3.556 max_d=3.556 avg_d=1.342 std_dev=1.288
OP2 A 0, -0.138, 1.168, 2.473, 3.736 max_d=3.736 avg_d=1.168 std_dev=1.306
C5' B 0, -0.116, 1.279, 2.675, 3.634 max_d=3.634 avg_d=1.279 std_dev=1.395
O3' B 0, -0.145, 1.255, 2.656, 3.502 max_d=3.502 avg_d=1.255 std_dev=1.401
C6 B 0, -0.145, 1.287, 2.718, 3.759 max_d=3.759 avg_d=1.287 std_dev=1.431
O5' B 0, -0.006, 1.639, 3.284, 4.445 max_d=4.445 avg_d=1.639 std_dev=1.645
N3 B 0, -0.066, 1.684, 3.435, 4.711 max_d=4.711 avg_d=1.684 std_dev=1.751
C5 B 0, -0.266, 1.618, 3.502, 4.882 max_d=4.882 avg_d=1.618 std_dev=1.884
C4 B 0, -0.233, 1.791, 3.815, 5.297 max_d=5.297 avg_d=1.791 std_dev=2.024
P B 0, -0.101, 2.037, 4.176, 5.719 max_d=5.719 avg_d=2.037 std_dev=2.138
OP1 B 0, -0.120, 2.236, 4.591, 6.248 max_d=6.248 avg_d=2.236 std_dev=2.356
OP2 B 0, -0.153, 2.298, 4.748, 6.447 max_d=6.447 avg_d=2.298 std_dev=2.450
N4 B 0, -0.331, 2.151, 4.633, 6.455 max_d=6.455 avg_d=2.151 std_dev=2.482

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.23 0.20 0.30 0.27
C2 0.05 0.00 0.13 0.15 0.02 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.18 0.15 0.06 0.45 0.43 0.73 0.59
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.04 0.05 0.07 0.10 0.13 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.21 0.19 0.17
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.10 0.00 0.11 0.04 0.13 0.11 0.14 0.13 0.14 0.12 0.07 0.02 0.01 0.01 0.22 0.28 0.08 0.17
C4 0.02 0.02 0.06 0.10 0.00 0.04 0.00 0.18 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.09 0.02 0.46 0.44 0.69 0.60
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.09 0.16 0.05 0.06 0.13 0.16 0.07 0.04 0.02 0.00 0.03 0.10 0.16 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.10 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.11 0.10 0.03 0.58 0.60 0.90 0.78
C5' 0.06 0.13 0.04 0.04 0.18 0.01 0.28 0.00 0.28 0.35 0.20 0.10 0.34 0.38 0.20 0.04 0.01 0.03 0.01 0.17 0.22 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.09 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.11 0.03 0.60 0.64 0.98 0.82
C8 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.16 0.01 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.07 0.11 0.08 0.60 0.59 0.79 0.75
N1 0.04 0.00 0.10 0.14 0.02 0.05 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.13 0.04 0.53 0.55 0.88 0.73
N3 0.05 0.01 0.13 0.13 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.14 0.07 0.39 0.36 0.61 0.50
N6 0.02 0.01 0.04 0.14 0.01 0.13 0.02 0.34 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.12 0.13 0.06 0.66 0.75 1.11 0.93
N7 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.16 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.09 0.11 0.06 0.66 0.70 0.99 0.88
