ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48340

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 30, 22, 18, 4, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.020 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.010, 0.025, 0.041, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.025 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.017, 0.034, 0.050, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.034 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.005, 0.023, 0.042, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.010, 0.031, 0.052, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.031 std_dev=0.021
C2' B 0, 0.057, 0.205, 0.353, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.205 std_dev=0.148
C1' B 0, 0.038, 0.192, 0.345, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.192 std_dev=0.153
O2' B 0, 0.137, 0.305, 0.473, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.305 std_dev=0.168
N3 B 0, 0.010, 0.178, 0.347, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.178 std_dev=0.168
N9 B 0, 0.062, 0.242, 0.422, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.242 std_dev=0.180
C2 B 0, 0.013, 0.195, 0.378, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.195 std_dev=0.183
C4 B 0, 0.049, 0.232, 0.416, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.232 std_dev=0.183
O4' A 0, -0.092, 0.096, 0.285, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.096 std_dev=0.189
N2 B 0, 0.010, 0.218, 0.426, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.218 std_dev=0.208
C2' A 0, -0.118, 0.098, 0.315, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.098 std_dev=0.216
C3' B 0, 0.014, 0.236, 0.459, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.236 std_dev=0.223
N1 B 0, 0.055, 0.293, 0.530, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.293 std_dev=0.238
O4' B 0, 0.073, 0.324, 0.576, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.324 std_dev=0.252
C3' A 0, -0.139, 0.127, 0.392, 2.380 max_d=2.380 avg_d=0.127 std_dev=0.266
C4' A 0, -0.119, 0.148, 0.415, 2.375 max_d=2.375 avg_d=0.148 std_dev=0.267
O3' B 0, 0.035, 0.304, 0.574, 1.779 max_d=1.779 avg_d=0.304 std_dev=0.269
C8 B 0, 0.100, 0.375, 0.649, 1.754 max_d=1.754 avg_d=0.375 std_dev=0.274
C5 B 0, 0.085, 0.366, 0.647, 1.876 max_d=1.876 avg_d=0.366 std_dev=0.281
C4' B 0, 0.068, 0.357, 0.647, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.357 std_dev=0.290
O3' A 0, -0.139, 0.164, 0.467, 2.749 max_d=2.749 avg_d=0.164 std_dev=0.303
O5' A 0, -0.095, 0.216, 0.526, 2.771 max_d=2.771 avg_d=0.216 std_dev=0.311
O2' A 0, -0.135, 0.184, 0.503, 2.757 max_d=2.757 avg_d=0.184 std_dev=0.319
C6 B 0, 0.087, 0.407, 0.727, 2.084 max_d=2.084 avg_d=0.407 std_dev=0.320
O5' B 0, 0.148, 0.478, 0.808, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.478 std_dev=0.330
N7 B 0, 0.111, 0.462, 0.814, 2.240 max_d=2.240 avg_d=0.462 std_dev=0.351
OP2 A 0, -0.063, 0.310, 0.683, 3.349 max_d=3.349 avg_d=0.310 std_dev=0.373
P A 0, -0.108, 0.275, 0.658, 3.423 max_d=3.423 avg_d=0.275 std_dev=0.383
C5' B 0, 0.102, 0.489, 0.876, 2.014 max_d=2.014 avg_d=0.489 std_dev=0.387
C5' A 0, -0.188, 0.227, 0.641, 3.615 max_d=3.615 avg_d=0.227 std_dev=0.415
O6 B 0, 0.106, 0.541, 0.976, 2.690 max_d=2.690 avg_d=0.541 std_dev=0.435
OP1 A 0, -0.141, 0.350, 0.841, 4.220 max_d=4.220 avg_d=0.350 std_dev=0.491
P B 0, 0.112, 0.628, 1.143, 2.002 max_d=2.002 avg_d=0.628 std_dev=0.515
OP2 B 0, 0.116, 0.685, 1.255, 2.145 max_d=2.145 avg_d=0.685 std_dev=0.570
OP1 B 0, 0.088, 0.730, 1.371, 3.360 max_d=3.360 avg_d=0.730 std_dev=0.642

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.06 0.01 0.05 0.21 0.10
C2 0.02 0.00 0.14 0.10 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.07 0.11 0.10 0.01 0.15 0.29 0.17
