ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48330

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C2 A 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C5 A 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C4 A 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N3 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
N9 A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
N7 A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C1' A 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C8 A 0, 0.000, 0.045, 0.091, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.045 std_dev=0.045
N6 A 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
O3' A 0, 0.000, 0.074, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.074 std_dev=0.074
O4' B 0, 0.000, 0.153, 0.306, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.153 std_dev=0.153
C1' B 0, 0.000, 0.236, 0.472, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C3' A 0, 0.000, 0.246, 0.492, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.246 std_dev=0.246
C2' A 0, 0.000, 0.264, 0.527, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.264 std_dev=0.264
C2' B 0, 0.000, 0.314, 0.627, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.314 std_dev=0.314
C3' B 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
O4' A 0, 0.000, 0.363, 0.726, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.363 std_dev=0.363
C4' B 0, 0.000, 0.372, 0.745, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.372 std_dev=0.372
O2' A 0, 0.000, 0.469, 0.938, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.469 std_dev=0.469
C4' A 0, 0.000, 0.492, 0.983, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.492 std_dev=0.492
N1 B 0, 0.000, 0.498, 0.996, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.498 std_dev=0.498
O2' B 0, 0.000, 0.592, 1.184, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.592 std_dev=0.592
O5' B 0, 0.000, 0.594, 1.188, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.594 std_dev=0.594
C6 B 0, 0.000, 0.615, 1.229, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.615 std_dev=0.615
O3' B 0, 0.000, 0.635, 1.271, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.635 std_dev=0.635
C5' B 0, 0.000, 0.692, 1.384, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.692 std_dev=0.692
O5' A 0, 0.000, 0.705, 1.411, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.705 std_dev=0.705
C2 B 0, 0.000, 0.734, 1.469, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.734 std_dev=0.734
O2 B 0, 0.000, 0.783, 1.566, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.783 std_dev=0.783
P B 0, 0.000, 0.823, 1.646, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.823 std_dev=0.823
OP2 B 0, 0.000, 0.834, 1.669, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.834 std_dev=0.834
C5' A 0, 0.000, 0.841, 1.683, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.841 std_dev=0.841
C5 B 0, 0.000, 0.871, 1.743, 1.743 max_d=1.743 avg_d=0.871 std_dev=0.871
N3 B 0, 0.000, 0.971, 1.943, 1.943 max_d=1.943 avg_d=0.971 std_dev=0.971
OP1 B 0, 0.000, 0.972, 1.944, 1.944 max_d=1.944 avg_d=0.972 std_dev=0.972
C4 B 0, 0.000, 1.021, 2.042, 2.042 max_d=2.042 avg_d=1.021 std_dev=1.021
P A 0, 0.000, 1.086, 2.173, 2.173 max_d=2.173 avg_d=1.086 std_dev=1.086
OP1 A 0, 0.000, 1.107, 2.214, 2.214 max_d=2.214 avg_d=1.107 std_dev=1.107
N4 B 0, 0.000, 1.261, 2.522, 2.522 max_d=2.522 avg_d=1.261 std_dev=1.261
OP2 A 0, 0.000, 1.419, 2.837, 2.837 max_d=2.837 avg_d=1.419 std_dev=1.419

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.07 0.15 0.09
C2 0.05 0.00 0.07 0.04 0.01 0.20 0.02 0.27 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.16 0.05 0.20 0.06 0.15 0.00 0.04
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.08 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.08 0.15 0.11
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.02 0.11 0.06
C4 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.10 0.04 0.12 0.12 0.09
C4' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.09 0.00 0.06 0.01 0.11 0.04 0.17 0.18 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.01
C5 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03 0.08 0.11 0.07
C5' 0.01 0.27 0.01 0.01 0.12 0.01 0.11 0.00 0.17 0.00 0.24 0.23 0.16 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.12 0.01
C6 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.03 0.10 0.02 0.06 0.04 0.03
C8 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.09 0.00 0.07 0.09 0.06 0.17 0.10
N1 0.04 0.00 0.04 0.04 0.00 0.17 0.01 0.24 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.13 0.04 0.16 0.06 0.09 0.01 0.02
N3 0.05 0.00 0.08 0.03 0.00 0.18 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.05 0.21 0.01 0.17 0.07 0.09
N6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.09 0.01 0.16 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.03 0.03 0.01
N7 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.06 0.05 0.14 0.08
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.10 0.17 0.11
O2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.09 0.13 0.15 0.06 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.09 0.15 0.11
