ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48323

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.016, 0.045, 0.073, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.045 std_dev=0.028
C4 A 0, 0.017, 0.055, 0.092, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.055 std_dev=0.037
N7 A 0, 0.025, 0.062, 0.100, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.062 std_dev=0.037
N1 A 0, 0.014, 0.057, 0.100, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.057 std_dev=0.043
C2 A 0, 0.014, 0.063, 0.112, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.063 std_dev=0.049
N3 A 0, 0.011, 0.061, 0.111, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.061 std_dev=0.050
C8 A 0, 0.036, 0.087, 0.138, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.087 std_dev=0.051
N9 A 0, 0.033, 0.090, 0.148, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.090 std_dev=0.058
C1' A 0, 0.015, 0.076, 0.137, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.076 std_dev=0.061
N6 A 0, 0.017, 0.080, 0.142, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.080 std_dev=0.063
O3' A 0, 0.189, 0.474, 0.759, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.474 std_dev=0.285
O2' B 0, 0.067, 0.378, 0.690, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.378 std_dev=0.312
C2' B 0, 0.165, 0.485, 0.805, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.485 std_dev=0.320
C1' B 0, 0.279, 0.700, 1.121, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.700 std_dev=0.421
C3' B 0, 0.082, 0.518, 0.954, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.518 std_dev=0.436
C3' A 0, 0.199, 0.712, 1.224, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.712 std_dev=0.513
O2 B 0, 0.220, 0.797, 1.373, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.797 std_dev=0.576
C2 B 0, 0.430, 1.017, 1.604, 1.358 max_d=1.358 avg_d=1.017 std_dev=0.587
C2' A 0, 0.194, 0.892, 1.591, 1.960 max_d=1.960 avg_d=0.892 std_dev=0.698
N1 B 0, 0.510, 1.256, 2.001, 1.959 max_d=1.959 avg_d=1.256 std_dev=0.746
O3' B 0, 0.552, 1.363, 2.174, 2.136 max_d=2.136 avg_d=1.363 std_dev=0.811
O4' A 0, 0.257, 1.080, 1.902, 2.316 max_d=2.316 avg_d=1.080 std_dev=0.823
C4' A 0, 0.193, 1.161, 2.129, 2.688 max_d=2.688 avg_d=1.161 std_dev=0.968
N3 B 0, 0.637, 1.613, 2.589, 2.629 max_d=2.629 avg_d=1.613 std_dev=0.976
O4' B 0, 0.116, 1.110, 2.104, 2.721 max_d=2.721 avg_d=1.110 std_dev=0.994
C4' B 0, -0.175, 0.826, 1.828, 2.540 max_d=2.540 avg_d=0.826 std_dev=1.002
O2' A 0, 0.360, 1.585, 2.811, 3.444 max_d=3.444 avg_d=1.585 std_dev=1.225
C6 B 0, 0.733, 2.170, 3.607, 4.043 max_d=4.043 avg_d=2.170 std_dev=1.437
C4 B 0, 0.870, 2.393, 3.917, 4.238 max_d=4.238 avg_d=2.393 std_dev=1.523
C5' B 0, -0.428, 1.281, 2.990, 4.224 max_d=4.224 avg_d=1.281 std_dev=1.709
C5' A 0, 0.425, 2.175, 3.925, 4.890 max_d=4.890 avg_d=2.175 std_dev=1.750
C5 B 0, 0.919, 2.738, 4.557, 5.119 max_d=5.119 avg_d=2.738 std_dev=1.819
N4 B 0, 1.022, 2.952, 4.881, 5.413 max_d=5.413 avg_d=2.952 std_dev=1.929
O5' A 0, 0.411, 2.658, 4.905, 6.224 max_d=6.224 avg_d=2.658 std_dev=2.247
OP2 A 0, 0.789, 3.240, 5.692, 6.908 max_d=6.908 avg_d=3.240 std_dev=2.452
O5' B 0, -0.326, 2.220, 4.767, 6.554 max_d=6.554 avg_d=2.220 std_dev=2.547
P A 0, 0.628, 3.462, 6.295, 7.895 max_d=7.895 avg_d=3.462 std_dev=2.833
OP1 B 0, -0.430, 2.938, 6.306, 8.669 max_d=8.669 avg_d=2.938 std_dev=3.368
P B 0, -0.455, 3.066, 6.587, 9.059 max_d=9.059 avg_d=3.066 std_dev=3.521
OP1 A 0, 0.540, 4.143, 7.746, 9.924 max_d=9.924 avg_d=4.143 std_dev=3.603
OP2 B 0, -0.574, 3.529, 7.633, 10.523 max_d=10.523 avg_d=3.529 std_dev=4.104

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.07 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.36 0.49 0.25 0.31
