ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48333

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O2 B 0, 0.000, 0.069, 0.138, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.069 std_dev=0.069
O4' A 0, 0.000, 0.136, 0.272, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.136 std_dev=0.136
O2' A 0, 0.000, 0.150, 0.301, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.150 std_dev=0.150
C2' A 0, 0.000, 0.161, 0.322, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.161 std_dev=0.161
C2 B 0, 0.000, 0.196, 0.392, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.196 std_dev=0.196
N3 B 0, 0.000, 0.224, 0.447, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.224 std_dev=0.224
C3' A 0, 0.000, 0.241, 0.482, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.241 std_dev=0.241
C4' A 0, 0.000, 0.241, 0.482, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.241 std_dev=0.241
O3' B 0, 0.000, 0.275, 0.550, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.275 std_dev=0.275
C3' B 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
C4' B 0, 0.000, 0.318, 0.636, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.318 std_dev=0.318
C5' B 0, 0.000, 0.334, 0.669, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.334 std_dev=0.334
O3' A 0, 0.000, 0.358, 0.715, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.358 std_dev=0.358
C2' B 0, 0.000, 0.366, 0.731, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.366 std_dev=0.366
C5' A 0, 0.000, 0.372, 0.744, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.372 std_dev=0.372
O5' B 0, 0.000, 0.382, 0.764, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.382 std_dev=0.382
O2' B 0, 0.000, 0.397, 0.793, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.397 std_dev=0.397
O4' B 0, 0.000, 0.414, 0.829, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.414 std_dev=0.414
C1' B 0, 0.000, 0.418, 0.836, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.418 std_dev=0.418
N1 B 0, 0.000, 0.434, 0.868, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.434 std_dev=0.434
P B 0, 0.000, 0.458, 0.915, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.458 std_dev=0.458
C4 B 0, 0.000, 0.467, 0.934, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.467 std_dev=0.467
N4 B 0, 0.000, 0.491, 0.982, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.491 std_dev=0.491
OP2 A 0, 0.000, 0.523, 1.045, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.523 std_dev=0.523
OP1 B 0, 0.000, 0.524, 1.047, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.524 std_dev=0.524
O5' A 0, 0.000, 0.581, 1.162, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.581 std_dev=0.581
OP2 B 0, 0.000, 0.605, 1.209, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.605 std_dev=0.605
P A 0, 0.000, 0.617, 1.234, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.617 std_dev=0.617
C6 B 0, 0.000, 0.681, 1.361, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.681 std_dev=0.681
C5 B 0, 0.000, 0.709, 1.418, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.709 std_dev=0.709
OP1 A 0, 0.000, 0.710, 1.420, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.710 std_dev=0.710

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.02 0.01
C2 0.03 0.00 0.10 0.13 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.16 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.03 0.09 0.10 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.02 0.11 0.12 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00
C4 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.09 0.07 0.03 0.06
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.07 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01
C5 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.15 0.13 0.09 0.12
C5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.08 0.02 0.05 0.05 0.08 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00
C6 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.10 0.02 0.14 0.13 0.10 0.13
C8 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.18 0.15 0.09 0.13
N1 0.02 0.00 0.09 0.11 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.14 0.00 0.09 0.09 0.06 0.08
N3 0.03 0.00 0.10 0.12 0.00 0.07 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.13 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01
N6 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.03 0.18 0.17 0.14 0.17
N7 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.20 0.17 0.13 0.16
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.08 0.02 0.05
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.06 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.04 0.06 0.07
