ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48339

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 9, 47, 60, 41, 15, 9, 5, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.019, 0.032, 0.046, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.032 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.037, 0.054, 0.070, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.054 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.013, 0.033, 0.053, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.033 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.036, 0.056, 0.076, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.056 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.028, 0.048, 0.068, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.048 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.039, 0.062, 0.085, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.062 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.048, 0.075, 0.101, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.075 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.057, 0.089, 0.120, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.089 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.059, 0.090, 0.121, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.090 std_dev=0.031
O6 A 0, 0.073, 0.114, 0.155, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.114 std_dev=0.041
N7 A 0, 0.071, 0.118, 0.164, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.118 std_dev=0.046
C8 A 0, 0.087, 0.145, 0.203, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.145 std_dev=0.058
C2' B 0, 0.158, 0.346, 0.534, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.346 std_dev=0.188
O2' B 0, 0.370, 0.573, 0.775, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.573 std_dev=0.203
C3' B 0, 0.452, 0.741, 1.029, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.741 std_dev=0.288
C1' B 0, 0.351, 0.672, 0.992, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.672 std_dev=0.320
O3' B 0, 0.646, 0.989, 1.332, 2.681 max_d=2.681 avg_d=0.989 std_dev=0.343
O4' A 0, 0.836, 1.203, 1.570, 1.649 max_d=1.649 avg_d=1.203 std_dev=0.367
N9 B 0, 0.572, 0.951, 1.329, 2.209 max_d=2.209 avg_d=0.951 std_dev=0.378
N3 B 0, 0.568, 0.966, 1.363, 2.437 max_d=2.437 avg_d=0.966 std_dev=0.398
N2 B 0, 0.709, 1.129, 1.550, 3.208 max_d=3.208 avg_d=1.129 std_dev=0.421
O5' B 0, 0.251, 0.685, 1.119, 2.925 max_d=2.925 avg_d=0.685 std_dev=0.434
C4 B 0, 0.617, 1.052, 1.488, 2.576 max_d=2.576 avg_d=1.052 std_dev=0.435
C4' B 0, 0.512, 0.950, 1.387, 2.557 max_d=2.557 avg_d=0.950 std_dev=0.437
C2 B 0, 0.637, 1.102, 1.567, 2.930 max_d=2.930 avg_d=1.102 std_dev=0.465
C2' A 0, 0.942, 1.410, 1.877, 1.873 max_d=1.873 avg_d=1.410 std_dev=0.468
C5' B 0, 0.373, 0.847, 1.322, 3.046 max_d=3.046 avg_d=0.847 std_dev=0.474
P B 0, 0.358, 0.849, 1.339, 3.273 max_d=3.273 avg_d=0.849 std_dev=0.490
O4' B 0, 0.534, 1.035, 1.536, 2.523 max_d=2.523 avg_d=1.035 std_dev=0.501
C8 B 0, 0.831, 1.336, 1.840, 3.270 max_d=3.270 avg_d=1.336 std_dev=0.505
OP2 B 0, 1.669, 2.225, 2.781, 3.981 max_d=3.981 avg_d=2.225 std_dev=0.556
