ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48321

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, -0.002, 0.010, 0.022, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.005, 0.023, 0.040, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.008, 0.027, 0.047, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.005, 0.024, 0.044, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.024 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.009, 0.032, 0.054, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.017, 0.040, 0.063, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.040 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.011, 0.039, 0.068, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.029
O4' A 0, -0.065, 0.217, 0.498, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.217 std_dev=0.281
C2' A 0, -0.008, 0.276, 0.560, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.276 std_dev=0.284
O2' B 0, 0.135, 0.527, 0.919, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.527 std_dev=0.392
OP1 A 0, 0.154, 0.599, 1.043, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.599 std_dev=0.444
C4' A 0, -0.062, 0.388, 0.838, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.388 std_dev=0.450
P A 0, 0.159, 0.615, 1.071, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.615 std_dev=0.456
O2' A 0, 0.238, 0.723, 1.207, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.723 std_dev=0.484
C2' B 0, 0.110, 0.631, 1.151, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.631 std_dev=0.520
C3' A 0, 0.104, 0.628, 1.152, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.628 std_dev=0.524
O5' A 0, 0.058, 0.583, 1.108, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.583 std_dev=0.525
C5' A 0, -0.091, 0.443, 0.977, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.443 std_dev=0.534
O3' A 0, 0.364, 1.395, 2.426, 2.796 max_d=2.796 avg_d=1.395 std_dev=1.031
C3' B 0, -0.087, 1.020, 2.128, 3.322 max_d=3.322 avg_d=1.020 std_dev=1.108
OP2 A 0, -0.101, 1.084, 2.268, 3.605 max_d=3.605 avg_d=1.084 std_dev=1.184
C1' B 0, -0.377, 0.914, 2.205, 3.752 max_d=3.752 avg_d=0.914 std_dev=1.291
O3' B 0, -0.077, 1.224, 2.525, 3.902 max_d=3.902 avg_d=1.224 std_dev=1.301
C4' B 0, -0.291, 1.119, 2.530, 4.171 max_d=4.171 avg_d=1.119 std_dev=1.411
O4' B 0, -0.524, 1.096, 2.715, 4.672 max_d=4.672 avg_d=1.096 std_dev=1.619
O2 B 0, -0.561, 1.271, 3.104, 5.329 max_d=5.329 avg_d=1.271 std_dev=1.833
N1 B 0, -0.669, 1.178, 3.025, 5.277 max_d=5.277 avg_d=1.178 std_dev=1.847
C2 B 0, -0.682, 1.277, 3.235, 5.624 max_d=5.624 avg_d=1.277 std_dev=1.959
C5' B 0, -0.660, 1.617, 3.894, 6.619 max_d=6.619 avg_d=1.617 std_dev=2.277
C6 B 0, -1.010, 1.431, 3.872, 6.866 max_d=6.866 avg_d=1.431 std_dev=2.441
N3 B 0, -0.943, 1.505, 3.952, 6.948 max_d=6.948 avg_d=1.505 std_dev=2.447
O5' B 0, -0.869, 1.903, 4.674, 8.015 max_d=8.015 avg_d=1.903 std_dev=2.771
C4 B 0, -1.199, 1.668, 4.535, 8.058 max_d=8.058 avg_d=1.668 std_dev=2.867
C5 B 0, -1.273, 1.676, 4.626, 8.253 max_d=8.253 avg_d=1.676 std_dev=2.949
N4 B 0, -1.460, 1.910, 5.280, 9.427 max_d=9.427 avg_d=1.910 std_dev=3.370
P B 0, -1.364, 2.445, 6.253, 10.884 max_d=10.884 avg_d=2.445 std_dev=3.809
OP1 B 0, -1.469, 2.630, 6.728, 11.708 max_d=11.708 avg_d=2.630 std_dev=4.098
OP2 B 0, -1.518, 2.623, 6.763, 11.811 max_d=11.811 avg_d=2.623 std_dev=4.141

