ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48314

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 2, 0, 2, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.012, 0.026, 0.041, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.011, 0.026, 0.042, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.010, 0.031, 0.053, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.031 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.008, 0.031, 0.054, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.031 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.010, 0.034, 0.057, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.034 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.024, 0.052, 0.080, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.052 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.024, 0.053, 0.082, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.023, 0.058, 0.093, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.058 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.035, 0.157, 0.278, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.157 std_dev=0.122
C2' A 0, 0.103, 0.230, 0.356, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.230 std_dev=0.127
C4' A 0, 0.021, 0.202, 0.383, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.202 std_dev=0.181
C3' A 0, 0.116, 0.306, 0.496, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.306 std_dev=0.190
C5' A 0, 0.114, 0.345, 0.575, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.345 std_dev=0.231
O2' A 0, 0.148, 0.391, 0.633, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.391 std_dev=0.242
C4' B 0, 0.313, 0.567, 0.820, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.567 std_dev=0.253
C2' B 0, 0.182, 0.474, 0.765, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.474 std_dev=0.292
C3' B 0, 0.190, 0.486, 0.783, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.486 std_dev=0.297
O4' B 0, 0.249, 0.552, 0.856, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.552 std_dev=0.303
O2' B 0, 0.219, 0.530, 0.840, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.530 std_dev=0.311
O3' A 0, 0.257, 0.581, 0.904, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.581 std_dev=0.323
C1' B 0, 0.177, 0.502, 0.827, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.502 std_dev=0.325
C5' B 0, 0.463, 0.826, 1.188, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.826 std_dev=0.362
C6 B 0, 0.195, 0.564, 0.933, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.564 std_dev=0.369
O5' B 0, 0.459, 0.851, 1.243, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.851 std_dev=0.392
N1 B 0, 0.177, 0.571, 0.966, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.571 std_dev=0.395
O3' B 0, 0.249, 0.679, 1.109, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.679 std_dev=0.430
OP2 B 0, 0.538, 0.985, 1.433, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.985 std_dev=0.448
C5 B 0, 0.191, 0.646, 1.101, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.646 std_dev=0.455
P B 0, 0.551, 1.035, 1.519, 1.572 max_d=1.572 avg_d=1.035 std_dev=0.484
C2 B 0, 0.412, 0.932, 1.452, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.932 std_dev=0.520
C4 B 0, 0.203, 0.778, 1.353, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.778 std_dev=0.575
OP1 B 0, 0.588, 1.181, 1.775, 1.909 max_d=1.909 avg_d=1.181 std_dev=0.593
N3 B 0, 0.411, 1.017, 1.624, 1.977 max_d=1.977 avg_d=1.017 std_dev=0.607
O2 B 0, 0.620, 1.227, 1.834, 1.894 max_d=1.894 avg_d=1.227 std_dev=0.607
N4 B 0, 0.226, 0.898, 1.571, 2.250 max_d=2.250 avg_d=0.898 std_dev=0.673
O5' A 0, 1.220, 2.218, 3.217, 3.071 max_d=3.071 avg_d=2.218 std_dev=0.999
