ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48325

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.011, 0.029, 0.046, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.029 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.015, 0.037, 0.058, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.037 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.015, 0.037, 0.059, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.037 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.018, 0.044, 0.070, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.044 std_dev=0.026
C4 A 0, 0.018, 0.044, 0.070, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.044 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.017, 0.047, 0.076, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.047 std_dev=0.029
N6 A 0, 0.017, 0.048, 0.078, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.048 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.025, 0.064, 0.102, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.064 std_dev=0.039
C2' B 0, 0.191, 0.533, 0.875, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.533 std_dev=0.342
C3' B 0, 0.201, 0.628, 1.055, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.628 std_dev=0.427
O2' B 0, 0.216, 0.800, 1.384, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.800 std_dev=0.584
C2' A 0, 0.139, 1.042, 1.945, 2.289 max_d=2.289 avg_d=1.042 std_dev=0.903
O4' A 0, 0.015, 0.968, 1.922, 2.308 max_d=2.308 avg_d=0.968 std_dev=0.954
O2' A 0, 0.249, 1.324, 2.398, 2.902 max_d=2.902 avg_d=1.324 std_dev=1.075
O3' B 0, 0.285, 1.548, 2.811, 2.966 max_d=2.966 avg_d=1.548 std_dev=1.263
C3' A 0, 0.266, 1.593, 2.919, 3.343 max_d=3.343 avg_d=1.593 std_dev=1.327
C4' A 0, 0.182, 1.536, 2.891, 3.413 max_d=3.413 avg_d=1.536 std_dev=1.355
C1' B 0, 0.296, 1.732, 3.168, 3.399 max_d=3.399 avg_d=1.732 std_dev=1.436
O3' A 0, 0.484, 2.037, 3.589, 3.835 max_d=3.835 avg_d=2.037 std_dev=1.553
C4' B 0, 0.342, 2.069, 3.795, 3.900 max_d=3.900 avg_d=2.069 std_dev=1.726
O5' A 0, 0.732, 2.743, 4.754, 5.467 max_d=5.467 avg_d=2.743 std_dev=2.011
O2 B 0, 0.307, 2.452, 4.596, 5.888 max_d=5.888 avg_d=2.452 std_dev=2.145
O4' B 0, 0.354, 2.568, 4.782, 4.779 max_d=4.779 avg_d=2.568 std_dev=2.214
C5' A 0, 0.265, 2.619, 4.972, 5.972 max_d=5.972 avg_d=2.619 std_dev=2.354
C5' B 0, 0.459, 2.816, 5.174, 5.523 max_d=5.523 avg_d=2.816 std_dev=2.357
N1 B 0, 0.270, 2.647, 5.024, 5.531 max_d=5.531 avg_d=2.647 std_dev=2.377
O5' B 0, 0.523, 3.013, 5.503, 5.538 max_d=5.538 avg_d=3.013 std_dev=2.490
C2 B 0, 0.429, 3.058, 5.687, 6.788 max_d=6.788 avg_d=3.058 std_dev=2.629
OP1 A 0, 1.395, 4.183, 6.972, 7.815 max_d=7.815 avg_d=4.183 std_dev=2.789