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.19 0.01 0.26 0.17 0.40 0.26
C2 0.03 0.00 0.19 0.20 0.01 0.05 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.19 0.25 0.13 0.34 0.41 0.72 0.32
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.03 0.07 0.17 0.10 0.10 0.16 0.18 0.08 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.15 0.35 0.24 0.14
C3' 0.02 0.20 0.00 0.00 0.17 0.00 0.21 0.02 0.22 0.20 0.22 0.17 0.23 0.22 0.14 0.02 0.01 0.01 0.04 0.21 0.09 0.07
C4 0.02 0.01 0.10 0.17 0.00 0.07 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.14 0.08 0.34 0.38 0.70 0.32
C4' 0.01 0.05 0.03 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.11 0.13 0.08 0.05 0.13 0.14 0.07 0.21 0.05 0.00 0.01 0.06 0.14 0.03
C5 0.01 0.00 0.07 0.21 0.00 0.10 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.16 0.06 0.36 0.48 0.82 0.35
C5' 0.12 0.27 0.17 0.02 0.27 0.01 0.34 0.00 0.36 0.33 0.32 0.23 0.40 0.37 0.25 0.07 0.13 0.00 0.01 0.05 0.23 0.01
C6 0.02 0.00 0.10 0.22 0.00 0.11 0.01 0.36 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.19 0.09 0.36 0.53 0.85 0.34
C8 0.01 0.01 0.10 0.20 0.00 0.13 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.17 0.06 0.35 0.41 0.75 0.34
N1 0.02 0.01 0.16 0.22 0.01 0.08 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.23 0.11 0.35 0.48 0.80 0.34
N3 0.03 0.00 0.18 0.17 0.00 0.05 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.23 0.12 0.33 0.35 0.64 0.31
N6 0.02 0.01 0.08 0.23 0.01 0.13 0.01 0.40 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.20 0.21 0.09 0.35 0.59 0.91 0.35
N7 0.01 0.00 0.06 0.22 0.00 0.14 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.18 0.19 0.04 0.36 0.51 0.88 0.36
N9 0.00 0.01 0.02 0.14 0.00 0.07 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.07 0.02 0.33 0.31 0.61 0.31
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.14 0.21 0.17 0.07 0.19 0.15 0.20 0.16 0.20 0.18 0.11 0.00 0.02 0.16 0.06 0.25 0.15 0.07
O3' 0.19 0.25 0.03 0.01 0.14 0.05 0.16 0.13 0.19 0.17 0.23 0.23 0.21 0.19 0.07 0.02 0.00 0.21 0.29 0.36 0.25 0.35
O4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.09 0.06 0.11 0.12 0.09 0.04 0.02 0.16 0.21 0.00 0.31 0.09 0.30 0.36
O5' 0.26 0.34 0.15 0.04 0.34 0.01 0.36 0.01 0.36 0.35 0.35 0.33 0.35 0.36 0.33 0.06 0.29 0.31 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.17 0.41 0.35 0.21 0.38 0.06 0.48 0.05 0.53 0.41 0.48 0.35 0.59 0.51 0.31 0.25 0.36 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.72 0.24 0.09 0.70 0.14 0.82 0.23 0.85 0.75 0.80 0.64 0.91 0.88 0.61 0.15 0.25 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.26 0.32 0.14 0.07 0.32 0.03 0.35 0.01 0.34 0.34 0.34 0.31 0.35 0.36 0.31 0.07 0.35 0.36 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.60 1.12 0.06 0.65 1.08 0.47 0.77 0.93 0.62 0.80 1.24 1.19 1.24 0.05 1.21 0.37 0.87 1.96 1.09 1.21
C2 0.34 0.74 0.13 0.79 0.47 0.79 0.16 1.41 0.12 0.41 0.73 0.49 0.97 0.07 1.14 0.07 1.33 2.21 1.48 1.66
C2' 0.39 0.87 0.19 0.74 0.86 0.59 0.58 0.98 0.43 0.58 0.99 0.96 0.97 0.19 1.23 0.21 0.92 1.90 1.10 1.22
C3' 0.48 1.02 0.17 0.67 1.14 0.47 0.89 0.76 0.69 0.75 1.20 1.30 1.05 0.26 1.26 0.31 0.64 1.55 0.71 0.85
C4 0.60 1.04 0.07 0.64 0.98 0.45 0.71 0.88 0.60 0.77 1.12 1.04 1.14 0.07 1.19 0.40 0.79 1.72 0.92 1.06
C4' 0.84 1.45 0.17 0.43 1.59 0.22 1.30 0.55 1.07 1.14 1.66 1.76 1.48 0.08 1.07 0.65 0.43 1.45 0.53 0.67
