ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48324

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.011
O4' A 0, 0.006, 0.053, 0.100, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.053 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.027, 0.075, 0.124, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.075 std_dev=0.049
C3' A 0, 0.026, 0.080, 0.134, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.080 std_dev=0.054
C4' A 0, 0.008, 0.063, 0.118, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.063 std_dev=0.055
O3' A 0, 0.038, 0.096, 0.154, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.096 std_dev=0.058
C5' A 0, 0.030, 0.122, 0.215, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.122 std_dev=0.092
O2' A 0, 0.036, 0.135, 0.233, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.135 std_dev=0.098
N3 B 0, 0.055, 0.168, 0.280, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.168 std_dev=0.113
C2 B 0, 0.055, 0.172, 0.289, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.172 std_dev=0.117
C6 B 0, 0.062, 0.183, 0.303, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.183 std_dev=0.120
N1 B 0, 0.061, 0.182, 0.302, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.182 std_dev=0.121
P A 0, 0.053, 0.173, 0.294, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.173 std_dev=0.121
C5 B 0, 0.053, 0.177, 0.300, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.177 std_dev=0.123
O2 B 0, 0.059, 0.182, 0.306, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.182 std_dev=0.123
C4 B 0, 0.049, 0.173, 0.296, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.173 std_dev=0.124
O5' A 0, -0.002, 0.122, 0.246, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.122 std_dev=0.124
C1' B 0, 0.075, 0.210, 0.345, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.210 std_dev=0.135
O4' B 0, 0.087, 0.228, 0.369, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.228 std_dev=0.141
OP1 A 0, 0.072, 0.223, 0.373, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.223 std_dev=0.151
N4 B 0, 0.038, 0.190, 0.341, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.190 std_dev=0.151
C2' B 0, 0.074, 0.227, 0.380, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.227 std_dev=0.153
OP2 A 0, 0.027, 0.194, 0.361, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.194 std_dev=0.167
C4' B 0, 0.107, 0.281, 0.454, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.281 std_dev=0.174
C3' B 0, 0.103, 0.285, 0.467, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.285 std_dev=0.182
O2' B 0, 0.081, 0.266, 0.451, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.266 std_dev=0.185
C5' B 0, 0.116, 0.308, 0.500, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.308 std_dev=0.192
O3' B 0, 0.113, 0.317, 0.522, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.317 std_dev=0.204
O5' B 0, 0.110, 0.323, 0.537, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.323 std_dev=0.213
OP2 B 0, 0.091, 0.313, 0.535, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.313 std_dev=0.222
P B 0, 0.105, 0.342, 0.579, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.342 std_dev=0.237
OP1 B 0, 0.095, 0.375, 0.654, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.375 std_dev=0.279

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.10 0.05
C2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.04 0.03 0.02 0.05 0.09 0.03
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.13 0.06
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.13 0.07
C4 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.03 0.05 0.08 0.04
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.09 0.04
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.07 0.04
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.07 0.04
C8 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.08 0.05
N1 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.03 0.02 0.02 0.04 0.08 0.03
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.04 0.02 0.02 0.06 0.09 0.04
N6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.07 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.09 0.04
O2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.09 0.10 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.06 0.13 0.06
O3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.10 0.14 0.07
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.08 0.09 0.05
O5' 0.02 0.02 0.06 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.07 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.06 0.05 0.06 0.09 0.05 0.08 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.05 0.05 0.06 0.10 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01
OP2 0.10 0.09 0.13 0.13 0.08 0.09 0.07 0.03 0.07 0.08 0.08 0.09 0.06 0.07 0.09 0.13 0.14 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.03 0.06 0.07 0.04 0.04 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.06 0.03 0.06 0.05 0.05 0.07 0.03 0.07 0.05 0.04 0.03 0.03 0.09 0.05
C2 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.11 0.07
C2' 0.04 0.07 0.03 0.01 0.08 0.03 0.06 0.04 0.05 0.05 0.08 0.09 0.07 0.04 0.03 0.04 0.01 0.04 0.07 0.04
C3' 0.04 0.07 0.03 0.02 0.08 0.03 0.07 0.04 0.06 0.05 0.08 0.10 0.07 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03 0.07 0.04
C4 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.05 0.04 0.03 0.03 0.09 0.05
C4' 0.04 0.04 0.04 0.02 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.04 0.06 0.08 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.09 0.06
C5 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.02 0.02 0.04 0.08 0.05
C5' 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.04 0.08 0.04 0.07 0.06 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05 0.05 0.04 0.03 0.10 0.06
C6 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.04 0.07 0.04 0.06 0.02 0.03 0.04 0.08 0.06
C8 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.05 0.06 0.02 0.02 0.05 0.08 0.05
N1 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.09 0.06
N3 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.04 0.07 0.04 0.05 0.04 0.04 0.10 0.06
N6 0.05 0.08 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.07 0.04 0.10 0.06 0.08 0.03 0.05 0.06 0.08 0.07
N7 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.07 0.01 0.03 0.06 0.07 0.06
N9 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.04 0.06 0.02 0.06 0.05 0.03 0.02 0.03 0.08 0.05
O2' 0.05 0.09 0.04 0.03 0.11 0.05 0.09 0.06 0.08 0.07 0.11 0.12 0.09 0.05 0.03 0.06 0.02 0.04 0.05 0.04
O3' 0.05 0.07 0.05 0.03 0.09 0.04 0.08 0.05 0.07 0.07 0.09 0.11 0.06 0.06 0.04 0.05 0.02 0.02 0.08 0.04
O4' 0.04 0.04 0.05 0.03 0.07 0.02 0.07 0.03 0.07 0.05 0.05 0.08 0.03 0.06 0.05 0.03 0.04 0.04 0.10 0.06
O5' 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.03 0.06 0.02 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.08 0.05 0.04 0.03 0.04 0.09 0.06
OP1 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.01 0.03 0.05 0.09 0.06
OP2 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.08 0.06 0.10 0.08 0.09 0.04 0.07 0.07 0.11 0.09
P 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.06 0.01 0.04 0.05 0.09 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.08 0.13 0.09
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.04 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.11 0.16 0.11
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.07 0.11 0.15 0.11
C5' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.09 0.13 0.10
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.11 0.08
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.09 0.15 0.10
N4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.07 0.12 0.17 0.11
O2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.05 0.06 0.12 0.08
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.07 0.05
O5' 0.04 0.06 0.03 0.03 0.07 0.01 0.07 0.00 0.07 0.06 0.07 0.07 0.05 0.03 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.04 0.08 0.04 0.05 0.11 0.01 0.11 0.01 0.09 0.07 0.09 0.12 0.06 0.04 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.13 0.04 0.04 0.16 0.01 0.15 0.01 0.13 0.11 0.15 0.17 0.12 0.05 0.04 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.04 0.04 0.11 0.01 0.11 0.01 0.10 0.08 0.10 0.11 0.08 0.04 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00