P A 0, 1.064, 3.882, 6.700, 7.523 max_d=7.523 avg_d=3.882 std_dev=2.818
OP2 A 0, 1.642, 4.754, 7.866, 7.868 max_d=7.868 avg_d=4.754 std_dev=3.112
C6 B 0, 0.290, 3.521, 6.753, 6.849 max_d=6.849 avg_d=3.521 std_dev=3.232
OP1 B 0, 0.843, 4.190, 7.536, 7.622 max_d=7.622 avg_d=4.190 std_dev=3.347
N3 B 0, 0.570, 4.277, 7.985, 9.268 max_d=9.268 avg_d=4.277 std_dev=3.707
P B 0, 0.499, 4.209, 7.919, 8.101 max_d=8.101 avg_d=4.209 std_dev=3.710
C5 B 0, 0.252, 4.577, 8.901, 9.016 max_d=9.016 avg_d=4.577 std_dev=4.325
OP2 B 0, 0.301, 4.730, 9.158, 9.824 max_d=9.824 avg_d=4.730 std_dev=4.428
C4 B 0, 0.439, 4.955, 9.471, 10.240 max_d=10.240 avg_d=4.955 std_dev=4.516
N4 B 0, 0.578, 6.176, 11.773, 12.655 max_d=12.655 avg_d=6.176 std_dev=5.597

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.19 0.06 0.25 0.22
C2 0.03 0.00 0.48 0.28 0.00 0.44 0.01 0.64 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.57 0.36 0.56 0.48 0.52 0.79 0.64
C2' 0.00 0.48 0.00 0.01 0.25 0.02 0.13 0.02 0.23 0.24 0.38 0.47 0.17 0.12 0.03 0.00 0.06 0.02 0.17 0.31 0.30 0.21
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.21 0.01 0.28 0.03 0.27 0.39 0.27 0.27 0.31 0.38 0.20 0.03 0.02 0.03 0.20 0.46 0.34 0.28
C4 0.02 0.00 0.25 0.21 0.00 0.17 0.00 0.21 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.23 0.18 0.31 0.39 0.31 0.79 0.55
C4' 0.03 0.44 0.02 0.01 0.17 0.00 0.06 0.00 0.13 0.33 0.31 0.44 0.08 0.25 0.07 0.19 0.01 0.00 0.02 0.20 0.10 0.05
C5 0.01 0.01 0.13 0.28 0.00 0.06 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.22 0.16 0.57 0.56 1.14 0.79
C5' 0.02 0.64 0.02 0.03 0.21 0.00 0.18 0.00 0.22 0.57 0.45 0.59 0.21 0.48 0.17 0.17 0.06 0.01 0.01 0.22 0.13 0.03
C6 0.02 0.00 0.23 0.27 0.01 0.13 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.25 0.27 0.52 0.54 1.20 0.79
C8 0.01 0.01 0.24 0.39 0.00 0.33 0.00 0.57 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.45 0.33 0.25 0.84 0.82 1.14 0.97
N1 0.03 0.00 0.38 0.27 0.00 0.31 0.01 0.45 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.41 0.31 0.45 0.46 0.46 1.01 0.69
N3 0.04 0.00 0.47 0.27 0.00 0.44 0.00 0.59 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.56 0.33 0.56 0.43 0.46 0.64 0.55
N6 0.01 0.01 0.17 0.31 0.01 0.08 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.28 0.20 0.63 0.72 1.43 0.95
N7 0.00 0.01 0.12 0.38 0.00 0.25 0.00 0.48 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.35 0.32 0.11 0.83 0.89 1.37 1.06
N9 0.00 0.00 0.03 0.20 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.11 0.03 0.46 0.35 0.70 0.55
O2' 0.02 0.57 0.00 0.03 0.23 0.19 0.14 0.17 0.20 0.45 0.41 0.56 0.15 0.35 0.14 0.00 0.11 0.14 0.04 0.24 0.29 0.12