C2 0.08 0.00 0.07 0.18 0.01 0.48 0.01 0.64 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.34 0.10 0.50 0.16 0.25 0.38 0.09
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.05 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.36 0.43 0.20 0.14
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.05 0.09 0.13 0.18 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.49 0.18
C4 0.04 0.01 0.04 0.08 0.00 0.19 0.00 0.21 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.09 0.24 0.33 0.71 0.63 0.45
C4' 0.02 0.48 0.01 0.01 0.19 0.00 0.06 0.01 0.17 0.26 0.36 0.46 0.08 0.17 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.05
C5 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.09 0.10 0.62 1.14 1.01 0.81
C5' 0.01 0.64 0.01 0.01 0.21 0.01 0.05 0.00 0.18 0.46 0.46 0.59 0.06 0.35 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02
C6 0.04 0.01 0.04 0.05 0.01 0.17 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.09 0.21 0.46 1.02 0.97 0.69
C8 0.02 0.02 0.05 0.09 0.02 0.26 0.01 0.46 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.29 0.09 0.23 1.08 1.53 1.21 1.21
N1 0.07 0.01 0.05 0.13 0.02 0.36 0.00 0.46 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.26 0.10 0.38 0.13 0.59 0.67 0.33
N3 0.08 0.01 0.07 0.18 0.01 0.46 0.01 0.59 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.31 0.09 0.51 0.14 0.21 0.28 0.08
N6 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.08 0.02 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.10 0.08 0.13 0.64 1.31 1.21 0.93
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.17 0.01 0.35 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.18 0.10 0.13 1.02 1.62 1.35 1.25
N9 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.59 0.90 0.68 0.65
O2' 0.02 0.34 0.01 0.01 0.15 0.01 0.05 0.01 0.14 0.29 0.26 0.31 0.10 0.18 0.06 0.00 0.03 0.02 0.32 0.42 0.36 0.08
O3' 0.06 0.10 0.02 0.01 0.09 0.01 0.09 0.02 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.03 0.00 0.02 0.12 0.25 0.54 0.29
O4' 0.01 0.50 0.02 0.01 0.24 0.00 0.10 0.01 0.21 0.23 0.38 0.51 0.13 0.13 0.01 0.02 0.02 0.00 0.23 0.31 0.34 0.25
O5' 0.36 0.16 0.36 0.04 0.33 0.01 0.62 0.01 0.46 1.08 0.13 0.14 0.64 1.02 0.59 0.32 0.12 0.23 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.49 0.25 0.43 0.04 0.71 0.02 1.14 0.02 1.02 1.53 0.59 0.21 1.31 1.62 0.90 0.42 0.25 0.31 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.38 0.20 0.49 0.63 0.08 1.01 0.01 0.97 1.21 0.67 0.28 1.21 1.35 0.68 0.36 0.54 0.34 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.31 0.09 0.14 0.18 0.45 0.05 0.81 0.02 0.69 1.21 0.33 0.08 0.93 1.25 0.65 0.08 0.29 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.79 0.19 0.17 1.88 0.13 1.84 0.49 1.34 0.84 1.37 2.37 0.17 0.13 0.14 0.25 1.00 0.97 1.96 1.35
C2 0.26 0.46 0.19 0.19 1.64 0.28 1.79 0.72 1.35 0.74 0.97 1.97 0.32 0.17 0.14 0.35 1.41 1.44 2.38 1.82
C2' 0.27 0.91 0.11 0.09 1.99 0.09 1.86 0.35 1.33 0.86 1.53 2.53 0.34 0.08 0.04 0.22 0.83 0.73 1.76 1.14
C3' 0.34 0.93 0.21 0.19 2.10 0.16 2.03 0.53 1.48 0.95 1.56 2.67 0.31 0.11 0.11 0.31 1.03 1.00 2.04 1.40
C4 0.25 0.72 0.16 0.16 1.76 0.12 1.72 0.47 1.27 0.79 1.28 2.15 0.10 0.12 0.13 0.23 1.00 0.95 1.87 1.32
C4' 0.46 1.00 0.38 0.37 2.26 0.34 2.24 0.76 1.67 1.08 1.64 2.86 0.31 0.25 0.31 0.46 1.25 1.30 2.28 1.66
C5 0.22 0.77 0.14 0.13 1.63 0.08 1.54 0.31 1.15 0.75 1.28 1.93 0.21 0.09 0.16 0.15 0.76 0.65 1.51 1.00
C5' 0.51 1.17 0.41 0.38 2.50 0.36 2.42 0.78 1.79 1.19 1.88 3.17 0.48 0.20 0.33 0.50 1.19 1.24 2.18 1.59
C6 0.23 0.68 0.16 0.15 1.49 0.10 1.47 0.38 1.14 0.74 1.14 1.69 0.10 0.12 0.16 0.18 0.88 0.77 1.60 1.12
