ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48341

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 14, 16, 18, 13, 1, 4, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.021 std_dev=0.020
C2 A 0, -0.006, 0.016, 0.038, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.016 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N3 A 0, -0.001, 0.024, 0.048, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.004, 0.029, 0.054, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.029 std_dev=0.025
C1' A 0, -0.004, 0.021, 0.047, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.021 std_dev=0.025
N9 A 0, -0.001, 0.026, 0.053, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.026 std_dev=0.027
N7 A 0, -0.002, 0.035, 0.072, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.035 std_dev=0.037
N2 A 0, -0.002, 0.042, 0.087, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.042 std_dev=0.044
C8 A 0, -0.004, 0.042, 0.088, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.042 std_dev=0.046
O2' B 0, 0.145, 0.323, 0.501, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.323 std_dev=0.178
C2' B 0, 0.125, 0.372, 0.618, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.372 std_dev=0.246
C2' A 0, -0.020, 0.229, 0.479, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.229 std_dev=0.249
O4' A 0, -0.034, 0.220, 0.474, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.220 std_dev=0.254
C1' B 0, 0.183, 0.495, 0.807, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.495 std_dev=0.312
C4' A 0, -0.041, 0.422, 0.884, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.422 std_dev=0.463
O5' A 0, 0.147, 0.637, 1.128, 2.039 max_d=2.039 avg_d=0.637 std_dev=0.490
C3' A 0, -0.054, 0.462, 0.977, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.462 std_dev=0.516
OP2 A 0, 0.239, 0.772, 1.306, 2.153 max_d=2.153 avg_d=0.772 std_dev=0.534
P A 0, 0.230, 0.768, 1.306, 2.073 max_d=2.073 avg_d=0.768 std_dev=0.538
C5' A 0, 0.063, 0.608, 1.152, 1.900 max_d=1.900 avg_d=0.608 std_dev=0.545
O4' B 0, 0.153, 0.736, 1.318, 2.334 max_d=2.334 avg_d=0.736 std_dev=0.582
N9 B 0, 0.116, 0.710, 1.303, 2.294 max_d=2.294 avg_d=0.710 std_dev=0.593
C3' B 0, -0.008, 0.609, 1.226, 3.068 max_d=3.068 avg_d=0.609 std_dev=0.617
O2' A 0, -0.142, 0.478, 1.098, 1.958 max_d=1.958 avg_d=0.478 std_dev=0.620
OP1 A 0, 0.249, 0.881, 1.512, 2.479 max_d=2.479 avg_d=0.881 std_dev=0.632
O3' B 0, -0.074, 0.709, 1.492, 3.895 max_d=3.895 avg_d=0.709 std_dev=0.783
C4' B 0, -0.009, 0.821, 1.652, 3.736 max_d=3.736 avg_d=0.821 std_dev=0.831
C4 B 0, 0.039, 0.880, 1.720, 3.607 max_d=3.607 avg_d=0.880 std_dev=0.841
O3' A 0, -0.206, 0.729, 1.664, 2.700 max_d=2.700 avg_d=0.729 std_dev=0.935
C8 B 0, 0.004, 0.945, 1.886, 3.353 max_d=3.353 avg_d=0.945 std_dev=0.941
N3 B 0, -0.093, 0.857, 1.807, 4.784 max_d=4.784 avg_d=0.857 std_dev=0.950
O5' B 0, -0.115, 0.972, 2.060, 4.747 max_d=4.747 avg_d=0.972 std_dev=1.088