O3' 0.08 0.36 0.06 0.02 0.18 0.01 0.22 0.06 0.25 0.33 0.31 0.33 0.28 0.32 0.11 0.11 0.00 0.02 0.18 0.64 0.46 0.38
O4' 0.01 0.56 0.02 0.03 0.31 0.00 0.16 0.01 0.27 0.25 0.45 0.56 0.20 0.11 0.03 0.14 0.02 0.00 0.17 0.12 0.22 0.24
O5' 0.19 0.48 0.17 0.20 0.39 0.02 0.57 0.01 0.52 0.84 0.46 0.43 0.63 0.83 0.46 0.04 0.18 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.52 0.31 0.46 0.31 0.20 0.56 0.22 0.54 0.82 0.46 0.46 0.72 0.89 0.35 0.24 0.64 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.25 0.79 0.30 0.34 0.79 0.10 1.14 0.13 1.20 1.14 1.01 0.64 1.43 1.37 0.70 0.29 0.46 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.22 0.64 0.21 0.28 0.55 0.05 0.79 0.03 0.79 0.97 0.69 0.55 0.95 1.06 0.55 0.12 0.38 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 1.04 0.09 0.21 2.11 0.54 1.82 0.43 1.17 0.73 1.74 2.71 0.78 0.18 0.37 0.42 0.64 0.86 1.55 0.89
C2 0.33 1.37 0.10 0.15 2.49 0.27 2.29 0.24 1.62 1.11 2.04 2.96 1.12 0.34 0.55 0.11 0.87 0.95 1.86 1.19
C2' 0.39 0.98 0.35 0.41 1.81 0.82 1.43 0.67 0.79 0.51 1.59 2.41 1.01 0.37 0.46 0.70 0.33 0.69 1.11 0.53
C3' 0.42 0.82 0.38 0.48 1.85 0.85 1.53 0.70 0.87 0.45 1.51 2.52 0.75 0.46 0.53 0.75 0.49 0.79 1.29 0.73
C4 0.06 1.04 0.09 0.20 2.05 0.50 1.78 0.36 1.17 0.75 1.72 2.55 0.76 0.21 0.38 0.37 0.61 0.76 1.45 0.83
C4' 0.29 1.21 0.25 0.26 2.49 0.45 2.23 0.52 1.53 1.00 2.00 3.21 0.75 0.18 0.30 0.44 0.99 1.19 2.00 1.31
C5 0.22 0.92 0.14 0.22 1.73 0.57 1.47 0.44 0.98 0.64 1.51 2.11 0.62 0.14 0.27 0.53 0.50 0.65 1.14 0.63
C5' 0.55 1.36 0.39 0.39 2.72 0.54 2.46 0.67 1.75 1.19 2.18 3.49 0.78 0.26 0.35 0.65 1.17 1.35 2.16 1.51
C6 0.13 0.95 0.13 0.20 1.70 0.48 1.47 0.32 1.02 0.69 1.49 1.98 0.61 0.18 0.29 0.40 0.48 0.58 1.13 0.62
C8 0.37 0.86 0.17 0.25 1.67 0.69 1.41 0.61 0.94 0.61 1.45 2.12 0.59 0.09 0.21 0.71 0.56 0.77 1.09 0.67
N1 0.23 1.20 0.08 0.16 2.14 0.30 1.96 0.18 1.42 0.98 1.79 2.43 0.89 0.31 0.46 0.12 0.72 0.75 1.54 0.95
N3 0.21 1.27 0.08 0.17 2.41 0.37 2.16 0.27 1.47 0.98 1.98 2.97 1.02 0.29 0.50 0.15 0.79 0.91 1.79 1.10
N6 0.38 0.88 0.21 0.21 1.31 0.54 1.13 0.41 0.83 0.65 1.23 1.49 0.65 0.06 0.16 0.58 0.39 0.48 0.79 0.44
N7 0.44 0.88 0.20 0.25 1.56 0.69 1.31 0.63 0.92 0.65 1.39 1.92 0.62 0.06 0.17 0.76 0.55 0.73 0.96 0.63
N9 0.16 0.96 0.11 0.22 1.94 0.58 1.65 0.47 1.07 0.66 1.62 2.46 0.68 0.16 0.32 0.51 0.57 0.77 1.35 0.77
O2' 0.40 1.23 0.31 0.26 1.92 0.70 1.53 0.54 0.92 0.73 1.77 2.48 1.29 0.22 0.34 0.60 0.30 0.64 1.22 0.52
O3' 0.43 0.90 0.41 0.48 1.86 0.85 1.55 0.71 0.88 0.49 1.54 2.54 0.93 0.47 0.55 0.75 0.52 0.86 1.41 0.80
O4' 0.39 1.37 0.40 0.37 2.63 0.39 2.36 0.52 1.67 1.15 2.16 3.31 0.86 0.29 0.42 0.39 1.08 1.21 2.04 1.36
O5' 0.69 1.07 0.57 0.62 2.32 0.81 2.04 0.70 1.40 0.94 1.84 3.06 0.54 0.63 0.62 0.84 0.85 1.02 1.58 1.07
