ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48334

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C3' A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O5' A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C4' A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C5' A 0, 0.000, 0.039, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O2' A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O3' A 0, 0.000, 0.049, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.049 std_dev=0.049
N3 B 0, 0.000, 0.068, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.068 std_dev=0.068
C4 B 0, 0.000, 0.078, 0.157, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.078 std_dev=0.078
C2 B 0, 0.000, 0.085, 0.170, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.085 std_dev=0.085
P A 0, 0.000, 0.091, 0.183, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.091 std_dev=0.091
O2 B 0, 0.000, 0.096, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.096 std_dev=0.096
OP1 A 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C5 B 0, 0.000, 0.115, 0.231, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.115 std_dev=0.115
N4 B 0, 0.000, 0.121, 0.242, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.121 std_dev=0.121
C6 B 0, 0.000, 0.162, 0.325, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.162 std_dev=0.162
N1 B 0, 0.000, 0.165, 0.331, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.165 std_dev=0.165
OP2 A 0, 0.000, 0.166, 0.333, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.166 std_dev=0.166
OP1 B 0, 0.000, 0.216, 0.431, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.216 std_dev=0.216
O5' B 0, 0.000, 0.231, 0.461, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.231 std_dev=0.231
P B 0, 0.000, 0.236, 0.471, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C1' B 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266
OP2 B 0, 0.000, 0.288, 0.575, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.288 std_dev=0.288
O4' B 0, 0.000, 0.340, 0.681, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.340 std_dev=0.340
O2' B 0, 0.000, 0.420, 0.839, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.420 std_dev=0.420
C2' B 0, 0.000, 0.444, 0.888, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.444 std_dev=0.444
O3' B 0, 0.000, 0.455, 0.910, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.455 std_dev=0.455
C3' B 0, 0.000, 0.543, 1.086, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.543 std_dev=0.543
C4' B 0, 0.000, 0.612, 1.223, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.612 std_dev=0.612
C5' B 0, 0.000, 0.946, 1.891, 1.891 max_d=1.891 avg_d=0.946 std_dev=0.946

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.04
C2 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.07 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02
C4 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.11 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00
C5 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.06 0.12 0.07
C5' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.09 0.06
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.12 0.06
N1 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.06 0.06 0.05
N3 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.09 0.06
N6 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.08 0.06
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.12 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.11 0.06
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01
O3' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02
O5' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.07 0.06 0.04 0.11 0.03 0.12 0.01 0.09 0.12 0.06 0.09 0.08 0.12 0.11 0.06 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.05 0.02 0.02 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.03 0.09 0.01 0.02 0.08 0.03 0.23 0.06 0.06 0.02 0.06 0.03 0.16 0.00 0.06 0.04 0.07 0.07 0.05
C2 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.05 0.21 0.05 0.04 0.03 0.04 0.01 0.11 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
C2' 0.06 0.03 0.06 0.02 0.02 0.07 0.02 0.25 0.04 0.05 0.02 0.06 0.03 0.12 0.01 0.06 0.03 0.06 0.06 0.04
C3' 0.07 0.02 0.07 0.01 0.02 0.02 0.02 0.17 0.04 0.04 0.03 0.06 0.02 0.12 0.04 0.08 0.02 0.05 0.04 0.03
C4 0.08 0.03 0.10 0.01 0.02 0.06 0.04 0.22 0.07 0.06 0.02 0.06 0.03 0.16 0.02 0.06 0.01 0.04 0.03 0.02