N9 0.00 0.03 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.44 0.40 0.57 0.53
O2' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.11 0.04 0.11 0.04 0.13 0.07 0.16 0.16 0.12 0.09 0.06 0.00 0.04 0.05 0.11 0.19 0.14 0.10
O3' 0.02 0.15 0.01 0.01 0.09 0.02 0.10 0.01 0.11 0.11 0.13 0.14 0.13 0.11 0.05 0.04 0.00 0.02 0.19 0.41 0.09 0.24
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.08 0.04 0.07 0.06 0.06 0.02 0.05 0.02 0.00 0.14 0.19 0.20 0.19
O5' 0.23 0.45 0.20 0.22 0.46 0.03 0.58 0.01 0.60 0.60 0.53 0.39 0.66 0.66 0.44 0.11 0.19 0.14 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.20 0.43 0.21 0.28 0.44 0.10 0.60 0.17 0.64 0.59 0.55 0.36 0.75 0.70 0.40 0.19 0.41 0.19 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.73 0.19 0.08 0.69 0.16 0.90 0.22 0.98 0.79 0.88 0.61 1.11 0.99 0.57 0.14 0.09 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.59 0.17 0.17 0.60 0.03 0.78 0.02 0.82 0.75 0.73 0.50 0.93 0.88 0.53 0.10 0.24 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.76 0.17 0.38 0.82 0.37 0.66 0.48 0.53 0.57 0.88 0.91 0.81 0.19 0.81 0.22 0.37 0.72 0.37 0.50
C2 0.50 0.87 0.25 0.17 1.01 0.15 0.92 0.14 0.80 0.76 0.99 1.07 0.80 0.21 0.45 0.40 0.28 0.22 0.30 0.24
C2' 0.36 0.82 0.12 0.43 0.87 0.41 0.67 0.53 0.53 0.58 0.95 0.98 0.89 0.17 0.91 0.17 0.40 0.78 0.38 0.53
C3' 0.21 0.66 0.19 0.63 0.67 0.60 0.46 0.77 0.32 0.40 0.78 0.77 0.76 0.24 1.13 0.07 0.65 1.08 0.67 0.81
C4 0.36 0.68 0.17 0.31 0.72 0.31 0.60 0.37 0.50 0.53 0.76 0.78 0.70 0.18 0.68 0.23 0.29 0.53 0.27 0.38
C4' 0.24 0.67 0.16 0.57 0.71 0.55 0.51 0.71 0.38 0.43 0.79 0.81 0.75 0.21 1.03 0.11 0.61 1.06 0.65 0.79
C5 0.27 0.49 0.16 0.35 0.47 0.37 0.37 0.46 0.32 0.37 0.53 0.50 0.54 0.18 0.66 0.16 0.40 0.63 0.43 0.51
C5' 0.14 0.42 0.39 0.85 0.40 0.81 0.21 1.01 0.12 0.18 0.51 0.50 0.53 0.38 1.30 0.27 0.93 1.44 1.02 1.14
C6 0.31 0.46 0.19 0.24 0.45 0.26 0.39 0.28 0.36 0.39 0.48 0.46 0.48 0.20 0.49 0.21 0.27 0.40 0.27 0.33
C8 0.22 0.47 0.16 0.49 0.42 0.50 0.29 0.68 0.24 0.31 0.51 0.46 0.56 0.18 0.84 0.14 0.62 0.97 0.69 0.79
N1 0.46 0.69 0.26 0.18 0.76 0.15 0.72 0.14 0.65 0.63 0.75 0.79 0.63 0.19 0.38 0.38 0.25 0.21 0.23 0.20
N3 0.45 0.85 0.21 0.21 0.98 0.21 0.86 0.20 0.72 0.70 0.98 1.06 0.82 0.20 0.59 0.33 0.21 0.31 0.19 0.21
N6 0.20 0.21 0.20 0.26 0.16 0.29 0.15 0.35 0.16 0.18 0.20 0.16 0.26 0.27 0.40 0.14 0.38 0.45 0.42 0.45
N7 0.19 0.36 0.16 0.48 0.29 0.50 0.20 0.70 0.18 0.23 0.38 0.30 0.46 0.19 0.77 0.15 0.65 0.96 0.73 0.81
N9 0.31 0.64 0.16 0.40 0.66 0.40 0.52 0.51 0.42 0.47 0.72 0.72 0.70 0.19 0.79 0.18 0.42 0.74 0.44 0.55
O2' 0.55 1.09 0.25 0.27 1.20 0.27 0.98 0.36 0.80 0.83 1.26 1.34 1.12 0.18 0.76 0.36 0.22 0.58 0.18 0.33
O3' 0.25 0.75 0.17 0.64 0.79 0.59 0.54 0.77 0.38 0.47 0.89 0.91 0.85 0.24 1.16 0.06 0.64 1.11 0.65 0.80