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.06 0.07 0.07 0.11 0.17 0.14 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.06 0.18 0.27 0.17
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.10 0.05 0.10 0.11 0.09 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.07 0.10 0.13 0.12 0.06
C4 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.06 0.09 0.01 0.13 0.27 0.15
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04 0.07 0.05 0.05 0.02 0.08 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.08 0.04
C5 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.04 0.11 0.01 0.16 0.28 0.17
C5' 0.03 0.10 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.09 0.08 0.10 0.11 0.09 0.09 0.06 0.04 0.06 0.01 0.00 0.10 0.07 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.06 0.11 0.00 0.18 0.29 0.18
C8 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.03 0.05 0.11 0.01 0.14 0.25 0.14
N1 0.02 0.00 0.11 0.10 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.09 0.11 0.01 0.17 0.29 0.18
N2 0.03 0.00 0.17 0.11 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.08 0.13 0.10 0.01 0.14 0.29 0.18
N3 0.02 0.00 0.14 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.06 0.10 0.09 0.01 0.12 0.27 0.16
N7 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.04 0.03 0.12 0.01 0.17 0.27 0.16
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.08 0.01 0.10 0.25 0.13
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.05 0.08 0.07 0.04 0.07 0.15 0.09 0.18 0.13 0.14 0.06 0.00 0.03 0.05 0.13 0.09 0.17 0.29 0.15
O3' 0.08 0.07 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.06 0.06 0.03 0.06 0.08 0.06 0.04 0.03 0.03 0.00 0.06 0.06 0.07 0.14 0.10 0.05
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.09 0.13 0.10 0.03 0.02 0.05 0.06 0.00 0.04 0.05 0.09 0.16 0.12
O5' 0.06 0.10 0.15 0.07 0.09 0.01 0.11 0.00 0.11 0.11 0.11 0.10 0.09 0.12 0.08 0.13 0.06 0.04 0.00 0.12 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.05 0.12 0.00 0.20 0.29 0.19
OP1 0.05 0.15 0.18 0.13 0.13 0.07 0.16 0.07 0.18 0.14 0.17 0.14 0.12 0.17 0.10 0.17 0.14 0.09 0.02 0.20 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.29 0.27 0.12 0.27 0.08 0.28 0.03 0.29 0.25 0.29 0.29 0.27 0.27 0.25 0.29 0.10 0.16 0.02 0.29 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.17 0.17 0.06 0.15 0.04 0.17 0.01 0.18 0.14 0.18 0.18 0.16 0.16 0.13 0.15 0.05 0.12 0.00 0.19 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.14 0.09 0.07 0.10 0.09 0.12 0.09 0.14 0.09 0.15 0.18 0.11 0.11 0.08 0.12 0.11 0.09 0.17 0.16 0.19 0.41 0.18
C2 0.09 0.13 0.08 0.09 0.09 0.12 0.10 0.11 0.11 0.08 0.12 0.15 0.13 0.10 0.08 0.12 0.13 0.13 0.14 0.13 0.21 0.36 0.14
C2' 0.15 0.09 0.18 0.19 0.10 0.18 0.09 0.17 0.11 0.10 0.11 0.12 0.11 0.09 0.12 0.20 0.22 0.15 0.19 0.14 0.25 0.40 0.23
C3' 0.18 0.17 0.19 0.18 0.17 0.20 0.17 0.20 0.17 0.17 0.16 0.18 0.17 0.17 0.17 0.19 0.20 0.19 0.18 0.17 0.28 0.37 0.22
C4 0.08 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.12 0.10 0.15 0.10 0.13 0.14 0.09 0.13 0.08 0.13 0.13 0.09 0.18 0.18 0.19 0.44 0.20
C4' 0.07 0.11 0.09 0.08 0.10 0.11 0.13 0.10 0.15 0.11 0.14 0.14 0.10 0.13 0.09 0.12 0.13 0.09 0.14 0.18 0.23 0.40 0.16
C5 0.09 0.08 0.13 0.12 0.10 0.10 0.17 0.13 0.19 0.14 0.15 0.11 0.08 0.18 0.10 0.14 0.15 0.09 0.22 0.24 0.21 0.50 0.25
C5' 0.09 0.13 0.11 0.08 0.12 0.10 0.16 0.10 0.19 0.14 0.17 0.16 0.11 0.17 0.11 0.14 0.14 0.10 0.18 0.23 0.24 0.46 0.21
C6 0.10 0.08 0.13 0.13 0.10 0.12 0.17 0.14 0.19 0.16 0.14 0.11 0.08 0.20 0.10 0.15 0.17 0.10 0.22 0.23 0.22 0.50 0.26
C8 0.09 0.11 0.12 0.10 0.11 0.09 0.17 0.12 0.21 0.14 0.17 0.13 0.09 0.18 0.10 0.14 0.14 0.08 0.23 0.26 0.21 0.51 0.27
N1 0.09 0.10 0.11 0.12 0.09 0.12 0.12 0.12 0.14 0.11 0.12 0.12 0.10 0.14 0.08 0.13 0.16 0.11 0.17 0.16 0.20 0.42 0.18
