ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48315

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 1, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.019, 0.043, 0.066, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.043 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.011, 0.037, 0.062, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.037 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.014, 0.040, 0.066, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.040 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.013, 0.040, 0.067, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.040 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.017, 0.046, 0.076, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.046 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.006, 0.036, 0.066, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.036 std_dev=0.030
C2 A 0, 0.007, 0.040, 0.072, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.040 std_dev=0.032
C1' A 0, 0.011, 0.046, 0.081, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.046 std_dev=0.035
O4' A 0, -0.077, 0.282, 0.640, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.282 std_dev=0.358
C2' B 0, 0.269, 0.628, 0.988, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.628 std_dev=0.359
O2' B 0, 0.245, 0.616, 0.987, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.616 std_dev=0.371
C2' A 0, -0.048, 0.332, 0.712, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.332 std_dev=0.380
O2' A 0, 0.007, 0.455, 0.904, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.455 std_dev=0.448
C4' A 0, -0.056, 0.540, 1.137, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.540 std_dev=0.596
C3' A 0, -0.074, 0.604, 1.283, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.604 std_dev=0.678
O3' A 0, -0.102, 0.904, 1.910, 2.771 max_d=2.771 avg_d=0.904 std_dev=1.006
C5' A 0, -0.121, 0.891, 1.904, 2.880 max_d=2.880 avg_d=0.891 std_dev=1.013
O5' A 0, -0.077, 1.182, 2.441, 3.398 max_d=3.398 avg_d=1.182 std_dev=1.259
C3' B 0, -0.057, 1.328, 2.713, 3.754 max_d=3.754 avg_d=1.328 std_dev=1.385
C1' B 0, 0.076, 1.579, 3.082, 3.961 max_d=3.961 avg_d=1.579 std_dev=1.503
P A 0, -0.282, 1.470, 3.223, 4.645 max_d=4.645 avg_d=1.470 std_dev=1.752
O3' B 0, -0.102, 1.693, 3.489, 4.338 max_d=4.338 avg_d=1.693 std_dev=1.795
N1 B 0, 0.035, 1.842, 3.650, 5.657 max_d=5.657 avg_d=1.842 std_dev=1.807
OP1 A 0, -0.047, 1.917, 3.880, 5.291 max_d=5.291 avg_d=1.917 std_dev=1.963
C6 B 0, -0.029, 2.195, 4.420, 6.406 max_d=6.406 avg_d=2.195 std_dev=2.224
C2 B 0, -0.230, 2.037, 4.304, 7.209 max_d=7.209 avg_d=2.037 std_dev=2.267
C4' B 0, -0.301, 1.977, 4.254, 5.355 max_d=5.355 avg_d=1.977 std_dev=2.277
O4' B 0, -0.205, 2.171, 4.546, 5.717 max_d=5.717 avg_d=2.171 std_dev=2.375
O2 B 0, -0.346, 2.194, 4.734, 7.068 max_d=7.068 avg_d=2.194 std_dev=2.540
C5 B 0, -0.140, 2.405, 4.950, 8.060 max_d=8.060 avg_d=2.405 std_dev=2.545
OP2 A 0, -0.765, 1.916, 4.597, 7.434 max_d=7.434 avg_d=1.916 std_dev=2.681
C4 B 0, -0.286, 2.426, 5.138, 9.498 max_d=9.498 avg_d=2.426 std_dev=2.712
N3 B 0, -0.409, 2.374, 5.158, 9.256 max_d=9.256 avg_d=2.374 std_dev=2.784
N4 B 0, -0.484, 2.759, 6.002, 11.540 max_d=11.540 avg_d=2.759 std_dev=3.243
C5' B 0, -0.628, 2.891, 6.410, 8.122 max_d=8.122 avg_d=2.891 std_dev=3.519
O5' B 0, -0.638, 3.052, 6.742, 8.906 max_d=8.906 avg_d=3.052 std_dev=3.690
OP2 B 0, -0.939, 3.998, 8.934, 11.798 max_d=11.798 avg_d=3.998 std_dev=4.936
P B 0, -0.940, 4.033, 9.006, 11.626 max_d=11.626 avg_d=4.033 std_dev=4.973
OP1 B 0, -1.125, 4.617, 10.358, 13.120 max_d=13.120 avg_d=4.617 std_dev=5.742

