ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48317

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.009, 0.022, 0.036, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.004, 0.020, 0.037, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N6 A 0, -0.001, 0.022, 0.045, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.022 std_dev=0.023
O3' A 0, 0.050, 0.196, 0.341, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.196 std_dev=0.146
C4' B 0, 0.349, 0.587, 0.824, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.587 std_dev=0.238
C1' B 0, 0.299, 0.546, 0.792, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.546 std_dev=0.247
O4' B 0, 0.242, 0.493, 0.743, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.493 std_dev=0.250
N1 B 0, 0.261, 0.519, 0.777, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.519 std_dev=0.258
C2 B 0, 0.325, 0.588, 0.850, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.588 std_dev=0.263
C5' B 0, 0.368, 0.632, 0.895, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.632 std_dev=0.263
C6 B 0, 0.204, 0.481, 0.757, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.481 std_dev=0.277
O2 B 0, 0.378, 0.657, 0.936, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.657 std_dev=0.279
C5 B 0, 0.225, 0.506, 0.786, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.506 std_dev=0.280
N3 B 0, 0.319, 0.603, 0.887, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.603 std_dev=0.284
O5' B 0, 0.316, 0.600, 0.884, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.600 std_dev=0.284
C3' B 0, 0.360, 0.645, 0.929, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.645 std_dev=0.285
C4 B 0, 0.273, 0.559, 0.846, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.559 std_dev=0.287
O4' A 0, 0.051, 0.339, 0.627, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.339 std_dev=0.288
C2' B 0, 0.378, 0.673, 0.969, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.673 std_dev=0.296
C2' A 0, 0.030, 0.328, 0.625, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.328 std_dev=0.298
OP2 B 0, 0.294, 0.598, 0.902, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.598 std_dev=0.304
C3' A 0, 0.024, 0.336, 0.648, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.336 std_dev=0.312
P B 0, 0.328, 0.645, 0.961, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.645 std_dev=0.317
N4 B 0, 0.278, 0.609, 0.940, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.609 std_dev=0.331
OP1 B 0, 0.409, 0.751, 1.092, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.751 std_dev=0.341
C4' A 0, 0.049, 0.438, 0.828, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.438 std_dev=0.389
O3' B 0, 0.430, 0.829, 1.229, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.829 std_dev=0.400
O2' B 0, 0.417, 0.824, 1.232, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.824 std_dev=0.408
O5' A 0, 0.329, 0.761, 1.193, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.761 std_dev=0.432
O2' A 0, 0.083, 0.550, 1.016, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.550 std_dev=0.466
P A 0, 0.312, 0.945, 1.578, 2.000 max_d=2.000 avg_d=0.945 std_dev=0.633
C5' A 0, 0.107, 0.817, 1.527, 2.386 max_d=2.386 avg_d=0.817 std_dev=0.710
OP2 A 0, 0.150, 1.169, 2.187, 3.323 max_d=3.323 avg_d=1.169 std_dev=1.019
OP1 A 0, 0.522, 1.802, 3.082, 3.445 max_d=3.445 avg_d=1.802 std_dev=1.280

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.09 0.14 0.27 0.09