C3' A 0, 1.220, 1.783, 2.347, 2.395 max_d=2.395 avg_d=1.783 std_dev=0.563
C4' A 0, 1.257, 1.840, 2.423, 2.491 max_d=2.491 avg_d=1.840 std_dev=0.583
N1 B 0, 0.800, 1.411, 2.022, 4.088 max_d=4.088 avg_d=1.411 std_dev=0.611
C5 B 0, 0.876, 1.496, 2.116, 4.007 max_d=4.007 avg_d=1.496 std_dev=0.620
O3' A 0, 1.509, 2.170, 2.832, 2.864 max_d=2.864 avg_d=2.170 std_dev=0.662
N7 B 0, 1.021, 1.707, 2.394, 4.383 max_d=4.383 avg_d=1.707 std_dev=0.687
C6 B 0, 0.985, 1.723, 2.461, 4.873 max_d=4.873 avg_d=1.723 std_dev=0.738
OP1 B 0, 1.218, 1.956, 2.695, 5.308 max_d=5.308 avg_d=1.956 std_dev=0.739
O2' A 0, 1.440, 2.186, 2.932, 2.837 max_d=2.837 avg_d=2.186 std_dev=0.746
O5' A 0, 1.720, 2.494, 3.268, 3.647 max_d=3.647 avg_d=2.494 std_dev=0.774
C5' A 0, 1.858, 2.681, 3.504, 3.842 max_d=3.842 avg_d=2.681 std_dev=0.823
O6 B 0, 1.256, 2.206, 3.157, 6.211 max_d=6.211 avg_d=2.206 std_dev=0.950
OP2 A 0, 2.232, 3.219, 4.206, 4.370 max_d=4.370 avg_d=3.219 std_dev=0.987
P A 0, 2.297, 3.325, 4.352, 4.425 max_d=4.425 avg_d=3.325 std_dev=1.027
OP1 A 0, 2.789, 4.021, 5.253, 5.692 max_d=5.692 avg_d=4.021 std_dev=1.232

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.23 0.01 0.21 0.03 0.18 0.34 0.22
C2 0.04 0.00 0.29 0.22 0.01 0.10 0.02 0.20 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.19 0.22 0.23 0.27 0.02 0.29 0.45 0.35
C2' 0.00 0.29 0.00 0.01 0.15 0.02 0.07 0.16 0.12 0.18 0.22 0.36 0.29 0.11 0.02 0.01 0.03 0.02 0.41 0.09 0.39 0.50 0.41
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.20 0.01 0.24 0.02 0.26 0.20 0.24 0.22 0.19 0.23 0.15 0.02 0.01 0.02 0.13 0.28 0.18 0.14 0.09
C4 0.02 0.01 0.15 0.20 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.13 0.12 0.26 0.02 0.26 0.41 0.30
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.17 0.07 0.15 0.10 0.15 0.07 0.23 0.02 0.01 0.02 0.11 0.08 0.16 0.07
C5 0.02 0.02 0.07 0.24 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.22 0.10 0.06 0.28 0.02 0.30 0.43 0.32
C5' 0.08 0.20 0.16 0.02 0.15 0.01 0.18 0.00 0.19 0.20 0.19 0.22 0.18 0.22 0.12 0.07 0.17 0.02 0.01 0.21 0.14 0.13 0.02
C6 0.03 0.02 0.12 0.26 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.20 0.14 0.10 0.29 0.01 0.32 0.45 0.34
C8 0.02 0.01 0.18 0.20 0.01 0.17 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.37 0.08 0.14 0.27 0.03 0.26 0.37 0.25
N1 0.03 0.01 0.22 0.24 0.02 0.07 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.17 0.18 0.28 0.01 0.31 0.46 0.36
N2 0.04 0.01 0.36 0.22 0.01 0.15 0.02 0.22 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.31 0.27 0.28 0.27 0.03 0.30 0.45 0.37
N3 0.04 0.01 0.29 0.19 0.00 0.10 0.02 0.18 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.20 0.22 0.23 0.26 0.03 0.27 0.43 0.33
N7 0.02 0.02 0.11 0.23 0.01 0.15 0.00 0.22 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.37 0.11 0.09 0.29 0.04 0.31 0.42 0.30
N9 0.01 0.02 0.02 0.15 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.09 0.02 0.24 0.03 0.22 0.37 0.25
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.09 0.23 0.22 0.07 0.20 0.37 0.13 0.31 0.20 0.37 0.16 0.00 0.05 0.15 0.29 0.26 0.29 0.53 0.32
O3' 0.23 0.22 0.03 0.01 0.13 0.02 0.10 0.17 0.14 0.08 0.17 0.27 0.22 0.11 0.09 0.05 0.00 0.16 0.16 0.15 0.35 0.22 0.21
