ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48322

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, -0.002, 0.008, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.008 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.002, 0.018, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N6 A 0, -0.002, 0.019, 0.040, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.019 std_dev=0.021
N7 A 0, -0.003, 0.022, 0.047, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.022 std_dev=0.025
C8 A 0, -0.001, 0.027, 0.055, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.027 std_dev=0.028
O2' B 0, 0.072, 0.303, 0.534, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.303 std_dev=0.231
C2' B 0, 0.036, 0.358, 0.680, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.358 std_dev=0.322
O4' A 0, -0.098, 0.351, 0.801, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.351 std_dev=0.450
C2' A 0, -0.073, 0.382, 0.837, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.382 std_dev=0.455
O2' A 0, -0.048, 0.474, 0.995, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.474 std_dev=0.521
C4' A 0, -0.141, 0.548, 1.238, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.548 std_dev=0.689
C1' B 0, -0.019, 0.685, 1.390, 1.885 max_d=1.885 avg_d=0.685 std_dev=0.705
C3' A 0, -0.129, 0.611, 1.351, 1.862 max_d=1.862 avg_d=0.611 std_dev=0.740
N1 B 0, 0.005, 0.799, 1.593, 1.927 max_d=1.927 avg_d=0.799 std_dev=0.794
C2 B 0, -0.019, 0.945, 1.910, 2.210 max_d=2.210 avg_d=0.945 std_dev=0.964
C3' B 0, -0.083, 0.916, 1.915, 2.626 max_d=2.626 avg_d=0.916 std_dev=0.999
O3' A 0, -0.158, 0.913, 1.984, 2.611 max_d=2.611 avg_d=0.913 std_dev=1.071
C6 B 0, -0.054, 1.094, 2.242, 2.726 max_d=2.726 avg_d=1.094 std_dev=1.148
C5' A 0, -0.232, 0.944, 2.120, 2.994 max_d=2.994 avg_d=0.944 std_dev=1.176
O2 B 0, -0.077, 1.118, 2.313, 2.896 max_d=2.896 avg_d=1.118 std_dev=1.195
C4 B 0, -0.060, 1.149, 2.358, 2.858 max_d=2.858 avg_d=1.149 std_dev=1.209
N3 B 0, -0.061, 1.174, 2.409, 2.723 max_d=2.723 avg_d=1.174 std_dev=1.235
C5 B 0, -0.060, 1.194, 2.448, 2.731 max_d=2.731 avg_d=1.194 std_dev=1.254
O4' B 0, -0.146, 1.135, 2.416, 3.280 max_d=3.280 avg_d=1.135 std_dev=1.281
O5' A 0, -0.224, 1.141, 2.505, 3.349 max_d=3.349 avg_d=1.141 std_dev=1.365
C4' B 0, -0.167, 1.248, 2.662, 3.602 max_d=3.602 avg_d=1.248 std_dev=1.414
N4 B 0, -0.112, 1.375, 2.863, 3.538 max_d=3.538 avg_d=1.375 std_dev=1.487
O3' B 0, -0.163, 1.337, 2.837, 3.745 max_d=3.745 avg_d=1.337 std_dev=1.500
P A 0, -0.302, 1.603, 3.507, 4.439 max_d=4.439 avg_d=1.603 std_dev=1.904
C5' B 0, -0.297, 1.763, 3.823, 5.192 max_d=5.192 avg_d=1.763 std_dev=2.060
OP2 A 0, -0.309, 1.756, 3.821, 4.481 max_d=4.481 avg_d=1.756 std_dev=2.065
O5' B 0, -0.283, 1.787, 3.857, 5.222 max_d=5.222 avg_d=1.787 std_dev=2.070
OP1 A 0, -0.378, 1.913, 4.204, 5.439 max_d=5.439 avg_d=1.913 std_dev=2.291
OP2 B 0, -0.297, 2.305, 4.907, 5.728 max_d=5.728 avg_d=2.305 std_dev=2.602
P B 0, -0.354, 2.462, 5.277, 6.523 max_d=6.523 avg_d=2.462 std_dev=2.816
OP1 B 0, -0.464, 3.018, 6.500, 7.704 max_d=7.704 avg_d=3.018 std_dev=3.482

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.14 0.11 0.32 0.21
C2 0.02 0.00 0.37 0.26 0.00 0.11 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.45 0.40 0.24 0.24 0.35 0.64 0.48
C2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.20 0.01 0.11 0.04 0.19 0.15 0.30 0.36 0.14 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.08 0.04 0.16 0.10
