ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48342

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 5, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.017, 0.032, 0.047, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.020, 0.037, 0.053, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.037 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.020, 0.038, 0.056, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.038 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.027, 0.047, 0.066, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.047 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.007, 0.031, 0.055, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.031 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.007, 0.036, 0.065, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.036 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.027, 0.061, 0.094, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.061 std_dev=0.033
O6 A 0, 0.029, 0.062, 0.096, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.062 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.042, 0.082, 0.122, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.082 std_dev=0.040
C8 A 0, 0.055, 0.099, 0.144, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.099 std_dev=0.045
O2' B 0, 0.107, 0.318, 0.529, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.318 std_dev=0.211
C2' B 0, 0.011, 0.372, 0.733, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.372 std_dev=0.361
C1' B 0, 0.281, 0.693, 1.106, 1.784 max_d=1.784 avg_d=0.693 std_dev=0.413
C3' B 0, 0.136, 0.644, 1.151, 2.130 max_d=2.130 avg_d=0.644 std_dev=0.507
O4' A 0, 0.650, 1.171, 1.692, 1.581 max_d=1.581 avg_d=1.171 std_dev=0.521
C2' A 0, 0.752, 1.288, 1.824, 1.671 max_d=1.671 avg_d=1.288 std_dev=0.536
O4' B 0, 0.418, 0.992, 1.566, 2.428 max_d=2.428 avg_d=0.992 std_dev=0.574
C3' A 0, 0.919, 1.524, 2.130, 1.984 max_d=1.984 avg_d=1.524 std_dev=0.606
C4' B 0, 0.303, 0.913, 1.523, 2.637 max_d=2.637 avg_d=0.913 std_dev=0.610
N9 B 0, 0.331, 0.952, 1.573, 2.654 max_d=2.654 avg_d=0.952 std_dev=0.621
O3' A 0, 1.103, 1.738, 2.373, 2.246 max_d=2.246 avg_d=1.738 std_dev=0.635
C4' A 0, 0.942, 1.654, 2.367, 2.199 max_d=2.199 avg_d=1.654 std_dev=0.713
O5' B 0, 1.164, 1.936, 2.708, 2.569 max_d=2.569 avg_d=1.936 std_dev=0.772
C4 B 0, 0.291, 1.071, 1.851, 3.373 max_d=3.373 avg_d=1.071 std_dev=0.780
O3' B 0, 0.072, 0.888, 1.704, 3.406 max_d=3.406 avg_d=0.888 std_dev=0.816
N3 B 0, 0.180, 1.051, 1.921, 3.774 max_d=3.774 avg_d=1.051 std_dev=0.871
C8 B 0, 0.475, 1.347, 2.219, 3.644 max_d=3.644 avg_d=1.347 std_dev=0.872
C5' B 0, 0.008, 0.888, 1.768, 3.547 max_d=3.547 avg_d=0.888 std_dev=0.880
O2' A 0, 1.260, 2.166, 3.071, 2.796 max_d=2.796 avg_d=2.166 std_dev=0.905
P B 0, 1.385, 2.376, 3.366, 3.195 max_d=3.195 avg_d=2.376 std_dev=0.990
C5 B 0, 0.449, 1.466, 2.482, 4.301 max_d=4.301 avg_d=1.466 std_dev=1.017
OP1 B 0, 0.329, 1.349, 2.370, 4.273 max_d=4.273 avg_d=1.349 std_dev=1.020
C5' A 0, 1.441, 2.503, 3.565, 3.325 max_d=3.325 avg_d=2.503 std_dev=1.062
