ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48327

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.011, 0.028, 0.045, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.028 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.008, 0.033, 0.058, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.033 std_dev=0.025
N1 A 0, 0.006, 0.031, 0.056, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.012, 0.039, 0.066, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.039 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.011, 0.040, 0.069, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.040 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.025, 0.060, 0.095, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.060 std_dev=0.035
N6 A 0, 0.024, 0.060, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.060 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.027, 0.071, 0.115, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.071 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.052, 0.143, 0.234, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.143 std_dev=0.091
C2' A 0, 0.047, 0.169, 0.291, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.169 std_dev=0.122
O2' A 0, 0.045, 0.170, 0.296, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.170 std_dev=0.126
O3' A 0, 0.122, 0.330, 0.538, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.330 std_dev=0.208
C3' A 0, 0.133, 0.346, 0.559, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.346 std_dev=0.213
C4' A 0, 0.178, 0.438, 0.699, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.438 std_dev=0.261
O3' B 0, 0.187, 0.452, 0.717, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.452 std_dev=0.265
O2' B 0, 0.210, 0.501, 0.792, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.501 std_dev=0.291
C2' B 0, 0.206, 0.504, 0.803, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.504 std_dev=0.299
C3' B 0, 0.150, 0.460, 0.769, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.460 std_dev=0.309
O5' A 0, 0.202, 0.566, 0.929, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.566 std_dev=0.364
O5' B 0, 0.076, 0.471, 0.866, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.471 std_dev=0.395
N1 B 0, 0.229, 0.645, 1.062, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.645 std_dev=0.416
C4 B 0, 0.305, 0.731, 1.157, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.731 std_dev=0.426
C1' B 0, 0.188, 0.617, 1.046, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.617 std_dev=0.429
C2 B 0, 0.315, 0.744, 1.174, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.744 std_dev=0.430
P A 0, 0.121, 0.562, 1.003, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.562 std_dev=0.441
N4 B 0, 0.323, 0.767, 1.211, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.767 std_dev=0.444
C4' B 0, 0.118, 0.567, 1.016, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.567 std_dev=0.449
C5 B 0, 0.206, 0.659, 1.111, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.659 std_dev=0.452
N3 B 0, 0.324, 0.778, 1.231, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.778 std_dev=0.453
C6 B 0, 0.147, 0.611, 1.075, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.611 std_dev=0.464
OP2 B 0, 0.092, 0.564, 1.035, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.564 std_dev=0.471
O2 B 0, 0.331, 0.805, 1.278, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.805 std_dev=0.473
OP2 A 0, 0.170, 0.683, 1.195, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.683 std_dev=0.513
OP1 A 0, 0.178, 0.702, 1.225, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.702 std_dev=0.523
O4' B 0, 0.123, 0.652, 1.181, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.652 std_dev=0.529
C5' B 0, 0.073, 0.617, 1.160, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.617 std_dev=0.544
P B 0, 0.053, 0.645, 1.237, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.645 std_dev=0.592
C5' A 0, 0.429, 1.078, 1.728, 1.738 max_d=1.738 avg_d=1.078 std_dev=0.649
OP1 B 0, 0.030, 0.775, 1.520, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.775 std_dev=0.745

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.12 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.01 0.07 0.09 0.18 0.07
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.07 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.11 0.06 0.03
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.06 0.01 0.08 0.10 0.06 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.13 0.08 0.08 0.09
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.08 0.08 0.19 0.09
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.04 0.04 0.08 0.06 0.04 0.05 0.01 0.00 0.02 0.11 0.07 0.04
C5 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.12 0.09 0.25 0.16
C5' 0.03 0.11 0.01 0.03 0.13 0.00 0.18 0.00 0.18 0.18 0.15 0.10 0.22 0.20 0.12 0.06 0.03 0.01 0.01 0.05 0.14 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.18 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.06 0.03 0.13 0.09 0.27 0.17
C8 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.06 0.01 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.12 0.10 0.24 0.16
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.09 0.07 0.23 0.12
N3 0.01 0.00 0.07 0.10 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.11 0.01 0.06 0.10 0.14 0.05
N6 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.08 0.03 0.22 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.07 0.05 0.05 0.17 0.14 0.34 0.23
N7 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.06 0.01 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.14 0.12 0.28 0.19