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.13 0.00 0.10 0.04 0.13 0.19 0.21 0.24 0.12 0.14 0.06 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.20 0.13 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.19 0.14 0.26 0.33 0.60 0.42
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.15 0.07 0.11 0.06 0.12 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.04 0.08 0.05
C5 0.01 0.00 0.11 0.10 0.00 0.05 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.13 0.08 0.36 0.48 0.75 0.53
C5' 0.04 0.18 0.04 0.04 0.12 0.01 0.18 0.00 0.18 0.29 0.17 0.16 0.21 0.28 0.13 0.05 0.05 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02
C6 0.01 0.00 0.19 0.13 0.00 0.05 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.21 0.14 0.35 0.50 0.79 0.56
C8 0.01 0.00 0.15 0.19 0.00 0.15 0.00 0.29 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.20 0.12 0.47 0.54 0.73 0.58
N1 0.02 0.00 0.30 0.21 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.37 0.34 0.21 0.29 0.44 0.73 0.53
N3 0.02 0.00 0.36 0.24 0.00 0.11 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.42 0.36 0.23 0.21 0.28 0.56 0.41
N6 0.01 0.00 0.14 0.12 0.00 0.06 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.18 0.12 0.40 0.61 0.88 0.63
N7 0.01 0.00 0.06 0.14 0.00 0.12 0.00 0.28 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.15 0.05 0.47 0.61 0.85 0.64
N9 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.28 0.30 0.51 0.37
O2' 0.01 0.45 0.00 0.02 0.22 0.04 0.15 0.05 0.24 0.12 0.37 0.42 0.19 0.05 0.04 0.00 0.07 0.05 0.07 0.03 0.13 0.08
O3' 0.02 0.40 0.03 0.00 0.19 0.02 0.13 0.05 0.21 0.20 0.34 0.36 0.18 0.15 0.04 0.07 0.00 0.02 0.05 0.11 0.13 0.07
O4' 0.00 0.24 0.01 0.01 0.14 0.00 0.08 0.02 0.14 0.12 0.21 0.23 0.12 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.10 0.07 0.26 0.17
O5' 0.14 0.24 0.08 0.04 0.26 0.02 0.36 0.01 0.35 0.47 0.29 0.21 0.40 0.47 0.28 0.07 0.05 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.11 0.35 0.04 0.04 0.33 0.04 0.48 0.04 0.50 0.54 0.44 0.28 0.61 0.61 0.30 0.03 0.11 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.32 0.64 0.16 0.06 0.60 0.08 0.75 0.04 0.79 0.73 0.73 0.56 0.88 0.85 0.51 0.13 0.13 0.26 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.21 0.48 0.10 0.04 0.42 0.05 0.53 0.02 0.56 0.58 0.53 0.41 0.63 0.64 0.37 0.08 0.07 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.45 0.11 0.17 0.50 0.49 0.47 0.63 0.44 0.32 0.55 0.57 0.59 0.15 0.16 0.49 0.55 0.73 0.87 0.81
C2 0.14 0.41 0.15 0.13 0.35 0.22 0.22 0.29 0.17 0.23 0.44 0.39 0.53 0.19 0.24 0.13 0.22 0.37 0.54 0.43
C2' 0.31 0.53 0.32 0.31 0.47 0.49 0.45 0.64 0.42 0.37 0.57 0.52 0.72 0.41 0.41 0.45 0.59 0.83 1.00 0.93
C3' 0.24 0.37 0.18 0.24 0.34 0.52 0.40 0.68 0.41 0.26 0.42 0.38 0.58 0.25 0.32 0.50 0.62 0.91 1.04 0.99
C4 0.22 0.45 0.10 0.18 0.44 0.47 0.39 0.60 0.37 0.29 0.52 0.50 0.61 0.15 0.20 0.45 0.51 0.68 0.81 0.75
C4' 0.31 0.26 0.05 0.22 0.39 0.56 0.48 0.69 0.48 0.29 0.36 0.45 0.38 0.02 0.19 0.58 0.62 0.82 0.97 0.92
C5 0.29 0.45 0.08 0.24 0.45 0.60 0.45 0.74 0.44 0.32 0.53 0.50 0.64 0.12 0.24 0.59 0.64 0.82 0.93 0.89
C5' 0.35 0.07 0.23 0.29 0.24 0.57 0.42 0.69 0.45 0.25 0.17 0.29 0.30 0.22 0.23 0.62 0.61 0.80 0.91 0.88
C6 0.24 0.44 0.08 0.25 0.39 0.56 0.35 0.66 0.35 0.27 0.48 0.43 0.63 0.12 0.29 0.50 0.55 0.72 0.85 0.79
C8 0.36 0.46 0.06 0.25 0.54 0.68 0.59 0.85 0.58 0.38 0.57 0.61 0.64 0.11 0.19 0.71 0.77 0.97 1.07 1.04