C2 0.04 0.00 0.20 0.13 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.31 0.10 0.10 0.08 0.18 0.44 0.19
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.11 0.00 0.07 0.02 0.11 0.07 0.17 0.19 0.08 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.28 0.34 0.14 0.13
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.04 0.11 0.12 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.25 0.22 0.14
C4 0.02 0.01 0.11 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.06 0.06 0.08 0.17 0.44 0.18
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.14 0.12 0.02
C5 0.02 0.01 0.07 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.05 0.03 0.07 0.18 0.53 0.20
C5' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.07 0.07 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.21 0.08 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.07 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.07 0.05 0.07 0.18 0.55 0.22
C8 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.09 0.04 0.07 0.07 0.17 0.51 0.19
N1 0.04 0.00 0.17 0.11 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.09 0.08 0.08 0.18 0.51 0.21
N3 0.04 0.00 0.19 0.12 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.09 0.10 0.09 0.17 0.40 0.17
N6 0.02 0.01 0.08 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.06 0.04 0.08 0.18 0.61 0.23
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.04 0.07 0.17 0.57 0.21
N9 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.08 0.16 0.40 0.15
O2' 0.02 0.31 0.00 0.01 0.15 0.01 0.10 0.02 0.17 0.09 0.26 0.29 0.13 0.05 0.03 0.00 0.05 0.01 0.30 0.42 0.16 0.16
O3' 0.04 0.10 0.04 0.01 0.06 0.02 0.05 0.01 0.07 0.04 0.09 0.09 0.06 0.04 0.04 0.05 0.00 0.03 0.15 0.18 0.24 0.11
O4' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.07 0.08 0.10 0.04 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.09 0.15 0.32 0.14
O5' 0.09 0.08 0.28 0.23 0.08 0.02 0.07 0.01 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.30 0.15 0.09 0.00 0.04 0.03 0.01
OP1 0.14 0.18 0.34 0.25 0.17 0.14 0.18 0.21 0.18 0.17 0.18 0.17 0.18 0.17 0.16 0.42 0.18 0.15 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.44 0.14 0.22 0.44 0.12 0.53 0.08 0.55 0.51 0.51 0.40 0.61 0.57 0.40 0.16 0.24 0.32 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.19 0.13 0.14 0.18 0.02 0.20 0.02 0.22 0.19 0.21 0.17 0.23 0.21 0.15 0.16 0.11 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.17 0.07 0.07 0.18 0.11 0.18 0.19 0.16 0.13 0.19 0.20 0.19 0.15 0.10 0.18 0.21 0.19 0.09 0.14
C2 0.08 0.15 0.06 0.07 0.24 0.10 0.25 0.21 0.21 0.14 0.20 0.27 0.13 0.13 0.10 0.11 0.21 0.19 0.08 0.14
C2' 0.04 0.13 0.06 0.04 0.15 0.09 0.17 0.18 0.14 0.09 0.15 0.18 0.17 0.16 0.10 0.14 0.19 0.21 0.17 0.18
C3' 0.06 0.14 0.06 0.05 0.17 0.10 0.17 0.19 0.15 0.10 0.17 0.19 0.18 0.15 0.09 0.17 0.20 0.20 0.14 0.16
C4 0.08 0.16 0.06 0.06 0.21 0.10 0.21 0.19 0.18 0.13 0.19 0.23 0.17 0.15 0.09 0.17 0.20 0.18 0.08 0.13
C4' 0.13 0.18 0.10 0.12 0.19 0.16 0.19 0.24 0.17 0.15 0.20 0.21 0.20 0.16 0.12 0.24 0.24 0.23 0.11 0.16
C5 0.10 0.18 0.07 0.06 0.22 0.10 0.21 0.18 0.19 0.15 0.21 0.23 0.18 0.15 0.09 0.19 0.20 0.17 0.07 0.12
C5' 0.14 0.19 0.10 0.13 0.21 0.18 0.20 0.25 0.17 0.16 0.22 0.24 0.22 0.16 0.14 0.26 0.24 0.25 0.12 0.17
C6 0.08 0.16 0.06 0.06 0.22 0.10 0.23 0.19 0.20 0.15 0.20 0.24 0.15 0.15 0.09 0.17 0.20 0.18 0.07 0.13
C8 0.13 0.21 0.10 0.07 0.22 0.10 0.21 0.16 0.19 0.17 0.23 0.23 0.23 0.17 0.10 0.21 0.18 0.16 0.07 0.11