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.12 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.07 0.16 0.09
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.05 0.05 0.06 0.06 0.03 0.07 0.03 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.14 0.03 0.03
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.08 0.01 0.05 0.03 0.06 0.02 0.07 0.11 0.05 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.15 0.11 0.05 0.09
O4' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.12 0.05 0.05
O5' 0.04 0.07 0.05 0.13 0.08 0.02 0.12 0.01 0.13 0.12 0.09 0.06 0.17 0.14 0.08 0.03 0.15 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.12 0.09 0.11 0.08 0.08 0.11 0.09 0.05 0.09 0.10 0.07 0.10 0.14 0.12 0.07 0.14 0.11 0.12 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.06 0.18 0.06 0.08 0.19 0.07 0.25 0.14 0.27 0.24 0.23 0.14 0.34 0.28 0.16 0.03 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.03 0.07 0.03 0.09 0.09 0.04 0.16 0.01 0.17 0.16 0.12 0.05 0.23 0.19 0.09 0.03 0.09 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.09 0.14 0.04 0.08 0.05 0.09 0.06 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.21 0.03 0.07 0.08 0.10 0.09 0.08
C2 0.09 0.11 0.10 0.06 0.07 0.08 0.04 0.04 0.04 0.08 0.10 0.06 0.15 0.16 0.05 0.10 0.02 0.06 0.06 0.03
C2' 0.09 0.08 0.15 0.06 0.07 0.07 0.08 0.10 0.08 0.09 0.07 0.06 0.07 0.22 0.06 0.08 0.11 0.17 0.13 0.13
C3' 0.08 0.04 0.12 0.07 0.05 0.09 0.08 0.13 0.08 0.07 0.04 0.04 0.03 0.18 0.07 0.10 0.14 0.19 0.15 0.16
C4 0.07 0.08 0.14 0.05 0.07 0.04 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.21 0.05 0.04 0.08 0.11 0.10 0.08
C4' 0.09 0.06 0.12 0.05 0.07 0.08 0.09 0.11 0.10 0.09 0.06 0.06 0.04 0.18 0.04 0.10 0.11 0.14 0.12 0.12
C5 0.10 0.09 0.15 0.07 0.10 0.08 0.11 0.11 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10 0.21 0.06 0.09 0.12 0.14 0.13 0.12
C5' 0.21 0.20 0.17 0.18 0.21 0.20 0.22 0.21 0.22 0.21 0.20 0.21 0.20 0.18 0.17 0.23 0.21 0.19 0.20 0.21
C6 0.08 0.09 0.13 0.05 0.08 0.07 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.11 0.19 0.06 0.06 0.12 0.14 0.13 0.12
C8 0.14 0.12 0.18 0.08 0.13 0.11 0.14 0.13 0.15 0.14 0.12 0.12 0.11 0.23 0.06 0.13 0.13 0.13 0.13 0.12
N1 0.09 0.11 0.10 0.05 0.06 0.06 0.03 0.01 0.04 0.08 0.10 0.06 0.16 0.15 0.04 0.08 0.05 0.10 0.08 0.06
N3 0.07 0.08 0.12 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.04 0.06 0.08 0.05 0.12 0.19 0.06 0.06 0.04 0.08 0.07 0.04
N6 0.13 0.11 0.15 0.10 0.12 0.17 0.15 0.21 0.16 0.13 0.11 0.12 0.12 0.19 0.08 0.16 0.19 0.20 0.19 0.20
N7 0.15 0.13 0.18 0.09 0.14 0.13 0.15 0.15 0.16 0.15 0.13 0.13 0.11 0.23 0.07 0.15 0.14 0.15 0.14 0.14
N9 0.10 0.09 0.15 0.05 0.09 0.06 0.10 0.08 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.21 0.04 0.08 0.09 0.11 0.10 0.09
O2' 0.13 0.11 0.18 0.10 0.11 0.11 0.12 0.13 0.12 0.12 0.11 0.10 0.10 0.26 0.10 0.12 0.15 0.21 0.17 0.16
O3' 0.05 0.02 0.09 0.05 0.03 0.07 0.05 0.12 0.05 0.04 0.02 0.03 0.02 0.16 0.05 0.08 0.12 0.20 0.14 0.16
O4' 0.11 0.10 0.15 0.05 0.10 0.06 0.11 0.08 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.21 0.03 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08
O5' 0.02 0.03 0.05 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.08 0.09 0.03 0.07 0.08 0.06 0.08
OP1 0.03 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.03 0.11 0.04 0.02 0.07 0.06 0.09 0.07 0.08 0.06 0.11 0.17 0.11 0.13
OP2 0.17 0.23 0.16 0.22 0.23 0.18 0.19 0.15 0.18 0.19 0.24 0.24 0.25 0.14 0.24 0.16 0.17 0.12 0.16 0.16
P 0.07 0.12 0.05 0.11 0.11 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.13 0.12 0.15 0.05 0.13 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.08 0.10 0.08
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.02 0.03 0.08 0.09 0.11 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.02 0.00 0.05 0.09 0.08 0.07
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04 0.05 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.02
C4 0.01 0.02 0.02 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.05 0.07 0.10 0.06
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.07 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02
C5 0.01 0.02 0.05 0.10 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.12 0.03 0.05 0.08 0.10 0.07
C5' 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.04 0.07 0.09 0.11 0.09
N1 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.08 0.09 0.11 0.08
N3 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.04 0.02 0.06 0.08 0.10 0.06
N4 0.02 0.02 0.02 0.08 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.09 0.02 0.03 0.06 0.08 0.05
O2 0.03 0.00 0.08 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.13 0.07 0.04 0.08 0.09 0.12 0.08
O2' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.05 0.07 0.04 0.06 0.04 0.02 0.07 0.05 0.13 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01
O3' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.03 0.12 0.04 0.11 0.04 0.04 0.09 0.07 0.02 0.00 0.02 0.08 0.06 0.08 0.05
O4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.00 0.08 0.06 0.09 0.06
O5' 0.07 0.08 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.08 0.06 0.03 0.08 0.01 0.08 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.08 0.09 0.09 0.07 0.07 0.04 0.08 0.02 0.09 0.09 0.08 0.06 0.09 0.03 0.06 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.11 0.08 0.02 0.10 0.02 0.10 0.02 0.11 0.11 0.10 0.08 0.12 0.03 0.08 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.08 0.07 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.09 0.08 0.06 0.05 0.08 0.01 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00