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.08 0.08 0.04 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.18 0.67 0.73 0.43
C2 0.09 0.00 0.37 0.37 0.02 0.12 0.02 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.42 0.46 0.09 0.38 1.00 0.73 0.64
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.19 0.02 0.11 0.01 0.18 0.15 0.30 0.36 0.14 0.09 0.04 0.01 0.03 0.01 0.29 0.50 0.63 0.41
C3' 0.01 0.37 0.01 0.00 0.25 0.01 0.26 0.01 0.30 0.26 0.35 0.34 0.30 0.27 0.17 0.02 0.01 0.01 0.32 0.28 0.45 0.29
C4 0.04 0.02 0.19 0.25 0.00 0.08 0.01 0.16 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.22 0.24 0.05 0.39 1.03 0.82 0.67
C4' 0.03 0.12 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.12 0.15 0.12 0.11 0.13 0.15 0.08 0.11 0.03 0.01 0.03 0.21 0.34 0.12
C5 0.03 0.02 0.11 0.26 0.01 0.11 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.18 0.21 0.03 0.49 1.23 0.95 0.83
C5' 0.02 0.15 0.01 0.01 0.16 0.01 0.24 0.00 0.24 0.27 0.20 0.12 0.28 0.29 0.16 0.09 0.05 0.03 0.01 0.21 0.33 0.02
C6 0.05 0.02 0.18 0.30 0.02 0.12 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.26 0.29 0.04 0.51 1.26 0.91 0.85
C8 0.02 0.02 0.15 0.26 0.01 0.15 0.01 0.27 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.12 0.21 0.07 0.51 1.22 1.10 0.86
N1 0.08 0.00 0.30 0.35 0.03 0.12 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.36 0.41 0.07 0.45 1.15 0.80 0.75
N3 0.08 0.01 0.36 0.34 0.01 0.11 0.02 0.12 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.39 0.42 0.09 0.32 0.90 0.72 0.57
N6 0.04 0.02 0.14 0.30 0.02 0.13 0.02 0.28 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.23 0.28 0.03 0.56 1.37 1.00 0.94
N7 0.01 0.02 0.09 0.27 0.02 0.15 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.12 0.21 0.04 0.56 1.34 1.12 0.95
N9 0.01 0.03 0.04 0.17 0.01 0.08 0.02 0.16 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.09 0.08 0.01 0.36 0.97 0.87 0.64
O2' 0.01 0.42 0.01 0.02 0.22 0.11 0.18 0.09 0.26 0.12 0.36 0.39 0.23 0.12 0.09 0.00 0.08 0.10 0.07 0.27 0.45 0.19
O3' 0.09 0.46 0.03 0.01 0.24 0.03 0.21 0.05 0.29 0.21 0.41 0.42 0.28 0.21 0.08 0.08 0.00 0.05 0.20 0.20 0.25 0.16
O4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.04 0.07 0.07 0.09 0.03 0.04 0.01 0.10 0.05 0.00 0.08 0.54 0.68 0.34
O5' 0.18 0.38 0.29 0.32 0.39 0.03 0.49 0.01 0.51 0.51 0.45 0.32 0.56 0.56 0.36 0.07 0.20 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.67 1.00 0.50 0.28 1.03 0.21 1.23 0.21 1.26 1.22 1.15 0.90 1.37 1.34 0.97 0.27 0.20 0.54 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.73 0.73 0.63 0.45 0.82 0.34 0.95 0.33 0.91 1.10 0.80 0.72 1.00 1.12 0.87 0.45 0.25 0.68 0.04 0.01 0.00 0.01
P 0.43 0.64 0.41 0.29 0.67 0.12 0.83 0.02 0.85 0.86 0.75 0.57 0.94 0.95 0.64 0.19 0.16 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 1.05 0.19 0.59 1.07 0.76 0.67 1.05 0.44 0.58 1.27 1.26 1.25 0.23 0.92 0.34 0.89 1.39 0.82 1.01
C2 0.27 1.17 0.22 0.88 1.06 1.13 0.66 1.57 0.48 0.59 1.35 1.22 1.51 0.28 1.28 0.56 1.48 2.18 1.53 1.71
C2' 0.43 0.95 0.31 0.72 0.97 1.02 0.64 1.36 0.52 0.56 1.16 1.14 1.16 0.31 0.95 0.70 1.16 1.69 1.12 1.32
C3' 0.50 0.84 0.46 0.81 0.86 1.09 0.55 1.38 0.47 0.52 1.03 1.04 1.01 0.52 1.03 0.79 1.16 1.63 1.05 1.27
C4 0.25 1.03 0.18 0.62 1.00 0.79 0.63 1.07 0.42 0.56 1.21 1.15 1.26 0.22 0.96 0.35 0.93 1.40 0.87 1.03
C4' 0.25 0.93 0.26 0.62 0.99 0.81 0.58 1.11 0.34 0.48 1.18 1.21 1.10 0.37 0.91 0.42 0.91 1.42 0.80 1.03
C5 0.25 0.91 0.16 0.52 0.86 0.64 0.55 0.86 0.38 0.51 1.05 0.98 1.11 0.23 0.83 0.25 0.70 1.05 0.59 0.75
C5' 0.27 0.78 0.40 0.72 0.82 0.86 0.42 1.18 0.20 0.36 1.00 1.03 0.96 0.54 1.00 0.47 0.98 1.53 0.91 1.13