O4' 0.31 0.68 0.16 0.43 0.73 0.42 0.57 0.56 0.45 0.49 0.79 0.81 0.73 0.18 0.84 0.19 0.47 0.86 0.51 0.63
O5' 0.56 0.25 0.83 1.31 0.31 1.27 0.48 1.50 0.56 0.44 0.24 0.28 0.21 0.71 1.72 0.74 1.45 1.95 1.57 1.67
OP1 0.68 0.33 0.94 1.51 0.47 1.48 0.72 1.84 0.79 0.59 0.30 0.43 0.21 0.72 1.90 0.93 1.83 2.49 2.06 2.15
OP2 1.13 0.85 1.38 1.91 0.98 1.84 1.19 2.17 1.25 1.07 0.82 0.95 0.70 1.13 2.25 1.32 2.18 2.73 2.39 2.45
P 0.85 0.52 1.11 1.65 0.63 1.61 0.87 1.91 0.94 0.76 0.47 0.59 0.37 0.91 2.01 1.08 1.90 2.48 2.10 2.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.10 0.07 0.19 0.13
C2 0.02 0.00 0.05 0.09 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.08 0.03 0.08 0.09 0.18 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.05 0.07 0.09 0.01 0.02 0.01 0.06 0.08 0.10 0.06
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.18 0.00 0.21 0.03 0.19 0.11 0.13 0.20 0.07 0.02 0.01 0.01 0.10 0.14 0.12 0.11
C4 0.02 0.01 0.07 0.18 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.21 0.02 0.16 0.16 0.21 0.15
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.06 0.11 0.04 0.08 0.02 0.00 0.02 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.21 0.01 0.13 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.25 0.03 0.19 0.18 0.24 0.16
C5' 0.02 0.05 0.02 0.03 0.14 0.01 0.17 0.00 0.14 0.07 0.09 0.16 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.19 0.01 0.12 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.20 0.03 0.15 0.14 0.22 0.14
N1 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.10 0.02 0.09 0.08 0.19 0.11
N3 0.02 0.01 0.05 0.13 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.14 0.03 0.11 0.12 0.19 0.12
N4 0.02 0.01 0.07 0.20 0.00 0.11 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.24 0.03 0.18 0.19 0.23 0.17
O2 0.04 0.00 0.09 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.22 0.10 0.05 0.08 0.08 0.18 0.12
O2' 0.02 0.14 0.01 0.02 0.09 0.08 0.06 0.06 0.05 0.05 0.14 0.10 0.22 0.00 0.06 0.08 0.04 0.14 0.07 0.05
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.21 0.02 0.25 0.04 0.20 0.10 0.14 0.24 0.10 0.06 0.00 0.02 0.18 0.30 0.29 0.25
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.08 0.02 0.00 0.17 0.13 0.24 0.19
O5' 0.10 0.08 0.06 0.10 0.16 0.02 0.19 0.01 0.15 0.09 0.11 0.18 0.08 0.04 0.18 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.09 0.08 0.14 0.16 0.05 0.18 0.05 0.14 0.08 0.12 0.19 0.08 0.14 0.30 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.18 0.10 0.12 0.21 0.04 0.24 0.03 0.22 0.19 0.19 0.23 0.18 0.07 0.29 0.24 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.11 0.06 0.11 0.15 0.02 0.16 0.01 0.14 0.11 0.12 0.17 0.12 0.05 0.25 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00