P A 0, 1.507, 2.729, 3.951, 3.706 max_d=3.706 avg_d=2.729 std_dev=1.222
OP1 A 0, 1.500, 2.733, 3.966, 3.877 max_d=3.877 avg_d=2.733 std_dev=1.233
OP2 A 0, 1.596, 2.927, 4.259, 3.862 max_d=3.862 avg_d=2.927 std_dev=1.332

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.14 0.28 0.24 0.07
C2 0.04 0.00 0.10 0.12 0.01 0.03 0.02 0.09 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.15 0.12 0.06 0.31 0.54 0.27 0.23
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.07 0.01 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.07 0.04 0.01 0.03 0.02 0.27 0.26 0.23 0.24
C3' 0.03 0.12 0.01 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.10 0.07 0.12 0.11 0.10 0.07 0.06 0.02 0.01 0.01 0.28 0.20 0.24 0.25
C4 0.02 0.01 0.07 0.09 0.00 0.02 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.11 0.07 0.03 0.32 0.53 0.29 0.22
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.03 0.03 0.06 0.03 0.15 0.04 0.01 0.02 0.10 0.08 0.03
C5 0.01 0.02 0.07 0.08 0.01 0.03 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.08 0.02 0.39 0.66 0.33 0.29
C5' 0.06 0.09 0.06 0.03 0.10 0.01 0.12 0.00 0.11 0.16 0.10 0.09 0.11 0.15 0.11 0.11 0.08 0.04 0.01 0.12 0.09 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.10 0.02 0.03 0.01 0.11 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.13 0.10 0.02 0.41 0.70 0.33 0.32
C8 0.01 0.03 0.08 0.07 0.01 0.06 0.02 0.16 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.09 0.04 0.39 0.61 0.38 0.25
N1 0.03 0.01 0.08 0.12 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.14 0.12 0.04 0.37 0.64 0.29 0.29
N3 0.04 0.01 0.10 0.11 0.00 0.03 0.01 0.09 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.14 0.09 0.06 0.28 0.47 0.26 0.19
N6 0.02 0.02 0.08 0.10 0.02 0.03 0.01 0.11 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.13 0.12 0.02 0.44 0.77 0.35 0.36
N7 0.02 0.03 0.07 0.07 0.02 0.06 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.09 0.08 0.03 0.43 0.72 0.38 0.32
N9 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.29 0.47 0.30 0.17
O2' 0.05 0.15 0.01 0.02 0.11 0.15 0.11 0.11 0.13 0.07 0.14 0.14 0.13 0.09 0.05 0.00 0.07 0.16 0.12 0.14 0.22 0.15
O3' 0.04 0.12 0.03 0.01 0.07 0.04 0.08 0.08 0.10 0.09 0.12 0.09 0.12 0.08 0.05 0.07 0.00 0.04 0.21 0.11 0.36 0.24
O4' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.16 0.04 0.00 0.09 0.23 0.31 0.15
O5' 0.14 0.31 0.27 0.28 0.32 0.02 0.39 0.01 0.41 0.39 0.37 0.28 0.44 0.43 0.29 0.12 0.21 0.09 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.28 0.54 0.26 0.20 0.53 0.10 0.66 0.12 0.70 0.61 0.64 0.47 0.77 0.72 0.47 0.14 0.11 0.23 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.24 0.27 0.23 0.24 0.29 0.08 0.33 0.09 0.33 0.38 0.29 0.26 0.35 0.38 0.30 0.22 0.36 0.31 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.07 0.23 0.24 0.25 0.22 0.03 0.29 0.02 0.32 0.25 0.29 0.19 0.36 0.32 0.17 0.15 0.24 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.12 0.12 0.13 0.08 0.17 0.13 0.25 0.13 0.09 0.11 0.09 0.20 0.18 0.17 0.16 0.26 0.36 0.25 0.29
C2 0.11 0.15 0.13 0.11 0.08 0.17 0.14 0.25 0.14 0.08 0.13 0.09 0.27 0.18 0.13 0.17 0.28 0.31 0.25 0.27
C2' 0.13 0.14 0.14 0.12 0.10 0.14 0.14 0.21 0.15 0.12 0.12 0.10 0.22 0.17 0.16 0.15 0.22 0.31 0.23 0.26
C3' 0.10 0.12 0.13 0.09 0.09 0.14 0.11 0.21 0.11 0.09 0.11 0.08 0.19 0.19 0.11 0.14 0.23 0.33 0.22 0.26
C4 0.10 0.12 0.12 0.12 0.08 0.17 0.13 0.25 0.13 0.09 0.11 0.09 0.21 0.19 0.15 0.16 0.26 0.33 0.24 0.27
C4' 0.09 0.10 0.11 0.11 0.07 0.15 0.11 0.23 0.12 0.07 0.09 0.07 0.17 0.17 0.15 0.14 0.24 0.35 0.25 0.28
C5 0.12 0.13 0.14 0.12 0.10 0.16 0.13 0.23 0.13 0.11 0.12 0.11 0.20 0.21 0.16 0.15 0.24 0.32 0.23 0.26