N2 0.12 0.16 0.08 0.10 0.13 0.17 0.11 0.16 0.12 0.10 0.14 0.17 0.16 0.10 0.11 0.14 0.13 0.18 0.13 0.12 0.27 0.28 0.12
N3 0.08 0.13 0.09 0.08 0.09 0.11 0.10 0.10 0.12 0.08 0.13 0.17 0.12 0.10 0.08 0.12 0.12 0.11 0.15 0.13 0.20 0.37 0.15
N7 0.10 0.10 0.13 0.12 0.12 0.10 0.20 0.14 0.24 0.16 0.18 0.12 0.10 0.22 0.12 0.15 0.15 0.09 0.24 0.30 0.24 0.54 0.30
N9 0.08 0.11 0.11 0.09 0.09 0.08 0.13 0.10 0.16 0.11 0.14 0.15 0.09 0.14 0.08 0.13 0.12 0.08 0.19 0.19 0.19 0.46 0.21
O2' 0.11 0.23 0.13 0.15 0.16 0.12 0.21 0.12 0.28 0.14 0.30 0.26 0.15 0.19 0.12 0.16 0.19 0.11 0.18 0.32 0.18 0.38 0.21
O3' 0.15 0.16 0.15 0.15 0.15 0.18 0.15 0.18 0.16 0.14 0.17 0.18 0.15 0.15 0.14 0.16 0.17 0.17 0.15 0.17 0.27 0.31 0.17
O4' 0.09 0.11 0.11 0.11 0.10 0.13 0.12 0.11 0.14 0.11 0.13 0.14 0.10 0.13 0.09 0.14 0.16 0.11 0.19 0.17 0.24 0.44 0.19
O5' 0.12 0.15 0.15 0.11 0.15 0.11 0.19 0.13 0.23 0.17 0.20 0.16 0.13 0.21 0.14 0.17 0.13 0.11 0.24 0.28 0.23 0.54 0.28
O6 0.12 0.10 0.16 0.16 0.14 0.14 0.23 0.19 0.24 0.21 0.16 0.11 0.10 0.27 0.14 0.18 0.19 0.12 0.25 0.29 0.27 0.55 0.32
OP1 0.12 0.14 0.17 0.17 0.13 0.13 0.19 0.15 0.25 0.15 0.21 0.16 0.12 0.20 0.12 0.22 0.22 0.11 0.21 0.33 0.16 0.54 0.25
OP2 0.19 0.14 0.24 0.26 0.15 0.21 0.18 0.21 0.23 0.18 0.18 0.17 0.16 0.21 0.16 0.30 0.33 0.18 0.28 0.31 0.20 0.59 0.30
P 0.12 0.12 0.18 0.18 0.11 0.15 0.16 0.16 0.22 0.14 0.18 0.15 0.11 0.18 0.11 0.22 0.24 0.12 0.21 0.29 0.16 0.54 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.17 0.01 0.21 0.28 0.16
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.09 0.05 0.24 0.01 0.23 0.44 0.26
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.04 0.28 0.26 0.15
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.02 0.30 0.14 0.12
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.26 0.01 0.25 0.44 0.28
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.07 0.04 0.07 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.15 0.12 0.04
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.30 0.01 0.32 0.53 0.36
C5' 0.03 0.05 0.03 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.10 0.15 0.07 0.05 0.04 0.15 0.08 0.03 0.01 0.01 0.00 0.11 0.11 0.13 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.30 0.00 0.32 0.54 0.37
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.04 0.31 0.01 0.33 0.51 0.37
N1 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.05 0.28 0.01 0.27 0.50 0.32
N2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.07 0.22 0.01 0.22 0.41 0.23
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.09 0.05 0.22 0.01 0.22 0.39 0.23
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.33 0.01 0.38 0.57 0.41
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.25 0.01 0.24 0.41 0.26
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.08 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.14 0.05 0.33 0.29 0.16
O3' 0.03 0.09 0.01 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.08 0.11 0.09 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.08 0.05 0.33 0.14 0.13
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.13 0.03 0.14 0.19 0.11
O5' 0.17 0.24 0.15 0.09 0.26 0.01 0.30 0.00 0.30 0.31 0.28 0.22 0.22 0.33 0.25 0.14 0.08 0.13 0.00 0.32 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.03 0.32 0.00 0.37 0.58 0.41
OP1 0.21 0.23 0.28 0.30 0.25 0.15 0.32 0.11 0.32 0.33 0.27 0.22 0.22 0.38 0.24 0.33 0.33 0.14 0.02 0.37 0.00 0.01 0.00
OP2 0.28 0.44 0.26 0.14 0.44 0.12 0.53 0.13 0.54 0.51 0.50 0.41 0.39 0.57 0.41 0.29 0.14 0.19 0.02 0.58 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.26 0.15 0.12 0.28 0.04 0.36 0.01 0.37 0.37 0.32 0.23 0.23 0.41 0.26 0.16 0.13 0.11 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00