ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48328

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C4' B 0, 0.094, 0.234, 0.374, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.234 std_dev=0.140
O4' B 0, 0.109, 0.288, 0.466, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.288 std_dev=0.179
C2' B 0, 0.116, 0.310, 0.504, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.310 std_dev=0.194
C3' B 0, 0.091, 0.297, 0.504, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.297 std_dev=0.207
C5' B 0, 0.147, 0.412, 0.677, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.412 std_dev=0.265
C1' B 0, 0.148, 0.414, 0.680, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.414 std_dev=0.266
O4' A 0, 0.077, 0.370, 0.663, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.370 std_dev=0.293
C2' A 0, 0.098, 0.419, 0.740, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.419 std_dev=0.321
N1 B 0, 0.178, 0.552, 0.927, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.552 std_dev=0.375
O5' B 0, 0.180, 0.575, 0.971, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.575 std_dev=0.395
O2' B 0, 0.204, 0.611, 1.018, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.611 std_dev=0.407
C6 B 0, 0.174, 0.592, 1.010, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.592 std_dev=0.418
P B 0, 0.238, 0.671, 1.104, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.671 std_dev=0.433
C4' A 0, 0.171, 0.629, 1.086, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.629 std_dev=0.458
OP1 B 0, 0.276, 0.739, 1.203, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.739 std_dev=0.464
O2' A 0, 0.181, 0.649, 1.116, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.649 std_dev=0.467
O3' B 0, 0.194, 0.663, 1.133, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.663 std_dev=0.469
C3' A 0, 0.159, 0.658, 1.157, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.658 std_dev=0.499
C2 B 0, 0.222, 0.769, 1.315, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.769 std_dev=0.547
OP2 B 0, 0.286, 0.856, 1.426, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.856 std_dev=0.570
C5 B 0, 0.210, 0.796, 1.383, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.796 std_dev=0.587
O2 B 0, 0.239, 0.854, 1.470, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.854 std_dev=0.616
N3 B 0, 0.251, 0.937, 1.622, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.937 std_dev=0.686
C4 B 0, 0.245, 0.942, 1.638, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.942 std_dev=0.696
O3' A 0, 0.264, 0.983, 1.703, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.983 std_dev=0.720
C5' A 0, 0.369, 1.227, 2.084, 2.031 max_d=2.031 avg_d=1.227 std_dev=0.857
N4 B 0, 0.281, 1.156, 2.031, 2.009 max_d=2.009 avg_d=1.156 std_dev=0.875
O5' A 0, 0.483, 2.183, 3.883, 3.843 max_d=3.843 avg_d=2.183 std_dev=1.700
OP1 A 0, 0.693, 3.413, 6.132, 6.081 max_d=6.081 avg_d=3.413 std_dev=2.720
P A 0, 0.217, 2.997, 5.778, 5.776 max_d=5.776 avg_d=2.997 std_dev=2.780
OP2 A 0, 0.840, 4.002, 7.163, 7.106 max_d=7.106 avg_d=4.002 std_dev=3.162

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.47 0.94 0.37 0.59
C2 0.02 0.00 0.14 0.11 0.00 0.01 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.16 0.06 0.70 0.95 0.47 0.71