C5' B 0, -0.125, 1.021, 2.168, 5.036 max_d=5.036 avg_d=1.021 std_dev=1.146
C5 B 0, -0.014, 1.179, 2.371, 4.908 max_d=4.908 avg_d=1.179 std_dev=1.192
N7 B 0, -0.053, 1.214, 2.481, 4.803 max_d=4.803 avg_d=1.214 std_dev=1.267
C2 B 0, -0.210, 1.117, 2.444, 6.653 max_d=6.653 avg_d=1.117 std_dev=1.327
P B 0, -0.251, 1.170, 2.592, 6.673 max_d=6.673 avg_d=1.170 std_dev=1.421
OP2 B 0, -0.212, 1.217, 2.645, 6.996 max_d=6.996 avg_d=1.217 std_dev=1.428
OP1 B 0, -0.209, 1.223, 2.654, 7.031 max_d=7.031 avg_d=1.223 std_dev=1.431
C6 B 0, -0.066, 1.468, 3.003, 6.838 max_d=6.838 avg_d=1.468 std_dev=1.534
N1 B 0, -0.146, 1.401, 2.948, 7.423 max_d=7.423 avg_d=1.401 std_dev=1.547
N2 B 0, -0.449, 1.173, 2.794, 8.317 max_d=8.317 avg_d=1.173 std_dev=1.622
O6 B 0, -0.081, 1.791, 3.663, 8.325 max_d=8.325 avg_d=1.791 std_dev=1.872

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.06 0.05 0.01 0.00 0.02 0.26 0.01 0.15 0.01 0.14 0.40 0.22
C2 0.05 0.00 0.16 0.08 0.01 0.13 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.37 0.17 0.16 0.01 0.17 0.31 0.20
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.01 0.03 0.17 0.06 0.11 0.11 0.20 0.16 0.07 0.02 0.00 0.03 0.02 0.35 0.04 0.33 0.53 0.39
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.15 0.01 0.25 0.02 0.23 0.34 0.15 0.09 0.07 0.34 0.19 0.01 0.01 0.01 0.06 0.28 0.15 0.14 0.06
C4 0.02 0.01 0.08 0.15 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.19 0.08 0.19 0.01 0.13 0.29 0.16
C4' 0.02 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.01 0.06 0.24 0.05 0.20 0.13 0.21 0.08 0.24 0.02 0.01 0.01 0.10 0.08 0.20 0.08
C5 0.01 0.01 0.03 0.25 0.00 0.10 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.11 0.03 0.29 0.01 0.15 0.20 0.16
C5' 0.06 0.12 0.17 0.02 0.09 0.01 0.17 0.00 0.15 0.28 0.09 0.19 0.13 0.29 0.11 0.09 0.19 0.01 0.01 0.21 0.13 0.07 0.02
C6 0.02 0.00 0.06 0.23 0.01 0.06 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.13 0.06 0.30 0.00 0.16 0.19 0.17
C8 0.02 0.01 0.11 0.34 0.01 0.24 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.33 0.22 0.12 0.34 0.01 0.17 0.21 0.16
N1 0.03 0.00 0.11 0.15 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.25 0.12 0.22 0.01 0.15 0.23 0.16
N2 0.06 0.00 0.20 0.09 0.01 0.20 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.49 0.21 0.15 0.01 0.21 0.34 0.25
N3 0.05 0.00 0.16 0.07 0.00 0.13 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.38 0.17 0.15 0.01 0.17 0.35 0.23
N7 0.01 0.01 0.07 0.34 0.01 0.21 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.36 0.22 0.08 0.39 0.01 0.21 0.18 0.22
N9 0.00 0.01 0.02 0.19 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.19 0.11 0.01 0.19 0.01 0.12 0.32 0.15
O2' 0.02 0.20 0.00 0.01 0.18 0.24 0.28 0.09 0.29 0.33 0.23 0.24 0.17 0.36 0.19 0.00 0.06 0.18 0.26 0.34 0.26 0.56 0.31
O3' 0.26 0.37 0.03 0.01 0.19 0.02 0.11 0.19 0.13 0.22 0.25 0.49 0.38 0.22 0.11 0.06 0.00 0.17 0.22 0.13 0.46 0.22 0.25