O4' 0.01 0.23 0.02 0.02 0.12 0.01 0.06 0.02 0.10 0.14 0.18 0.28 0.23 0.09 0.02 0.15 0.16 0.00 0.10 0.07 0.14 0.27 0.18
O5' 0.21 0.27 0.41 0.13 0.26 0.02 0.28 0.01 0.29 0.27 0.28 0.27 0.26 0.29 0.24 0.29 0.16 0.10 0.00 0.30 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.09 0.28 0.02 0.11 0.02 0.21 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.26 0.15 0.07 0.30 0.00 0.35 0.45 0.35
OP1 0.18 0.29 0.39 0.18 0.26 0.08 0.30 0.14 0.32 0.26 0.31 0.30 0.27 0.31 0.22 0.29 0.35 0.14 0.02 0.35 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.45 0.50 0.14 0.41 0.16 0.43 0.13 0.45 0.37 0.46 0.45 0.43 0.42 0.37 0.53 0.22 0.27 0.03 0.45 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.35 0.41 0.09 0.30 0.07 0.32 0.02 0.34 0.25 0.36 0.37 0.33 0.30 0.25 0.32 0.21 0.18 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.30 0.13 0.13 0.24 0.16 0.31 0.16 0.37 0.24 0.37 0.34 0.22 0.30 0.20 0.16 0.19 0.18 0.28 0.43 0.33 0.49 0.26
C2 0.13 0.22 0.12 0.13 0.18 0.14 0.24 0.14 0.27 0.20 0.25 0.23 0.19 0.25 0.16 0.15 0.19 0.15 0.25 0.30 0.37 0.45 0.24
C2' 0.34 0.24 0.33 0.42 0.27 0.44 0.31 0.41 0.37 0.30 0.34 0.22 0.25 0.32 0.29 0.32 0.51 0.39 0.27 0.45 0.46 0.34 0.28
C3' 0.37 0.42 0.33 0.36 0.41 0.42 0.46 0.42 0.50 0.43 0.48 0.40 0.39 0.47 0.40 0.30 0.39 0.42 0.31 0.54 0.51 0.37 0.34
C4 0.15 0.25 0.13 0.13 0.22 0.16 0.30 0.15 0.36 0.25 0.33 0.27 0.20 0.31 0.19 0.15 0.19 0.17 0.28 0.41 0.38 0.52 0.28
C4' 0.16 0.29 0.15 0.15 0.26 0.18 0.36 0.18 0.44 0.28 0.41 0.27 0.21 0.36 0.22 0.19 0.21 0.19 0.23 0.52 0.36 0.42 0.23
C5 0.20 0.33 0.16 0.15 0.30 0.19 0.41 0.19 0.47 0.33 0.42 0.32 0.27 0.41 0.26 0.16 0.19 0.22 0.32 0.53 0.44 0.59 0.33
C5' 0.20 0.38 0.20 0.18 0.32 0.21 0.44 0.22 0.55 0.35 0.52 0.37 0.28 0.44 0.28 0.25 0.23 0.24 0.26 0.65 0.44 0.49 0.29
C6 0.21 0.32 0.18 0.17 0.32 0.19 0.43 0.19 0.47 0.36 0.40 0.30 0.28 0.44 0.29 0.18 0.20 0.23 0.33 0.52 0.47 0.61 0.35
C8 0.20 0.35 0.16 0.15 0.30 0.20 0.40 0.20 0.49 0.32 0.45 0.36 0.27 0.41 0.26 0.16 0.19 0.23 0.32 0.57 0.42 0.59 0.33
N1 0.15 0.22 0.14 0.15 0.22 0.15 0.30 0.14 0.33 0.27 0.28 0.23 0.19 0.32 0.20 0.16 0.19 0.16 0.28 0.36 0.42 0.53 0.29
N2 0.20 0.26 0.15 0.15 0.24 0.19 0.25 0.18 0.26 0.21 0.26 0.27 0.27 0.24 0.21 0.17 0.20 0.22 0.24 0.27 0.36 0.38 0.23
N3 0.14 0.24 0.11 0.13 0.19 0.15 0.25 0.15 0.29 0.20 0.27 0.27 0.20 0.25 0.16 0.15 0.19 0.16 0.25 0.32 0.35 0.45 0.24
N7 0.23 0.40 0.18 0.17 0.35 0.22 0.47 0.23 0.57 0.38 0.52 0.39 0.32 0.47 0.30 0.17 0.20 0.26 0.35 0.65 0.47 0.63 0.36
N9 0.16 0.28 0.14 0.13 0.24 0.17 0.32 0.16 0.39 0.26 0.36 0.30 0.21 0.33 0.21 0.15 0.19 0.18 0.29 0.45 0.37 0.53 0.28
O2' 0.18 0.59 0.18 0.27 0.43 0.25 0.60 0.21 0.79 0.41 0.81 0.60 0.37 0.56 0.31 0.23 0.44 0.20 0.28 0.91 0.28 0.49 0.28
O3' 0.32 0.39 0.30 0.32 0.37 0.34 0.42 0.35 0.47 0.38 0.45 0.38 0.35 0.42 0.35 0.31 0.36 0.34 0.34 0.51 0.37 0.43 0.34
O4' 0.23 0.26 0.26 0.27 0.24 0.25 0.31 0.25 0.38 0.25 0.35 0.26 0.22 0.31 0.22 0.29 0.31 0.24 0.37 0.46 0.40 0.58 0.35
O5' 0.32 0.47 0.28 0.26 0.42 0.31 0.54 0.33 0.64 0.45 0.61 0.44 0.38 0.54 0.38 0.31 0.27 0.35 0.38 0.75 0.52 0.62 0.41
O6 0.26 0.38 0.22 0.20 0.40 0.23 0.54 0.24 0.58 0.46 0.48 0.34 0.33 0.57 0.36 0.21 0.21 0.28 0.38 0.64 0.54 0.69 0.41