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.04 0.11 0.09 0.14 0.02 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.67 0.17 0.15
C3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.16 0.06 0.11 0.03 0.13 0.05 0.01 0.00 0.01 0.26 0.32 0.47 0.22
C4 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.04 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.04 0.02 0.70 0.83 0.46 0.63
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.13 0.03 0.01 0.08 0.12 0.06 0.01 0.00 0.00 0.02 0.64 0.11 0.22
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.77 0.64 0.49 0.55
C5' 0.06 0.15 0.03 0.01 0.18 0.00 0.23 0.00 0.23 0.27 0.20 0.13 0.26 0.28 0.18 0.01 0.06 0.02 0.00 0.16 0.16 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.03 0.02 0.78 0.66 0.50 0.57
C8 0.00 0.00 0.11 0.16 0.00 0.13 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.17 0.06 0.74 0.50 0.46 0.44
N1 0.02 0.00 0.09 0.06 0.01 0.03 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.11 0.05 0.76 0.82 0.50 0.66
N3 0.02 0.00 0.14 0.11 0.00 0.01 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.14 0.06 0.65 0.99 0.46 0.70
N6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.80 0.52 0.51 0.50
N7 0.00 0.00 0.07 0.13 0.00 0.12 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.13 0.04 0.78 0.43 0.49 0.42
N9 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.67 0.78 0.44 0.57
O2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.07 0.13 0.17 0.06 0.04 0.01 0.00 0.07 0.04 0.03 0.85 0.15 0.25
O3' 0.02 0.16 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.06 0.03 0.17 0.11 0.14 0.00 0.13 0.05 0.07 0.00 0.02 0.63 0.15 0.92 0.54
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.53 1.03 0.58 0.73
O5' 0.47 0.70 0.08 0.26 0.70 0.02 0.77 0.00 0.78 0.74 0.76 0.65 0.80 0.78 0.67 0.03 0.63 0.53 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.94 0.95 0.67 0.32 0.83 0.64 0.64 0.16 0.66 0.50 0.82 0.99 0.52 0.43 0.78 0.85 0.15 1.03 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.47 0.17 0.47 0.46 0.11 0.49 0.16 0.50 0.46 0.50 0.46 0.51 0.49 0.44 0.15 0.92 0.58 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.59 0.71 0.15 0.22 0.63 0.22 0.55 0.01 0.57 0.44 0.66 0.70 0.50 0.42 0.57 0.25 0.54 0.73 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.63 0.08 0.11 0.75 0.10 0.66 0.11 0.54 0.51 0.75 0.83 0.60 0.14 0.48 0.21 0.14 0.06 0.08 0.05
C2 0.36 0.60 0.12 0.13 0.60 0.12 0.52 0.16 0.46 0.49 0.64 0.62 0.63 0.05 0.49 0.23 0.05 0.07 0.04 0.10
C2' 0.23 0.56 0.06 0.23 0.68 0.20 0.59 0.22 0.47 0.43 0.68 0.77 0.54 0.22 0.62 0.14 0.02 0.22 0.08 0.20
C3' 0.24 0.60 0.03 0.18 0.77 0.20 0.66 0.21 0.52 0.47 0.75 0.87 0.56 0.20 0.57 0.13 0.06 0.22 0.07 0.18
C4 0.29 0.60 0.06 0.11 0.69 0.12 0.62 0.11 0.52 0.49 0.69 0.75 0.57 0.17 0.46 0.19 0.15 0.03 0.09 0.03
C4' 0.33 0.71 0.12 0.08 0.89 0.11 0.78 0.12 0.63 0.57 0.87 1.01 0.66 0.11 0.45 0.21 0.18 0.08 0.11 0.06
C5 0.22 0.53 0.02 0.09 0.67 0.12 0.63 0.07 0.52 0.45 0.63 0.72 0.43 0.25 0.39 0.15 0.21 0.06 0.13 0.03
C5' 0.47 0.88 0.29 0.17 1.11 0.13 0.99 0.15 0.82 0.74 1.07 1.25 0.80 0.08 0.29 0.35 0.39 0.17 0.31 0.19
C6 0.22 0.50 0.02 0.08 0.61 0.12 0.58 0.06 0.51 0.45 0.57 0.63 0.39 0.24 0.36 0.15 0.20 0.08 0.13 0.04
C8 0.19 0.51 0.01 0.09 0.71 0.12 0.66 0.06 0.53 0.43 0.65 0.80 0.40 0.27 0.41 0.14 0.22 0.06 0.14 0.04