O3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.09 0.04
O4' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.10 0.00 0.05 0.01 0.10 0.07 0.16 0.21 0.07 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.14 0.06
O5' 0.09 0.06 0.14 0.10 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.09 0.06 0.01 0.02 0.06 0.09 0.15 0.07 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.07 0.15 0.08 0.02 0.12 0.03 0.08 0.08 0.06 0.06 0.09 0.17 0.03 0.05 0.10 0.09 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.00 0.15 0.11 0.12 0.09 0.11 0.12 0.04 0.17 0.01 0.07 0.03 0.14 0.17 0.15 0.09 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.04 0.11 0.06 0.09 0.01 0.07 0.01 0.03 0.10 0.02 0.09 0.01 0.08 0.11 0.11 0.04 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.02 0.09 0.01 0.02 0.03 0.09 0.10 0.10 0.04 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.07
C2 0.07 0.10 0.03 0.09 0.16 0.15 0.18 0.26 0.17 0.11 0.13 0.16 0.06 0.07 0.15 0.05 0.12 0.09 0.06 0.04
C2' 0.02 0.05 0.03 0.05 0.01 0.08 0.05 0.15 0.07 0.01 0.05 0.02 0.10 0.11 0.08 0.04 0.07 0.02 0.05 0.00
C3' 0.07 0.00 0.08 0.01 0.05 0.05 0.12 0.12 0.13 0.06 0.00 0.04 0.05 0.15 0.04 0.00 0.02 0.03 0.11 0.05
C4 0.05 0.01 0.06 0.02 0.02 0.06 0.08 0.13 0.09 0.04 0.01 0.01 0.06 0.13 0.04 0.02 0.03 0.01 0.09 0.04
C4' 0.14 0.07 0.15 0.08 0.12 0.04 0.20 0.03 0.21 0.13 0.07 0.11 0.00 0.22 0.05 0.08 0.07 0.14 0.21 0.16
C5 0.02 0.07 0.06 0.00 0.04 0.03 0.03 0.07 0.05 0.00 0.07 0.05 0.11 0.13 0.01 0.02 0.01 0.07 0.11 0.08
C5' 0.19 0.10 0.20 0.13 0.15 0.09 0.24 0.03 0.26 0.18 0.10 0.13 0.04 0.26 0.10 0.13 0.13 0.22 0.27 0.22
C6 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.05 0.07 0.09 0.09 0.03 0.02 0.01 0.07 0.09 0.05 0.02 0.01 0.06 0.13 0.09
C8 0.01 0.14 0.05 0.02 0.12 0.01 0.03 0.04 0.00 0.06 0.16 0.14 0.20 0.14 0.03 0.03 0.02 0.09 0.10 0.09
N1 0.06 0.08 0.02 0.08 0.13 0.14 0.16 0.21 0.15 0.10 0.10 0.13 0.03 0.06 0.13 0.04 0.07 0.03 0.09 0.02
N3 0.06 0.06 0.05 0.06 0.11 0.12 0.14 0.22 0.14 0.08 0.08 0.11 0.02 0.11 0.11 0.04 0.09 0.07 0.06 0.02
N6 0.02 0.06 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.06 0.03 0.11 0.08 0.01 0.02 0.09 0.15 0.19 0.17
N7 0.02 0.16 0.05 0.03 0.13 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.17 0.15 0.21 0.13 0.04 0.02 0.04 0.11 0.12 0.11
N9 0.03 0.06 0.07 0.00 0.03 0.04 0.04 0.10 0.06 0.01 0.07 0.04 0.11 0.15 0.01 0.02 0.01 0.04 0.10 0.06
O2' 0.03 0.09 0.02 0.11 0.05 0.14 0.00 0.21 0.01 0.04 0.09 0.06 0.14 0.05 0.14 0.09 0.13 0.09 0.02 0.06
O3' 0.08 0.02 0.09 0.00 0.08 0.05 0.14 0.12 0.14 0.08 0.03 0.08 0.04 0.15 0.03 0.00 0.02 0.02 0.12 0.05
O4' 0.13 0.04 0.15 0.07 0.09 0.03 0.17 0.04 0.18 0.11 0.04 0.08 0.02 0.22 0.05 0.06 0.06 0.13 0.20 0.14
O5' 0.07 0.04 0.06 0.03 0.11 0.07 0.18 0.14 0.17 0.09 0.06 0.12 0.02 0.12 0.07 0.00 0.02 0.05 0.14 0.06
OP1 0.06 0.11 0.08 0.16 0.06 0.18 0.01 0.25 0.01 0.06 0.10 0.07 0.16 0.02 0.20 0.11 0.15 0.05 0.01 0.07
OP2 0.01 0.06 0.03 0.10 0.01 0.12 0.09 0.19 0.09 0.00 0.05 0.01 0.12 0.03 0.13 0.07 0.07 0.05 0.10 0.03
P 0.01 0.05 0.03 0.11 0.01 0.14 0.08 0.21 0.08 0.00 0.04 0.00 0.11 0.03 0.15 0.07 0.10 0.01 0.05 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.08 0.12 0.11
C2 0.01 0.00 0.07 0.10 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.11 0.01 0.13 0.16 0.21 0.18
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.04 0.03 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.07 0.02 0.16 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.03
C4 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.07 0.14 0.20 0.15
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.02 0.04 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02
C5 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.08 0.03 0.03 0.11 0.17 0.12
C5' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01
C6 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.04 0.11 0.16 0.13
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.13 0.18 0.16
N3 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.02 0.12 0.17 0.22 0.18
N4 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.13 0.17 0.12
O2 0.02 0.00 0.14 0.16 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.19 0.00 0.15 0.17 0.22 0.19
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.04 0.06 0.04 0.05 0.00 0.01 0.03 0.09 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03
O3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.09 0.02 0.09 0.00 0.19 0.02 0.00 0.00 0.07 0.14 0.10 0.10
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.07 0.10 0.12 0.12
O5' 0.06 0.13 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.10 0.12 0.05 0.15 0.01 0.07 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.08 0.16 0.02 0.06 0.14 0.01 0.11 0.03 0.11 0.13 0.17 0.13 0.17 0.02 0.14 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.21 0.02 0.03 0.20 0.02 0.17 0.00 0.16 0.18 0.22 0.17 0.22 0.02 0.10 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.18 0.02 0.03 0.15 0.02 0.12 0.01 0.13 0.16 0.18 0.12 0.19 0.03 0.10 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00