ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48329

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, -0.001, 0.007, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.008
N1 A 0, -0.003, 0.009, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.011
C4 A 0, -0.002, 0.011, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.013
N9 A 0, -0.002, 0.012, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.014
N7 A 0, -0.002, 0.012, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.015
C5 A 0, -0.003, 0.012, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.015
C8 A 0, -0.002, 0.016, 0.034, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.018
C6 A 0, -0.004, 0.014, 0.032, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.018
C1' A 0, -0.004, 0.015, 0.034, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.019
N6 A 0, -0.019, 0.061, 0.140, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.061 std_dev=0.079
O2' B 0, -0.062, 0.260, 0.582, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.260 std_dev=0.322
O2 B 0, -0.084, 0.261, 0.607, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.261 std_dev=0.345
C2' B 0, -0.104, 0.357, 0.817, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.357 std_dev=0.460
OP1 A 0, -0.143, 0.425, 0.992, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.425 std_dev=0.568
P A 0, -0.187, 0.518, 1.223, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.518 std_dev=0.705
O3' B 0, -0.190, 0.551, 1.292, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.551 std_dev=0.741
C2 B 0, -0.201, 0.546, 1.293, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.546 std_dev=0.747
O4' A 0, -0.222, 0.555, 1.333, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.555 std_dev=0.777
C2' A 0, -0.231, 0.581, 1.392, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.581 std_dev=0.811
C3' B 0, -0.256, 0.715, 1.687, 2.089 max_d=2.089 avg_d=0.715 std_dev=0.971
O5' A 0, -0.278, 0.715, 1.708, 2.120 max_d=2.120 avg_d=0.715 std_dev=0.993
C1' B 0, -0.269, 0.725, 1.719, 2.131 max_d=2.131 avg_d=0.725 std_dev=0.994
N3 B 0, -0.289, 0.752, 1.794, 2.225 max_d=2.225 avg_d=0.752 std_dev=1.042
O2' A 0, -0.317, 0.829, 1.975, 2.449 max_d=2.449 avg_d=0.829 std_dev=1.146
C3' A 0, -0.330, 0.830, 1.991, 2.472 max_d=2.472 avg_d=0.830 std_dev=1.161
N1 B 0, -0.326, 0.857, 2.041, 2.531 max_d=2.531 avg_d=0.857 std_dev=1.183
C4' A 0, -0.343, 0.852, 2.048, 2.543 max_d=2.543 avg_d=0.852 std_dev=1.195
C4' B 0, -0.393, 1.028, 2.449, 3.038 max_d=3.038 avg_d=1.028 std_dev=1.421
OP2 A 0, -0.401, 1.032, 2.465, 3.058 max_d=3.058 avg_d=1.032 std_dev=1.433
O3' A 0, -0.414, 1.057, 2.528, 3.137 max_d=3.137 avg_d=1.057 std_dev=1.471
O4' B 0, -0.436, 1.118, 2.671, 3.315 max_d=3.315 avg_d=1.118 std_dev=1.553
C5' A 0, -0.471, 1.173, 2.818, 3.499 max_d=3.499 avg_d=1.173 std_dev=1.645
O5' B 0, -0.488, 1.250, 2.987, 3.707 max_d=3.707 avg_d=1.250 std_dev=1.738
C4 B 0, -0.500, 1.261, 3.022, 3.752 max_d=3.752 avg_d=1.261 std_dev=1.761
C6 B 0, -0.527, 1.349, 3.225, 4.002 max_d=4.002 avg_d=1.349 std_dev=1.876
N4 B 0, -0.598, 1.494, 3.586, 4.453 max_d=4.453 avg_d=1.494 std_dev=2.092
C5' B 0, -0.592, 1.511, 3.614, 4.486 max_d=4.486 avg_d=1.511 std_dev=2.103
C5 B 0, -0.622, 1.570, 3.763, 4.671 max_d=4.671 avg_d=1.570 std_dev=2.192
P B 0, -0.724, 1.832, 4.387, 5.446 max_d=5.446 avg_d=1.832 std_dev=2.556
OP2 B 0, -0.762, 1.941, 4.644, 5.764 max_d=5.764 avg_d=1.941 std_dev=2.703