O4' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.06 0.12 0.12 0.21 0.17 0.08 0.01 0.18 0.17 0.00 0.06 0.03 0.09 0.38 0.21
O5' 0.15 0.16 0.35 0.06 0.19 0.01 0.29 0.01 0.30 0.34 0.22 0.15 0.15 0.39 0.19 0.26 0.22 0.06 0.00 0.36 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.28 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.13 0.03 0.36 0.00 0.20 0.20 0.22
OP1 0.14 0.17 0.33 0.15 0.13 0.08 0.15 0.13 0.16 0.17 0.15 0.21 0.17 0.21 0.12 0.26 0.46 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00
OP2 0.40 0.31 0.53 0.14 0.29 0.20 0.20 0.07 0.19 0.21 0.23 0.34 0.35 0.18 0.32 0.56 0.22 0.38 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.20 0.39 0.06 0.16 0.08 0.16 0.02 0.17 0.16 0.16 0.25 0.23 0.22 0.15 0.31 0.25 0.21 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.28 0.94 0.20 0.18 0.66 0.21 0.92 0.15 1.07 0.80 1.03 1.15 0.72 1.04 0.52 0.19 0.51 0.25 0.38 1.27 0.43 0.87 0.57
C2 0.18 0.50 0.13 0.20 0.45 0.21 0.63 0.09 0.66 0.61 0.55 0.54 0.46 0.74 0.38 0.17 0.49 0.18 0.20 0.75 0.30 0.56 0.32
C2' 0.22 0.78 0.22 0.25 0.50 0.26 0.81 0.27 0.95 0.77 0.87 1.06 0.57 1.01 0.42 0.18 0.50 0.24 0.46 1.20 0.55 0.93 0.67
C3' 0.18 0.73 0.20 0.12 0.43 0.14 0.69 0.28 0.77 0.75 0.71 1.08 0.56 0.94 0.38 0.14 0.39 0.17 0.54 1.00 0.65 1.06 0.78
C4 0.27 0.87 0.19 0.14 0.66 0.16 0.87 0.19 0.97 0.78 0.93 0.97 0.70 0.97 0.52 0.15 0.44 0.22 0.40 1.09 0.44 0.85 0.57
C4' 0.31 0.84 0.25 0.17 0.60 0.19 0.84 0.22 0.95 0.81 0.88 1.10 0.68 1.02 0.51 0.24 0.47 0.26 0.48 1.17 0.53 1.01 0.70
C5 0.31 0.91 0.23 0.14 0.75 0.18 0.97 0.33 1.08 0.86 1.03 0.97 0.74 1.04 0.60 0.14 0.35 0.28 0.54 1.18 0.57 0.98 0.71
C5' 0.28 0.85 0.22 0.13 0.58 0.15 0.82 0.26 0.94 0.80 0.89 1.12 0.67 1.00 0.49 0.20 0.44 0.23 0.53 1.15 0.64 1.09 0.79
C6 0.31 0.75 0.25 0.16 0.70 0.21 0.90 0.36 0.94 0.83 0.84 0.78 0.64 0.97 0.60 0.13 0.30 0.28 0.54 1.00 0.55 0.92 0.68
C8 0.32 1.06 0.23 0.14 0.77 0.19 1.04 0.34 1.23 0.89 1.22 1.20 0.81 1.12 0.61 0.14 0.38 0.30 0.58 1.40 0.63 1.08 0.79
N1 0.24 0.53 0.19 0.13 0.52 0.13 0.66 0.19 0.65 0.66 0.57 0.56 0.49 0.75 0.46 0.14 0.36 0.18 0.34 0.71 0.37 0.68 0.45
N2 0.15 0.36 0.10 0.32 0.38 0.37 0.58 0.27 0.62 0.48 0.50 0.34 0.31 0.63 0.29 0.20 0.58 0.29 0.13 0.70 0.34 0.35 0.19
N3 0.21 0.66 0.14 0.21 0.53 0.22 0.75 0.10 0.81 0.68 0.71 0.77 0.56 0.87 0.42 0.17 0.51 0.20 0.24 0.94 0.33 0.66 0.39
N7 0.34 1.03 0.25 0.16 0.81 0.23 1.08 0.42 1.27 0.92 1.22 1.12 0.81 1.14 0.64 0.13 0.33 0.33 0.64 1.42 0.69 1.12 0.85
N9 0.29 0.98 0.20 0.14 0.70 0.17 0.94 0.22 1.09 0.83 1.08 1.14 0.76 1.04 0.55 0.16 0.45 0.25 0.45 1.24 0.50 0.94 0.64
O2' 0.43 1.12 0.36 0.32 0.85 0.35 1.16 0.30 1.38 0.97 1.31 1.31 0.85 1.25 0.69 0.34 0.57 0.39 0.48 1.64 0.38 0.90 0.61
O3' 0.52 0.88 0.48 0.44 0.68 0.48 0.86 0.55 0.88 0.92 0.81 1.20 0.78 1.08 0.65 0.42 0.56 0.52 0.72 1.08 0.70 1.15 0.91
O4' 0.37 0.95 0.27 0.22 0.72 0.24 0.96 0.20 1.10 0.85 1.04 1.14 0.77 1.08 0.58 0.28 0.53 0.31 0.43 1.30 0.43 0.93 0.61
O5' 0.21 0.87 0.21 0.19 0.53 0.17 0.77 0.35 0.92 0.76 0.92 1.15 0.66 0.95 0.42 0.17 0.43 0.19 0.60 1.12 0.79 1.17 0.88