O3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.10 0.02 0.14 0.13 0.09 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.04 0.04 0.00
O5' 0.05 0.05 0.00 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.14 0.18 0.09 0.03 0.18 0.20 0.10 0.07 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.04 0.03 0.04 0.07 0.04 0.13 0.04 0.13 0.15 0.09 0.03 0.17 0.17 0.08 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.09 0.02 0.10 0.09 0.06 0.01 0.14 0.13 0.02 0.06 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.01 0.12 0.00 0.13 0.13 0.08 0.01 0.17 0.16 0.05 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.05 0.12 0.09 0.15 0.07 0.22 0.03 0.22 0.13 0.06 0.15 0.05 0.16 0.10 0.07 0.05 0.09 0.11 0.02
C2 0.12 0.03 0.12 0.10 0.09 0.07 0.15 0.04 0.16 0.10 0.03 0.09 0.04 0.16 0.13 0.06 0.05 0.13 0.05 0.01
C2' 0.10 0.02 0.08 0.04 0.14 0.04 0.22 0.02 0.21 0.11 0.04 0.15 0.08 0.10 0.04 0.05 0.03 0.09 0.09 0.02
C3' 0.11 0.03 0.08 0.03 0.16 0.02 0.24 0.01 0.23 0.13 0.06 0.18 0.08 0.11 0.03 0.06 0.01 0.02 0.13 0.06
C4 0.15 0.04 0.14 0.11 0.12 0.07 0.20 0.03 0.20 0.13 0.04 0.12 0.06 0.18 0.13 0.08 0.04 0.09 0.11 0.02
C4' 0.17 0.10 0.14 0.09 0.22 0.07 0.30 0.03 0.28 0.19 0.13 0.24 0.01 0.19 0.09 0.10 0.05 0.05 0.12 0.04
C5 0.17 0.05 0.15 0.12 0.13 0.08 0.21 0.01 0.22 0.15 0.05 0.12 0.06 0.20 0.14 0.09 0.03 0.05 0.14 0.05
C5' 0.24 0.18 0.21 0.14 0.31 0.11 0.38 0.06 0.36 0.26 0.21 0.33 0.06 0.26 0.14 0.16 0.09 0.05 0.09 0.01
C6 0.17 0.04 0.15 0.12 0.11 0.07 0.18 0.00 0.20 0.14 0.04 0.10 0.05 0.20 0.14 0.08 0.02 0.04 0.13 0.06
C8 0.17 0.06 0.16 0.12 0.17 0.08 0.25 0.03 0.25 0.16 0.07 0.16 0.05 0.20 0.13 0.10 0.04 0.04 0.15 0.06
N1 0.14 0.03 0.14 0.11 0.09 0.07 0.15 0.01 0.17 0.11 0.03 0.08 0.04 0.18 0.14 0.06 0.03 0.10 0.07 0.02
N3 0.13 0.03 0.12 0.10 0.11 0.07 0.17 0.04 0.18 0.11 0.04 0.10 0.05 0.16 0.12 0.06 0.05 0.13 0.06 0.01
N6 0.19 0.05 0.17 0.12 0.11 0.05 0.19 0.04 0.21 0.16 0.04 0.10 0.05 0.22 0.14 0.09 0.01 0.02 0.18 0.11
N7 0.18 0.06 0.16 0.12 0.16 0.08 0.25 0.01 0.25 0.17 0.07 0.16 0.06 0.21 0.14 0.10 0.03 0.01 0.17 0.07
N9 0.15 0.05 0.14 0.11 0.15 0.08 0.22 0.04 0.23 0.15 0.06 0.15 0.05 0.19 0.13 0.09 0.05 0.08 0.12 0.03
O2' 0.09 0.02 0.07 0.04 0.13 0.05 0.20 0.04 0.19 0.10 0.04 0.14 0.08 0.09 0.04 0.05 0.05 0.14 0.06 0.02
O3' 0.08 0.00 0.03 0.02 0.14 0.02 0.22 0.05 0.20 0.10 0.03 0.15 0.10 0.07 0.02 0.02 0.03 0.01 0.16 0.09
O4' 0.18 0.10 0.17 0.12 0.21 0.09 0.28 0.04 0.27 0.19 0.12 0.22 0.00 0.22 0.13 0.11 0.06 0.07 0.11 0.02
O5' 0.37 0.34 0.34 0.26 0.47 0.23 0.52 0.17 0.49 0.40 0.37 0.49 0.23 0.40 0.27 0.28 0.20 0.15 0.01 0.09
OP1 0.38 0.35 0.35 0.27 0.50 0.23 0.55 0.16 0.51 0.42 0.40 0.53 0.24 0.42 0.27 0.28 0.20 0.13 0.01 0.08
OP2 0.37 0.32 0.34 0.26 0.48 0.22 0.55 0.15 0.51 0.41 0.37 0.51 0.19 0.39 0.25 0.28 0.20 0.11 0.02 0.07
P 0.38 0.35 0.35 0.27 0.49 0.23 0.55 0.16 0.51 0.42 0.39 0.52 0.23 0.42 0.27 0.28 0.21 0.14 0.00 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.12 0.06
C2 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.03 0.09 0.15 0.20 0.34 0.25
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.03 0.03
C4 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.13 0.27 0.40 0.26
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.04 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.07 0.06 0.20 0.29 0.16
C5' 0.03 0.16 0.03 0.00 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.16 0.12 0.18 0.02 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.03 0.09 0.02 0.11 0.19 0.09
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.12 0.23 0.15
N3 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.02 0.06 0.16 0.26 0.41 0.30
N4 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.14 0.32 0.44 0.29
O2 0.02 0.00 0.10 0.03 0.00 0.10 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.22 0.06 0.15 0.16 0.18 0.34 0.26
O2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.02 0.10 0.01 0.11 0.03 0.22 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.12 0.03 0.04
O4' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.06 0.01 0.15 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.07 0.02
O5' 0.03 0.15 0.04 0.01 0.13 0.00 0.06 0.00 0.02 0.08 0.16 0.14 0.16 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.01 0.20 0.00 0.09 0.27 0.08 0.20 0.08 0.11 0.12 0.26 0.32 0.18 0.00 0.12 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.34 0.04 0.03 0.40 0.02 0.29 0.02 0.19 0.23 0.41 0.44 0.34 0.04 0.03 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.25 0.03 0.03 0.26 0.01 0.16 0.01 0.09 0.15 0.30 0.29 0.26 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00