OP1 0.85 1.13 0.67 0.69 2.37 0.85 2.17 0.73 1.53 1.07 1.83 3.12 0.70 0.72 0.69 0.94 0.96 1.11 1.79 1.24
OP2 1.50 1.30 1.47 1.49 2.04 1.60 1.84 1.41 1.49 1.33 1.70 2.65 1.16 1.51 1.46 1.58 1.20 1.24 1.19 1.13
P 1.02 1.18 0.92 0.94 2.30 1.06 2.05 0.89 1.47 1.11 1.84 3.03 0.83 0.98 0.93 1.10 0.93 1.03 1.51 1.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.01 0.13 0.13 0.23 0.12
C2 0.01 0.00 0.16 0.29 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.11 0.09 0.13 0.14 0.08 0.06
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.03 0.01 0.16 0.18 0.20 0.02 0.11 0.03 0.32 0.00 0.05 0.02 0.39 0.38 0.54 0.42
C3' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.37 0.00 0.33 0.01 0.27 0.23 0.35 0.41 0.25 0.03 0.01 0.03 0.05 0.07 0.03 0.02
C4 0.00 0.01 0.03 0.37 0.00 0.15 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.38 0.20 0.01 0.24 0.22 0.21 0.19
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.15 0.00 0.17 0.01 0.16 0.09 0.10 0.16 0.06 0.30 0.03 0.00 0.02 0.16 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.16 0.33 0.00 0.17 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.42 0.24 0.06 0.23 0.20 0.24 0.17
C5' 0.05 0.09 0.18 0.01 0.18 0.01 0.19 0.00 0.15 0.07 0.13 0.21 0.09 0.10 0.20 0.00 0.01 0.18 0.03 0.03
C6 0.01 0.01 0.20 0.27 0.00 0.16 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.37 0.16 0.09 0.13 0.11 0.23 0.08
N1 0.01 0.00 0.02 0.23 0.00 0.09 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.03 0.01 0.08 0.09 0.15 0.01
N3 0.01 0.00 0.11 0.35 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.12 0.07 0.19 0.18 0.15 0.13
N4 0.00 0.01 0.03 0.41 0.00 0.16 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.40 0.26 0.01 0.28 0.27 0.28 0.25
O2 0.01 0.01 0.32 0.25 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.23 0.15 0.12 0.15 0.04 0.06
O2' 0.01 0.18 0.00 0.03 0.38 0.30 0.42 0.10 0.37 0.22 0.28 0.40 0.02 0.00 0.10 0.22 0.26 0.27 0.57 0.32
O3' 0.24 0.11 0.05 0.01 0.20 0.03 0.24 0.20 0.16 0.03 0.12 0.26 0.23 0.10 0.00 0.15 0.24 0.35 0.28 0.27
O4' 0.01 0.09 0.02 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.07 0.01 0.15 0.22 0.15 0.00 0.04 0.13 0.17 0.05
O5' 0.13 0.13 0.39 0.05 0.24 0.02 0.23 0.01 0.13 0.08 0.19 0.28 0.12 0.26 0.24 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.13 0.14 0.38 0.07 0.22 0.16 0.20 0.18 0.11 0.09 0.18 0.27 0.15 0.27 0.35 0.13 0.03 0.00 0.02 0.00
OP2 0.23 0.08 0.54 0.03 0.21 0.03 0.24 0.03 0.23 0.15 0.15 0.28 0.04 0.57 0.28 0.17 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.06 0.42 0.02 0.19 0.01 0.17 0.03 0.08 0.01 0.13 0.25 0.06 0.32 0.27 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00