ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48318

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.011, 0.021, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.017, 0.030, 0.043, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.030 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.014, 0.027, 0.041, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.027 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.013, 0.026, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.020, 0.034, 0.048, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.034 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.022, 0.037, 0.052, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.037 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.013, 0.036, 0.059, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.028, 0.055, 0.082, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.055 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.018, 0.045, 0.073, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.045 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.066, 0.110, 0.154, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.110 std_dev=0.044
C2' B 0, 0.213, 0.467, 0.722, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.467 std_dev=0.254
O2' B 0, 0.198, 0.514, 0.830, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.514 std_dev=0.316
O4' A 0, 0.042, 0.691, 1.339, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.691 std_dev=0.648
C2' A 0, 0.143, 0.807, 1.470, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.807 std_dev=0.663
C3' B 0, 0.300, 1.004, 1.709, 2.268 max_d=2.268 avg_d=1.004 std_dev=0.704
C4' A 0, 0.116, 1.016, 1.916, 2.356 max_d=2.356 avg_d=1.016 std_dev=0.900
C3' A 0, 0.047, 0.954, 1.862, 2.347 max_d=2.347 avg_d=0.954 std_dev=0.908
C1' B 0, 0.068, 1.003, 1.937, 2.819 max_d=2.819 avg_d=1.003 std_dev=0.935
O2' A 0, 0.280, 1.295, 2.309, 2.875 max_d=2.875 avg_d=1.295 std_dev=1.015
O5' A 0, 1.103, 2.192, 3.281, 3.306 max_d=3.306 avg_d=2.192 std_dev=1.089
C6 B 0, 0.221, 1.344, 2.467, 3.419 max_d=3.419 avg_d=1.344 std_dev=1.123
C5' A 0, 0.304, 1.455, 2.607, 2.933 max_d=2.933 avg_d=1.455 std_dev=1.152
N1 B 0, 0.162, 1.323, 2.484, 3.335 max_d=3.335 avg_d=1.323 std_dev=1.161
C4' B 0, 0.162, 1.411, 2.660, 3.477 max_d=3.477 avg_d=1.411 std_dev=1.249
O3' A 0, -0.004, 1.253, 2.510, 3.279 max_d=3.279 avg_d=1.253 std_dev=1.257
O4' B 0, 0.061, 1.377, 2.693, 3.676 max_d=3.676 avg_d=1.377 std_dev=1.316
C5 B 0, 0.328, 1.661, 2.994, 3.739 max_d=3.739 avg_d=1.661 std_dev=1.333
O3' B 0, 0.329, 1.696, 3.062, 3.891 max_d=3.891 avg_d=1.696 std_dev=1.366
P A 0, 1.242, 2.690, 4.138, 4.772 max_d=4.772 avg_d=2.690 std_dev=1.448
OP2 A 0, 1.178, 2.941, 4.703, 5.935 max_d=5.935 avg_d=2.941 std_dev=1.763
C2 B 0, 0.124, 1.928, 3.732, 4.558 max_d=4.558 avg_d=1.928 std_dev=1.804
C4 B 0, 0.280, 2.189, 4.098, 5.291 max_d=5.291 avg_d=2.189 std_dev=1.909
C5' B 0, 0.099, 2.095, 4.091, 5.424 max_d=5.424 avg_d=2.095 std_dev=1.996
OP1 A 0, 1.430, 3.552, 5.674, 6.644 max_d=6.644 avg_d=3.552 std_dev=2.122
O2 B 0, 0.012, 2.163, 4.315, 5.371 max_d=5.371 avg_d=2.163 std_dev=2.152
N3 B 0, 0.174, 2.398, 4.621, 5.639 max_d=5.639 avg_d=2.398 std_dev=2.224
O5' B 0, -0.004, 2.338, 4.681, 6.433 max_d=6.433 avg_d=2.338 std_dev=2.343
N4 B 0, 0.310, 2.662, 5.013, 6.690 max_d=6.690 avg_d=2.662 std_dev=2.351
P B 0, 1.014, 3.453, 5.891, 7.426 max_d=7.426 avg_d=3.453 std_dev=2.438
OP1 B 0, 1.403, 3.900, 6.398, 7.710 max_d=7.710 avg_d=3.900 std_dev=2.497
OP2 B 0, 1.220, 4.111, 7.003, 8.741 max_d=8.741 avg_d=4.111 std_dev=2.892