N7 B 0, 0.588, 1.688, 2.787, 4.571 max_d=4.571 avg_d=1.688 std_dev=1.099
O5' A 0, 1.593, 2.715, 3.837, 4.331 max_d=4.331 avg_d=2.715 std_dev=1.122
C2 B 0, 0.113, 1.245, 2.377, 4.830 max_d=4.830 avg_d=1.245 std_dev=1.132
C6 B 0, 0.449, 1.701, 2.952, 5.298 max_d=5.298 avg_d=1.701 std_dev=1.251
N1 B 0, 0.234, 1.490, 2.747, 5.369 max_d=5.369 avg_d=1.490 std_dev=1.256
N2 B 0, 0.051, 1.411, 2.771, 5.766 max_d=5.766 avg_d=1.411 std_dev=1.360
OP2 A 0, 2.240, 3.641, 5.043, 4.894 max_d=4.894 avg_d=3.641 std_dev=1.401
P A 0, 2.266, 3.749, 5.233, 5.167 max_d=5.167 avg_d=3.749 std_dev=1.483
O6 B 0, 0.616, 2.127, 3.638, 6.316 max_d=6.316 avg_d=2.127 std_dev=1.511
OP2 B 0, 1.950, 3.655, 5.360, 5.054 max_d=5.054 avg_d=3.655 std_dev=1.705
OP1 A 0, 2.774, 4.609, 6.444, 6.131 max_d=6.131 avg_d=4.609 std_dev=1.835

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.07 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.24 0.01 0.23 0.06 0.17 0.45 0.25
C2 0.04 0.00 0.26 0.19 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.23 0.30 0.19 0.21 0.01 0.24 0.45 0.28
C2' 0.00 0.26 0.00 0.01 0.14 0.02 0.09 0.18 0.14 0.12 0.21 0.30 0.25 0.08 0.03 0.00 0.06 0.01 0.46 0.14 0.38 0.46 0.37
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.18 0.00 0.23 0.02 0.24 0.19 0.22 0.18 0.16 0.23 0.14 0.02 0.01 0.01 0.21 0.27 0.21 0.21 0.10
C4 0.03 0.01 0.14 0.18 0.00 0.03 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.21 0.09 0.24 0.03 0.22 0.45 0.26
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.06 0.15 0.05 0.13 0.09 0.14 0.06 0.17 0.02 0.01 0.02 0.09 0.07 0.33 0.11
C5 0.03 0.01 0.09 0.23 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.21 0.18 0.04 0.27 0.03 0.26 0.42 0.26
C5' 0.07 0.13 0.18 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.08 0.14 0.09 0.17 0.13 0.13 0.07 0.09 0.15 0.02 0.01 0.10 0.11 0.25 0.01
C6 0.04 0.01 0.14 0.24 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.21 0.22 0.08 0.27 0.01 0.29 0.40 0.27
C8 0.02 0.02 0.12 0.19 0.01 0.15 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.29 0.11 0.13 0.32 0.05 0.21 0.42 0.23
N1 0.04 0.00 0.21 0.22 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.19 0.26 0.14 0.23 0.01 0.27 0.42 0.28
N2 0.05 0.00 0.30 0.18 0.02 0.13 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.30 0.36 0.23 0.20 0.01 0.23 0.46 0.29
N3 0.04 0.00 0.25 0.16 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.23 0.30 0.19 0.21 0.02 0.21 0.46 0.28
N7 0.02 0.02 0.08 0.23 0.01 0.14 0.00 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.30 0.15 0.08 0.32 0.05 0.27 0.39 0.25
N9 0.01 0.03 0.03 0.14 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.13 0.15 0.02 0.25 0.05 0.19 0.45 0.25
O2' 0.01 0.23 0.00 0.02 0.14 0.17 0.21 0.09 0.21 0.29 0.19 0.30 0.23 0.30 0.13 0.00 0.08 0.12 0.45 0.25 0.38 0.49 0.35
O3' 0.24 0.30 0.06 0.01 0.21 0.02 0.18 0.15 0.22 0.11 0.26 0.36 0.30 0.15 0.15 0.08 0.00 0.16 0.19 0.22 0.35 0.27 0.20
O4' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.09 0.01 0.04 0.02 0.08 0.13 0.14 0.23 0.19 0.08 0.02 0.12 0.16 0.00 0.08 0.07 0.17 0.49 0.27