C6 0.23 0.90 0.17 0.60 0.81 0.73 0.52 0.93 0.36 0.49 1.01 0.90 1.14 0.22 0.93 0.31 0.82 1.17 0.75 0.88
C8 0.27 0.88 0.13 0.46 0.88 0.57 0.57 0.84 0.39 0.51 1.04 1.02 1.04 0.25 0.76 0.23 0.65 1.04 0.56 0.73
N1 0.25 1.06 0.22 0.84 0.93 1.05 0.59 1.40 0.43 0.55 1.19 1.05 1.39 0.28 1.24 0.50 1.31 1.86 1.31 1.46
N3 0.26 1.15 0.20 0.77 1.10 0.99 0.68 1.39 0.47 0.60 1.36 1.27 1.45 0.24 1.14 0.48 1.28 1.93 1.30 1.48
N6 0.23 0.72 0.15 0.47 0.63 0.53 0.41 0.66 0.30 0.42 0.77 0.68 0.91 0.22 0.74 0.20 0.55 0.76 0.44 0.55
N7 0.27 0.82 0.13 0.45 0.79 0.54 0.52 0.80 0.36 0.49 0.94 0.90 0.98 0.26 0.73 0.22 0.61 0.96 0.52 0.69
N9 0.26 0.99 0.17 0.54 0.99 0.69 0.62 0.95 0.41 0.55 1.18 1.15 1.18 0.23 0.86 0.28 0.78 1.21 0.68 0.86
O2' 0.50 1.24 0.34 0.64 1.26 0.95 0.89 1.35 0.70 0.77 1.48 1.46 1.46 0.27 0.86 0.66 1.20 1.83 1.24 1.43
O3' 0.63 1.00 0.47 0.79 1.05 1.16 0.74 1.47 0.64 0.68 1.22 1.25 1.16 0.51 0.97 0.93 1.25 1.75 1.14 1.39
O4' 0.23 1.01 0.12 0.51 1.07 0.66 0.67 0.96 0.43 0.56 1.24 1.27 1.18 0.22 0.84 0.25 0.78 1.26 0.69 0.90
O5' 0.50 1.05 0.66 0.69 1.09 0.65 0.79 0.95 0.61 0.70 1.24 1.27 1.20 0.73 0.91 0.34 0.82 1.35 0.87 1.01
OP1 1.34 1.68 1.40 1.33 1.72 1.24 1.56 1.44 1.46 1.48 1.80 1.84 1.76 1.41 1.40 1.20 1.52 1.98 1.76 1.77
OP2 1.09 1.71 1.04 0.66 1.69 0.37 1.35 0.35 1.16 1.32 1.87 1.85 1.90 1.11 0.73 0.75 0.49 0.93 0.80 0.78
P 0.94 1.46 1.02 0.86 1.49 0.64 1.22 0.83 1.06 1.14 1.62 1.65 1.59 1.06 1.00 0.66 0.86 1.35 1.07 1.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.25 0.27 0.15 0.20
C2 0.03 0.00 0.14 0.15 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.18 0.03 0.42 0.40 0.39 0.39
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.09 0.02 0.12 0.06 0.23 0.01 0.04 0.01 0.21 0.29 0.24 0.21
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.09 0.04 0.14 0.08 0.21 0.02 0.01 0.02 0.19 0.32 0.22 0.21
C4 0.03 0.01 0.06 0.07 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.10 0.04 0.56 0.56 0.59 0.58
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.05 0.04 0.07 0.06 0.02 0.00 0.02 0.16 0.13 0.02
C5 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.07 0.06 0.59 0.59 0.61 0.63
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.10 0.01 0.14 0.00 0.12 0.06 0.06 0.12 0.03 0.06 0.06 0.01 0.01 0.24 0.25 0.01
C6 0.02 0.02 0.09 0.09 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.10 0.06 0.55 0.52 0.48 0.54
N1 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.42 0.41 0.35 0.39
N3 0.03 0.01 0.12 0.14 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.10 0.18 0.04 0.49 0.48 0.49 0.49
N4 0.03 0.02 0.06 0.08 0.00 0.04 0.02 0.12 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.06 0.12 0.05 0.59 0.61 0.66 0.64
O2 0.04 0.01 0.23 0.21 0.02 0.07 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.19 0.26 0.06 0.34 0.33 0.31 0.31
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.03 0.10 0.06 0.19 0.00 0.07 0.04 0.06 0.16 0.13 0.06
O3' 0.03 0.18 0.04 0.01 0.10 0.02 0.07 0.06 0.10 0.04 0.18 0.12 0.26 0.07 0.00 0.02 0.14 0.30 0.21 0.17
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.05 0.06 0.04 0.02 0.00 0.22 0.25 0.12 0.17
O5' 0.25 0.42 0.21 0.19 0.56 0.02 0.59 0.01 0.55 0.42 0.49 0.59 0.34 0.06 0.14 0.22 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.40 0.29 0.32 0.56 0.16 0.59 0.24 0.52 0.41 0.48 0.61 0.33 0.16 0.30 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.39 0.24 0.22 0.59 0.13 0.61 0.25 0.48 0.35 0.49 0.66 0.31 0.13 0.21 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.39 0.21 0.21 0.58 0.02 0.63 0.01 0.54 0.39 0.49 0.64 0.31 0.06 0.17 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00