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.31 0.00 0.34 0.72 0.20 0.23
C2 0.02 0.00 0.37 0.22 0.01 0.15 0.02 0.20 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.36 0.23 0.30 0.27 0.82 0.36 0.24
C2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.21 0.01 0.13 0.22 0.21 0.16 0.31 0.36 0.17 0.08 0.04 0.01 0.05 0.02 0.33 0.65 0.43 0.37
C3' 0.02 0.22 0.00 0.00 0.25 0.01 0.35 0.02 0.35 0.35 0.30 0.17 0.39 0.39 0.23 0.02 0.01 0.03 0.36 0.61 0.28 0.31
C4 0.01 0.01 0.21 0.25 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.20 0.14 0.16 0.49 0.81 0.43 0.20
C4' 0.02 0.15 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.08 0.21 0.11 0.14 0.09 0.18 0.07 0.31 0.07 0.00 0.03 0.37 0.23 0.18
C5 0.01 0.02 0.13 0.35 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.15 0.10 0.71 0.94 0.69 0.40
C5' 0.08 0.20 0.22 0.02 0.13 0.01 0.16 0.00 0.16 0.24 0.18 0.18 0.19 0.24 0.11 0.09 0.17 0.02 0.01 0.36 0.35 0.02
C6 0.01 0.01 0.21 0.35 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.14 0.17 0.63 0.85 0.68 0.28
C8 0.01 0.02 0.16 0.35 0.01 0.21 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.38 0.22 0.16 0.99 1.28 0.83 0.78
N1 0.02 0.00 0.31 0.30 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.14 0.25 0.43 0.79 0.51 0.13
N3 0.02 0.01 0.36 0.17 0.00 0.14 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.28 0.28 0.25 0.79 0.29 0.24
N6 0.02 0.01 0.17 0.39 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.28 0.20 0.13 0.74 0.93 0.84 0.42
N7 0.01 0.02 0.08 0.39 0.01 0.18 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.36 0.25 0.06 0.98 1.25 0.96 0.76
N9 0.01 0.01 0.04 0.23 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.13 0.01 0.61 0.90 0.44 0.36
O2' 0.01 0.36 0.01 0.02 0.20 0.31 0.25 0.09 0.25 0.38 0.29 0.34 0.28 0.36 0.19 0.00 0.11 0.21 0.40 0.67 0.47 0.38
O3' 0.31 0.23 0.05 0.01 0.14 0.07 0.15 0.17 0.14 0.22 0.14 0.28 0.20 0.25 0.13 0.11 0.00 0.24 0.37 0.62 0.27 0.33
O4' 0.00 0.30 0.02 0.03 0.16 0.00 0.10 0.02 0.17 0.16 0.25 0.28 0.13 0.06 0.01 0.21 0.24 0.00 0.22 0.62 0.12 0.21
O5' 0.34 0.27 0.33 0.36 0.49 0.03 0.71 0.01 0.63 0.99 0.43 0.25 0.74 0.98 0.61 0.40 0.37 0.22 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.72 0.82 0.65 0.61 0.81 0.37 0.94 0.36 0.85 1.28 0.79 0.79 0.93 1.25 0.90 0.67 0.62 0.62 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.36 0.43 0.28 0.43 0.23 0.69 0.35 0.68 0.83 0.51 0.29 0.84 0.96 0.44 0.47 0.27 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.24 0.37 0.31 0.20 0.18 0.40 0.02 0.28 0.78 0.13 0.24 0.42 0.76 0.36 0.38 0.33 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.50 0.52 0.21 0.35 0.45 1.04 0.51 1.37 0.63 0.36 0.68 0.57 0.87 0.12 0.25 1.16 1.88 2.09 2.62 2.39
C2 0.27 0.87 0.20 0.41 0.67 1.06 0.36 1.32 0.35 0.33 0.97 0.78 1.30 0.20 0.39 0.96 1.70 1.95 2.14 2.15
C2' 0.93 0.40 0.45 0.70 0.56 1.43 0.96 1.78 1.11 0.76 0.47 0.54 0.56 0.34 0.54 1.62 2.26 2.39 2.94 2.70
C3' 1.00 0.51 0.53 0.77 0.73 1.41 1.09 1.73 1.20 0.88 0.55 0.71 0.47 0.39 0.63 1.61 2.19 2.30 2.84 2.59
C4 0.44 0.43 0.19 0.29 0.33 0.93 0.36 1.16 0.49 0.28 0.54 0.42 0.76 0.12 0.22 1.04 1.58 1.75 2.10 2.02
C4' 0.60 0.42 0.24 0.39 0.48 1.02 0.72 1.35 0.81 0.52 0.52 0.53 0.66 0.08 0.31 1.19 1.90 2.08 2.69 2.39
C5 0.47 0.15 0.17 0.22 0.14 0.72 0.33 0.85 0.46 0.30 0.22 0.16 0.36 0.11 0.29 0.90 1.20 1.30 1.58 1.57
C5' 0.63 0.23 0.17 0.32 0.39 0.94 0.73 1.23 0.82 0.54 0.23 0.35 0.38 0.13 0.26 1.16 1.75 1.89 2.50 2.23
C6 0.38 0.16 0.15 0.19 0.13 0.62 0.22 0.71 0.33 0.21 0.23 0.17 0.36 0.10 0.23 0.75 0.97 1.10 1.26 1.32
C8 0.55 0.17 0.19 0.24 0.24 0.77 0.49 0.94 0.60 0.42 0.20 0.21 0.29 0.12 0.38 1.00 1.35 1.44 1.84 1.75