N1 0.08 0.15 0.06 0.07 0.24 0.10 0.25 0.21 0.21 0.15 0.20 0.27 0.13 0.13 0.10 0.12 0.22 0.19 0.07 0.14
N3 0.07 0.14 0.06 0.07 0.22 0.10 0.23 0.20 0.19 0.13 0.19 0.25 0.14 0.14 0.09 0.14 0.21 0.18 0.08 0.13
N6 0.09 0.18 0.06 0.06 0.23 0.10 0.24 0.17 0.21 0.17 0.21 0.25 0.15 0.15 0.10 0.19 0.20 0.19 0.09 0.13
N7 0.13 0.21 0.10 0.07 0.23 0.09 0.22 0.15 0.20 0.18 0.23 0.24 0.23 0.17 0.10 0.22 0.18 0.16 0.07 0.11
N9 0.10 0.18 0.07 0.06 0.20 0.10 0.20 0.18 0.17 0.14 0.20 0.22 0.20 0.15 0.09 0.19 0.20 0.17 0.08 0.12
O2' 0.07 0.09 0.12 0.11 0.12 0.15 0.17 0.22 0.16 0.07 0.12 0.15 0.15 0.20 0.17 0.12 0.24 0.30 0.26 0.27
O3' 0.08 0.15 0.06 0.06 0.18 0.11 0.19 0.20 0.17 0.12 0.18 0.20 0.18 0.14 0.07 0.18 0.20 0.19 0.13 0.15
O4' 0.15 0.19 0.12 0.14 0.21 0.18 0.21 0.25 0.20 0.18 0.21 0.22 0.21 0.16 0.13 0.26 0.25 0.24 0.13 0.18
O5' 0.11 0.11 0.13 0.08 0.11 0.09 0.15 0.15 0.15 0.11 0.10 0.11 0.14 0.19 0.10 0.18 0.16 0.16 0.07 0.10
OP1 0.14 0.21 0.19 0.15 0.32 0.19 0.31 0.23 0.25 0.20 0.27 0.37 0.17 0.21 0.21 0.15 0.22 0.28 0.17 0.19
OP2 0.50 0.43 0.64 0.64 0.45 0.58 0.46 0.53 0.47 0.46 0.43 0.46 0.42 0.75 0.76 0.40 0.50 0.57 0.54 0.56
P 0.12 0.18 0.15 0.15 0.19 0.16 0.18 0.18 0.16 0.14 0.19 0.20 0.21 0.21 0.23 0.17 0.19 0.23 0.19 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.10 0.02 0.09 0.11 0.14 0.11
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.15 0.00 0.02 0.00 0.04 0.12 0.04 0.04
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.15 0.05 0.06 0.09 0.15 0.02 0.01 0.02 0.04 0.15 0.06 0.07
C4 0.01 0.02 0.02 0.08 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.08 0.02 0.21 0.23 0.24 0.22
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.13 0.05 0.04 0.10 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.08 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.06 0.14 0.00 0.13 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.15 0.02 0.27 0.25 0.22 0.24
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.17 0.00 0.23 0.00 0.21 0.10 0.11 0.20 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.15 0.01 0.13 0.00 0.21 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.15 0.02 0.23 0.19 0.12 0.16
N1 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.11 0.11 0.08 0.08
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.00 0.11 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.08 0.02 0.14 0.17 0.19 0.17
N4 0.01 0.02 0.02 0.09 0.00 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.10 0.02 0.24 0.27 0.30 0.27
O2 0.05 0.00 0.15 0.15 0.02 0.07 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.17 0.20 0.05 0.06 0.08 0.13 0.10
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.09 0.04 0.17 0.00 0.04 0.05 0.04 0.14 0.03 0.04
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.08 0.02 0.15 0.03 0.15 0.04 0.08 0.10 0.20 0.04 0.00 0.03 0.06 0.21 0.12 0.11
O4' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.03 0.00 0.10 0.08 0.17 0.13
O5' 0.04 0.09 0.04 0.04 0.21 0.01 0.27 0.01 0.23 0.11 0.14 0.24 0.06 0.04 0.06 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.11 0.12 0.15 0.23 0.08 0.25 0.07 0.19 0.11 0.17 0.27 0.08 0.14 0.21 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.14 0.04 0.06 0.24 0.03 0.22 0.01 0.12 0.08 0.19 0.30 0.13 0.03 0.12 0.17 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.11 0.04 0.07 0.22 0.02 0.24 0.01 0.16 0.08 0.17 0.27 0.10 0.04 0.11 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00