C5' 0.12 0.10 0.12 0.17 0.13 0.22 0.17 0.29 0.17 0.12 0.11 0.14 0.13 0.14 0.22 0.21 0.28 0.37 0.32 0.33
C6 0.12 0.14 0.14 0.11 0.10 0.16 0.13 0.24 0.13 0.10 0.13 0.11 0.22 0.21 0.14 0.15 0.24 0.30 0.23 0.25
C8 0.14 0.14 0.16 0.14 0.12 0.16 0.15 0.22 0.15 0.13 0.13 0.12 0.19 0.22 0.19 0.14 0.23 0.35 0.25 0.27
N1 0.11 0.15 0.14 0.11 0.08 0.16 0.13 0.25 0.13 0.09 0.13 0.09 0.27 0.20 0.13 0.16 0.27 0.30 0.24 0.26
N3 0.11 0.13 0.12 0.12 0.08 0.18 0.14 0.26 0.14 0.08 0.12 0.09 0.24 0.18 0.14 0.17 0.28 0.33 0.25 0.28
N6 0.15 0.16 0.16 0.12 0.12 0.16 0.13 0.23 0.13 0.13 0.14 0.12 0.23 0.25 0.14 0.15 0.23 0.28 0.22 0.24
N7 0.15 0.15 0.17 0.15 0.13 0.16 0.15 0.22 0.15 0.14 0.14 0.13 0.20 0.24 0.19 0.14 0.22 0.33 0.24 0.26
N9 0.11 0.12 0.13 0.13 0.09 0.16 0.13 0.24 0.14 0.10 0.11 0.09 0.19 0.19 0.17 0.15 0.25 0.35 0.25 0.28
O2' 0.25 0.28 0.25 0.22 0.25 0.22 0.26 0.27 0.26 0.25 0.27 0.25 0.34 0.24 0.25 0.24 0.25 0.33 0.29 0.30
O3' 0.12 0.14 0.16 0.11 0.09 0.12 0.11 0.19 0.12 0.11 0.12 0.09 0.21 0.22 0.12 0.14 0.22 0.32 0.20 0.24
O4' 0.12 0.12 0.15 0.15 0.09 0.17 0.13 0.25 0.13 0.10 0.11 0.09 0.19 0.21 0.19 0.15 0.26 0.37 0.26 0.29
O5' 0.53 0.47 0.57 0.61 0.47 0.61 0.50 0.62 0.51 0.50 0.45 0.45 0.45 0.58 0.67 0.55 0.61 0.65 0.58 0.59
OP1 0.83 0.75 0.90 0.98 0.77 0.98 0.81 1.02 0.83 0.80 0.74 0.75 0.72 0.88 1.05 0.88 1.01 1.08 0.99 1.01
OP2 0.23 0.22 0.18 0.21 0.27 0.27 0.30 0.35 0.29 0.25 0.23 0.27 0.19 0.17 0.17 0.29 0.35 0.46 0.40 0.42
P 0.47 0.43 0.56 0.58 0.40 0.54 0.41 0.53 0.43 0.44 0.41 0.39 0.45 0.58 0.66 0.47 0.52 0.58 0.49 0.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.09 0.15 0.08 0.08
C2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02 0.12 0.15 0.14 0.12
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.06 0.07 0.08 0.00 0.02 0.01 0.04 0.15 0.10 0.07
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.11 0.01 0.11 0.01 0.10 0.06 0.09 0.12 0.08 0.02 0.03 0.02 0.04 0.15 0.08 0.05
C4 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.13 0.06 0.17 0.18 0.19 0.17
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.06 0.07 0.11 0.04 0.07 0.04 0.01 0.01 0.14 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.11 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.14 0.08 0.18 0.17 0.18 0.17
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.14 0.01 0.15 0.00 0.12 0.07 0.10 0.16 0.06 0.07 0.06 0.02 0.01 0.13 0.05 0.03
C6 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.12 0.08 0.15 0.15 0.12 0.13
N1 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.08 0.04 0.12 0.15 0.11 0.11
N3 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.04 0.14 0.16 0.17 0.15
N4 0.03 0.01 0.07 0.12 0.01 0.11 0.02 0.16 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.15 0.07 0.18 0.20 0.23 0.20
O2 0.03 0.01 0.08 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.11 0.02 0.10 0.16 0.13 0.11
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.06 0.07 0.04 0.07 0.03 0.03 0.08 0.07 0.12 0.00 0.02 0.06 0.04 0.17 0.08 0.07
O3' 0.04 0.09 0.02 0.03 0.13 0.04 0.14 0.06 0.12 0.08 0.10 0.15 0.11 0.02 0.00 0.05 0.11 0.13 0.07 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.04 0.07 0.02 0.06 0.05 0.00 0.11 0.15 0.07 0.08
O5' 0.09 0.12 0.04 0.04 0.17 0.01 0.18 0.01 0.15 0.12 0.14 0.18 0.10 0.04 0.11 0.11 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.15 0.15 0.15 0.15 0.18 0.14 0.17 0.13 0.15 0.15 0.16 0.20 0.16 0.17 0.13 0.15 0.03 0.00 0.02 0.00
OP2 0.08 0.14 0.10 0.08 0.19 0.04 0.18 0.05 0.12 0.11 0.17 0.23 0.13 0.08 0.07 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.12 0.07 0.05 0.17 0.02 0.17 0.03 0.13 0.11 0.15 0.20 0.11 0.07 0.04 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00