OP1 B 0, -0.846, 2.137, 5.120, 6.356 max_d=6.356 avg_d=2.137 std_dev=2.983

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.11 0.03 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.30 0.00 0.06 0.17 0.52 0.26
C2 0.01 0.00 0.48 0.55 0.00 0.13 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.25 0.18 0.18 0.05 0.09 0.07
C2' 0.00 0.48 0.00 0.00 0.24 0.01 0.09 0.24 0.19 0.25 0.36 0.48 0.08 0.14 0.00 0.00 0.02 0.01 0.44 0.87 1.34 1.00
C3' 0.00 0.55 0.00 0.00 0.40 0.00 0.39 0.01 0.48 0.13 0.56 0.48 0.44 0.27 0.22 0.01 0.00 0.01 0.41 0.66 1.03 0.79
C4 0.02 0.00 0.24 0.40 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.09 0.10 0.11 0.17 0.06 0.08 0.07
C4' 0.00 0.13 0.01 0.00 0.09 0.00 0.09 0.00 0.11 0.04 0.13 0.10 0.08 0.08 0.06 0.27 0.01 0.00 0.00 0.05 0.30 0.18
C5 0.03 0.00 0.09 0.39 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.26 0.17 0.07 0.20 0.01 0.18 0.04
C5' 0.11 0.06 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.11 0.06 0.03 0.02 0.05 0.07 0.01 0.23 0.01 0.01 0.08 0.19 0.01
C6 0.03 0.00 0.19 0.48 0.01 0.11 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.20 0.27 0.11 0.21 0.00 0.24 0.06
C8 0.02 0.00 0.25 0.13 0.00 0.04 0.01 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.41 0.02 0.09 0.17 0.04 0.14 0.02
N1 0.02 0.00 0.36 0.56 0.01 0.13 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.30 0.15 0.20 0.01 0.10 0.01
N3 0.01 0.00 0.48 0.48 0.00 0.10 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.13 0.17 0.15 0.09 0.22 0.13
N6 0.07 0.01 0.08 0.44 0.03 0.08 0.04 0.02 0.00 0.07 0.02 0.01 0.00 0.07 0.06 0.31 0.28 0.12 0.18 0.01 0.38 0.09
N7 0.02 0.00 0.14 0.27 0.01 0.08 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.01 0.41 0.12 0.04 0.21 0.02 0.35 0.11
N9 0.01 0.01 0.00 0.22 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.19 0.05 0.01 0.15 0.08 0.16 0.10
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.09 0.27 0.26 0.01 0.20 0.41 0.03 0.16 0.31 0.41 0.19 0.00 0.02 0.20 0.22 0.80 1.55 0.96
O3' 0.30 0.25 0.02 0.00 0.10 0.01 0.17 0.23 0.27 0.02 0.30 0.13 0.28 0.12 0.05 0.02 0.00 0.25 0.22 0.40 0.89 0.57
O4' 0.00 0.18 0.01 0.01 0.11 0.00 0.07 0.01 0.11 0.09 0.15 0.17 0.12 0.04 0.01 0.20 0.25 0.00 0.36 0.29 0.01 0.20
O5' 0.06 0.18 0.44 0.41 0.17 0.00 0.20 0.01 0.21 0.17 0.20 0.15 0.18 0.21 0.15 0.22 0.22 0.36 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.17 0.05 0.87 0.66 0.06 0.05 0.01 0.08 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.08 0.80 0.40 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.52 0.09 1.34 1.03 0.08 0.30 0.18 0.19 0.24 0.14 0.10 0.22 0.38 0.35 0.16 1.55 0.89 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.26 0.07 1.00 0.79 0.07 0.18 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.13 0.09 0.11 0.10 0.96 0.57 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.47 0.19 0.07 0.04 0.10 0.41 0.03 0.35 0.13 0.26 0.01 0.24 0.33 0.29 0.23 0.63 0.48 0.47 0.06 0.42
C2 0.47 0.19 0.10 0.04 0.02 0.46 0.08 0.42 0.19 0.28 0.06 0.07 0.27 0.30 0.17 0.63 0.47 0.52 0.01 0.44
C2' 0.34 0.22 0.15 0.27 0.07 0.20 0.10 0.18 0.17 0.24 0.12 0.00 0.31 0.07 0.56 0.50 0.30 0.34 0.09 0.32
C3' 0.05 0.23 0.43 0.50 0.36 0.09 0.31 0.10 0.22 0.17 0.33 0.44 0.17 0.33 0.69 0.11 0.02 0.04 0.45 0.03
C4 0.45 0.17 0.06 0.03 0.07 0.38 0.01 0.32 0.13 0.24 0.00 0.18 0.31 0.27 0.21 0.58 0.46 0.44 0.07 0.38
C4' 0.26 0.03 0.04 0.11 0.20 0.24 0.13 0.20 0.00 0.09 0.14 0.32 0.14 0.12 0.24 0.40 0.32 0.31 0.20 0.24