N1 0.24 0.52 0.16 0.28 0.38 0.81 0.20 0.94 0.25 0.18 0.58 0.45 0.83 0.15 0.22 0.77 1.21 1.42 1.51 1.59
N3 0.35 0.80 0.21 0.40 0.63 1.09 0.39 1.39 0.45 0.31 0.95 0.77 1.23 0.16 0.32 1.07 1.85 2.08 2.43 2.33
N6 0.37 0.36 0.15 0.22 0.34 0.39 0.28 0.40 0.30 0.30 0.41 0.38 0.46 0.18 0.44 0.53 0.55 0.64 0.73 0.83
N7 0.54 0.23 0.17 0.23 0.30 0.64 0.45 0.75 0.54 0.42 0.25 0.28 0.24 0.14 0.45 0.89 1.09 1.15 1.47 1.45
N9 0.51 0.34 0.20 0.29 0.29 0.92 0.45 1.17 0.58 0.35 0.45 0.35 0.64 0.11 0.25 1.09 1.63 1.78 2.22 2.08
O2' 0.63 0.54 0.27 0.36 0.35 1.23 0.51 1.65 0.72 0.37 0.73 0.54 1.00 0.38 0.20 1.39 2.11 2.33 2.88 2.60
O3' 0.74 0.54 0.26 0.50 0.76 1.18 0.97 1.52 1.02 0.68 0.73 0.86 0.70 0.16 0.39 1.37 1.96 2.06 2.62 2.34
O4' 0.42 0.59 0.29 0.24 0.50 0.84 0.51 1.15 0.58 0.39 0.70 0.59 0.91 0.25 0.22 0.97 1.70 1.92 2.51 2.24
O5' 1.05 0.61 0.63 0.80 0.82 1.29 1.13 1.50 1.21 0.97 0.56 0.77 0.33 0.56 0.68 1.49 1.97 2.08 2.62 2.40
OP1 0.63 0.62 0.92 0.97 0.72 0.78 0.81 0.88 0.79 0.66 0.66 0.75 0.65 0.88 1.25 0.76 1.30 1.40 1.96 1.67
OP2 1.22 1.04 0.74 0.80 1.22 1.22 1.36 1.35 1.37 1.22 1.06 1.22 0.85 0.67 0.62 1.49 1.77 1.80 2.29 2.14
P 0.62 0.40 0.35 0.47 0.62 0.75 0.80 0.93 0.81 0.61 0.45 0.64 0.26 0.23 0.59 0.96 1.41 1.50 2.06 1.84

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.03 0.00 0.15 0.07 0.26 0.13
C2 0.03 0.00 0.10 0.06 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.08 0.02 0.40 0.29 0.77 0.48
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.09 0.07 0.18 0.00 0.05 0.01 0.23 0.09 0.37 0.11
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.09 0.01 0.15 0.04 0.15 0.05 0.05 0.10 0.15 0.03 0.01 0.02 0.33 0.15 0.48 0.21
C4 0.03 0.02 0.07 0.09 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.12 0.05 0.60 0.55 1.23 0.86
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.10 0.03 0.03 0.08 0.09 0.07 0.03 0.00 0.03 0.13 0.07 0.14
C5 0.03 0.01 0.08 0.15 0.01 0.11 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.18 0.05 0.62 0.57 1.23 0.90
C5' 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.01 0.13 0.00 0.11 0.03 0.04 0.10 0.09 0.07 0.08 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02
C6 0.03 0.01 0.08 0.15 0.01 0.10 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.17 0.05 0.52 0.42 0.91 0.69
N1 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.07 0.03 0.37 0.26 0.66 0.44
N3 0.03 0.01 0.09 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.08 0.03 0.50 0.42 1.03 0.68
N4 0.04 0.02 0.07 0.10 0.01 0.08 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.09 0.14 0.05 0.66 0.65 1.42 1.00
O2 0.05 0.01 0.18 0.15 0.02 0.09 0.02 0.09 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.23 0.17 0.04 0.32 0.21 0.60 0.33
O2' 0.02 0.14 0.00 0.03 0.09 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.13 0.09 0.23 0.00 0.08 0.05 0.08 0.23 0.10 0.21
O3' 0.03 0.08 0.05 0.01 0.12 0.03 0.18 0.08 0.17 0.07 0.08 0.14 0.17 0.08 0.00 0.03 0.22 0.20 0.41 0.13
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.00 0.09 0.11 0.18 0.16
O5' 0.15 0.40 0.23 0.33 0.60 0.03 0.62 0.02 0.52 0.37 0.50 0.66 0.32 0.08 0.22 0.09 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.07 0.29 0.09 0.15 0.55 0.13 0.57 0.04 0.42 0.26 0.42 0.65 0.21 0.23 0.20 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.77 0.37 0.48 1.23 0.07 1.23 0.05 0.91 0.66 1.03 1.42 0.60 0.10 0.41 0.18 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.48 0.11 0.21 0.86 0.14 0.90 0.02 0.69 0.44 0.68 1.00 0.33 0.21 0.13 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00