C8 0.22 0.84 0.12 0.11 1.70 0.12 1.56 0.19 1.12 0.75 1.38 2.09 0.36 0.06 0.16 0.12 0.55 0.41 1.31 0.76
N1 0.24 0.48 0.18 0.18 1.51 0.22 1.64 0.62 1.27 0.72 0.95 1.70 0.30 0.16 0.14 0.29 1.25 1.22 2.09 1.59
N3 0.27 0.58 0.19 0.18 1.75 0.23 1.82 0.65 1.35 0.77 1.13 2.17 0.17 0.15 0.12 0.32 1.29 1.31 2.27 1.69
N6 0.21 0.69 0.14 0.14 1.22 0.09 1.19 0.23 0.95 0.68 1.02 1.34 0.22 0.11 0.22 0.11 0.63 0.47 1.20 0.78
N7 0.20 0.84 0.10 0.09 1.58 0.15 1.43 0.13 1.03 0.72 1.33 1.91 0.40 0.04 0.18 0.12 0.45 0.29 1.13 0.62
N9 0.25 0.80 0.15 0.14 1.81 0.08 1.72 0.38 1.26 0.80 1.37 2.24 0.21 0.10 0.14 0.19 0.85 0.78 1.72 1.15
O2' 0.19 0.77 0.17 0.18 1.74 0.21 1.61 0.19 1.12 0.70 1.35 2.23 0.30 0.18 0.19 0.15 0.67 0.52 1.58 0.94
O3' 0.34 0.78 0.24 0.23 1.89 0.20 1.90 0.58 1.40 0.86 1.34 2.41 0.19 0.20 0.15 0.32 1.15 1.16 2.22 1.55
O4' 0.47 0.96 0.41 0.40 2.17 0.36 2.16 0.77 1.62 1.05 1.57 2.72 0.27 0.31 0.36 0.46 1.26 1.31 2.25 1.66
O5' 0.12 0.67 0.26 0.31 2.06 0.35 1.93 0.08 1.24 0.63 1.44 2.80 0.05 0.52 0.41 0.15 0.47 0.49 1.50 0.87
OP1 0.81 0.21 1.01 1.11 1.63 1.18 1.39 0.79 0.63 0.06 1.05 2.44 0.45 1.34 1.23 0.90 0.48 0.54 0.52 0.14
OP2 0.86 0.09 0.99 1.05 1.28 1.17 1.02 0.86 0.37 0.13 0.82 1.99 0.51 1.20 1.01 0.97 0.62 0.68 0.21 0.34
P 0.44 0.47 0.60 0.66 1.83 0.74 1.61 0.36 0.90 0.34 1.27 2.59 0.18 0.88 0.72 0.51 0.07 0.10 0.87 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.28 0.00 0.34 0.25 0.40 0.39
C2 0.03 0.00 0.13 0.16 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.24 0.08 0.42 0.39 0.55 0.56
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.09 0.21 0.11 0.02 0.10 0.08 0.21 0.00 0.01 0.02 0.72 0.49 0.89 0.73
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.28 0.00 0.31 0.01 0.29 0.18 0.22 0.30 0.13 0.01 0.01 0.01 0.38 0.16 0.34 0.31
C4 0.03 0.01 0.07 0.28 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.10 0.01 0.51 0.55 0.71 0.75
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.13 0.05 0.04 0.09 0.11 0.27 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.02
C5 0.01 0.00 0.09 0.31 0.01 0.13 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.37 0.17 0.05 0.55 0.59 0.77 0.82
C5' 0.09 0.09 0.21 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.05 0.07 0.02 0.15 0.05 0.20 0.02 0.02 0.05 0.19 0.03
C6 0.00 0.00 0.11 0.29 0.01 0.13 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.13 0.08 0.56 0.52 0.71 0.75
N1 0.01 0.01 0.02 0.18 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.19 0.10 0.01 0.46 0.39 0.56 0.58
N3 0.03 0.01 0.10 0.22 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.26 0.18 0.06 0.46 0.47 0.62 0.65
N4 0.03 0.02 0.08 0.30 0.00 0.09 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.38 0.13 0.01 0.50 0.58 0.73 0.78
O2 0.05 0.01 0.21 0.13 0.01 0.11 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.11 0.42 0.15 0.37 0.32 0.47 0.46
O2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.35 0.27 0.37 0.05 0.31 0.19 0.26 0.38 0.11 0.00 0.03 0.18 0.41 0.17 0.79 0.45
O3' 0.28 0.24 0.01 0.01 0.10 0.01 0.17 0.20 0.13 0.10 0.18 0.13 0.42 0.03 0.00 0.20 0.08 0.35 0.06 0.09
O4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.08 0.01 0.06 0.01 0.15 0.18 0.20 0.00 0.00 0.04 0.07 0.05
O5' 0.34 0.42 0.72 0.38 0.51 0.02 0.55 0.02 0.56 0.46 0.46 0.50 0.37 0.41 0.08 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.25 0.39 0.49 0.16 0.55 0.05 0.59 0.05 0.52 0.39 0.47 0.58 0.32 0.17 0.35 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 0.55 0.89 0.34 0.71 0.07 0.77 0.19 0.71 0.56 0.62 0.73 0.47 0.79 0.06 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.39 0.56 0.73 0.31 0.75 0.02 0.82 0.03 0.75 0.58 0.65 0.78 0.46 0.45 0.09 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00