C5 0.39 0.16 0.05 0.04 0.08 0.31 0.02 0.25 0.10 0.21 0.01 0.18 0.30 0.23 0.19 0.50 0.43 0.37 0.11 0.33
C5' 0.29 0.10 0.04 0.02 0.09 0.27 0.03 0.23 0.08 0.16 0.04 0.20 0.20 0.17 0.12 0.41 0.37 0.34 0.13 0.28
C6 0.39 0.17 0.06 0.01 0.01 0.31 0.04 0.26 0.13 0.23 0.03 0.09 0.28 0.22 0.15 0.47 0.42 0.38 0.09 0.33
C8 0.38 0.15 0.04 0.07 0.14 0.30 0.08 0.23 0.07 0.19 0.05 0.27 0.31 0.23 0.21 0.50 0.43 0.35 0.14 0.32
N1 0.45 0.19 0.11 0.05 0.04 0.41 0.09 0.37 0.19 0.27 0.07 0.03 0.26 0.28 0.13 0.57 0.45 0.47 0.01 0.40
N3 0.47 0.19 0.08 0.01 0.04 0.44 0.03 0.39 0.17 0.27 0.02 0.14 0.29 0.29 0.21 0.64 0.47 0.50 0.02 0.43
N6 0.26 0.15 0.00 0.05 0.01 0.16 0.03 0.12 0.09 0.16 0.05 0.03 0.27 0.06 0.14 0.29 0.34 0.25 0.16 0.22
N7 0.35 0.14 0.03 0.06 0.12 0.26 0.06 0.19 0.07 0.18 0.04 0.23 0.31 0.20 0.18 0.44 0.41 0.31 0.15 0.29
N9 0.44 0.17 0.06 0.05 0.10 0.37 0.04 0.31 0.12 0.24 0.02 0.23 0.33 0.27 0.22 0.58 0.46 0.42 0.09 0.38
O2' 0.85 0.68 0.26 0.13 0.52 0.70 0.57 0.69 0.67 0.73 0.56 0.42 0.74 0.35 0.24 1.06 0.81 0.88 0.43 0.87
O3' 0.12 0.12 0.23 0.26 0.24 0.14 0.15 0.16 0.05 0.02 0.23 0.33 0.08 0.13 0.43 0.31 0.17 0.28 0.25 0.18
O4' 0.46 0.14 0.18 0.08 0.18 0.46 0.09 0.38 0.09 0.23 0.08 0.35 0.30 0.42 0.02 0.61 0.53 0.48 0.07 0.41
O5' 0.12 0.13 0.17 0.25 0.38 0.10 0.30 0.05 0.15 0.05 0.30 0.52 0.01 0.01 0.36 0.26 0.21 0.16 0.35 0.11
OP1 0.32 0.03 0.01 0.07 0.21 0.31 0.09 0.27 0.06 0.14 0.16 0.37 0.13 0.16 0.19 0.48 0.45 0.40 0.11 0.35
OP2 0.05 0.50 0.33 0.34 0.76 0.06 0.57 0.04 0.36 0.31 0.75 0.95 0.44 0.12 0.40 0.17 0.12 0.13 0.49 0.02
P 0.22 0.11 0.09 0.15 0.38 0.24 0.25 0.19 0.07 0.01 0.33 0.55 0.01 0.10 0.25 0.40 0.35 0.30 0.24 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.12 0.06 0.36 0.01
C2 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.29 0.09 0.24 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.25 0.16 0.24 0.10
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.02 0.06 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.33 0.22 0.19 0.17
C4 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.44 0.14 0.07 0.21
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.07 0.39 0.04
C5 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.47 0.15 0.06 0.25
C5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.06 0.09 0.04 0.04 0.03 0.00 0.00 0.10 0.39 0.00
C6 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.41 0.12 0.20 0.18
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.09 0.28 0.08
N3 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.37 0.11 0.15 0.14
N4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.48 0.15 0.02 0.25
O2 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.05 0.21 0.05 0.29 0.02
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.12 0.29 0.03
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03 0.07 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.27 0.24 0.13 0.17
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.00 0.06 0.01 0.47 0.11
O5' 0.12 0.29 0.25 0.33 0.44 0.01 0.47 0.00 0.41 0.29 0.37 0.48 0.21 0.10 0.27 0.06 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.06 0.09 0.16 0.22 0.14 0.07 0.15 0.10 0.12 0.09 0.11 0.15 0.05 0.12 0.24 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.36 0.24 0.24 0.19 0.07 0.39 0.06 0.39 0.20 0.28 0.15 0.02 0.29 0.29 0.13 0.47 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.08 0.10 0.17 0.21 0.04 0.25 0.00 0.18 0.08 0.14 0.25 0.02 0.03 0.17 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00