N1 0.32 0.54 0.08 0.11 0.56 0.13 0.52 0.12 0.47 0.47 0.57 0.57 0.52 0.12 0.42 0.21 0.11 0.03 0.08 0.04
N3 0.34 0.64 0.11 0.13 0.66 0.12 0.58 0.15 0.49 0.51 0.70 0.70 0.66 0.07 0.50 0.22 0.07 0.07 0.05 0.09
N6 0.09 0.34 0.04 0.04 0.55 0.11 0.58 0.04 0.50 0.36 0.44 0.56 0.13 0.30 0.25 0.07 0.28 0.16 0.18 0.12
N7 0.15 0.45 0.02 0.08 0.68 0.11 0.65 0.05 0.52 0.40 0.60 0.76 0.30 0.30 0.37 0.11 0.26 0.09 0.16 0.08
N9 0.26 0.59 0.05 0.11 0.73 0.12 0.65 0.10 0.53 0.48 0.71 0.80 0.54 0.19 0.46 0.18 0.17 0.04 0.10 0.02
O2' 0.22 0.53 0.12 0.30 0.64 0.24 0.53 0.27 0.42 0.40 0.65 0.72 0.53 0.25 0.70 0.14 0.05 0.27 0.13 0.25
O3' 0.21 0.57 0.06 0.25 0.73 0.25 0.61 0.28 0.47 0.43 0.71 0.83 0.54 0.22 0.64 0.10 0.02 0.34 0.17 0.29
O4' 0.31 0.67 0.12 0.07 0.81 0.09 0.71 0.10 0.58 0.53 0.81 0.91 0.63 0.10 0.42 0.20 0.18 0.04 0.12 0.03
O5' 1.15 1.68 1.02 0.77 1.86 0.60 1.68 0.52 1.49 1.46 1.88 2.00 1.65 0.77 0.41 0.90 0.87 0.55 0.80 0.60
OP1 1.05 1.39 1.05 0.81 1.42 0.59 1.28 0.46 1.18 1.21 1.49 1.48 1.45 0.92 0.57 0.77 0.71 0.42 0.52 0.39
OP2 0.95 1.62 0.92 0.59 1.80 0.29 1.51 0.18 1.28 1.29 1.88 2.00 1.65 0.72 0.27 0.56 0.47 0.19 0.41 0.23
P 1.01 1.52 0.99 0.71 1.62 0.44 1.41 0.30 1.25 1.27 1.70 1.75 1.57 0.81 0.42 0.68 0.61 0.27 0.48 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.15 0.04 0.01
C2 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.03 0.12 0.17 0.08 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.29 0.23 0.14
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.16 0.00 0.17 0.01 0.14 0.09 0.13 0.17 0.05 0.01 0.00 0.01 0.07 0.37 0.34 0.23
C4 0.01 0.00 0.06 0.16 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.19 0.03 0.17 0.16 0.11 0.12
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.03 0.20 0.07 0.04
C5 0.00 0.00 0.05 0.17 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.01 0.19 0.17 0.12 0.15
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.13 0.00 0.12 0.06 0.06 0.10 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.12 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.14 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.01 0.17 0.17 0.09 0.12
N1 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.12 0.16 0.07 0.06
N3 0.01 0.00 0.05 0.13 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.13 0.03 0.15 0.17 0.10 0.09
N4 0.01 0.00 0.06 0.17 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.21 0.04 0.18 0.16 0.12 0.13
O2 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.02 0.03 0.10 0.17 0.08 0.04
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03 0.08 0.00 0.04 0.03 0.06 0.35 0.23 0.15
O3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.19 0.02 0.21 0.02 0.16 0.08 0.13 0.21 0.02 0.04 0.00 0.02 0.09 0.54 0.50 0.34
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.08 0.09 0.08
O5' 0.05 0.12 0.05 0.07 0.17 0.03 0.19 0.01 0.17 0.12 0.15 0.18 0.10 0.06 0.09 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.15 0.17 0.29 0.37 0.16 0.20 0.17 0.12 0.17 0.16 0.17 0.16 0.17 0.35 0.54 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.08 0.23 0.34 0.11 0.07 0.12 0.02 0.09 0.07 0.10 0.12 0.08 0.23 0.50 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.06 0.14 0.23 0.12 0.04 0.15 0.01 0.12 0.06 0.09 0.13 0.04 0.15 0.34 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00