N1 0.14 0.41 0.13 0.18 0.34 0.32 0.23 0.40 0.19 0.23 0.44 0.37 0.55 0.17 0.30 0.21 0.31 0.46 0.62 0.53
N3 0.15 0.43 0.14 0.13 0.39 0.30 0.28 0.39 0.24 0.25 0.48 0.44 0.56 0.19 0.20 0.25 0.32 0.47 0.63 0.53
N6 0.33 0.44 0.07 0.34 0.38 0.71 0.39 0.80 0.42 0.30 0.48 0.41 0.68 0.06 0.35 0.68 0.68 0.86 0.97 0.93
N7 0.38 0.46 0.05 0.28 0.52 0.73 0.59 0.90 0.59 0.38 0.56 0.58 0.67 0.09 0.23 0.77 0.80 1.01 1.10 1.08
N9 0.27 0.45 0.09 0.19 0.49 0.54 0.48 0.69 0.46 0.33 0.55 0.56 0.62 0.14 0.17 0.55 0.61 0.79 0.92 0.86
O2' 0.39 0.63 0.44 0.42 0.56 0.49 0.49 0.62 0.45 0.45 0.67 0.60 0.80 0.53 0.54 0.43 0.57 0.77 0.97 0.89
O3' 0.29 0.44 0.30 0.36 0.34 0.56 0.37 0.73 0.39 0.29 0.47 0.36 0.66 0.38 0.50 0.48 0.67 1.00 1.11 1.07
O4' 0.37 0.32 0.12 0.28 0.49 0.59 0.55 0.71 0.53 0.36 0.45 0.57 0.37 0.10 0.22 0.63 0.63 0.77 0.91 0.86
O5' 0.40 0.24 0.41 0.39 0.08 0.57 0.35 0.68 0.42 0.28 0.20 0.06 0.51 0.40 0.33 0.62 0.61 0.78 0.85 0.84
OP1 0.67 0.61 0.73 0.66 0.44 0.71 0.52 0.75 0.61 0.59 0.56 0.38 0.81 0.69 0.58 0.77 0.70 0.75 0.71 0.77
OP2 0.89 0.90 1.03 0.93 0.64 0.86 0.64 0.86 0.74 0.81 0.83 0.57 1.15 1.01 0.88 0.91 0.81 0.73 0.63 0.73
P 0.66 0.56 0.76 0.70 0.33 0.72 0.46 0.76 0.56 0.55 0.47 0.25 0.78 0.75 0.65 0.77 0.69 0.72 0.70 0.75

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.13 0.51 0.33
C2 0.02 0.00 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.09 0.04 0.04 0.15 0.10 0.42 0.22
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.01 0.04 0.13 0.27 0.15
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.16 0.00 0.19 0.02 0.17 0.09 0.12 0.17 0.05 0.01 0.00 0.00 0.08 0.29 0.05 0.03
C4 0.02 0.01 0.04 0.16 0.00 0.11 0.00 0.20 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.17 0.06 0.26 0.10 0.35 0.13
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.11 0.00 0.13 0.00 0.12 0.05 0.08 0.11 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.08 0.24 0.16
C5 0.02 0.01 0.06 0.19 0.00 0.13 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.07 0.27 0.13 0.42 0.13
C5' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.20 0.00 0.23 0.00 0.19 0.10 0.16 0.22 0.07 0.04 0.04 0.00 0.00 0.14 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.17 0.01 0.12 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.17 0.07 0.21 0.15 0.52 0.23
N1 0.01 0.03 0.02 0.09 0.02 0.05 0.01 0.10 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.07 0.02 0.12 0.12 0.49 0.27
N3 0.02 0.00 0.01 0.12 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.10 0.05 0.22 0.10 0.37 0.17
N4 0.02 0.01 0.04 0.17 0.00 0.11 0.01 0.22 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.20 0.06 0.28 0.09 0.29 0.08
O2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.13 0.06 0.02 0.11 0.10 0.41 0.24
O2' 0.03 0.09 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.08 0.05 0.13 0.00 0.08 0.05 0.05 0.15 0.29 0.16
O3' 0.03 0.04 0.02 0.00 0.17 0.03 0.21 0.04 0.17 0.07 0.10 0.20 0.06 0.08 0.00 0.03 0.13 0.53 0.17 0.18
O4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.05 0.06 0.02 0.05 0.03 0.00 0.07 0.22 0.57 0.42
O5' 0.02 0.15 0.04 0.08 0.26 0.02 0.27 0.00 0.21 0.12 0.22 0.28 0.11 0.05 0.13 0.07 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.13 0.10 0.13 0.29 0.10 0.08 0.13 0.14 0.15 0.12 0.10 0.09 0.10 0.15 0.53 0.22 0.03 0.00 0.06 0.00
OP2 0.51 0.42 0.27 0.05 0.35 0.24 0.42 0.04 0.52 0.49 0.37 0.29 0.41 0.29 0.17 0.57 0.01 0.06 0.00 0.01
P 0.33 0.22 0.15 0.03 0.13 0.16 0.13 0.01 0.23 0.27 0.17 0.08 0.24 0.16 0.18 0.42 0.01 0.00 0.01 0.00