O6 0.33 0.73 0.28 0.25 0.71 0.32 0.95 0.50 0.99 0.90 0.86 0.77 0.62 1.06 0.63 0.14 0.25 0.36 0.66 1.08 0.67 1.02 0.80
OP1 0.29 0.92 0.27 0.15 0.63 0.18 0.88 0.43 1.02 0.86 1.00 1.18 0.72 1.05 0.53 0.21 0.36 0.25 0.70 1.24 0.84 1.28 0.99
OP2 0.43 1.11 0.37 0.25 0.81 0.33 1.04 0.56 1.22 0.96 1.23 1.31 0.88 1.15 0.68 0.27 0.28 0.41 0.80 1.40 0.89 1.33 1.06
P 0.33 0.99 0.28 0.15 0.69 0.19 0.92 0.41 1.08 0.87 1.08 1.22 0.78 1.06 0.57 0.22 0.36 0.29 0.68 1.27 0.79 1.24 0.95

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.03 0.18 0.13 0.09
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.06 0.11 0.01 0.19 0.21 0.13
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.10 0.05 0.27 0.16 0.13
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.24 0.17 0.11
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.03 0.12 0.01 0.20 0.21 0.14
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.10 0.05
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03 0.14 0.02 0.21 0.26 0.17
C5' 0.03 0.06 0.05 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.11 0.07 0.06 0.05 0.11 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.10 0.07 0.04 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.07 0.04 0.14 0.00 0.21 0.28 0.17
C8 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.01 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.05 0.03 0.16 0.03 0.23 0.25 0.18
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.05 0.12 0.01 0.20 0.25 0.16
N2 0.03 0.00 0.06 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.10 0.07 0.10 0.01 0.19 0.20 0.12
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.08 0.06 0.10 0.01 0.19 0.19 0.12
N7 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.02 0.16 0.03 0.23 0.29 0.19
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.12 0.03 0.20 0.19 0.14
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.09 0.07 0.12 0.09 0.08 0.03 0.00 0.04 0.01 0.11 0.07 0.32 0.19 0.16
O3' 0.05 0.09 0.02 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.07 0.05 0.08 0.10 0.08 0.05 0.05 0.04 0.00 0.04 0.04 0.07 0.26 0.18 0.12
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.09 0.11 0.05
O5' 0.07 0.11 0.10 0.05 0.12 0.01 0.14 0.01 0.14 0.16 0.12 0.10 0.10 0.16 0.12 0.11 0.04 0.04 0.00 0.15 0.01 0.02 0.00
O6 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01 0.05 0.02 0.10 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.07 0.07 0.04 0.15 0.00 0.22 0.31 0.19
OP1 0.18 0.19 0.27 0.24 0.20 0.11 0.21 0.07 0.21 0.23 0.20 0.19 0.19 0.23 0.20 0.32 0.26 0.09 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.21 0.16 0.17 0.21 0.10 0.26 0.04 0.28 0.25 0.25 0.20 0.19 0.29 0.19 0.19 0.18 0.11 0.02 0.31 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.13 0.13 0.11 0.14 0.05 0.17 0.01 0.17 0.18 0.16 0.12 0.12 0.19 0.14 0.16 0.12 0.05 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00