OP1 0.27 0.51 0.27 0.23 0.43 0.26 0.57 0.28 0.70 0.46 0.67 0.50 0.39 0.57 0.37 0.35 0.25 0.32 0.36 0.84 0.52 0.67 0.41
OP2 0.36 0.51 0.41 0.39 0.46 0.34 0.59 0.35 0.72 0.49 0.67 0.49 0.42 0.60 0.42 0.51 0.42 0.36 0.51 0.87 0.60 0.81 0.54
P 0.27 0.44 0.31 0.29 0.39 0.24 0.52 0.26 0.66 0.42 0.62 0.43 0.34 0.53 0.34 0.41 0.33 0.27 0.41 0.80 0.52 0.72 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.23 0.04 0.27 0.34 0.19
C2 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.08 0.01 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.14 0.15 0.09 0.30 0.02 0.33 0.48 0.28
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.20 0.08 0.38 0.39 0.25
C3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.08 0.06 0.38 0.29 0.21
C4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.11 0.06 0.34 0.02 0.36 0.52 0.32
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.06 0.12 0.08 0.08 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.22 0.20 0.07
C5 0.02 0.01 0.06 0.04 0.01 0.05 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.12 0.10 0.04 0.41 0.02 0.43 0.65 0.41
C5' 0.06 0.11 0.07 0.01 0.12 0.01 0.16 0.00 0.16 0.20 0.13 0.13 0.10 0.20 0.12 0.06 0.03 0.03 0.01 0.19 0.21 0.22 0.02
C6 0.03 0.02 0.07 0.05 0.01 0.05 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.14 0.12 0.06 0.41 0.01 0.44 0.67 0.42
C8 0.02 0.02 0.07 0.06 0.01 0.08 0.01 0.20 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.07 0.06 0.46 0.03 0.46 0.67 0.44
N1 0.03 0.01 0.07 0.05 0.02 0.06 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.14 0.07 0.35 0.01 0.39 0.58 0.35
N2 0.04 0.00 0.07 0.08 0.01 0.12 0.02 0.13 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.18 0.11 0.25 0.02 0.30 0.43 0.24
N3 0.03 0.00 0.06 0.06 0.00 0.08 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.14 0.09 0.27 0.03 0.30 0.44 0.25
N7 0.02 0.01 0.07 0.06 0.01 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.07 0.05 0.47 0.04 0.49 0.75 0.49
N9 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.02 0.35 0.03 0.35 0.50 0.32
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.10 0.02 0.12 0.06 0.14 0.13 0.14 0.16 0.12 0.14 0.06 0.00 0.06 0.02 0.19 0.16 0.46 0.49 0.29
O3' 0.07 0.15 0.03 0.01 0.11 0.02 0.10 0.03 0.12 0.07 0.14 0.18 0.14 0.07 0.08 0.06 0.00 0.07 0.10 0.12 0.42 0.30 0.23
O4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.03 0.06 0.06 0.07 0.11 0.09 0.05 0.02 0.02 0.07 0.00 0.18 0.06 0.16 0.27 0.16
O5' 0.23 0.30 0.20 0.08 0.34 0.02 0.41 0.01 0.41 0.46 0.35 0.25 0.27 0.47 0.35 0.19 0.10 0.18 0.00 0.43 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.08 0.06 0.02 0.07 0.02 0.19 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.16 0.12 0.06 0.43 0.00 0.50 0.73 0.46
OP1 0.27 0.33 0.38 0.38 0.36 0.22 0.43 0.21 0.44 0.46 0.39 0.30 0.30 0.49 0.35 0.46 0.42 0.16 0.02 0.50 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.48 0.39 0.29 0.52 0.20 0.65 0.22 0.67 0.67 0.58 0.43 0.44 0.75 0.50 0.49 0.30 0.27 0.02 0.73 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.28 0.25 0.21 0.32 0.07 0.41 0.02 0.42 0.44 0.35 0.24 0.25 0.49 0.32 0.29 0.23 0.16 0.01 0.46 0.01 0.01 0.00