O5' 0.23 0.21 0.46 0.21 0.24 0.02 0.27 0.01 0.27 0.32 0.23 0.20 0.21 0.32 0.25 0.45 0.19 0.08 0.00 0.31 0.02 0.01 0.01
O6 0.06 0.01 0.14 0.27 0.03 0.09 0.03 0.10 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.25 0.22 0.07 0.31 0.00 0.33 0.37 0.27
OP1 0.17 0.24 0.38 0.21 0.22 0.07 0.26 0.11 0.29 0.21 0.27 0.23 0.21 0.27 0.19 0.38 0.35 0.17 0.02 0.33 0.00 0.01 0.00
OP2 0.45 0.45 0.46 0.21 0.45 0.33 0.42 0.25 0.40 0.42 0.42 0.46 0.46 0.39 0.45 0.49 0.27 0.49 0.01 0.37 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.28 0.37 0.10 0.26 0.11 0.26 0.01 0.27 0.23 0.28 0.29 0.28 0.25 0.25 0.35 0.20 0.27 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.30 1.05 0.20 0.26 0.76 0.19 0.92 0.18 1.15 0.62 1.21 1.12 0.78 0.82 0.54 0.19 0.45 0.26 0.41 1.26 0.35 0.91 0.46
C2 0.24 0.56 0.21 0.26 0.53 0.14 0.62 0.14 0.69 0.49 0.65 0.47 0.49 0.59 0.43 0.21 0.45 0.18 0.45 0.72 0.46 0.94 0.52
C2' 0.42 1.09 0.39 0.49 0.78 0.49 0.95 0.44 1.21 0.64 1.28 1.20 0.81 0.84 0.57 0.40 0.64 0.47 0.33 1.35 0.40 0.71 0.34
C3' 0.45 1.19 0.37 0.43 0.85 0.46 1.00 0.45 1.26 0.67 1.35 1.33 0.91 0.87 0.63 0.34 0.57 0.49 0.35 1.38 0.39 0.68 0.34
C4 0.27 0.76 0.20 0.25 0.65 0.17 0.82 0.16 0.97 0.62 0.94 0.69 0.58 0.78 0.51 0.19 0.41 0.23 0.49 1.06 0.50 1.07 0.59
C4' 0.34 1.09 0.22 0.30 0.78 0.27 0.94 0.26 1.19 0.62 1.26 1.19 0.82 0.83 0.56 0.17 0.51 0.34 0.41 1.32 0.35 0.85 0.43
C5 0.26 0.55 0.19 0.22 0.57 0.18 0.80 0.21 0.92 0.67 0.80 0.42 0.41 0.83 0.49 0.18 0.32 0.25 0.57 1.04 0.65 1.25 0.74
C5' 0.34 1.01 0.22 0.30 0.75 0.27 0.95 0.26 1.20 0.65 1.23 1.06 0.75 0.87 0.56 0.18 0.49 0.34 0.43 1.37 0.41 0.94 0.49
C6 0.25 0.38 0.19 0.20 0.47 0.18 0.69 0.25 0.74 0.65 0.56 0.42 0.31 0.77 0.45 0.19 0.27 0.24 0.61 0.84 0.74 1.33 0.82
C8 0.29 0.75 0.19 0.23 0.66 0.19 0.91 0.20 1.10 0.70 1.02 0.65 0.54 0.90 0.53 0.18 0.35 0.27 0.54 1.27 0.58 1.21 0.69
N1 0.21 0.29 0.19 0.22 0.40 0.15 0.56 0.20 0.57 0.54 0.44 0.26 0.23 0.62 0.39 0.20 0.33 0.18 0.55 0.64 0.64 1.16 0.70
N2 0.27 0.55 0.22 0.29 0.50 0.14 0.52 0.15 0.57 0.39 0.58 0.51 0.52 0.46 0.40 0.22 0.53 0.18 0.37 0.58 0.35 0.75 0.39
N3 0.29 0.83 0.22 0.28 0.66 0.16 0.77 0.15 0.89 0.55 0.91 0.80 0.68 0.69 0.50 0.20 0.48 0.22 0.43 0.94 0.40 0.91 0.48
N7 0.28 0.59 0.19 0.21 0.60 0.19 0.87 0.24 1.02 0.72 0.88 0.48 0.43 0.91 0.51 0.17 0.30 0.28 0.60 1.19 0.69 1.32 0.79
N9 0.28 0.88 0.19 0.24 0.70 0.18 0.90 0.17 1.09 0.65 1.09 0.85 0.65 0.84 0.53 0.18 0.40 0.25 0.48 1.21 0.47 1.06 0.57
O2' 0.27 1.21 0.27 0.38 0.80 0.33 1.02 0.24 1.34 0.62 1.45 1.35 0.83 0.88 0.53 0.32 0.61 0.25 0.24 1.50 0.27 0.64 0.27
O3' 0.48 1.26 0.41 0.45 0.86 0.49 0.97 0.52 1.23 0.64 1.37 1.45 0.96 0.82 0.63 0.36 0.59 0.52 0.51 1.32 0.51 0.72 0.51
O4' 0.36 1.00 0.25 0.32 0.75 0.25 0.90 0.24 1.12 0.63 1.16 1.06 0.76 0.81 0.56 0.19 0.51 0.32 0.53 1.24 0.45 1.02 0.58
O5' 0.39 0.92 0.23 0.29 0.73 0.38 0.93 0.37 1.16 0.67 1.15 0.93 0.69 0.87 0.57 0.19 0.41 0.45 0.54 1.33 0.53 1.12 0.62
O6 0.27 0.50 0.19 0.19 0.45 0.20 0.69 0.34 0.71 0.71 0.54 0.76 0.42 0.84 0.46 0.20 0.20 0.28 0.70 0.83 0.90 1.51 0.97
OP1 0.34 0.92 0.24 0.26 0.76 0.24 1.02 0.24 1.26 0.77 1.20 0.88 0.68 1.00 0.61 0.25 0.41 0.37 0.49 1.48 0.51 1.14 0.62