C4' 0.09 0.03 0.11 0.05 0.02 0.01 0.04 0.11 0.06 0.06 0.02 0.06 0.04 0.16 0.06 0.11 0.02 0.04 0.04 0.02
C5 0.09 0.03 0.13 0.02 0.01 0.07 0.05 0.21 0.09 0.07 0.02 0.05 0.03 0.19 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02 0.01
C5' 0.11 0.03 0.14 0.09 0.02 0.06 0.04 0.02 0.07 0.07 0.03 0.06 0.03 0.17 0.08 0.13 0.01 0.02 0.02 0.01
C6 0.09 0.03 0.13 0.03 0.01 0.05 0.06 0.19 0.09 0.08 0.02 0.04 0.03 0.19 0.02 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02
C8 0.08 0.03 0.12 0.00 0.03 0.09 0.03 0.22 0.07 0.07 0.03 0.07 0.03 0.19 0.01 0.05 0.06 0.08 0.07 0.06
N1 0.06 0.02 0.09 0.02 0.00 0.04 0.06 0.19 0.07 0.05 0.03 0.03 0.01 0.13 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03
N3 0.05 0.02 0.06 0.00 0.02 0.06 0.03 0.23 0.05 0.04 0.03 0.06 0.02 0.12 0.03 0.06 0.00 0.03 0.02 0.01
N6 0.12 0.05 0.19 0.07 0.02 0.04 0.08 0.15 0.12 0.11 0.00 0.01 0.05 0.23 0.03 0.07 0.01 0.04 0.03 0.04
N7 0.09 0.04 0.15 0.02 0.01 0.08 0.05 0.20 0.09 0.08 0.02 0.06 0.04 0.22 0.01 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05
N9 0.07 0.03 0.10 0.00 0.02 0.08 0.03 0.23 0.07 0.06 0.03 0.07 0.03 0.17 0.00 0.06 0.04 0.06 0.06 0.04
O2' 0.05 0.02 0.04 0.05 0.02 0.10 0.01 0.29 0.03 0.04 0.02 0.06 0.03 0.11 0.00 0.05 0.04 0.08 0.08 0.06
O3' 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01 0.19 0.01 0.00 0.06 0.08 0.02 0.07 0.02 0.06 0.03 0.06 0.05 0.04
O4' 0.10 0.04 0.12 0.04 0.01 0.02 0.04 0.14 0.08 0.07 0.02 0.06 0.04 0.18 0.04 0.10 0.03 0.05 0.05 0.04
O5' 0.13 0.05 0.17 0.12 0.01 0.08 0.06 0.03 0.09 0.09 0.00 0.04 0.06 0.20 0.10 0.15 0.01 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.04 0.08 0.07 0.06 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.09 0.03 0.08 0.06 0.09 0.04 0.04 0.04 0.03
OP2 0.08 0.00 0.11 0.08 0.05 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.09 0.03 0.12 0.07 0.12 0.05 0.06 0.05 0.05
P 0.08 0.01 0.11 0.09 0.05 0.07 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.08 0.00 0.12 0.07 0.11 0.05 0.05 0.05 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.21 0.19 0.20 0.19
C2 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.09 0.03 0.14 0.11 0.13 0.13
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.09 0.04 0.00 0.02 0.06 0.04 0.00 0.00 0.02 0.36 0.30 0.34 0.32
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.11 0.03 0.10 0.02 0.01 0.08 0.10 0.00 0.00 0.01 0.21 0.15 0.20 0.15
C4 0.01 0.02 0.05 0.07 0.00 0.10 0.00 0.33 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.07 0.02 0.04 0.04
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.00 0.16 0.02 0.16 0.05 0.03 0.12 0.12 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03
C5 0.01 0.04 0.05 0.11 0.00 0.16 0.00 0.40 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.06 0.02 0.03 0.09 0.06 0.07 0.07
C5' 0.09 0.15 0.09 0.03 0.33 0.02 0.40 0.00 0.36 0.21 0.23 0.36 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.02 0.15 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.10 0.02 0.16 0.00 0.36 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.07 0.03 0.05 0.15 0.13 0.14 0.14
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.21 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.18 0.15 0.16 0.16
N3 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.02 0.09 0.04 0.07 0.07
N4 0.01 0.02 0.06 0.08 0.00 0.12 0.02 0.36 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00
O2 0.05 0.01 0.04 0.10 0.03 0.12 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.16 0.08 0.17 0.13 0.16 0.15
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.07 0.07 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.40 0.34 0.39 0.38
O3' 0.03 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.08 0.03 0.16 0.00 0.00 0.04 0.08 0.07 0.09 0.06
O4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.04 0.00 0.08 0.12 0.10 0.09
O5' 0.21 0.14 0.36 0.21 0.07 0.02 0.09 0.01 0.15 0.18 0.09 0.04 0.17 0.40 0.08 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.19 0.11 0.30 0.15 0.02 0.00 0.06 0.02 0.13 0.15 0.04 0.03 0.13 0.34 0.07 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.13 0.34 0.20 0.04 0.04 0.07 0.15 0.14 0.16 0.07 0.00 0.16 0.39 0.09 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.13 0.32 0.15 0.04 0.03 0.07 0.02 0.14 0.16 0.07 0.00 0.15 0.38 0.06 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00