ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48332

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5' B 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C3' A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O3' A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C4' B 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C4' A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
P B 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
O4' B 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C3' B 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C6 B 0, 0.000, 0.037, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C5 B 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C5' A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O2' A 0, 0.000, 0.040, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.040 std_dev=0.040
OP1 B 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
OP2 B 0, 0.000, 0.042, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O5' B 0, 0.000, 0.042, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O5' A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C2' B 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
C1' B 0, 0.000, 0.050, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.050 std_dev=0.050
C4 B 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
O3' B 0, 0.000, 0.051, 0.103, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.051 std_dev=0.051
N1 B 0, 0.000, 0.055, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.055 std_dev=0.055
N3 B 0, 0.000, 0.062, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C2 B 0, 0.000, 0.064, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.064 std_dev=0.064
N4 B 0, 0.000, 0.068, 0.137, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.068 std_dev=0.068
O2' B 0, 0.000, 0.070, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.070 std_dev=0.070
OP1 A 0, 0.000, 0.074, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.074 std_dev=0.074
P A 0, 0.000, 0.079, 0.158, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.079 std_dev=0.079
O2 B 0, 0.000, 0.082, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.082 std_dev=0.082
OP2 A 0, 0.000, 0.105, 0.211, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.105 std_dev=0.105

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C4 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01
C8 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02
N3 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02
N6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01
N7 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
N9 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00
C2 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01
C2' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00
C3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00
C4 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00
C5 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00
C6 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01
C8 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01
N1 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01
N3 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01
N6 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01
N7 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01
O2' 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01
O3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01
O5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00
OP2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01
P 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00
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