OP2 0.46 0.90 0.41 0.41 0.82 0.33 1.10 0.38 1.32 0.90 1.22 0.79 0.68 1.11 0.71 0.42 0.51 0.44 0.66 1.54 0.67 1.31 0.80
P 0.33 0.88 0.24 0.26 0.74 0.18 1.00 0.18 1.23 0.76 1.17 0.83 0.64 0.98 0.59 0.26 0.43 0.32 0.55 1.44 0.55 1.21 0.68

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.21 0.00 0.39 0.02 0.25 0.54 0.35
C2 0.03 0.00 0.18 0.08 0.00 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.16 0.20 0.19 0.46 0.01 0.27 0.71 0.45
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.10 0.02 0.06 0.15 0.09 0.09 0.14 0.22 0.18 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.54 0.07 0.58 0.86 0.62
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.10 0.01 0.15 0.02 0.15 0.15 0.12 0.07 0.06 0.18 0.09 0.02 0.01 0.03 0.22 0.17 0.27 0.34 0.23
C4 0.02 0.00 0.10 0.10 0.00 0.04 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.14 0.10 0.54 0.01 0.30 0.78 0.52
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.11 0.07 0.14 0.10 0.09 0.03 0.18 0.04 0.01 0.01 0.04 0.19 0.07 0.09
C5 0.01 0.01 0.06 0.15 0.00 0.03 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.14 0.09 0.05 0.65 0.01 0.37 0.96 0.67
C5' 0.08 0.18 0.15 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.17 0.16 0.18 0.19 0.17 0.17 0.13 0.05 0.16 0.01 0.01 0.18 0.07 0.20 0.01
C6 0.03 0.01 0.09 0.15 0.01 0.04 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.09 0.09 0.64 0.00 0.36 0.97 0.67
C8 0.01 0.01 0.09 0.15 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.23 0.09 0.11 0.73 0.01 0.43 1.01 0.74
N1 0.03 0.00 0.14 0.12 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.14 0.15 0.55 0.00 0.31 0.85 0.56
N2 0.04 0.00 0.22 0.07 0.01 0.14 0.02 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.24 0.25 0.22 0.39 0.01 0.26 0.62 0.38
N3 0.03 0.00 0.18 0.06 0.01 0.10 0.02 0.17 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.16 0.22 0.18 0.43 0.01 0.26 0.65 0.41
N7 0.01 0.02 0.05 0.18 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.23 0.10 0.07 0.75 0.01 0.45 1.10 0.79
N9 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.12 0.01 0.57 0.01 0.32 0.77 0.53
O2' 0.03 0.16 0.01 0.02 0.08 0.18 0.14 0.05 0.14 0.23 0.13 0.24 0.16 0.23 0.10 0.00 0.07 0.11 0.51 0.17 0.60 1.04 0.66
O3' 0.21 0.20 0.03 0.01 0.14 0.04 0.09 0.16 0.09 0.09 0.14 0.25 0.22 0.10 0.12 0.07 0.00 0.16 0.22 0.08 0.15 0.24 0.17
O4' 0.00 0.19 0.02 0.03 0.10 0.01 0.05 0.01 0.09 0.11 0.15 0.22 0.18 0.07 0.01 0.11 0.16 0.00 0.25 0.06 0.18 0.15 0.22
O5' 0.39 0.46 0.54 0.22 0.54 0.01 0.65 0.01 0.64 0.73 0.55 0.39 0.43 0.75 0.57 0.51 0.22 0.25 0.00 0.69 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.04 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.08 0.06 0.69 0.00 0.41 1.06 0.75
OP1 0.25 0.27 0.58 0.27 0.30 0.19 0.37 0.07 0.36 0.43 0.31 0.26 0.26 0.45 0.32 0.60 0.15 0.18 0.01 0.41 0.00 0.01 0.01
OP2 0.54 0.71 0.86 0.34 0.78 0.07 0.96 0.20 0.97 1.01 0.85 0.62 0.65 1.10 0.77 1.04 0.24 0.15 0.02 1.06 0.01 0.00 0.01
P 0.35 0.45 0.62 0.23 0.52 0.09 0.67 0.01 0.67 0.74 0.56 0.38 0.41 0.79 0.53 0.66 0.17 0.22 0.00 0.75 0.01 0.01 0.00