C5 0.75 1.13 0.11 0.51 1.19 0.24 1.02 0.49 0.90 0.96 1.23 1.25 1.13 0.13 1.15 0.67 0.36 1.09 0.37 0.48
C5' 1.24 1.84 0.50 0.14 2.11 0.29 1.87 0.20 1.60 1.59 2.09 2.31 1.80 0.32 0.76 1.11 0.29 0.78 0.28 0.22
C6 0.72 1.03 0.10 0.51 1.03 0.24 0.88 0.49 0.80 0.88 1.09 1.06 1.04 0.13 1.13 0.65 0.35 0.96 0.34 0.45
C8 0.81 1.27 0.13 0.47 1.43 0.20 1.26 0.39 1.08 1.08 1.43 1.54 1.23 0.14 1.15 0.76 0.28 1.02 0.28 0.37
N1 0.48 0.81 0.09 0.69 0.63 0.61 0.39 1.07 0.33 0.56 0.81 0.65 0.96 0.06 1.13 0.22 0.92 1.58 0.96 1.11
N3 0.41 0.85 0.11 0.76 0.64 0.71 0.31 1.29 0.23 0.51 0.88 0.67 1.06 0.06 1.18 0.09 1.24 2.28 1.46 1.62
N6 0.88 1.08 0.17 0.33 1.21 0.21 1.18 0.16 1.12 1.06 1.16 1.24 0.98 0.22 1.05 1.01 0.28 0.22 0.31 0.26
N7 0.87 1.27 0.16 0.40 1.47 0.18 1.37 0.24 1.20 1.14 1.43 1.58 1.19 0.17 1.11 0.89 0.23 0.66 0.23 0.21
N9 0.67 1.15 0.08 0.59 1.16 0.37 0.91 0.74 0.76 0.88 1.27 1.26 1.21 0.08 1.19 0.51 0.65 1.61 0.77 0.89
O2' 0.40 0.81 0.27 0.79 0.68 0.71 0.37 1.18 0.28 0.50 0.89 0.76 0.99 0.24 1.20 0.28 1.18 2.25 1.47 1.58
O3' 0.41 0.98 0.24 0.72 1.11 0.54 0.83 0.83 0.61 0.68 1.17 1.28 1.02 0.34 1.28 0.22 0.69 1.59 0.76 0.91
O4' 0.84 1.45 0.18 0.51 1.50 0.31 1.17 0.72 0.97 1.11 1.62 1.65 1.53 0.13 1.15 0.61 0.63 1.75 0.81 0.94
O5' 0.55 1.13 0.23 0.70 1.48 0.37 1.30 0.50 1.01 0.92 1.40 1.71 1.04 0.45 1.43 0.50 0.31 1.04 0.21 0.34
OP1 1.53 2.03 0.73 0.38 2.48 0.80 2.40 0.82 2.11 1.91 2.31 2.70 1.84 0.42 0.41 1.59 1.07 0.47 1.28 1.16
OP2 0.20 0.85 0.69 1.08 1.43 0.66 1.29 0.63 0.90 0.67 1.22 1.74 0.65 1.03 1.94 0.22 0.32 0.88 0.14 0.20
P 0.65 1.21 0.17 0.58 1.66 0.17 1.53 0.21 1.22 1.05 1.51 1.91 1.05 0.45 1.37 0.67 0.14 0.60 0.31 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.08 0.07
C2 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.01 0.08 0.09 0.16 0.13
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.05 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.11 0.05 0.04 0.07 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.08 0.06
C4 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.01 0.14 0.20 0.27 0.21
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.01 0.18 0.25 0.32 0.25
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.05 0.05 0.08 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.01 0.17 0.20 0.25 0.21
N1 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.09 0.11 0.16 0.14
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.01 0.10 0.14 0.21 0.17
N4 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.01 0.14 0.23 0.30 0.23
O2 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.10 0.01 0.06 0.05 0.12 0.10
O2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.08 0.05 0.12 0.00 0.04 0.04 0.02 0.08 0.05 0.03
O3' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.12 0.04 0.05 0.08 0.10 0.04 0.00 0.01 0.05 0.17 0.14 0.11
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.06 0.09 0.09
O5' 0.04 0.08 0.02 0.03 0.14 0.01 0.18 0.01 0.17 0.09 0.10 0.14 0.06 0.02 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.04 0.09 0.08 0.11 0.20 0.04 0.25 0.03 0.20 0.11 0.14 0.23 0.05 0.08 0.17 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.16 0.05 0.08 0.27 0.03 0.32 0.02 0.25 0.16 0.21 0.30 0.12 0.05 0.14 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.07 0.13 0.03 0.06 0.21 0.02 0.25 0.01 0.21 0.14 0.17 0.23 0.10 0.03 0.11 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00